• Radiation Oncology Journal
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• 제23권1호
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• pp.43-50
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• 2005

목적 : 자경경부암세포에서 polymeric chain reaction (PCR)원리를 이용한 suppression subtractive hybridization (SSH) 방법으로 방사선조사 시 차등 발현되는 유전자를 동정하고자 하였다. 대상 및 방법 : 자궁경부암세포주인 HeLa세포주에 방사선조사 전과 후 총 RNA와 poly $(A)^+$ mRNA를 분리였다. SSH방법으로 forward 및 reverse-subtracted cDNA libraries를 만들었다. 차등 발현된 유전자를 screening하기 위해 reverse Northern blotting (dot blot analysis)을 이용하여 각각의 library에서 88개의 클론을 선택하였고 Nothern blotting으로 확인 후 sequencing하였다. 결과 : screening상 176개 클론 중 forward-subtracted library에서 10개의 유전자가 reverse-subtracted library에서 9개의 유전자가 동정되었다. forward-subtracted library로부터 3개의 유전자가 Northern blotting에 의하여 확인되었고 이중 telomerase catalytic subunit and sodium channel-like protein 유전자와 1개의 ESTs (expressed sequence tags) 유전자가 방사선선량에 따라 증가하쳐다. 결론 : 본 연구를 통해 자궁경부암세포주에서 방사선에 의해 유도되는 유전자를 SSH 방법을 통해 동정할 수 있었다. 그러나 이러한 유전자가 어떤 생물학적인 기능을 갖고 있는지에 대한 계속적인 연구가 필요하다

• IMMUNE NETWORK
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• 제12권4호
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• pp.155-164
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• 2012

It is well established that blocking the interaction of EGFR with growth factors leads to the arrest of tumor growth, resulting in tumor cell death. ER414 is a human monoclonal antibody (mAb) derived by guided selection of the mouse mAb A13. The ER414 exhibited a ~17-fold lower affinity and, as a result, lower efficacy of inhibition of the EGF-mediated tyrosine phosphorylation of EGFR when compared with mAb A13 and cetuximab. We performed a stepwise in vitro affinity maturation to improve the affinity of ER414. We obtained a 3D model of ER414 to identify the amino acids in the CDRs that needed to be mutated. Clones were selected from the phage library with randomized amino acids in the CDRs and substitution of amino acids in the HCDR3 and LCDR1 of ER414 led to improved affinity. A clone, H3-14, with a ~20-fold increased affinity, was selected from the HCDR3 randomized library. Then three clones, ER2, ER78 and ER79, were selected from the LCDR1 randomized library based on the H3-14 but did not show further increased affinities compared to that of H3-14. Of the three, ER2 was chosen for further characterization due to its better expression than others. We successfully performed affinity maturation of ER414 and obtained antibodies with a similar affinity as cetuximab. And antibody from an affinity maturation inhibits the EGF-mediated tyrosine phosphorylation of EGFR in a manner similar to cetuximab.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제26권2호
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• pp.315-325
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• 2016

A novel esterase gene, est7K, was isolated from a compost metagenomic library. The gene encoded a protein of 411 amino acids and the molecular mass of the Est7K was estimated to be 44,969 Da with no signal peptide. Est7K showed the highest identity of 57% to EstA3, which is an esterase from a drinking water metagenome, when compared with the enzymes with reported properties. Est7K had three motifs, SMTK, YSV, and WGG, which correspond to the typical motifs of family VIII esterases, SxxK, Yxx, and WGG, respectively. Est7K did not have the GxSxG motif in most lipolytic enzymes. Three additional motifs, LxxxPGxxW, PLGMxDTxF, and GGxG, were found to be conserved in family VIII enzymes. The results of the phylogenetic analysis and the alignment study suggest that family VIII enzymes could be classified into two subfamilies, VIII.1 and VIII.2. The purified Est7K was optimally active at 40ºC and pH 10.0. It was activated to exhibit a 2.1-fold higher activity by the presence of 30% methanol. It preferred short-length p-nitrophenyl esters, particularly p-nitrophenyl butyrate, and efficiently hydrolyzed glyceryl tributyrate. It did not hydrolyze β-lactamase substrates, tertiary alcohol esters, glyceryl trioleate, fish oil, and olive oil. Est7K preferred an S-enantiomer, such as (S)-methyl-3-hydroxy-2-methylpropionate, as the substrate. The tolerance to methanol and the substrate specificity may provide potential advantage in the use of the enzyme in pharmaceutical and other biotechnological processes.

