• Mass Spectrometry Letters
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• 제10권4호
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• pp.117-122
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• 2019

This study demonstrated the sensitivity of electron capture dissociation mass spectrometry (ECD-MS) to probe subtle conformational changes in gaseous melittin ions induced by the substitution of an amino acid. ECD-MS was performed for triply and quadruply-protonated melittin and its variants obtained by a single amino acid substitution, namely, D-Pro14, Pro14Ala, and Leu13Ala. Although native triply-protonted melittin showed only a few peptide backbone cleavage products, the D-Pro14 and Pro14Ala variants exhibited extensive backbone fragments, suggesting the occurrence of a significant structural or conformational change induced by a single amino acid substitution at Pro14. On the contrary, the substitution at Leu13, namely Leu13Ala (+3), did not cause significant changes in the ECD backbone fragmentation pattern. Thus, the sensitivity of ECD-MS is demonstrated to be good enough to probe the aforementioned conformational change in melittin.

• Interdisciplinary Bio Central
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• 제6권4호
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• pp.3.1-3.10
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• 2014

Amino acid substitution matrices are essential tools for protein sequence analysis, homology sequence search in protein databases and multiple sequence alignment. The PAM matrix was the first widely used amino acid substitution matrix. The BLOSUM series then succeeded the PAM matrix. Most substitution matrixes were developed by using the statistical frequency of substitution between each amino acid at blocks representing groups of protein families or related proteins. However, substitution of amino acids is based on the similarity of physiochemical properties of each amino acid. In this study, a new approach was used to obtain major physiochemical properties in multiple sequence alignment. Frequency of amino acid substitution in multiple sequence alignment database and selected attributes of amino acids in physiochemical properties database were merged. This merged data showed the major physiochemical properties through principle components analysis. Using factor analysis, these four principle components were interpreted as flexibility of electronic movement, polarity, negative charge and structural flexibility. Applying these four components, BAPS was constructed and validated for accuracy. When comparing receiver operated characteristic ($ROC_{50}$) values, BAPS scored slightly lower than BLOSUM and PAM. However, when evaluating for accuracy by comparing results from multiple sequence alignment with the structural alignment results of two test data sets with known three-dimensional structure in the homologous structure alignment database, the result of the test for BAPS was comparatively equivalent or better than results for prior matrices including PAM, Gonnet, Identity and Genetic code matrix.

• Bioinformatics and Biosystems
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• 제2권1호
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• pp.7-11
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• 2007

하나의 아미노산이 다른 아미노산으로 바뀌는 가능성을 계통학적인 나무를 이용해서 치환행렬로 만들었다. PFMT(Phylogenetic Focused Mutaion Tendency)행렬은 기존의 PAM160이나 BLOSUM62와 다르게 공통조상으로부터 상위 종으로 치환되는 가능성을 점수화 하였다. COGs의 데이터베이스에 있는 152KOGs를 뽑아서 아미노산의 치환횟수를 점수화하였다. PFMT 행렬은 어떤 서열보다 더 상위 종의 서열을 비교할 때 유용하게 쓰일 수 있으며 2개의 아미노산간의 치환 관계를 더 자세하게 볼 수 있게 한다.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제26권6호
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• pp.989-992
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• 2005

Dynamic kinetic resolution of $\alpha$-bromo carboxylic acid derivatives in nucleophilic substitution with chiral $\alpha$-amino ester nucleophiles in the presence of TBAI and DIEA has been investigated for stereoselective syntheses of 1,1'-iminodicarboxylic acid derivatives. Nucleophilic substitutions with various chiral $\alpha$-amino esters gave iminodiacetates 2-8 with stereoselectivities up to 87 : 13 dr. Also, the reactions of N-($\alpha$-bromo-$\alpha$-phenylacetyl)-L-alanine methyl ester with L-alanine, D-alanine and glycine methyl ester nucleophiles afforded N-carboxyalkyl dipeptide analogues 10-12 up to 90 : 10 dr.

• Journal of Microbiology
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• 제45권1호
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• pp.75-78
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• 2007

Nucleotide and amino acid substitution pattern in vif gene of the Korean clade of HIV-1 isolated from Koreans were analyzed using consensus sequences. At nucleotide level, transition/transversion substitution ratio was 1.88, and nonsynonymous/synonymous substitution ratio was 2.67, suggesting a divergent evolution in the Korean clade. At amino acid level, there were 17 substitutions and $G{\rightarrow}E$ substitution at position 37 may be responsible for change in predicted secondary structure.

