• 제목/요약/키워드: depth profile study

검색결과 432건 처리시간 0.029초

Survey of the Applications of NGS to Whole-Genome Sequencing and Expression Profiling

  • Lim, Jong-Sung;Choi, Beom-Soon;Lee, Jeong-Soo;Shin, Chan-Seok;Yang, Tae-Jin;Rhee, Jae-Sung;Lee, Jae-Seong;Choi, Ik-Young
    • Genomics & Informatics
    • /
    • 제10권1호
    • /
    • pp.1-8
    • /
    • 2012
  • Recently, the technologies of DNA sequence variation and gene expression profiling have been used widely as approaches in the expertise of genome biology and genetics. The application to genome study has been particularly developed with the introduction of the nextgeneration DNA sequencer (NGS) Roche/454 and Illumina/ Solexa systems, along with bioinformation analysis technologies of whole-genome $de$ $novo$ assembly, expression profiling, DNA variation discovery, and genotyping. Both massive whole-genome shotgun paired-end sequencing and mate paired-end sequencing data are important steps for constructing $de$ $novo$ assembly of novel genome sequencing data. It is necessary to have DNA sequence information from a multiplatform NGS with at least $2{\times}$ and $30{\times}$ depth sequence of genome coverage using Roche/454 and Illumina/Solexa, respectively, for effective an way of de novo assembly. Massive shortlength reading data from the Illumina/Solexa system is enough to discover DNA variation, resulting in reducing the cost of DNA sequencing. Whole-genome expression profile data are useful to approach genome system biology with quantification of expressed RNAs from a wholegenome transcriptome, depending on the tissue samples. The hybrid mRNA sequences from Rohce/454 and Illumina/Solexa are more powerful to find novel genes through $de$ $novo$ assembly in any whole-genome sequenced species. The $20{\times}$ and $50{\times}$ coverage of the estimated transcriptome sequences using Roche/454 and Illumina/Solexa, respectively, is effective to create novel expressed reference sequences. However, only an average $30{\times}$ coverage of a transcriptome with short read sequences of Illumina/Solexa is enough to check expression quantification, compared to the reference expressed sequence tag sequence.

남산에서의 임형과 토양 환경에 따른 서양등골나물의 분포 양상 (Distribution Pattern of Eupatorium rugosum in Various Forest Types and Soils in Mt. Namsan)

  • 길지현;심규철;전영문;이호준
    • The Korean Journal of Ecology
    • /
    • 제27권5호
    • /
    • pp.291-300
    • /
    • 2004
  • 서울 남산을 대상으로 임형과 토양 특성에 따른 서양등골나물의 출현과 분포에 대한 연구를 수행하였다. 서양등골나물은 자연환경보전법에 의한 환경부 고시 생태계위해외래식물로 광조건이 좋은 길가와 계곡의 교란된 지역을 중심으로 분포하고 있다. 서양등골나물군락은 소나무림과 아까시나무림 하층에 주로 출현하였으며, 신갈나무림과 잣나무림에서는 거의 출현하지 않았다. 서양등골나물군락의 초본층 식별종은 주름조개풀과 담쟁이덩굴이었다. 서양등골나물의 피도와 우점수종의 피도는 음의 상관을 나타내었으나, 통계적으로는 유의미한 차이를 보이지 않았다(ANOVA, p>0.05). 토양함수량, 유기물 함량, 수소이온농도, 표층의 두께(F-H layers)등 토양 환경 특성과 서양등골나물의 출현과의 관련성을 조사한 결과, 서양등골나물이 출현한 군락에서 토양함수량 및 유기물 함량, 수소이온농도가 서양등골나물이 출현하지 않은 군락보다 다소 높았으나 유의한 차이를 나타내지 않았다. 반면에, 표층(F-H층)의 두께와 서양등골나물의 피도는 강한 음의 상관을 나타내었다(p<0.05).

