• 한국균학회지
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• 제28권2호
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• pp.112-117
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• 2000

야생에 서식하고 있는 번데기 및 성충에 감염된 기주의 자실체로부터 동충하초속균 3속 14균주를 분리하였고, RFLP에 의한 유전정보를 이용하여 ITS 영역에 대한 유연관계를 분석하였다. 수집된 각 균주의 rDNA ITS I과 II 부위를 primer ITS 1과 ITS 4를 사용하여 PCR에 의해 증폭한 결과 증폭된 산물은 500 bp크기로 잘 보존되어 종간 또는 속간 서로 구분되지 않았다. 따라서 증폭산물을 7종의 제한효소로 절단하여 밴드상을 관찰한 결과 수집된 Paecilomyces tenuipes 4균주와 Beauveria bassiana 2균주, JB3 균주를 제외한 Cordyceps militaris 6균주는 각각 동일 종으로 분류되었다. 한편 C. scarabaeicola 균주는 7종의 제한효소에서 모두 B. bassiana의 밴드와 일치하여 C. scarabaeicola의 불완전세대는 B. bassiana로 간주되었다. 제한 효소 중에 Paecilomyces속과 Cordyceps 속간 구분에 용이한 제한효소는 CfoI, HpaII이었으며, 그중 CfoI는 Paecilomyces, Cordyceps, Beauveria속간 구분에 용이하였다. UPGMA 분석결과 P. tenuipes, C. militaris, C. scarabaeicola와 B. bassiana, JB4 균주 등 4개의 군으로 그룹화되었으며, 그룹간에는 100% 유의수준을 나타냈다. 따라서 rDNA-RFLP 분석에서 속간 유연관계는 적었으나 종간 유연관계는 가까운 결과를 얻었다.

• 한국임상수의학회지
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• 제25권3호
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• pp.207-210
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• 2008

Trichophyton erinacei is a dermatophyte pathogen that infects both humans and hedgehogs. A two-month old female four-toed hedgehog presented to the Chonbuk Animal Medical Center with pruritus, excoriation and crust on her face for ten days. The owner of the hedgehog also exhibited the clinical signs of scaly erythema with fine vesicles on her neck. A presumptive diagnosis of dermatophytosis was made based on the results of an acetate tape preparation in which hyphae and chains of arthroconidia were observed. The crusts from the lesions were then cultured on Sabouraud Dextrose Agar for identification. After 10 days of incubation, downy colored colonies that had a central umbo with a white granular surface and a yellow pigment ring in the reverse were observed. Microscopic analysis revealed the presence of numerous teardrop shaped microconidia singly attached to the sides of the hyphae. In addition, 2-6 roomed macroconidia that were somewhat irregular in shape and size were present, and abundant intermediate sized spores were observed between the micro and macro conidia. To confirm that the culture was T. erinacei, the internal transcribed spacer region of the 5.8S phase of the ribosomal RNA gene (ITS1-5.8S-ITS2 rDNA) was amplified by PCR and then sequenced. A 679-base pair fragment of DNA was then compared with sequences in GenBank and found to be 99% homologous with sequences of T. erinacei (Z97997 and Z97996. The clinical signs were resolved after four weeks of treatment with oral and topical ketoconazole and chlorhexidine. To the best of our knowledge, this represents the first case of T. erinacei isolated from a four-toed hedgehog in Korea.

• 한국자원식물학회지
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• 제19권5호
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• pp.628-633
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• 2006

태백제비꽃군내 식물들은 동소적으로 생육하면서 단엽에서 장상복엽까지 연속적인 중간형을 나타내어 분류학적 어려움이 있다. 본 연구의 목적은 태백제비꽃, 단풍제비꽃, 남산제비꽃 그리고 각 분류군 사이의 중간형을 잎의 형태에 따라 5 집단으로 구분하고 각 집단별 대표적인 개체를 선별하여 ITS DNA 염기서열을 분석하고 분류학적 어려움을 해결하는데 있다. 정렬된 ITS1, ITS2 그리고 5.8S 지역의 염기서열은 702 bp로 나타났다. 5.8S 지역은 163 bp로 조사된 모든 개체에서 변이가 없었으며, ITS1과 ITS2는 일부 변이가 있어 분산분석, 염기 서열 분기 조사 그리고 분계분석에 이용하였다. 분산분석 결과 조사된 잎 형태별 개체들 간에 차이가 없는 것으로 나타났다. 염기서열 분기 조사 결과, 군외군으로 설정한 낚시제비꽃과 노랑제비꽃의 경우 Kimura 2-parameter distance에서 절대치가 0.05보다 훨씬 높게 나타나서 뚜렷한 차이가 확인되었다. 그러나 군내군 5 개체는 절대치가 모두 매우 낮게 나타나서 염기서열 분기는 종 수준이 아닌 종 이하의 수준으로 판단되었다. 분계분석에서 군외군으로 설정한 2 종은 기저 분계조를 형성하였다. 군내군은 하나의 분계조를 형성하였지만, 부트스트랩이 50% 이하로 나타나 계통학적 의미는 적은 것으로 사료된다.