• 한국균학회지
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• 제22권3호
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• pp.247-253
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• 1994

본 연구는 고등균류중 담자균류에 속하는 치마버섯에 있어 자실체 형성을 직접적으로 조절하는 mating locus의 분리 및 특성을 규명하고자 하였다. 북미 자생의 치마버섯 UVM 1-34 균주로부터 $A{\alpha}3$ allele 분리를 위하여 만든 genomic library의 전체 숫자는 약 $2{\times}10^4$ cells로서 이중 약 90%가 약 35kb의 inserted DNA를 가진 것으로 나타났으며, colony 및 southern hybridization을 통해 얻은 6개의 clone 모두가 mating activity를 나타내었다. 이 중에서 1개 clone을 선정하여 남미자생의 UVM 1-71 $A{\alpha}3$ allele의 Z, Y region을 포함하는 5.7kb의 단편을 pBluescript ll KS(+)에 subcloning 시켜 trp1 gene 함유의 pTC20 cosmid와 함께 cotransformation 시킨 결과 약 50%의 clamp cell 형성을 보임으로서 이 clone이 mating activity를 가지는 것으로 나타났다.

• 농업생명과학연구
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• 제46권3호
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• pp.109-118
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• 2012

The gene encoding an esterase enzyme was cloned from a metagenomic library of cow rumen bacteria. The esterase gene (est2R) was 2,120 bp in length, encoding a protein of 516 amino acid residues with a calculated molecular weight of 57,286 Da. The molecular weight of the enzyme was estimated to be 57,000 Da by SDS-PAGE. Est2R shared 35.6% amino acid identity with esterase (CAH19079) of uncultured prokaryote. The Est2R was most active at $20-40^{\circ}C$, and showed optimum at $30^{\circ}C$ and pH 8.0. The most activity of Est2R for the different chain length of p-nitrophenyl ester group as substrate was p-nitrophenyl acetate. Moreover, the enzyme was found to be most active without organic solvent, followed by 98% active with ethanol, and the enzyme activity was highly affected by the acetonitrile. The enzyme was significantly inhibited by $Zn^{2+}$ but stimulated by $Ca^{2+}$. So, novel esterase gene est2R is likely to obtain from cow rumen metagenome and supposed to use for industrial purpose.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제62권1호
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• pp.73-79
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• 2019

A novel esterase gene (est7S) was cloned from an enriched metagenomic library derived from an oil-spill area. The gene encoded a protein of 505 amino acids, and the molecular mass of the Est7S was estimated to be 54,512 Da with no signal peptide. Est7S showed the highest identity of 40% to an esterase from a sludge metagenome compared to the characterized enzymes with their properties, although it showed 99% identity to a carboxylesterase in the genome sequence of Alcanivorax borkumensis SK2. Est7S had catalytic triad residues, Ser183, Glu312, and His420, and the GESAG motif in most family VII lipolytic enzymes. Est7S was purified from the crude extract of clone SM7 using Sephacryl S-200 HR and HiTrap Q column chromatographies. The purified Est7S was optimally active at $50^{\circ}C$ and pH 10.0. Est7S showed a high specific activity of 366.7 U/mg protein. It preferred short length esters, particularly p-nitrophenyl acetate, efficiently hydrolyzed R- and S-enantiomers of methyl-3-hydroxy-2-methylpropionate, and glyceryl tributyrate. These properties of Est7S may provide potential merits in biotechnological applications such as detergent and paper processing under alkaline conditions.

• 환경생물
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• 제38권1호
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• pp.21-29
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• 2020

Skeletonema pseudocostatum의 세포는 규산질 성분의 돌기에 의한 사슬 형태로, 길이는 6~17.3 ㎛였고, 엽록체는 세포 당 1~2개를 포함하고 있었다. 주사전자현미경 관찰결과 Skeletonema 종을 구분할 수 있는 가장자리 받침돌기끝(terminal fultoportula process)은 끝이 갈라지거나, 갈고리 모양이었고, 길이가 1.67±0.5 ㎛이고, 개각의 가장자리에 위치해 있으며, 개수는 8.10±1.1개로 개각의 크기에 따라 다양하게 나타났다. 말단세포 입술돌기(terminal rimoportula process)는 두꺼운 원통형의 나팔관 모양으로, 개각의 중앙 근처에 위치하였고, 길이는 1.1±0.6 ㎛였으며, 개수는 1개였다. 연결세포 받침돌기(intercalary fultoportula process)는 대부분 1 : 1 결합으로 서로 맞물려 있는 형태였고, 1 : 2 결합도 종종 발견되었다. 계통분석 결과는 형태적 특징이 유사한 종 간의 유전학적 거리가 가깝다는 것을 나타냈고, 지리적 기원이 다른 동일 종의 경우, 유전적 차이를 보이지 않았다. 이는 S. pseudocostatum은 지리적 위치와 상관없이 유전적 차이가 나타나지 않는 단일계통(monophyly)이라는 것을 의미한다.