치료용 전자선 계측을 위한 1차원 광섬유 방사선량계의 제작 및 특성분석 (Fabrication and Characterization of a One-dimensional Fiber-optic Dosimeter for Electron Beam Therapy Dosimetry)

  • 장경원;조동현;신상훈;유욱재;전재훈;이봉수;문주현;박병기
    • 한국의학물리학회지:의학물리
    • /
    • 제19권4호
    • /
    • pp.285-290
    • /
    • 2008
  • 본 연구를 통하여 개발된 1차원 광섬유 방사선량계는 PMMA 팬텀에 10개의 광섬유 방사선 선세를 배열하여 제작하였다. 1차원 광섬유 방사선량계를 구성하는 각각의 광섬유 방사선 센서는 플라스틱 광섬유와 유기섬광체로 구성되어 있다. 각각의 유기섬광체는 치료용 선형가속기에서 발생되는 고 에너지 방사선에 의해 섬광빛을 방출하고 방출된 섬광빛은 플라스틱 광섬유를 통하여 광 계측장비인 다채널의 포토다이오드 증폭 시스템으로 전달된다. 본 연구에서는 1차원 광섬유 방사선량계를 이용하여 에너지와 조사야의 크기에 따른 치료용 전자선의 1차원적 선량분포를 측정하였고 섬광체의 광신호 측정에 있어 방해요소로 작용하는 체렌코프 빛을 전자선의 입사각도에 따라 계측 및 분석하였다. 또한 PMMA 팬텀의 깊이에 따른 선량을 계측함으로써 3차원적 심부선량백분율을 측정하였고 그에 따른 등선량곡선을 도시화하였다. 본 연구를 통하여 개발된 1차원 광섬유 방사선량계는 고 분해능, 실시간 측정, 쉬운 보정 등 많은 장점을 가지고 있다.

  • PDF

Fe/Au 이중층의 응집현상을 이용한 FePd 나노 점 형성에 관한 연구 (Study on Formation of FePd Nano-dot Using Agglomeration of Fe/Au Bilayer)

  • 구정우;김재민;류동훈;최범진;김동우;이두헌;김은일;미타니 세이지;가미코 마사오;하재근
    • 한국진공학회지
    • /
    • 제20권1호
    • /
    • pp.7-13
    • /
    • 2011
  • 자기조립화된 Fe/Au 이중층 위에 $L1_0$형 구조를 갖는 FePd 나노 점을 성공적으로 제작하였다. AFM를 이용하여 초기에 편평한 Fe/Au 이중층 박막이 온도가 증가함에 따라서 응집되어 나노 점 구조로 변형되는 것을 확인하였다. 또한 형성된 이중층위에 FePd 다층막을 $300^{\circ}C$, $350^{\circ}C$, $400^{\circ}C$, $450^{\circ}C$에서 각각 증착하였다. 초격자 구조를 갖는 FePd 다층막의 표면형상은 응집현상에 의하여 자기조립화된 이중층의 형상과 유사하였다. XRD 측정결과, $350^{\circ}C$ 이상에서 열처리된 FePd 다층막은 $L1_0$형 구조를 갖는다는 것을 확인하였다. 그리고 박막두께에 따른 XPS 측정결과는 전체 박막의 화학적 조성이 증착순서와 일치하는 것을 보여주었다. 결과적으로 추가적인 식각공정 없이 화학적으로 규칙화된 FePd 초격자 나노 점의 제작에 성공하였다.

Oxygen Plasma Effect on AlGaN/GaN HEMTs Structure Grown on Si Substrate

  • Seo, Dong Hyeok;Kang, Sung Min;Lee, Dong Wha;Ahn, Du Jin;Park, Hee Bin;Ahn, Youn Jun;Kim, Min Soo;Kim, Yu Kyeong;Lee, Ho Jae;Song, Dong Hun;Kim, Jae Hee;Bae, Jin Su;Cho, Hoon Young
    • 한국진공학회:학술대회논문집
    • /
    • 한국진공학회 2013년도 제44회 동계 정기학술대회 초록집
    • /
    • pp.420-420
    • /
    • 2013
  • We investigated oxygen plasma effect on defect states near the interface of AlGaN/GaN High Electron Mobility Transistor (HEMT) structure grown on a silicon substrate. After the plasma treatment, electrical properties were evaluated using a frequency dependant Capacitance-Voltage (C-V) and a temperature dependant C-V measurements, and a deep level transient spectroscopy (DLTS) method to study the change of defect densities. In the depth profile resulted from the temperature dependant C-V, a sudden decrease in the carrier concentration for two-dimensional electron gas (2DEG) nearby 250 K was observed. In C-V measurement, the interface states were improved in case of the oxygen-plasma treated samples, whereas the interface was degraded in case of the nitrogen-plasma treated sample. In the DLTS measurement, it was observed the two kinds of defects well known in AlGaN/GaN structure grown on sapphire substrate, which have the activation energies of 0.15 eV, 0.25 eV below the conduction band. We speculate that this defect state in AlGaN/GaN on the silicon substrate is caused from the decrease in 2DEG's carrier concentrations. We compared the various DLTS signals with filling pulse times to identify the characteristics of the newly found defect. In the filling pulse time range under the 80 us, the activation energies changed as the potential barrier model. On the other hand, in the filling pulse time range above the 80 us, the activation energies changed as the extended potential model. Therefore, we suggest that the found defect in the AlGaN/GaN/Si structure could be the extended defect related with AlGa/N/GaN interface states.

