• 한국토양비료학회지
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• 제33권4호
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• pp.275-282
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• 2000

고추 시설 재배지 토양, 근권과 근면등으로부터 형광성 pseudomonads를 분리한 후 이들 중 35균주에 대해 계통 분석을 실시하였다. 계통 분석에 이용된 분류키는 165 rDNA의 일부 염기서열로, 종 수준에서 분류동정을 실시하였다. 고추재배지로부터 분리된 형광성 pseudomonads중 P. putida group으로 분류된 균주는 17균주 였으며, 이들은 주로 비근권 토양으로부터 분리되었다. 이들은 4개의 소그룹 (subgroup I, II, III, IV)으로 분류되었으며, 소그룹 I, IV에 속한 균주는 P putida의 표준균주가 속한 소그룹 II, III의 균주와는 분류학적으로 뚜렸히 구분되는 독특한 균주들이었다. P. fluorescens로 분류된 균주는 15균주였으며, 나머지 3균주는 P. fluorescens와 P. chloraphis의 중간 그룹으로 분류되었다. 근권으로부터 분리된 균주는 대부분 P. fluorescns로 분류되었으며, 이들의 유전적 유연관계는 매우 높게 나타났다. 본보의 결과에 비추어 볼 때, 고추의 근계는 P. fluorescens의 특정 균주에 의해 정착되는 것으로 생각되었다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제30권11호
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• pp.1643-1650
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• 2017

Objective: The control of psychrotrophic bacteria causing milk spoilage and illness due to toxic compounds is an important issue in the dairy industry. In South Korea, Gangwon-do province is one of the coldest terrains in which eighty percent of the area is mountainous regions, and mainly plays an important role in the agriculture and dairy industries. The purposes of this study were to analyze the indigenous microbiota of raw milk in Gangwon-do and accurately investigate a putative microbial group causing deterioration in milk quality. Methods: We collected raw milk from the bulk tank of 18 dairy farms in the Hoengseong and Pyeongchang regions of Gangwon-do. Milk components were analyzed and the number of viable bacteria was confirmed. The V3 and V4 regions of 16S rRNA gene were amplified and sequenced on an Illumina Miseq platform. Sequences were then assigned to operational taxonomic units, followed by the selection of representative sequences using the QIIME software package. Results: The milk samples from Pyeongchang were higher in fat, protein, lactose, total solid, and solid non-fat, and bacterial cell counts were observed only for the Hoengseong samples. The phylum Proteobacteria was detected most frequently in both the Hoengseong and Pyeongchang samples, followed by the phyla Firmicutes and Actinobacteria. Notably, Corynebacterium, Pediococcus, Macrococcus, and Acinetobacter were significantly different from two regions. Conclusion: Although the predominant phylum in raw milk is same, the abundances of major genera in milk samples were different between Hoengseong and Pyeongchang. We assumed that these differences are caused by regional dissimilar farming environments such as soil, forage, and dairy farming equipment so that the quality of milk raw milk from Pyeongchang is higher than that of Hoengseong. These results could provide the crucial information for identifying the microbiota in raw milk of South Korea.

• 한국균학회지
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• 제31권2호
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• pp.103-113
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• 2003

국내의 가지과 작물에서 분리한 Alternaria 25 균주를 공시하여 분생포자의 형태적 특징을 조사하였고 A. solani와 A. tomaotphilad의 대표균주와 비교하였다. 분리균주 중 형태적으로 구별되는 몇 균주들과 대표균주를 공시하여 감자, 토마토, 가지, 고추에 대한 병원성 검정을 실시하였다. 대표균주를 포함한 Alternaria 17개 균주를 공시하여 ITS 영역과 histone h3 유전자의 염기서열분석, URP (universal rice primer)에 의한 핵산지문분석을 실시하였다. Alternaria 균주들은 분생포자의 형태적 특징에 의하여 A. tomaotophila(ATO), A. solani(ASO) 및 미동정의 Alternaria sp.(ASP)의 group으로 나눌 수 있었고 A. solani(ASO)는 분생포자 부리(beak)의 특징에 의하여 다시 ASO(1)과 ASO(2)의 2 type으로 나눌 수 있었다. ATO와 ASO 균주들은 실험에 사용한 감자, 토마토, 가지, 고추에 모두 병원성이 있었고 ATO 균주는 특히 토마토에 강한 병원성이 있었으나, ASP 균주는 감자에만 병원성이 있었다. 이 연구에서 사용한 molecular marker중 ITS와 histon H3 유전자의 염기서열 분석은 4개의 형태적 group을 명확히 구분할 수 없었지만, URP-PCR 핵산지문분석법은 이들 group을 명확히 구분할 수 있었다. 분생포자의 형태, 병원성검정, 분자생물학적 특징을 종합할 때 토마토 겹무늬병에 관여하는 A. tomatophila는 감자겹둥근무늬병에 관여하는 A. solani와 뚜렷이 구분할 수 있었다. 또한 감자에서 분리한 Alternaria sp.(ASP)는 A. solani(ASO)와 형태적으로 유사하였지만 분생포자의 폭이 두껍고 부리(beak)가 작다는 점에서 ASO와 구별되었으며 가지과 작물에서 보고된 바 없는 신종으로 추정되었다.

