• 생태와환경
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• 제52권3호
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• pp.221-230
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• 2019

섬진강 수계에 서식하는 누치(Hemibarbus labeo)의 미토콘드리아 DNA에서 cytochrome c oxidase subunit I(COI) 유전자를 발굴하고 누치속 Hemibarbus 및 잉어과(Cyprinidae) 내 계통유전학적인 위치를 확인하는 연구를 수행하였다. 발굴된 577 bp COI 시컨스의 다중배열 결과 섬진강산 누치들의 높은 염기서열 상동성을 보였다(99~100%). 우리나라에서 발견되는 누치속 3종에서 누치(H. labeo: HD1)와 어름치(H. mylodon)의 염기서열 유사성은 88.91%, 참마자 (H. longirostis)와는 88.81%이었다. 또한, H. maculatus, H. meditus, H. umbrifer, H. barbus는 각각 누치와의 염기서열 유사성이 98.97%, 97.20%, 96.87%, 98.85% 등으로 나타났다. 누치속 7종의 계통유전학적 분석결과 섬진강산 누치(H. labeo)들은 두개의 단계통 (clade)을 형성하는데 하나는 하동, 임실, 강진, 순창의 섬진강 누치들로만 이루어진 단계통, 다른 하나는 하동의 HD2, HD8, HD9와 국내 부산, 아산, 서울 등에서 채집 보고된 누치들과 단계통을 형성하였다. 잉어과 내 섬진강산누치(HD1)의 계통진화적 위치는 피라미(Zacco platypus)와는 진화적 거리가 0.143, 누치속 H. maculatus와는 0.006으로 나타났다. 또한 잉어과 28종 내 계통유전학적 위치는 모래무지아과(Gobioninae) 어류들이 포함된 그룹 I에 섬진강산 누치가 위치함을 확인하였다. 본 연구의 결과는 누치를 포함하는 잉어과 내 어류의 계통유전학적 비교와 환경오염에 따른 담수환경 모니터링을 위한 모델어류의 발굴연구에 주요한 유전적 정보를 제공할 것이다.

• 식물분류학회지
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• 제36권3호
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• pp.163-187
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• 2006

태백제비꽃파 근연 분류군인 단풍제비꽃과 남산제비꽃의 종간 유연관계를 알아보기 위하여 극단적인 형태를 보이는 7개 집단에 대해 외부형태학적, 화분학적, 해부학적 형질에 대한 분류학적 연구와, 국내에 분포하는 분류군을 비롯하여 유럽, 중국과 일본에 분포하는 근연 분류군을 포함한 28개 집단에 대한 핵 DNA의 ITS와 V. pinnata를 제외한 27집단에 대한 엽록체 DNA의 trnL-F 지역에 대한 분자계통학적 연구를 수행하였다. 외부형태학적 형질에서 엽연 거치의 수, 화피의 크기, 주두와 종자의 형질 등은 형태가 유사하거나 중복되는 형질을 갖는 것으로 나타나 구분이 불가능 하였으나 잎의 모양에 의해서는 두 그룹으로 유집되었다. 화분은 단립으로 극면입상은 반각형이었고, 발아구는 3공구형이며, 표면의 돌기는 미립상, 표면무늬는 난선상으로 집단간 유사한 특징을 보였다. 화분입상은 5개 집단이 장구형으로 관찰된 반면 단풍제비꽃 type 1과 남산제비꽃 type 3은 아장구형으로 나타났다. 해부학적 형질에서 엽병, 화경, 뿌리와 주맥의 횡단면을 관찰한 결과는 7개 집단이 유사한 형태로 나타나 차이점을 찾을 수 없었으며, 기공은 모두 잎의 아랫면에만 존재하였고, 단위 면적당 기공의 수는 결각이 심할수록 많은 것으로 나타났다. 핵 DNA의 ITS지역에 대한 염기서열 분석 결과 V. pinnata와 V. dissecta는 단계통을 형성하였고 군외군으로 부터 가장 먼저 분지되어 독립된 분계조를 형성하면서 나머지 분류군들을 위한 자매군으로 유집되어 태백제비꽃과 근연 분류군을 위한 조상형으로의 가능성을 제시하였다. 그러나 태백제비꽃의 종내분류군과 V. eizanensis가 포함된 그룹은 뚜렷한 분계조를 형성하지 않았다. 이러한 결과는 엽록체 DNA의 trnL-F 지역에 대한 결과에서도 유사한 경향올 보였다. 이상의 결과에서 잎의 모양을 제외한 나머지 형질들은 태백제비꽃과 근연 분류군들을 구별하는데 유용하지 않은 것으로 확인되어 단풍제비꽃과 남산제비꽃은 태백제비꽃의 종하 분류군으로 취급하는 것이 타당할 것으로 판단된다.