• 원예과학기술지
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• 제29권2호
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• pp.116-122
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• 2011

본 연구에서는 지리산에서 자생하는 한국 특산종인 노각나무(Stewartia koreana Nakai)의 EST library를 제작하고 서열을 분석하였다. 노각나무의 유엽을 재료로 cDNA library 만들었고 1,392개의 cDNA에 대한 부분 서열 분석을 진행하였다. EST와 unigene 서열의 분석은 컴퓨터를 기반으로한 filtering과 수작업 그리고 NCBI의 BLAST 분석을 통해 수행하였다. 벡터 서열과 100bp 이하의 서열을 제거한 후 1,301개의 EST를 분석하였다. 전체 150개의 contig와 743개의 singleton을 분리하여 총 893개의 unigene을 분리해냈으며 서열 분석을 통해 95개의 microsatellite를 확인하였다. NCBI 데이터베이스의 BLASTX로 상동성을 검색한 결과 EST의 65%는 기능을 알고 있는 유전자와 11.6%의 EST는 아직까지 기능이 보고되지 않은 유전자와 높은 상동성을 보였다. 남아 있는 23.2%의 EST는 기존에 데이터베이스에 보고된 유전자와 상동성을 보이지 않는 유전자로 밝혀졌다. 다양한 데이터베이스를 기반으로 한 유사성 기반 기능 분석은 노각나무의 EST가 포도나무와 포플러와 높은 유사성을 보인 것을 확인하였다. 기능에 따른 분류에 있어 molecular function은 nucleotide binding, biological process는 transport, cellular component는 plastid가 가장 높은 비율로 나왔다. 본 연구를 통해 얻어진 EST 자료는 노각나무의 새로운 유전자원에 대한 연구의 기본 자료로 유용하게 활용될 것이다.

• 식물조직배양학회지
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• 제26권2호
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• pp.121-126
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• 1999

참나물 (Pimpinella brachycarpa)의 엽병 (petiole)절편체로부터 캘러스가 MS배지 (0.5mg/L 2,4-D와 0.1mg/L BAP)에서 유도되었으며 이들 캘러스로부터 치밀하게 배열된 세포집단(cell cluster)을 선발하여 현탁배양하였다. 이들 현탁배양세포들은 0.1 mg/L NAA가 포함된 MS고체배지에 배양되어 배발생 (embryogenic) 캘러스로 성장하였다. 배발생캘러스는 연한 노란색을 띠며 체세포배로 분화되었으며 이들 체세포배는 MS액체배지에서 발아되어 식물체로 성장하였다. 참나물 현탁배양세포 유래 배발생캘러스로부터 분리한 mRNA로부터 cDNA library를 합성하여 PCR을 수행한 결과 제조된 library의 삽입절편의 크기가 대부분 500bp이상임을 확인하였다. 이들 cDNA library로부터 전체 1.5 $\times$$10^{6}$개의 plaque를 혼성화하여 일차의 screening을 통해 19개의 cDNA clone을, 이차의 screening을 통해 5개의 cDNA clone을 얻었으며 이중 4개의 cDNA clone은 참나물 shoot의 HD-Zip 유전자인 Phz4 유전자와 동일한 약 1.4 kb 정도인 것으로 나타났으나, 1개의 cDNA clone, Phc5는 약 1.5kb정도의 크기를 나타내었다. 1.5kb인 Phc5는 Phz4유전자의 5'쪽으로 163bp의 염기가 추가로 발견되어 총 1,531 bp에 해당하였으며 18개의 polyA tail을 가지고 있었다. Phc5는 284번째에 ATG개시코돈이 있고 302개의 아미노산을 암호화하는 906개의 단백질 암호화 부위와 Homeodomain을 갖고 있었다. Phc5로부터 추정된 단백질은 기존 전사조절자에서 많이 보고된 HD의 구조적 특징을 갖고 있었다.

• Animal cells and systems
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• 제2권1호
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• pp.113-116
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• 1998

A cDNA clone coding for ribosomal protein 46 (rp46) which is a component of 60S ribosomal large subunit has been identified from Drosophila melanogaster. A cDNA clone encoding S. cerevisiae rp46 was used as a probe to screen a Drosophila larvae cDNA library. The DNA sequence analysis revealed that the cDNA coding for Drosophils rp46 contains a complete reading frame of 153 nucleotides coding for 51 amino acids. The deduced amino acid sequence showed 71-75% homology with those of other eukaryotic organisms. Northern blot analysis showed that about 1-kb rp46 transcripts are abundant throughout fly development. Whole mount embryonic mRNA in situ hybridization also showed no preferential distribution of the transcripts to any specific region. The chromosomal in situ hybridization revealed that the identified gene is localized at position 60C on the right arm of the second polytene chromosome with a possibility of single copy.