• 제목/요약/키워드: marker distribution

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Microsatellite 의 대립유전자 빈도를 이용한 한우의 경제형질과의 연관성 규명 (Potential Allelic Association of Microsatellite Markers on Bovine Chromosome 5 with Carcass Traits in Hanwoo (Korean cattle))

  • 오재돈;공홍식;조병욱;이미랑;전광주;이학교
    • 생명과학회지
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    • 제18권9호
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    • pp.1225-1229
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    • 2008
  • 본 연구는 한우의 5번 염색체 내에 존재하고 있는 10개의 microsatellite marker의 대립유전자 빈도를 이용하여 한우의 경제형질과의 연관성을 지닌 좌위를 탐색하기 위하여 실시하였다. 한우 326두를 대상으로 10개의 유전좌위를 분석한 결과 총 169개의 대립유전자가 검출되었다. 모든 유전좌위에서 다형성이 검출되었으며 각 유전좌위 별 대립유전자의 수는 9에서 28개로 나타났으며 평균 16.9로 나타났다. 가장 높은 PIC 값을 가진 유전좌위는 DIK2400(0.908)이었으며 가장 낮은 유전좌위는 DIK2718 (0.603)으로 검출되었다. 관측된 이형접합도에서는 DIK1048 (0.655)가 가장 높게 나타났으며, DIK2400 (0.906)은 가장 낮은 것으로 검출되었다. 분석된 MS marker들의 대립유전자의 빈도를 이용하여 경제형질과의 연관성을 탐색하기 위하여 각 경제형질별 육종가를 대상으로 상위그룹과 하위그룹으로 나누어 Chi-square검정을 실시하였다. 분석결과 DIK2828의 239 대립유전자는 근내지방도에서 상위그룹과 하위그룹의 빈도차가 유의적인 차이를 보이는 것으로 나타났다. BMC1009의 279 대립유전자는 도체중과 등지방두께에서 유의적인 차이를 확인하였으며 285대립유전자는 도체중, 등지방두께 그리고 근내지방도에서 유의적인 차이가 확인되었다. DIK4329의 200대립유전자는 등심단면적과 등지방두께에서 유의적인 차이가 확인되었다. 본 연구에서 유의적인 차이가 확인된 유전자좌위는 5번 염색체 내 20 (DIK2828), 41 (BMC1009) 그리고 95 (DIK4329) cM로 나타났다.

커튼원양해파리 Chrysaora pacifica (Goette, 1886) (Semaeostomeae; Pelagiidae)의 분자 마커를 이용한 한국내 지리적 분포 (Distribution of the Sea Nettle Chrysaora pacifica (Goette, 1886) (Semaeostomeae; Pelagiidae) in Korea Using Molecular Markers)

  • 서요셉;김대현;채진호;기장서
    • Ocean and Polar Research
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    • 제42권3호
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    • pp.263-270
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    • 2020
  • The distribution and genotypes of the sea nettle Chrysaora pacifica have been reported in the South Sea of Korea; however, little research work has been attempted in the East Sea. Here, we collected similar jellyfishes from the East Sea coasts (Goseong, Yangyang and Sokcho), and identified them to the sea nettle morphologically. In addition, the genotypes of these sea nettle were compared with those from the South Sea (Tongyeong and Geoje). Phylogenetic analysis by using the mitochondrial COI sequences showed that the genus Chrysaora was clearly separated from other taxa to be formed a monophyletic group, with each species distinctly separated. C. pacifica in the East and South Seas was separated geographically by the COI phylogeography, representing potentially different populations. The COI gene of the Korean C. pacifica had approximately 7 times more genetic variation than the nuclear ITS rDNA, and thus it might be considered as a useful marker for genetic analysis of the jellyfish population.

Estimating Illumination Distribution to Generate Realistic Shadows in Augmented Reality

  • Eem, Changkyoung;Kim, Iksu;Jung, Yeongseok;Hong, Hyunki
    • KSII Transactions on Internet and Information Systems (TIIS)
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    • 제9권6호
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    • pp.2289-2301
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    • 2015
  • Mobile devices are becoming powerful enough to realize augmented reality (AR) application. This paper introduces two AR methods to estimate an environmental illumination distribution of a scene. In the first method, we extract the lighting direction and intensity from input images captured with a front-side camera of a mobile device, using its orientation sensor. The second method extracts shadow regions cast by three dimensional (3D) AR marker of known shape and size. Because previous methods examine per pixel shadow intensity, their performances are much affected by the number of sampling points, positions, and threshold values. By using a simple binary operation between the previously clustered shadow regions and the threshold real shadow regions, we can compute efficiently their relative area proportions according to threshold values. This area-based method can overcome point sampling problem and threshold value selection. Experiment results demonstrate that the proposed methods generate natural image with multiple smooth shadows in real-time.