• 식물분류학회지
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• 제33권4호
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• pp.373-386
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• 2003

Scopolia s. str.(미치광이풀속) 및 그 근연속인 Anisodus, Atropanthe 등을 대표하는 8 분류군으로부터 얻은 14개체를 대상으로 핵 ribosome DNA의 ITS 염기서열 결정을 실시하였다. 그 결과 한반도 고유종인 S. parviflora(미치광이풀)은 ITS 전체 길이와 염기서열 변이에 있어서 근연종인 S. japonica와 매우 큰 차이가 있음이 밝혀졌다. 이와 같은 결과는 두 종을 동일시했던 대부분의 분류학적 견해와 배치되는 것이다. 한편, S. parviflora는 유럽에 격리분포하는 종인 S. carniolica와 더 가까운 계통유연관계를 나타냈다. S. japonica가 S. parviflora 및 S. carniolica와 높은 유전적 차이를 나타내는 것과는 대조적으로 매우 높은 형태적 유사성을 보이는 것은 이들이 오랜 격리기간에도 불구하고 유사한 생육환경에 처함으로 인해 형태진화가 지연되었거나 비슷한 형질을 갖는 방향으로 진화가 일어났을 것이라는 형태정체(morphological stasis) 개념으로 이해되었다. 다른 한반도 고유종인 S. lutescens(노랑미치광이풀)은 S. parviflora와 ITS 염기서열이 거의 동일하였고 계통수 상에서도 두 종에 속하는 개체들이 전혀 구분되지 않는 것으로 밝혀졌다. 자연개체군 내에서 이들 두 종을 구분하는 주요 식별형질들의 유용성도 결여되어 S. lutescens는 S. parviflora의 품종 혹은 단순한 개체 변이로 이해되었다. 한편, Scopolia속으로 최초 기재되었다가 화분의 형질에 의해 Anisodus속으로 이전되었던 A. carniolicoides는 A. luridus 및 A. tanguticus와 단계통군을 형성하였으며 Anisodus는 단형속인 Atropanthe와 자매군 관계를 형성하였다.

• 생명과학회지
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• 제24권11호
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• pp.1174-1179
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• 2014

본 연구는 감마선이 새로운 품종의 버섯을 개발하는데 이용 될 수 있는지 평가하기 위하여 수행하였다. 본 연구를 한국, 일본, 대만 등의 느티만가닥버섯 20종류, 한국 잿빛느티만가닥버섯 5종류, 일본 땅지만가닥버섯 등의 3품종과 돌연변이체의 유전적 변이를 분석하였다. 50~2,000 Gy의 감마선을 느티만가닥버섯 포자에 조사하였다. 포자를 이용한 돌연변이 유발의 감마선 적정선량은 50~500 Gy의 저준위선량이었다. 돌연변이 단핵균사를 교배하여 이핵균주를 만들었다. 돌연변이 균주와 재래종의 버섯들로부터 DNA를 추출하여 16S ribosomal DNA, ITS의 전부분 28S ribosomal DNA의 일부분이 포함된 ITS서열을 분석을 하였다. 분석한 ITS서열의 길이는 1,052~1,143 뉴클레오티드였다. Nei-Li's 방법에 의해 유전적 유연 관계계를 분석하였다. 느티만가닥버섯 품종들간의 비유사도는 0~3.5%였다. 또한 Neighbor-Joining (NJ)방법에 의해 계통수를 작성하였다. 그 결과 느티만가닥버섯의 품종간의 비유사도는 0~3.5%였다. 또한 23품종과 5 돌연변이 이 그룹의 ITS서열을 바탕으로 한 계통순는 12 cluster를 나타내었다. 돌연변이 균주들은 서로 다른 cluster를 형성하였다. 무작위적인 돌연변이가 발생하였음을 알 수 있었다. 이상의 연구결과들을 감마선이 버섯의 품종개량을 위한 수단이 될 수 있음을 보여주었다.