  • PDF

덕음광산 선광광미와 주변토양의 중금속에 대한 수평.수직적인 분산에 관한 연구 (A Study on the Horizontal and Vertical Distribution of Heavy Metal Elements in Slime Dump from Dukum Mines, Korea)

  • 박영석
    • 자원환경지질
    • /
    • 제33권2호
    • /
    • pp.91-100
    • /
    • 2000
  • It has been more than ten years since Dukun mine was abandoned. Tailings of waste deposits and slime dumps in the abandoned Dukum mine have been left to be deserted for fifty years. The results of fifty years of neglecting are nothing short of major environmental problems. Slime dumps have been exposed to air and water in the mine over ten years and then soil profile has been formed well. Soil in the upper layer (A horizon) is the light gray color due to the leaching of cations. Soil in the lower layer (A2 horizon, 0.2∼0.3m)is tinted with reddish brown and yellowish brown color due to the development of iron oxides and iron hydroxides. Soil in the lower part of B horizon of (1.0∼3.0m) with the growth of copper and zinc oxides exposes to the bluish green, light blue, and dark gray. Ranging from 3m to 8m in depth, 85 samples were taken from 22 sampling sites with 50m intervals located on the slime dump area with hand auger and trench (open cut). As tailings was distributed, heavy metal elements extracted by the process of surface water and ground water move and disperse in to the hydrosphere. Waste dumps were distributed in and around the mine and water draining from those dumps be a potential source of contamination. Soils, thus, can be dispersed into downslope and downstream through wind and water by clastic movement. These materials may be deposited in another horizon if the water is withdrawn, or if the materials are precipitated as a result of differences in pH, or other conditions in deeper horizons. These were primarily associated with acid mine drainage. The characteristics and rate of release of acid mine drainage are influenced by various chemical and biological reactions at the source of acid generations. Prolonged extration of heavy metal elements has a detrimental effect on the agricultural land and residental area. Twenty soil samples were collected from the agricultural land in the area (0∼30 cm). Seventeen samples were also taken from the sediment in the stream running alongside the dumps. The dispersion patterns of heavy metal elements are as follows: The content of As ranged 2∼6 ppm in a horizon, 20∼125 ppm in B horizon with large amount of clay mineral is concentrated and the content of Cd ranged 1∼2 ppm in A horizon, 4∼22 ppm in B horizon. Like Cd, the content of As, Cu, Zn, Pb in B horizon is higher than that in A horizon (approximately 5∼100 times). When soil formation proceeds in stages, it is necessary to investicate the B horizon with the concentration of heavy metal and preventive measures will have to established.

