• 한국자원식물학회지
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• 제31권3호
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• pp.228-236
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• 2018

In this study, we evaluated the antioxidant activity and protective effects against oxidative DNA damage of the ethyl acetate fraction from the callus of Abeliophyllum distichum Nakai (ECA). Callus of A. distichum was induced on MS medium containing NAA (1 mg/L) and 2,4-D (1 mg/L), and a sufficient amount was obtained for the extraction by subculture. Acteoside was analyzed and quantified (0.39 mg/g callus) from ECA using the high-performance liquid chromatography-photodiode array detector method. ECA showed very high antioxidative activity as revealed by DPPH and ABTS scavenging assays. The $IC_{50}$ values were 12.4 and $6.8{\mu}g/ml$, respectively. ECA showed protective effects against oxidative DNA damage evaluated by using ${\Psi}X-174$ RF I plasmid DNA. It also inhibited DNA damage by suppressing the oxidative stress-induced protein and mRNA levels of ${\gamma}$-H2AX and p53 in NIH/3T3 cells. In conclusion, ECA protects against oxidative DNA damage through its powerful antioxidant activity.

• 한국식물병리학회지
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• 제13권1호
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• pp.5-12
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• 1997

Genetic diversity of forty-four strains of Xanthomonas campestris pv. vesicatoria from diverse geographic origins was investigated using random amplified polymorphic DNA (RAPD) of genomic DNA. One hundred and thirty-seven amplified fragments were produced by polymerase chain reaction with a set of 14 random primers, and the sizes of amplified DNA fragments ranged approximately from 0.3 to 3.2 kb. Cluster analysis of genetic similarity among the strains generated the dendrogram that clearly separated all strains from each other. The 44 strains of X. campestris pv. vesicatoria were classified into 4 major genomic DNA RAPD groups and 15 subgroups at the genetic similarity of 0.60 and 0.92, respectively. The strains from foreign countries formed discrete subgroups, but the United States strain 87-77 clustered closely with some of Korean strains together. Thirty-nine Korean strains were classified into 11 subgroups, and especially Masan strain Ms93-1 clustered distinctly far from the other Korean strains. RAPD polymorphism suggests strongly the occurrence of genetic differentiation of X. campestris pv. vesicatoria and the existence of genetically distinctive subgroups among the populations in Korea.

• 대한임상검사과학회지
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• 제49권1호
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• pp.28-39
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• 2017

잔류성 유기 오염 물질은 후성학적 메커니즘과 비만의 발달에 영향을 줄 수가 있다. 폴리브롬화 디페닐 에테르는 주요한 잔류성 유기 오염 물질 중 하나이며, 난연제로 널리 쓰인다. 출생전 잔류성 유기 오염 물질과 같은 내분비교란물질에 노출시 LINE-1 (long interspersed nuclear elements)의 global DNA 메틸화와 비만 위험도의 증가에 영향을 미칠 수 있다. 따라서, 이번 연구는 임신한 스프라그-돌리 백서를 이용하여 태반과 모유를 통하여 전달된 BDE-47, BDE-209가 LINE-1에서의 후성학적인 변화와 obesogen으로서 발달과정에 따른 유전적 비만 감수성의 증가에 영향을 줄 수 있는지에 대해서 보고자 하였다. 어미와 새끼에서 LINE-1의 광범위 DNA 메틸화와 비만과 관련된 유전자 발현은 methylation-sensitive high resolution melting analysis (MS-HRM), direct bisulfite sequencing와 quantitative real time polymerase chain reaction (qPCR)을 사용하여 각각 분석하였다. MS-HRM 결과는 출생 후 4일의 노출군 새끼에서 (4마리 중 2마리) LINE-1의 광범위 DNA 저메틸화 양상을 보여주었지만, bisulfite sequencing은 노출군과 비노출군에서 차이가 없었다. ${\beta}$-산화 경로와 adipokines과 관련된 어미의 유전자 발현은 두 그룹간 차이를 보였다. 반면에, 새끼의 유전자 발현은 비슷한 양상을 나타내었다. ${\beta}$-산화 경로와 비만과 관련된 유전자 발현 중 $PPAR-{\alpha}$를 제외하고는 출생 시에 유의하게 증가하였다. 결론적으로, 이번 연구는 BDE-47, BDE-209의 동시 노출이 태반과 모유를 통해서 새끼에서의 후성학적인 변화와 비만과 관련된 유전자 발현 변화에 영향을 미칠 수 있는 것을 보여주었다.