• 식물분류학회지
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• 제45권3호
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• pp.243-253
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• 2015

붓꽃속(Genus Iris)의 금붓꽃계열(Series Chinensis)은 극동아시아에 국한되어 분포하고 있으며 한국에는 총 6분류군이 자생하고 있다. 이는 크게 두 개의 주요 그룹 (각시붓꽃 complex와 금붓꽃 complex)으로 나뉜다. 본 연구에서는 팔공산에서 발견된 잡종추정개체들의 실체와 붓꽃속 금붓꽃계열 분류군간의 계통학적 유연관계를 규명하기 위해 핵 rDNA ITS와 엽록체 matK 유전자의 염기서열을 확보하여 분석하였다. 총 55개체로부터 얻은 106 개 ITS amplicon의 염기서열 및 군외군의 염기서열을 분석한 결과, 금붓꽃계열의 노랑무늬붓꽃, 노랑붓꽃, 금붓꽃 및 잡종추정군은 군외군과 구분되어 유집되었으나, 군내군 사이에서는 높은 다형성 염기서열이 관측되었다. ITS 계통수에서 잡종추정군의 일부는 노랑무늬붓꽃과 하나의 분계조를 나타내었고, 나머지 잡종추정군의 경우는 금붓꽃+노랑붓꽃과 분계조를 형성하였다. 한편 cpDNA의 경우 matK를 제외한 나머지 마커는 금붓꽃과 노랑붓꽃의 차이를 보여주지 못하였다. matK의 NJ 계통수에서 잡종추정군이 금붓꽃과 높은 Bootstrap 값으로 하나의 분계조를 형성하였으며, 염기서열이 일치하였다. 이 결과를 바탕으로 팔공산에서 발견된 잡종추정군의 모계는 금붓꽃이고 부계는 노랑무늬붓꽃이라는 가능성을 제시하였다.

• Weed & Turfgrass Science
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• 제4권1호
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• pp.18-25
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• 2015

DNA 바코드는 게놈 DNA의 단편을 이용해 형태적 지식없이 종을 동정하는 방법으로 전 세계적으로 최근에 많이 이용하고 있으며 고등식물에서는 엽록체 rbcL과 matK 유전자를 이용하고 있다. 본 연구에서는 표준 식물 바코드마커와 핵 ITS 부위를 이용하여 국내 포아풀아과 잡초 16속 29종 163생태형의 바코드 데이터를 생산하는 것을 목적으로 하였다. 더불어 포아풀아과의 바코드에서 각 마커의 효율성도 조사하였다. 바코드 결과 PCR 증폭과 염기서열 분석성공률은 rbcL에서 가장 높았으며 matK에서 가장 낮았다. 반대로 바코드 갭은 matK에서 가장 높은 반면 rbcL에서 가장 낮았으며, 종 식별 해상력은 matK에서 가장 높고, ITS에서 가장 낮았다. 그러나 바코드 갭과 종 식별 해상력이 가장 높은 matK를 포아풀아과에서 바코드 마커로 이용하는 것은 너무 낮은 PCR 증폭과 염기서열 분석성공률(58.3%) 때문에 고려해야할 것으로 생각된다. 단일마커로 rbcL과 ITS는 포아풀아과의 바코드에 적절하게 이용될 수 있으며, 두 마커를 조합으로 이용하면 공통으로 분석된 샘플에 따라 바코드 갭과 종 식별 해상력을 높일 수 있었다. 포아풀아과의 바코드데이터는 미국의 국립생물공학정보센터에 기탁하여 genbank 번호를 부여받아 공개하였다.