HPLC를 이용한 근소만 조간대 퇴적물내의 저서미세조류 현존량, 군집 및 광생리의 월 변화 분석 (Monthly HPLC Measurements of Pigments from an Intertidal Sediment of Geunso Bay Highlighting Variations of Biomass, Community Composition and Photo-physiology of Microphytobenthos)

  • 김은영;안성민;최동한;이호원;노재훈
    • 한국해양학회지:바다
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    • 제24권1호
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    • pp.1-17
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    • 2019
  • 본 연구에서는 태안반도 근소만 갯벌에서 저서미세조류(MPB)의 현존량, 군집조성 및 광생리의 월변화에 대해 알아보기 위하여 2016년 10월부터 2017년 10월까지 월 1~2회씩 총 16회에 걸쳐 갯벌 표층에 분포하는 저서미세조류 색소를 HPLC (High performance liquid chromatography)를 이용 분석하였다. 갯벌 표층 1 cm 깊이에 분포하는 저서미세조류의 광합성 색소 중 현존량의 지표로 사용되는 총 chlorophyll a (TChl a) 농도는 연중 40.4~218.9 mg m-2의 범위를 보였다. 2월 24일에 최대값이 나타났고 3월에도 높은 값을 보인 뒤 이후 감소하였다. 저서미세조류의 현존량은 동계에 높고 하계에 낮은 값을 나타냈다. Phaeophorbide a 농도의 월별 변동을 통해 동계에 상위 포식자의 낮은 포식압이 저서미세조류 동계번성에 일부 기여한 것으로 사료된다. 또한 주요지시색소를 이용한 저서미세조류 군집조성의 분석결과 저서규조류의 지시색소인 fucoxanthin의 농도가 연중 가장 높게 나타났다. Chlorophyll b(녹조류), peridinin(와편모조류)을 제외한 대부분의 지시색소의 농도는 동계에 증가하였으나, fucoxanthin의 농도 증가율이 가장 높아 fucoxanthin을 제외한 TChl a에 대한 주요지시색소의 상대비는 동계에 감소하는 경향이 있었다. 형광광도계와 산소미세전극을 이용하여 측정한 퇴적물 내 Chl a와 산소 농도의 연직분포 특성은 퇴적층 표면에서 깊이가 깊어질수록 Chl a 값과 산소 농도가 함께 감소하는 경향을 보였고, 동계로 갈수록 이런 경향이 더욱 뚜렷하게 나타났다. 하지만 5~7월의 Chl a 농도는 다른 기간에 비해 12 mm까지 연직으로 유사하게 나타났으나, 5월의 산소 농도 분포는 1 mm 이하에서 급격하게 감소하였다. 같은 시기에 phaeophorbide a 농도가 증가하는 것으로 보아 저서동물의 포식활동에 의한 산소 소비량이 증가하였을 가능성이 있으며, 저서동물의 생물교란에 의해 저서미세조류의 세포가 아래로 옮겨진 것으로 추측된다. 한편, 저서미세조류의 광적응의 지표로 사용되는 diadinoxanthin (DD)과 diatoxanthin (DT)로 얻은 상대적인 비(DT/(DD+DT))는 10월에서 3월로 갈수록 감소하며, 5월에는 증가하는 것으로 볼 때, 월별로 Xanthophyll cycle의 활성 정도에 차이가 있었음을 알 수 있었다.