  • PDF

Age Dating and Paleoenvironmental Changes of the Kunang Cave Paleolithic Site

  • Yum, Jong-Kwon;Lee, Yung-Jo;Kim, Jong-Chan;Kim, In-Chul;Kim, Ju-Yong
    • 한국제4기학회지
    • /
    • 제17권2호
    • /
    • pp.145-148
    • /
    • 2003
  • The Kunang cave paleolithic site is located at Tanyang [$N37^{\circ}2'$, $128^{\circ}21'E$], Chungbuk Province, which is in the Central part of the Korean peninsula. The cave is developed at 312 amsl in a karstic mountainous area. The South Han River flows across this region and other caves can also be found near the river. The site was discovered in 1986 and excavated 3 times by the Chungbuk National University Museum until now. The cave was wellpreserved from modem human activities until the first discovery. The full length of the cave is estimated to be ca. 140 m. However, a spacious part up to 11 m from the entrance has been excavated. Eight lithological units are divided over the vertical profile at a depth of 5 m. Each unit is deposited in ascending order as follow: mud layer (Unit 9), lower complex (Unit 8) which is composed of angular blocks and fragments with a muddy matrix, lower travertine layer (Unit 7; flowstone), middle complex (Unit 6; cultural layer) which is composed of fragments with a muddy matrix, middle travertine layer (Unit 5; flowstone), yellowish muddy layer (Unit 4), upper complex (Unit 3; cultural layer) which has a similar composition to Unit 8. the upper travertine layer (Unit 2; flowstone), and finally surface soil layer (Unit 1). The most abundant vestiges in the cultural layers are the animal bones. They are small fractured pieces and mostly less than 3 cm in length. About 3,800 bone pieces from 25 animal species have been collected so far, 90 percent of them belonging to young deers. Previous archaeological study of these bone pieces shows thatprehistoric people occupied the cavenot for permanent dwelling but for temporary shelter during their seasonal hunting activity. More extensive studies of these bones together with pollen analysis are in progress to reconstruct the paleoenvironment of this cave. Only a single date (12,500 BP) obtained from a U-Th measurement of the upper travertine layer was previously available. In spite of the importance of the cave stratigraphy, there was no detail chronological investigation to establish the depositional process of the cultural layers and to understand the periodic structure of the cave strata, alternating travertine floor and complex layers. We have measured five 14C age dating (38900+/-1000, 36400+/-900, 40600+/-1600, more than 51000 and 52000 14C BP) using Seoul National University 14C AMS facility, conducted systematic process of the collagen extraction from bone fragments samples. From the result, we estimate that sedimentation rate of the cave earth is constant, and that the travertine layers, Unit 2 and Unit 3, was formed during MIS 5a(ca. 80 kBP) and MIS 5c (ca. 100 kBP) respectively. The Kunang Cave site is located at Yochonli of the region of Danyang in the mid-eastern part of Korea. This region is compased of limestones in which many caves were found and the Nam-han river flows meanderingly. The excavations were carried out three times in 1986, 1988, and 1998.

  • PDF

돈분(豚糞)에서 유래(由來)한 질산태질소(窒酸態窒素)의 토양(土壤)중 행동(行動) (Behavior of NO3-N Derived from Pig Manure in Soil)

  • 윤순강;유순호
    • 한국토양비료학회지
    • /
    • 제29권4호
    • /
    • pp.353-359
    • /
    • 1996
  • 돈분(豚糞)에서 유래(由來)한 질소의 토양 중 행동을 구명하고자 사양토와 양토를 공시하여 무저(無低) PVC 포트(직경 20cm, 높이 100cm) 조건에서 토양침투수 채취용 ceramic cup tube를 설치하고 시험을 실시하였다. 가축분은 생돈분과 발효돈분을 공시하여 0, 50, 100톤/ha수준으로 처리하였으며 옥수수재배에 의한 질산태질소 이동에 미치는 요인분석을 위하여 양토(壤土)에 한하여 옥수수를 공시 작물로 재배하면서 나지구(裸地區)와 비교(比較)하였다. 토양깊이 90cm에서 채취한 침투수의 질산태질소 농도는 돈분시용량이 많을수록 증가하였고 토성별(土性別)로는 사양토 보다 양토에서 돈분(豚糞)의 부숙상태별로는 생돈분에 비하여 발효돈분에서 높았다. 옥수수 재배지에서 침투수의 질산태질소 농도는 동일량의 돈분이 처리된 나지구에 비하여 64.6-68.9% 가 감소되었다. 침투수에 양(陽)이온들의 농도는 돈분시용량이 많을수록 증가하였으며 옥수수 재배구에서는 침투수의 양이온 농도가 나지에 비하여 현저히 감소되었다. 침투수(浸透水)에 질산태질소(窒酸態窒素) 농도가 증가할수록 Ca, Mg, Na 농도는 증가하여 이들 양이온들이 돈분유래 질산태질소와 동반용탈(同伴溶脫)되는 경향을 보였다. 침투수(浸透水)의 질산태질소 당량에 대한 양이온들의 당량비는 돈분시용량이 많을수록 증가하였으며 사양토(砂壤土) 양토(壤土) 공히 돈분시용량이 많을수록 심토 중에 질산태질소 농도가 증가되었다.