• 농업생명과학연구
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• 제44권6호
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• pp.91-99
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• 2010

한우 이력추적제에 적용되는 11개의 MS marker (TGLA227, BM2113, TGLA53, ETH10, SPS115, TGLA126, TGLA122, ETH3, ETH225, BM1824 and INRA23)와 성감별을 위한 2개의 sexing primer로 조합된 하나의 Multiplex PCR set를 이용하여 모근에서 추출한 genomic DNA를 이용해 3510두의 대량 시료를 분석한 결과 3.93%의 genotyping 실패율로 성공적인 분석결과를 얻었다. 무작위교배집단으로 가정 시 동일개체출현확률 (PI)은 $1.31{\times}10^{-23}$, 반형매교배집단으로 가정 시 동일개체출현확률 ($PI_{half-sibs}$)은 $2.52{\times}10^{-16}$ 그리고 전형매교배집단으로 가정 시 동일개체출현확률 ($PI_{sibs}$)은 $1.09{\times}10^{-6}$으로 나타나 현재 사용 중인 11종의 MS marker는 범용적으로 사용하여도 무방할 것으로 재확인 되었다. 또한 생산 및 사육단계의 생우의 경우 모근을 이용하여 DNA를 추출하는 것은 시료 채취 시 소에게 주어지는 스트레스를 최소화 시킬 수 있을 뿐만 아니라 대립유전자형 분석에 있어서 시간적, 경제적인 효율성을 높일 수 있었다. 또한 모근 채취 부위 중 등, 배, 꼬리상부와 꼬리하부를 이용하여 검정한 결과 꼬리하부의 모근을 이용하여 5~13가닥을 사용했을 때 최적의 분석결과를 보였다. 최종적으로 한우의 사육단계 대량 유전자형 분석에 적용 가능한 96 well 단위를 기본으로 하는 모근 DNA분리 체계를 확립하였다.

• 식물조직배양학회지
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• 제25권1호
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• pp.37-43
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• 1998

꽃양배추 '은배' 종자를 무균 파종한 후 6일째된 하배축 조직을 BA 1㎎/L, sucrose 30㎎/L한천 8 g/L가 첨가된 MS 재분화배지에 1일간 전처리한 다음, PI promoter-GUS 융합 유전자가 도입된 Agrobacterium tumefaciens LBA 4404와 2일간 동일조성의 MS 액체배지에서 공동배양하여 carbenicillin 500 ㎎/L와 kanamycin 20 ㎎/L가 첨가된 MS 재분화배지로 옮겨 주었을 때 가장 많은 형질전환체를 얻을 수 있었다. PCR 분석결과, PI promoter-GUS 융합 유전자가 형질전환체의 게놈상에 삽입되어 있음을 확인하였다. Southern 분석결과, ECL-labelling된 PI promoter-GUS 융합 유전자 probe의 coding sequence와 동일한 것으로 판단되는 약 366bp 위치에서 밴드를 확인할 수 있었다. 그러나 형질 전환되지 않은 식물체에서는 이들 밴드를 확인할 수 없었다. 조직내 GUS 유전자의 활성은 잎부위에서부터 시작하여 엽병과 줄기의 관다발을 중심으로 나타났으며 상처의 정도가 심할수록 높은 편이었고 그 범위도 넓었다.

• Plant Biotechnology Reports
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• 제2권4호
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• pp.245-252
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• 2008

The genetic status of somatic embryo-derived plantlets of Cymbopogon flexuosus was examined by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. Auxins such as 2, 4-dichlorophenoxyacetic acid (2, 4-D) (1-4 mg/l) were used in Murashige and Skoog (MS) medium for induction of calli from rhizomatous explants of Cymbopogon flexuosus. Optimum calli were induced on MS medium supplemented with 2, 4-dichlorophenoxyacetic acid (2, 4-D) (3.5 mg/l) alone or in combination with $N^6-benzyladenine$ (2 mg/l). Somatic embryogenesis was achieved from long term calli when cultured on MS medium containing 2, 4-dichlorophenoxyacetic acid (2, 4-D) (2 mg/l) along with $N^6-benzyladenine$ (BA) (1-2 mg/l). Regeneration was achieved when freshly induced embryogenic calli were sub-cultured on MS medium supplemented with $N^6-benzyladenine$ (3 mg/l) alone. Long-term cultured embryos showed profuse minute rooting on regeneration medium supplemented with N6 -benzyladenine (3 mg/l). Microshoots were rooted in the presence of indole-butyric acid (IBA) (2 mg/l). DNA samples from the mother plant and 18 randomly selected regenerated plants from a single callus were subjected to RAPD analysis with 6 arbitrary decamer primers for the selection of putative somaclones. A total of 64 band positions were scored, out of which 19 RAPD bands were polymorphic. From genetic similarity coefficient based on RAPD band data sharing, it was found that the majority of the clones were almost identical or more than 92% similar to the mother plant, except CL2 and CL9 (66%) which showed highest degree of genetic change with CL2 and CL9 showing presence of two non-parental bands each.