증강현실에서 사실적인 그림자 생성을 위한 조명 분포 모델의 계층적 분할 (Hierarchical Subdivision of Light Distribution Model for Realistic Shadow Generation in Augmented Reality)

  • 김익수;임창경;홍현기
    • 방송공학회논문지
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    • 제21권1호
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    • pp.24-35
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    • 2016
  • 증강현실에서 주변 환경의 조명 분포를 추정하여 자연스러운 그림자 영상을 생성할 수 있다. 그러나 별도의 센서 장비 없이 주변 환경을 해석하는 과정에는 조명 분포의 모델, 가상 객체의 기하정보, 표면의 반사특성 등이 필요하다. 3D 마커를 이용하는 기존의 조명분포 추정 방법은 조명 공간을 지오데식 돔(geodesic dome)으로 모델링하고 마커에 의한 그림자 이미지를 분석한다. 그러나 사전에 설정 된 후보 그림자 맵을 이용하기 때문에 실제 조명의 분포를 정확하게 추정하지 못할 수 있다. 본 논문에서는 증강현실에서 주변 환경의 광원 정보를 정확하게 추정하기 위해 조명 공간을 계층적으로 분할하는 방법이 제안된다. 제안된 방법은 그래디언트 레이(gradient ray)를 이용해 분할된 그림자 영역과 후보 그림자 맵 간의 상대적 중첩 영역 비(ratio)에 따라 지오데식 돔을 계층적으로 분할한다.

안면도 먹넌출 집단의 유전다양성과 공간적 유전구조 (Genetic Diversity and Spatial Genetic Structure of Berchemia racemosa var. magna in Anmyeon Island)

  • 송정호;임효인;장경환;홍경낙;한진규
    • 원예과학기술지
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    • 제32권1호
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    • pp.84-90
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    • 2014
  • 우리나라에서 먹넌출은 안면도 지역에서만 소나무 숲에서 제한적으로 분포하는 덩굴성 식물이다. 본 연구는 먹넌출 집단의 분포형태와 특성, 유전다양성 및 공간분포에 따른 유전구조를 파악하는데 있다. 선발된 8개 I-SSR primer에서 총 50개의 I-SSR 증폭산물을 얻었으며 37개의 단형성 증폭산물을 제외한 13개의 다형적 증폭산물을 분석에 이용하였다. 공간적 자기상관 분석을 위한 조사구 $90m{\times}70m$내에 총 39개체의 먹넌출이 자생하고 있었으며, 군집지수(aggregation index)는 0.706으로 집중분포(clumped distribution)하는 공간분포를 나타냈다. I-SSR 표지자 분석 결과 39개체 중 유전자형이 서로 다른 21개의 유성생식체(genet)가 식별되었으며, 유전자형 비율(G/N)은 53.8%, 유전자형 다양성(D)은 0.966, 유전자형 균등도(E)는 0.946으로 각각 나타났다. Shannon의 다양성지수(I = 0.598)는 적은 개체수와 제한적 분포에도 불구하고 다른 수종들에 비해 비교적 높은 유전다양성을 나타냈다. Tanimoto distance를 이용한 공간적 자기상관 분석 결과 안면도 먹넌출의 현지외 보존을 위한 표본 추출 전략은 6m 이상의 간격을 두고 개체를 선발하는 것이 타당한 것으로 나타났다.

토마토 유전자연관지도 상의 DarT 마커 분포 (Distribution of DArT Markers in a Genetic Linkage Map of Tomato)

  • Truong, Hai Thi Hong;Graham, Elaine;Esch, Elisabeth;Wang, Jaw-Fen;Hanson, Peter
    • 원예과학기술지
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    • 제28권4호
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    • pp.664-671
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    • 2010
  • 토마토풋마름병에 저항성인 $Solanum$ $lycopersicum$ H7996와 극도감수성인 $S.$ $pimpinellifolium$ WVa700 간의 교배를 통해 획득한 재조합순계계통 $F_9$ 세대의 188개체를 이용하여 유전자연관지도를 작성하였다. 유전자지도는 DarT 260종, AFLP 74종, RFLP 4종, SNP 1종 및 SSR 22종 등 총 361종의 마커로 구성되었다. 작성된 유전자지도는 총 13개의 연관군(LG)에 2042.7cM을 포함하였으며 마커간의 평균지도거리는 5.7cM이고 이중 DArT마커는 평균 7.9cM당 1개가 분포하였다. SSR 마커의 분포를 기초로 작성된 11개 연관군들은 토마토 염색체의5번과 12번을 제외한 10개 염색체에 해당하였다. DArT 마커는 다른 마커들처럼 토마토 유전체 상에 고르게 분포하였으며, 인접 마커와의 상호분석(${\leq}$ 0.5cM) 결과 클러스터링 빈도가 13.5%인 AFLP 마커보다 3배 정도 높은 38.8%의 빈도로 최고치를 나타내었다. 본 연구를 통해 토마토에서 최초로 DarT 마커를 이용한 유전자연관지도를 작성하였다.