• 생명과학회지
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• 제21권7호
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• pp.992-996
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• 2011

독도에 자생하고 있는 식물의 뿌리로부터 내생진균의 분리를 시도하여, 동도로 부터 참억새, 돌피, 쇠무릎과 서도에서 갯별꽃 및 율무쑥등을 연구재료로 사용하였다. 총 21종의 내생진균을 분리하였고, universal primers ITS-1과 ITS-4를 사용하여 ITS 영역을 PCR로 증폭하여 동정하였다. 염기서열 분석결과, 동도에 자생하는 참억새에서는 Penicillium 속 균주가 75%, Aspergillus 균주가 25%, 분리되었고, 돌피에서는 Penicillium 속 균주가 55%, Aspergillus 속 균주가 30%, Zygorhynchus 속 균주가 15%가 분리되었으며, 쇠무릎에서는 Penicillium 속 균주가 50%, Aspergillus 속 균주가 12%, Gibberella 속 균주가 13%, Talaromyces 속 균주가 9%, Umbelopsis 속 균주가 8% 분리되었다. 서도에 자생하는 갯별꽃에서는 Penicillium 속 균주가 76%, Pestalotiopsis 속 균주가 24% 분리되었고, 율무쑥에서는 Penicillium 속 균주가 81%, Mucor 속 균주가 19% 분리되었다. Bioassay결과, 돌피에서 분리된 Ec-3-1균주가 식물생장촉진활성을 나타내었다. 그리고 독도의 5종류 식물에서 Penicillium 속의 내생진균이 가장 많이 존재함을 알 수 있었다.

• 생명과학회지
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• 제21권11호
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• pp.1619-1624
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• 2011

독도에 자생하고 있는 6 종류의 식물뿌리로부터 내생균을 분리하였다. 동도에서 갯제비쑥, 명아주, 까마중과 서도에서 도깨비쇠고비, 술패랭이 그리고 번행초를 연구재료로 사용하였다. 총 32 종의 내생균을 분리하였고, universal primers ITS1과 ITS4를 사용하여 ITS 영역을 PCR로 증폭하여 동정하였다. 염기서열 분석결과, 6 종류의 식물의 뿌리에서 모두 32종류의 다양한 내생균류를 분리 및 동정 할 수 있었다. 독도 자생식물인 갯제비쑥 4종, 명아주 8종, 까마중 3종, 도깨비쇠고비 3종, 술패랭이 3종, 번행초 11종의 내생균이 분리되었다. 내생균들의 배양여액은 식물생장촉진활성을 확인하기 위하여 난장이벼의 유묘에 처리되었다. 그 결과, 명아주에서 분리된 Ca-5-2-2 균주가 우수하게 식물생장촉진활성을 나타내었다. 그리고 독도에 자생하는 6종류의 식물에서 Penicillium sp.와 Fusarium sp. 그리고 Aspergillus sp.의 내생균이 가장 많이 존재함을 알 수 있었다.

• 식물분류학회지
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• 제37권2호
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• pp.115-129
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• 2007

제주도에 자생하는 희귀식물종인 황근(아욱과) 3개 집단을 대상으로 ITS 염기서열 변이와 ISSR 변이를 분석하는 방법으로 유전적 다양성을 조사하였다. 집단 1(북제주군 하도리 집단)에 포함된 18개체의 ITS 염기서열을 분석한 결과 총 14개 지점(다형 뉴클레오티드까지 포함하면 17개 지점)에서 뉴클레오티드 변이가 관측되었으며, 각 개체들은 최소 1개에서 최대 13개 뉴클레오티드 지점에서 염기서열의 차이를 보였다. 그러나 집단 2(남제주군 오조리 집단) 17개체와 집단 3(남제주군 세화리 집단) 17개체의 ITS 염기서열은 모두 동일한 것으로 확인되었다. ISSR 변이분석 방법에 의해 생산된 자료를 분석한 결과 역시, 집단 1이 집단 2와 3에 비해 상대적으로 더 높은 유전적 다양성 지표들을 나타내었다. 이와 같은 결과는 집단 2와 3의 형성 과정에서 극심한 유전적부동이 존재했었으며, 이후 인접 집단으로부터 이들 집단으로의 유전자 유입이 매우 제한적이었던 반면, 집단 1은 오랫동안 개체군이 안정적으로 유지되어왔기 때문으로 해석되었다. 우리나라에 자생하는 황근을 보존하기 위해서는 유전적 다양성이 월등히 더 높은 하도리 집단을 우선적으로 보존하는 것이 매우 중요하며, 만일 현지외 보존이 필요할 경우 하도리 집단에 포함된 개체를 집중적으로 활용하는 것이 더 효율적일 것으로 판단된다.