  • PDF

스포츠마케터 인재양성을 위한 역량기반 융합형 교육과정 개발 (Developing Competency Based Integrated Curriculum for Fostering Sports Marketer in Sports Industry)

  • 김진세;안재한;김미숙
    • 디지털융복합연구
    • /
    • 제16권6호
    • /
    • pp.449-462
    • /
    • 2018
  • 이 연구는 스포츠산업 분야 인재인 스포츠마케터 양성을 위한 역량기반 융합형 교육과정을 개발하는데 있다. 이를 위해 문헌조사, 심층인터뷰 및 직무분석을 실시하여 스포츠마케터가 되기 위한 필요 역량을 도출하고 역량 프로파일을 작성한 다음 전문가 검증을 거쳐 역량모델을 개발하였다. 스포츠마케터 역량모델은 경력유형별로 스포츠마케팅/PR과 스포츠이벤트로 구분하였으며 공통기본역량은 스포츠마인드 등 6개, 전문역량은 스포츠스폰서십 등 12개로 나타났다. 역량모델을 기반으로 개발된 스포츠마케터 교육과정은 스포츠산업의 이해, 스포츠마케팅커뮤니케이션, 스포츠관련 법률, 스포츠시설의 이해, 스포츠시설의 경영, 스포츠스폰서십, 스포츠미디어, 스포츠라이선싱, 스포츠에이전트, 이벤트 기획, 이벤트 운영, 제안서 작성법, 스포츠이벤트 현장실습으로 구성되었다. 개발된 스포츠마케터 양성 교육과정은 스포츠산업 관련 대학, 민간교육 기관에 활용되어 스포츠산업 인재 양성 및 보급에 기여할 것이다.

메탄 하이드레이트 부존 퇴적층으로부터 획득한 수직탄성파 (VSP) 자료에서의 탄성파 진폭 감쇠 (Seismic attenuation from VSP data in methane hydrate-bearing sediments)

  • 송도 윤
    • 지구물리와물리탐사
    • /
    • 제10권1호
    • /
    • pp.29-36
    • /
    • 2007
  • 최근의 탄성파 탐사들은 퇴적층에 메탄 하이드레이트가 존재할 경우 탄성파 진폭 감쇠에 큰 영향을 미치는 것을 보여주고 있다. 이 논문에서는 일본 중부 토카이(Tokai) 해역의 난카이 트러프 (Nankai Trough) 탐사정에서 얻은 수직탄성파자료를 이용하여 30$\sim$110 Hz 주파수 대역에서 메탄 하이드레이트 부존층에서의 P 파 감쇠를 측정하였다. 두 개의 다른 측정방법들 (스펙트럼비 (spectral ratio) 방법과 중심 주파수 이동방법 (centroid frequency shift method))을 이용하여 감쇠 측정의 유효성을 조사하였다. 또한 감쇠 측정의 안정성을 증명하기 위해 측정 심도구간, 시추공의 불규칙 변화, 주파수 구간에 따른 감쇠 분석의 민감도를 조사하였다. 탄성파 주파수 대역에서는 메탄 하이드레이트 부존층에서 P 파의 큰 진폭 감쇠는 발견되지 않았다. 육안으로 보기에는 탄성파 주파수 대역에서의 최대 감쇠는 저포화도의 가스층에 발생한다. 그와는 반대로 같은 시추공에서 얻어진 음파검층의 주파수 대역 $(10{\sim}20\;kHz)$에서는 가장 높은 P 파의 진폭 감쇠가 메탄 하이드레이트 부존층과 관련이 있었다. 그러므로 이 연구는 메탄 하이드레이트 부존 퇴적층의 진폭 감쇠가 주파수에 의존함을 보여주고 있다. 메탄 하이드레이트 부존층은 탄성파 주파수 대역보다는 음파검층 주파수 대역에서 진폭 감쇠를 유발함을 알 수 있다. $30{\sim}110\;Hz$의 탄성파 주파수 대역이 메탄 하이드레이트 부존에 영향을 받지 않는 이유 중의 하나로서 메탄 하이드레이트 지역의 얇은층 들로 이루어진 층서구조의 영향을 제시하였다.