Lane Detection Algorithm for Night-time Digital Image Based on Distribution Feature of Boundary Pixels

  • You, Feng;Zhang, Ronghui;Zhong, Lingshu;Wang, Haiwei;Xu, Jianmin
    • Journal of the Optical Society of Korea
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    • 제17권2호
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    • pp.188-199
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    • 2013
  • This paper presents a novel algorithm for nighttime detection of the lane markers painted on a road at night. First of all, the proposed algorithm uses neighborhood average filtering, 8-directional Sobel operator and thresholding segmentation based on OTSU's to handle raw lane images taken from a digital CCD camera. Secondly, combining intensity map and gradient map, we analyze the distribution features of pixels on boundaries of lanes in the nighttime and construct 4 feature sets for these points, which are helpful to supply with sufficient data related to lane boundaries to detect lane markers much more robustly. Then, the searching method in multiple directions- horizontal, vertical and diagonal directions, is conducted to eliminate the noise points on lane boundaries. Adapted Hough transformation is utilized to obtain the feature parameters related to the lane edge. The proposed algorithm can not only significantly improve detection performance for the lane marker, but it requires less computational power. Finally, the algorithm is proved to be reliable and robust in lane detection in a nighttime scenario.

Cytogenetic Characteristics of Chinese Hamster Ovarian Cell CHO-K1

  • Sohn, Sea-Hwan;Cho, Eun-Jung;Jang, In-Surk
    • Reproductive and Developmental Biology
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    • 제30권4호
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    • pp.263-270
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    • 2006
  • The Chinese Hamster Ovarian cells CHO-K1 are one of the most extensively used cells for the evaluation of gene expression and toxicology. However, these cells are frequently used for biomedical research without consideration of their cytogenetic characteristics. Therefore, we carried out to investigate the karyologic profiles, the frequency and type of chromosome aberration, and the distribution of telomeric DNA on chromosomes of the CHO-K1 cells. The GTG banding and fluorescence in situ hybridization on CHO-K1 cells were performed to characterize the karyotype and the distribution of telomeric DNA The present study revealed that the chromosome modal number of CHO-K1 cells was 2n=20; eight chromosomes appeared to be identical with those of the normal Chinese hamster, whereas the remaining 12 chromosomes were shown to be translocated, deleted, inversed, or rearranged from Chinese hamster chromosomes. The telomeric DNA on CHO-K1 chromosomes was intensively distributed at the centromeres rather than the ends of chromosomes. In addition, three chromosomes had interstitial telomeres and one marker chromosome entirely consisted of telomeric DNAs. The frequency and type of chromosome aberrations in CHO-K1 cells were examined. Of the 822 metaphase spreads, 68 (8.3%) cells resulted in chromosome aberrations of which the chromosome breakage was the most frequently occurred.

Molecular Variation and Distribution of Anopheles fluviatilis (Diptera: Culicidae) Complex in Iran

  • Naddaf, Saied Reza;Razavi, Mohammad Reza;Bahramali, Golnaz
    • Parasites, Hosts and Diseases
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    • 제48권3호
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    • pp.231-236
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    • 2010
  • Anopheles fluviatilis James (Oiptera: Culicidae) is one of the known malaria vectors in south and southeastern Iran. Earlier ITS2 sequences analysis of specimens from Iran demonstrated only a single genotype that was identical to species Y in India, which is also the same as species T. We identified 2 haplotypes in the An. fluviatilis populations of Iran based on differences in nucleotide sequences of D3 domain of the 28S locus of ribosomal DNA (rDNA). Comparison of sequence data from 44 Iranian specimens with those publicly available in the Genbank database showed that all of the 288-D3 sequences from Kazeroun and Khesht regions in Fars Province were identical to the database entry representing species U in India. In other regions, all the individuals showed heterozygosity at the single nucleotide position, which identifies species U and T. It is argued that the 2 species may co-occur in some regions and hybridize; however, the heterozygosity in the 288-D3 locus was not reflected in ITS2 sequences and this locus for all individuals was identical to species T. This study shows that in a newly diverged species, like members of An. fluviatilis complex, a single molecular marker may not be sufficiently discriminatory to identify all the taxa over a vast geographical area. In addition, other molecular markers may provide more reliable information for species discrimination.