• 한국유기농업학회지
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• 제28권2호
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• pp.235-250
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• 2020

작물 재배 방법이 토양의 미생물 군집 특성과 화학성에 미치는 영향을 검토하였다. 이를 위해서 다섯 곳의 고추 관행 재배지와 다섯 곳의 유기농 재배지 토양을 채취한 후, 16S rRNA 유전자 기반의 파이로시퀀싱 기법으로 미생물 군집을 조사하였다. 분석 결과 총 22개의 세균 문으로 구성되었으며 Proteobacteria 문(33.0 ± 5.7%), Actinobacteria 문(19.9 ± 9.7%) 및 Firmicutes 문(13.6 ± 5.0%)이 우점하였고, 이들은 전체 상대풍부도의 66%를 차지하였다. 고추 관행 재배지와 유기농 재배지의 미생물 군집 분포를 비교했을 때 전반적으로 서로 다른 군집 특성을 나타내었다. 또한 관행 재배 토양에서는 Actinobacteria 문과 Chloroflexi 문이 상대적으로 풍부하였고, 유기 재배 토양에서는 Proteobacteria 문과 Firimicutes 문이 상대적으로 풍부하였다. 특히 Streptomyces 속과 Bacillus 속의 상대풍부도는 관행 재배 토양과 유기 재배 토양 간에 상당한 차이를 보였다. 또한 토양 화학 성에 의하여 세균 군집 변화가 관찰되었는데, Proteobacteria 문의 Rhizobiales 목과 Actinobacteria 문의 Streptomyces 속은 pH에 의해 세균 군집이 바뀌었고, Firimicutes 문의 Bacillus 속은 유기물 함량에 의해 군집 분포가 바뀌었다. 본 연구결과는 재배관리에 따른 토양의 물리-화학성의 변화가 미생물 군집 분포에 뚜렷하게 관련(p<0.05)되어 있다는 것을 보여주었다.

• 한국해양학회지:바다
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• 제3권2호
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• pp.94-102
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• 1998

본 조사는 인천지역 조간대 지역에 분포하는 연체동물 유해집단의 구조를 알아보기 위해 계절 분포, 밀도, 회분중량과 크기-빈도 분포, 생존곡선 등 정량적인 분석을 시도하고 또 현생 생물군집과 비교하였다. 조사 기간 중 복족류 16 종과 이매패류 12 종을 포함하여 총 28 종이 동정되었다. 유해집단을 구성하는 종들의 대부분이 조간대 지역에 서식하는 종으로 구성되었으며, 종 다양성은 이매패류보다 복족류에서 높게 나타났다. 계절별 회분중량의 변화는 동죽의 분포에 따라 좌우되었다. 천공성 복족류에 의한 천공은 주로 패각의 각정부분을 선호하고 있었다. 우점종인 접시조개류(Moerella rutila), 동죽, 왕좁쌀무늬고둥 등 3 종에 대한 크기-빈도 분포와 생존곡선에 관해 분석하였다. 접시조개류인 Moerella rutila는 각 연급군별 유사한 사망률이 나타나는 분포를 나타냈으며, 겨울철 어린 개체의 사망이 증가한 것으로 나타났고, 동죽과 왕좁쌀무늬고둥의 경우 연급군별 사망률이 다른 두 개의 굴곡을 가지는 분포를 나타냈다. 이들은 크기-빈도 분포에서도 이중모드(bimodality)를 나타냈는데, 이는 각 연급군의 가입과 계절적인 사망률의 변화에 기인한다. 유해집단을 대상으로 한 연구는 화석화 과정에서 발생하는 여러 문제들만 해결한다면 현생생물에서와 마찬가지로 개체군에 대한 유익한 정보를 제공할 수 있다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제53권3호
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• pp.299-305
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• 2015