• 식물조직배양학회지
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• 제28권2호
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• pp.97-101
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• 2001

동화산물의 분배 효율 개선을 통한 생산성 향상 가능성을 조사하고자 감자의 sucrose 수송자 유전자를 벼에 형질전환 하였다. 동진벼로부터 유도된 callus를 감자의 sucrose 수송자 유전자가 도입된 A. tumefaciens LBA 4404와 공동배양한 후, 선발배지에서 증식된 callus를 250 mg/L carbenicillin, 2 mg/L kinetin, 0.1 mg/L NAA가 첨가된 MS 배지에 옮겨 약2주 후부터 소식물체를 얻었다. Carbenicillin 250 mg/L 첨가된 MS 기본 배지에서 소식물체의 발근을 유도하여 재분화 식물체를 얻었다. 선발된 callus는 약 150%의 높은 식물체 재분화율을 보였다. 재분화 식물체에 대한 PCR 분석을 수행하여 감자의 sucrose수송자 유전자가 삽입된 형질전환 벼 식물체를 선발하였다. 선발된 형질전환 식물체에 대한 Southern blot 분석을 통하여 외래유전자인 감질 sucrose 수송자 유전자가 벼 genome 내에 안정적으로 도입되었음을 확인하였다.

• 식물조직배양학회지
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• 제27권3호
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• pp.169-173
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• 2000

Amaranthus hypochondriacus의 저장 단백질을 encoding 하는 AmA1 유전자를 RT-PCR 방법을 이용하여 분리하고 특성화하였다. AmAl 유전자를 담배에 형질전환 시키기 위해 CaMV 35S promoter와 3'NOS를 가지고 있는 식물 발현 vector에 subcloning 하고 이 재조합 vector를 이용하여 Agrobacterium-mediated형질전환 방법을 이용하여 담배에 도입시켰다 신초는 0.1 mg/L NAA, 1.0 mg/L BA, 100 mg/L kanamycin 그리고 250 mg/L cefotaxime이 첨가된 MS 선발 배지에서 선발했고, 선발된 신초는 식물 생장 조절제를 첨가 하지 않고 200 mg/L kanamycin과 250 mg/L cefotaxime이 첨가된 MS배지에서 뿌리를 유도하였다. 선발된 담배의 게놈내의 AmA1 유전자의 존재는 PCR 방법과 hybridization을 이용하여 확인되었고, AmA1 유전자의 발현은 RT-PCR방법과 Southern blot hybridization을 사용하여 확인되었다.

• BMB Reports
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• 제43권10호
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• pp.698-703
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• 2010

In this study, we characterized two blocks of minisatellites in the 5' upstream region of the BORIS gene (BORIS-MS1, -MS2). BORIS-MS2 was found to be polymorphic; therefore, this locus could be useful as a marker for DNA fingerprinting. We assessed the association between BORIS-MS2 and breast cancer by a case-control study with 428 controls and 793 breast cancers cases. Rare alleles in the younger group (age, <40) were associated with a statistically significant increased risk of breast cancer (odds ratio, 4.84; 95% confidence interval, 1.06-22.22; and P = 0.026). A statistically significant association between the short rare alleles and cancer was identified in the younger group (8.02; 1.01-63.83; P = 0.021). Kaplan-Meier estimates showed that poor prognosis was associated with patients who contained the rare alleles. Our data suggest that the short rare alleles of BORIS-MS2 could be used to identify the risk for breast cancer in young patients.

• Journal of Dairy Science and Biotechnology
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• 제30권2호
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• pp.131-137
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• 2012

Rapid and reliable identification of microorganisms is a key for tracing the relationship between the target bacteria and related infectious diseases. Various identification methods such as classical phenotypic analysis, numerical taxonomic analysis, and DNA sequencing have been widely used to classify microorganisms in milk and dairy products. Matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry (MS) identifies targeted bacteria in milk and milk products. Several studies have demonstrated that MALDI-TOF MS identification is an efficient and inexpensive method for the rapid and routine identification of isolated bacteria. MALDI-TOF MS could provide accurate identification of bacteria in milk and milk products at the serotype or strain level and enable antibiotic resistance profiling within minutes.