• 한국미생물학회:학술대회논문집
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• 한국미생물학회 2006년도 International Meeting of the Microbiological Society of Korea
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• pp.129-131
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• 2006

Through molecular phylogenetic analysis using the nef gene sequences of HIV-l isolated from Korean registered in the NCBI GenBank together with 41 reference strains and 94 foreign isolates, we verified that most (${\sim}80%$) of Korean isolates belonged to subtype B and 78% of subtype B were clustered together exclusively of foreign isolates, and this cluster was named Korean clade subtype B ($K_cB$). Similarity study suggested that the $K_cB$ cluster was more homogeneous than and clearly distinctive from the non-Korean subtype B ($NK_cB$). Comparison of the consensus amino acid sequences of the $K_cB\;or\;NK_cB$ revealed characteristic $K_cB$ signature amino acid pattern comprised of 13 amino acid residues. The $K_cB$ signature amino acid residues were critical in separating the $K_cB$ ftom the $NK_cB$, since substitution of the $NK_cB$ sequences with $K_cB$ signature amino acids relocated them to the Koran clade, and vice versa. Synonymous and nonsynonymous substitution rate study suggested positive selection event for the $K_cB$.

• 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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• 제34권7호
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• pp.595-602
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• 2007

본 논문에서는 미지의 아미노산 서열이 신호 펩티다제 I에 의해 절단되는 분비성 단백질인지를 판별하고, 분비성 단백질일 경우에는 절단 위치를 예측하는 방법을 제안한다. 아미노산의 소수성을 이용한 전처리를 수행하여 분비성 단백질의 선도서열인 신호서열의 존재와 절단 위치를 추정한다. 전처리를 통해서 신호서열 아닌 서열을 초기에 제외함으로써 신호서열 예측의 정확도를 높인다. 지지벡터기계를 신호서열의 예측에 효과적으로 적용하기 위해서, 생물학적 정보와 관련된 아미노산 서열간의 거리를 제안한다. 아미노산의 세포내 위치를 예측할 수 있는 소수성 척도와 아미노산의 진화적인 관계를 나타낼 수 있는 치환행렬을 이용하여 아미노산 서열간의 거리를 정의한다. Swiss-Prot release 50 단백질 자료에 대하여 교차타당성 기법을 사용하여 실험한 결과 제안한 방법은 신호서열중에 98.9%를 신호서열로 판별하였고, 88%의 절단위치 예측정확도를 보였다. 기존의 방법과의 비교실험을 통해서 제안한 방법이 신호서열의 예측에 더욱 효과적임을 확인하였다.

• 대한화장품학회지
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• 제42권4호
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• pp.433-440
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• 2016

본 연구에서는 수용액상에서 자기조립 나노입자를 형성할 수 있는 레티노익산이 접목된 양친성 폴리아미노산 유도체를 합성하였다. 합성한 양친성 폴리아미노산은 레티노익산의 접목도가 각각 5, 10, 30 mol%가 되도록 조절하였다. 수용액 상에서 양친성 폴리아미노산은 소수성 레티노익산의 분자 결합에 의해 안정한 자기조립 나노입자를 형성하였다. 자기조립 나노입자는 레티노익산의 접목도가 증가할수록 크기는 작아지고 형태는 구형에서 이중층 구조로 전이되었다. 또한 접목도가 10%일 때, 자기조립 입자의 구조 붕괴 없이 레티놀의 포집 및 전달이 가장 효과적인 것을 확인하였다. 접목도가 제어된 자기조립입자는 레티놀을 안정적으로 포집할 수 있기 때문에 주름개선제 및 다양한 기능성 화장품 전달체로 활용될 수 있다.

• 약학회지
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• 제47권5호
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• pp.276-282
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• 2003

For the development of new synthetic method for unnatural amino acid esters, N-aryl phenylglycine Ο-alkyl esters 4a∼i were synthesized through esterification, bromination, C-N bond formation from commercially available phenylacetic acids. An efficient and practical reaction condition for esters 2a∼c was that the starting materials 1a∼c were refluxed in absolute methanol for 3 hours with catalytic concentrated hydrosulfuric acid. In addition, bromines 3a∼c were formated for 3h in dichloromethane at rt with N-bromosuccinimide. Bromines 3a∼c were also converted to 4a∼i through substitution of arylamines during refluxing for 24 hours in ethanol with triethylamine. Interestingly, ethyl esters 5a∼c were formed via transesterification reaction when the p-sulfamylanilino group was used as a nucleophile in ethanol solvent.

• 한국응용과학기술학회지
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• 제37권6호
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• pp.1597-1604
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• 2020

본 연구에서는 발린분자가 접목된 고차구조 폴리아미노산 자기조립체를 활용하여 피부성장인자의 피부활성에 관한 연구를 진행하였다. 친수성 폴리아미노산 유도체에 베타-시트를 형성할 수 있는 발린 분자를 접목하여, 접목도(degree of substitution)와 중합도(degree of polymerization)가 조절된 양친성 폴리아미노산을 합성하였다. 고차구조 폴리아미노산과 함께 자기조립 되었을 때 상피세포성장인자는 프로콜라겐 생합성이 20% 향상되었고 티로시나아제 활성 저해능은 6.5배 증가함을 확인하였다. 고차구조 폴리아미노산 자기조립체를 활용하면 다양한 단백질 성장인자의 구조 안정성을 확보하여 효과적인 피부개선이 가능한 기능성 화장품 물질뿐만 아니라 나아가 의약품으로도 사용 가능하리라 기대된다.