Tapeworms of the genus Spirometra are pseudophyllidean cestodes endemic in Korea. At present, it is unclear which Spirometra species are responsible for causing human infections, and little information is available on the epidemiological profiles of Spirometra species infecting humans in Korea. Between 1979 and 2009, a total of 50 spargana from human patients and 2 adult specimens obtained from experimentally infected carnivorous animals were analyzed according to genetic and taxonomic criteria and classified as Spirometra erinaceieuropaei or Spirometra decipiens depending on the morphology. Morphologically, S. erinaceieuropaei and S. decipiens are different in that the spirally coiled uterus in S. erinaceieuropaei has 5-7 complete coils, while in S. decipiens it has only 4.5 coils. In addition, there is a 9.3% (146/1,566) sequence different between S. erinaceieuropaei and S. decipiens in the cox1 gene. Partial cox1 sequences (390 bp) from 35 Korean isolates showed 99.4% (388/390) similarity with the reference sequence of S. erinaceieuropaei from Korea (G1724; GenBank KJ599680) and an additional 15 Korean isolates revealed 99.2% (387/390) similarity with the reference sequences of S. decipiens from Korea (G1657; GenBank KJ599679). Based on morphologic and molecular databases, the estimated population ratio of S. erinaceieuropaei to S. decipiens was 35: 15. Our results indicate that both S. erinaceieuropaei and S. decipiens found in Korea infect humans, with S. erinaceieuropaei being 2 times more prevalent than S. decipiens. This study is the first to report human sparganosis caused by S. decipiens in humans in Korea.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제62권4호
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• pp.333-337
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• 2019

본 연구에서는 절식이 일반사료 및 고지방사료를 섭취한 마우스의 장내미생물생태에 미치는 영향에 관하여 조사하였다. 일반 사료 및 고지방사료를 마우스에 16주 동안 무한급이 형태로 섭취하게 하여 실험종료 직전에 1일(24시간) 간 절식시켰으며, 절식 전 후의 분변 샘플을 채집하고 MiSeq을 이용하여 장내미생물생태 분석을 진행하였다. 본 연구의 결과는 고지방사료를 섭취한 마우스에서는 절식 전후 장내미생물생태 내의 종 풍부성과 균등성이 감소한 반면, 일반사료를 섭취한 마우스에서는 차이를 나타내지 않았다. 또한, 고지방사료를 섭취한 마우스의 장내미생물생태에서는 절식 후 변화하는 것을 확인하였으며, 일반 사료를 섭취한 마우스의 절식 전후 변화가 없었다. Difference abundance analysis는 일반사료를 섭취한 마우스에서 절식 이후 S24-7로 분류되는 OTU는 증가하고, Ruminococcaceae로 분류되는 OTU가 감소하는 것으로 확인되었다. 반면, 고지방사료를 섭취한 마우스에서는 절식 이후 10OTUs가 감소하고, 3OTUs가 증가하였는데, 대부분 Ruminococcaceae로 분류되는 것으로 확인되었다. 본 연구 결과는 마우스에서의 절식이 장내미생물생태 중 Ruminococcaceae의 abundance에 영향을 미치며, 일반사료를 섭취한 마우스에 비해 고지방사료를 섭취한 마우스에서 절식에 대한 효과가 더 명확하게 나타난다는 것을 시사한다.

• 환경생물
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• 제32권4호
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• pp.353-362
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• 2014