• 한국어류학회지
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• 제5권1호
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• pp.1-40
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• 1993

1988년부터 1993년까지 우리나라의 연안에 서식하고 있는 돛양태과(科) 어류의 많은 표본을 대상으로 하여 각 종(種)들의 새로운 분류(分類) 검색표(檢索表)를 작성하고 이들의 분류학적(分類學的) 위치(位置)를 재검토(再檢討)하였다. 그 결과 한국산(韓國産) 돛양태과(科) 어류로는 모두 4속(屬) 14종(種)로 확인되었는데 민양태속(屬) Eleucherochir에는 민양태 E. mirabilis 1종(種)이, 꽁지양태속(屬) Calliurichthys에는 꽁치양태 C. japonicus, 1종(種), 도화양태속(屬) Synchiropus에는 도화양태 S. altivelis 1종(種)이, 돛양태속(屬) Repomucenus에 춤양태 R. huguenini, 동갈양태 R. curvicornis, 강주걱양태 R. olidus, 참주걱양태 R. sagitta, 흰점양태 R. leucopoecilus, 참돛양태 R. koreanus, 돛양태 R. lunatus, 실양태 R. valenciennei, 날돛양태 R. beniteguri, 꽃돛양태 R. ornatipinnis 그리고 Repomucenus sp. 등 11종(種)이다. 특히 Repomucenus sp.가 서해에서 확인되었는데 이것은 제1등지느러미의 가시 길이와 꼬리지느러미식, 등지느러미의 첫번째 연조길이와 마지막 연조길이 등의 특징에서 이와 유사종(類似種)과는 현저히 다르게 나타났다. 우리나라에서 지금까지 기재(記載) 보고(報告)되었던 종(種)중에서 Callionymus kitaharai와 C. doryssus는 동일종(同一種)으로서 R. huguenini의 synonym에 해당되었고, 그 외에도 C. flagiris는 R. valenciennei에, Callionymus richardsoni는 Repomucenus curvicornis에, Callionymus japonicus는 Calliurichthys japonicus에, Callionymus altivelis는 Synchiropus altivelis로, Draculo mirabilis는 Eleucherochir mirabilis로, Callionymus lunatus는 Repomucenus lunatus로 전속(轉屬) 또는 학명(學名) 기재(記載)가 정정(訂正)되었다. 우리나라에서 주로 남해(南海)에 많이 분포하고 있는 종(種)는 S. altivelis, Calliurichthys japonicus, Repomucenus lunatus, R. curvicornis, R. huguenini, R. valenciennei 등이고, 그 외 종(種)는 대부분 서해(西海)에 다량 분포(分布)하고 있었다.

• 농업과학연구
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• 제34권2호
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• pp.99-109
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• 2007

