• 한국작물학회지
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• 제54권3호
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• pp.332-338
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• 2009

Rapid extension of genomic database leads to the remarkable advance of functional genomics. This study proposes a novel methodology of functional analysis using 5-methyltrytophan (5 MT) mutant together with their 2-DE analysis and public microarray database. A total of 24 proteins was changed in 5 MT mutant and four remarkably different expressed proteins were identified. Among them, three spots were converted to Affymetrix probe. A total of 155 microarray samples from Gene Expression Omnibus (GEO) in NCBI was retrieved and followed by constructing gene co-expression networks over a broad range of biological issues through Self-Organising Tree Algorithm. Three co-expressing gene clusters were retrieved and each functional categorization with differential expression pattern was exhibited from 5 MT resistance mutant rice. It was indicated new co-expression networks in the mutant. This study suggests that on investigating possibility which correspond 2-DE to microarray database with their full potential.

• 한국자원식물학회지
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• 제19권1호
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• pp.174-179
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• 2006

본 연구에서는 인삼 잎으로부터 정제한 mRNA를 이용하여 cDNA library를 제작하였다. 이 cDNA library로 부터 349개의 에너지 대사 관련 유전자를 선발 하였다. 에너지 대사 관련 유전자의 평균 사이즈는 0.49 kb이며, 에너지 관련 유전자들의 세부 기능별 발현을 분석한 결과 aerobic respiration(48.4%), accessory proteins of electron transport and membrane associated energy conservation(17.2%), glycolysis and gluconeogenesis(3.4%), electron transport and membrane associated energy conservation(2.9%), respiration(2.0%), glycolysis methylglyoxal byp-ass(1.7%), metabolism of energy reserves(0.6%)와 alcohol fermentation(0.3%)의 분포를 보였다. 인삼 잎에서 발현되는 유전자중 가장 많이 발현된 Chlorophyll a/b binding protein of IhcII type I(36.6%), Photosystem II oxygen-evolving complex protein(6.6%) 등이 발현되었다.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2018년도 추계학술대회
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• pp.92-92
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• 2018

Silene seulensis Nakai was used as traditional medicines in Korea, we collected plant from demilitarized zone (DMZ). S. seulensis was extracted with 30, 50, and 70% ethanol and partitioned successively with n-hexane, EtOAc, dichloromethane and BuOH. These extracts (30, 50 and 70% ethanol) were evaluated the cytotoxicity on B16F10 and Hacat cell lines. The LC-MS/MS data of each fractions (n-hexane, EtOAc, dichloromethane, and BuOH) were compared with MS library, combined with ultraviolet/visual (UV/Vis) and MS data for faster determine structure by database search results. This led to the identification of four compounds (1-4) from S. seulensis. These compounds was isolated first time from S. seulensis. Their chemical structures are elucidated by combinations of NMR and mass spectrometry techniques.

• Bioinformatics and Biosystems
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• 제2권1호
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• pp.24-27
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• 2007

Human cell regulatory mechanism is one of suspicious problems among biologists. Here we tried to uncover the human breast cancer cell regulatory mechanism from gene expression data (Marc J. Van de vijver, et. al., 2002) using a module network algorithm which is suggested by Segal, et. al.(2003) Finally, we derived a module network which consists of 50 modules and 10 tree depths. Moreover, to validate this candidate network, we applied a GO enrichment test and known transcription factor-target relationships from Transfac(R) (V. Matys, et. al, 2006) and HPRD database (Peri, S. et al., 2003).

• 로봇학회논문지
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• 제11권3호
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• pp.133-139
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• 2016

Increasing interest of human health, building bio-database (Bio DB) has been become a hot issue in life science. Consequently, Single Cell Analysis (SCA) which can explain biodiversity of lives has been a significant factor for building Bio DB. In numerous studies from these analyses, they have been showed that mechanical properties of cells can serve explanation of biological heterogeneity and criterion of disease states. Therefore, measuring mechanical properties of cells have great potential to be used in bio-medical applications. However, traditionally, many researchers have undergone difficult and time consuming work because handling small sized cells usually requires high-skilled technique. Thus, this paper shows robotized stiffness measurement technique using fixed ended beam sensor, precision motorized stage and substrate which have wall structure.