이번 연구는 한국산 지충이 [Sargassum thunbergii (Mertens ex Roth) Kuntze]의 지리적 형태변이를 확인하고, 형태변이에 따른 품종의 구분에 대하여 분류학적 재검토를 시도하였다. 동해, 서해와 남해안에 분포하는 지충이 개체군의 지리적 형태변이를 조사하기 위해서 개체가 가장 성숙한 시기인 봄철에 채집하였다. 지충이의 관찰대상 형질은 부착기, 줄기의 길이와 직경, 체장, 중심가지의 직경, 마디간격, 측지의 길이와 직경, 잎의 길이와 폭 및 두께, 기낭의 길이와 직경, 기낭 자루와 기낭 돌기의 길이, 생식기탁의 길이와 직경, 질감이었다. 서해안의 지충이는 엽체가 짧고 가늘며, 마디간격이 넓어서 성긴 느낌이고 질감이 부드러워 다른 두 해역의 지충이와는 다른 형태적 특징을 보였다. 동해안의 지충이는 체장이 서해안의 것과 비슷하지만 중심가지와 측지가 굵어서 질감이 거칠고, 측지가 없거나 매우 짧은 것도 있으며, 잎과 기낭이 다른 해역에 비해 컸다. 남해안의 지충이는 체장과 측지가 가장 길고 잎과 기낭이 짧은 것이 특징이었다. 동해안 북부에서 채집된 개체들은 f. latifolium과 형질이 유사하였다. 그러나 다른 해역에서는 네 품종의 원기재와 정확히 일치하지 않아 품종을 구분하는 식별형질은 한국산 지충이의 형태 변이에 적용할 수 없었다. 따라서 생육지에 따라 나타나는 지충이의 다양한 형태변이는 종 이하의 분류군으로 나누는 것보다는 생육지 환경조건에 따른 변이체로 보는 것이 타당할 것으로 사료된다.

• Applied Microscopy
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• 제42권2호
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• pp.61-66
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• 2012

홍바리, Epinephelus fasciatus 정자의 미세구조적 특징을 주사형 및 투과형 전자현미경으로 관찰하였다. 홍바리 정자는 구형의 두부와 cytoplasmic sleeve와 고리형 cytoplasmic canal 입구 등으로 구성된 중편부 그리고 lateral fin을 갖는 1개의 편모로 구성된 미부로 구별된다. 정자의 핵은 구형이며, 첨체 구조물은 존재하지 않으나 이질 염색질이 과립상 덩어리 형태로 조밀하게 분포하였다. Proximal centriole과 distal centriole은 각각 수레바퀴형의 "9+0"의 축사구조를 보이며 서로 수직으로 osmophilic filaments 연결되어 있고, 핵막과도 연결되어 있었다. 중편부는 구형의 8~9개의 미토콘드리아를 포함하며, 빈공간인 cytoplasmic canal과 편모 원형질막에는 7~8개의 구형 입자를 갖는 necklace가 존재하였다. 미부는 1개의 편모를 갖으며 전형적인 "9+2"의 축사구조를 보였고, 편모에는 다양한 형태의 lateral fins을 관찰할 수 있었다. 홍바리 정자의 미세구조적 특징은 바리과 어류의 정자와 상이하여 계통분류학적 동정의 형질이 될 수 있을 뿐만아니라 정자 세포소기관의 기능적 및 생리학적 연구에 이용될 수 있다고 판단된다.

• Journal of Periodontal and Implant Science
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• 제50권3호
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• pp.171-182
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• 2020

Purpose: The aims of this study were to examine the salivary microbiota in conditions of periodontal health and disease and to explore microbial changes following nonsurgical periodontal treatment. Methods: Non-stimulated saliva samples were collected from 4 periodontally healthy participants at baseline and from 8 patients with chronic periodontitis at baseline and 3 months following nonsurgical periodontal therapy. The V3 and V4 regions of the 16S rRNA gene from the DNA of saliva samples were amplified and sequenced. The salivary microbial compositions of the healthy participants and patients with periodontitis prior to and following nonsurgical treatment of periodontitis were compared based on the relative abundance of various taxa. Results: On average, 299 operational taxonomic units were identified in each sample. The phylogenetic diversity in patients with periodontitis was higher than that in healthy participants and decreased following treatment. The abundance of the phylum Spirochaetes and the genus Treponema in patients with periodontitis was 143- and 134-fold higher than in the healthy control group, respectively, but decreased significantly following treatment. The species that were overabundant in the saliva of patients with periodontitis included the Peptostreptococcus stomatis group, Porphyromonas gingivalis, the Fusobacterium nucleatum group, Parvimonas micra, Porphyromonas endodontalis, Filifactor alocis, and Tannerella forsythia. The phylum Actinobacteria, the genus Streptococcaceae_uc, and the species Streptococcus salivarius group were more abundant in healthy participants than in those with periodontitis. There was a trend toward a decrease in disease-associated taxa and an increase in health-associated taxa following treatment. Conclusions: Our results revealed differences in the taxa of salivary microbiota between conditions of periodontal health and disease. The taxa found to be associated with health or disease have potential for use as salivary biomarkers for periodontal health or disease.