• 한국정보통신학회:학술대회논문집
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• 한국정보통신학회 2021년도 추계학술대회
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• pp.211-212
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• 2021

최근 건강에 대한 관심이 증가하며 다양한 생체정보를 수집할 수 있는 웨어러블 시장이 확대되고 있다. 또한 이러한 생체신호를 통한 원격의료와 헬스케어 서비스가 보편화될 것으로 예상된다. 본 논문에서는 IoT 장비를 통해 수집한 생체신호를 데이터베이스에 저장 및 웹을 통해 실시간 모니터링이 가능한 서비스를 소개한다. 생체 데이터의 수집 및 저장과 실시간 모니터링을 시스템을 구현함으로 다양한 건강관리 진단에 활용될 수 있다.

• 한국산업정보학회:학술대회논문집
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• 한국산업정보학회 2007년도 춘계학술대회
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• pp.163-167
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• 2007

We propose an XML document storage system, called XDMS (XML Document Management System), by using an object-relational DBMS. XDMS generates object database schema from XML Schema and stores the XML documents in an object-relational database. SAX parser is used for understanding the structure of the XML documents, and XDMS transforms the documents into objects in the database. Experiment shows that object-relational databases provide more efficient storage and query model compared with relational databases.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2012년도 한국컴퓨터종합학술대회논문집 Vol.39 No.1(C)
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• pp.166-168
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• 2012

바이오 문헌으로부터의 의미 있는 객체 추출 및 상호작용 관계 추출은 수 많은 바이오 문헌으로부터 유용한 정보를 얻기 위한 필수적인 과정이다. 특히 문헌으로부터 유전자 또는 단백질 이름과 같은 바이오 객체를 정확하게 인지하는 것은 새로운 객체인식의 어려움과 객체를 찾기 위한 특징 패턴의 다양성으로 인해 도전적인 과제로 남아있다. 본 논문에서는 전처리 과정을 거친 문헌 데이터로부터 12개의 의미 있는 속성들을 선택하였다. 선택된 속성에 데이터마이닝 기법중 하나인 속성 추출 기법을 적용하여 객체를 분류하는데 있어 의미 있는 속성들을 추출하였다. 특징 추출 방법과 분류 알고리즘이 분류 성능에 미치는 영향을 평가하기 위해 각 방법의 정확도를 사용하여 분류 성능을 비교였으며, Gain Ratio Attribute Evaluation과 Symmetrical Uncertainty Attribute Evaluation 기법에 의해 추출된 속성이 가장 정확한 분류 성능을 보여주었다.

• 한국정보통신학회:학술대회논문집
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• 한국정보통신학회 2015년도 춘계학술대회
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• pp.768-770
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• 2015

유전체 염기서열 분석비용이 크게 감소하면서 유전체 정보 생산이 본격화됨에 따라 시스템 생물학 기반의 통합 및 표준화된 오믹스 데이터베이스 구축이 필요하다. 이에 따라 현재 진행중인 연구 수행의 결과로 얻어진 차세대유전체서열(NGS) 및 전사체(transcriptome) 등의 대용량 정보를 수집하였고 이를 표준화 형식에 맞춰 농업생명공학정보센터(NABIC)에 등록하였다. 또한 농업생명자원 생물정보를 품목별, 개체별로 통합 저장소를 구축하였으며 농업생명자원 생물정보를 품목별, 개체별로 통합 저장소를 구축하였다. 농업생명공학정보센터 오믹스 정보등록시스템 서비스와의 연계 및 확충작업을 하기위해 시스템 기능 개선 및 유지보수 작업을 수행하였다.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.109.1-109
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• 2003

From the PMMV (pepper mild mottle virus)-inducible ESTs differentially expressed in Capsicum chinense PI257284, we isolated a full-length cDNA (CcPHZF： Capsicum chinense phenazine), encoding a phenazine biosynthesis protein which catalyzes the hydroxylation of phenozine-1-carboxylic acid to 2-hydroxyphenazine-1-carboxylic acid. Phenazine compound has been known to exhibit broad-spectrum of antibiotic activity against various species of bacteria and fungus. The entire region of CcPHZF is 879 bp in length and the open reading frame predicted a polypeptide of 292 amino acids. The homolog of CcPHZF is not Present in database except clones of AC004044 and NM100203 from Arabidopsis with 58 and 59％, respectively. Genomic Southern analysis indicated that the pepper genome contains a single copy of CcPHZF. The CcPHZF was strongly induced in the pepper leaves 3 days after PMMV treatment, when HR occurs on the leaf surface. Characterization of CcPHZF is underway to investigate if the CcPHZF is related to disease resistance against pathogens.