섬유소 분해균 Cellulomonas sp. CS 1-1에 대하여 종 수준으로 분류학적 위치를 규명하기 위하여 7개 type strain 균주와 함께 생리적 및 생화학적 특성을 조사하고 DNA 상등성 및 지방산의 조성 등을 분석하여 비교한 결과, CS 1-1의 콜로니 형태는 circular, entire, smooth, convex하며, 담황색을 띤 $0.3{\sim}0.5{\times}0.8{\sim}1.2{\mu}m$ 크기의 간균이었다. 생리학적 특징으로서 비운동성의 통성혐기성 중온균으로서 Gram양성, catalase양성, oxidase음성, 탄수화물 발효성 등의 표현형은 Cellulomonas 속의 타종과 동일하였으며, 특히 D-ribose, raffinose, rhamnose, xylitol, acetate, L-lactate, propionate, aspartate, proline 등 조사한 모든 탄소원의 이용성이 없었으며, 반면에 sacchrose, arabinose 및 amylose의 이용성은 양성으로 판정되었다. G+C 함량 74.76 mol %, 주요 지방산과 quinone 성분은 전형적인 Cellulomonas의 12-methyltetradecanoic acid (anteiso-$C_{15:1}$)과 MK-$9(H_4)$이었으며, DNA의 상동성 비율은 C. uda ATCC 491과 70%, C. fimi ATCC 15724와 54~59 %, C. gelida 및 C. bibula와도 46~48%의 상동성을 나타내었다. 이상의 결과는 CS1-1이 현재 Cellulomonas 속에 인정된 7개의 type species 중 C. uda ATCC 491 균주와 가장 높은 근연성을 나타냄으로서 C. uda에 속하는 novel species로 분류될 수 있다.

• 한국약용작물학회지
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• 제16권1호
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• pp.20-26
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• 2008

지모 (Anemarrhena asphodeloides)는 탁월한 해열작용과 진정작용을 갖는 한약재로 한국, 중국, 일본에서 널리 이용되어 왔다. 본 연구에서는 먼저 국내 연구소에서 형태학적 분류 결과 지모로 확인된 3종의 식물체를 수집하여 엽록체 DNA의 trnL-F 염기서열을 분석하였다. 분석 결과, 국내 연구기관에서 보관중인 지모 식물체들이 모두 동일한 trnL-F의 염기서열을 보여서, 형태학적 분류와 계통유전학적 분류가 동일함을 확인하였다. 최초로 얻어진 지모 trnL-F 염기서열은 NCBI database에 등록하였다. 다음으로 국내 한약재 시장과 중국 한약재 시장에서 유통 중인 지모 한약재를 다량 구입하여 trnL-F의 염기서열을 분석하였다. 그 결과, 유통 중인 지모 한약재들이 모두 기원식물과 동일한 TrnL-F의 염기서열을 보여서 지모 약재의 경우 진품이 유통되고 있음을 알 수 있었다. TrnL-F의 염기서열로 계통수를 작성한 결과 지모는 아스파라거스목 (Asparagales), 용설란과 (agavaceae)에 속한 것으로 보여 졌다. 엽록체 rbcL 유전자 염기서열로 얻은 계통수와 비교한 결과 trnL-F 계통수와 rbcL 계통수가 비슷한 결과를 보여주어서 분자유전학적 분류에 두 유전자가 상호보완적으로 이용될 수 있음을 확인하였다.

• 식물분류학회지
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• 제37권4호
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• pp.431-446
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• 2007

섬자리공(Phytolacca insularis Nakai)의 분류학적 위치를 재검토하기 위해 외부형태와 종자 및 화분의 형태를 관찰하고 ITS 염기서열을 조사하였다. 섬자리공은 곧게 서는 줄기와 화서, 이생심피, 8개의 수술과 암술, 분홍색의 약을 가져 자리공과 유사성을 가졌으나, 합생심피와 l0개의 수술과 암술을 가진 미국자리공과는 뚜렷이 구별되었다. 섬자리공의 화분은 유공의 크기가 작고 유공의 수와 미세미립돌기의 수가 적어 자리공과 유사성을 보였으나, 미국자리공은 유공의 크기가 크고 그 수가 많았다. 섬자리공과 자리공의 종자무늬는 불규칙한 굴곡무늬로 서로 비슷했으나, 망상무늬를 갖는 미국자리공과 뚜렷이 구별되었다. ITS 염기서열은 섬자리공이 자리공과 완전히 같았으나, 미국자리공과는 뚜렷이 구별되었다. 본 연구결과는 섬자리공을 별개의 종으로 취급하는 것보다는 자리공의 품종으로 격하하는 것이 타당함을 지지해 주었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제14권2호
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• pp.276-283
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• 2004

Screening was performed to isolate cellulose-producing microorganisms from the Korean traditional fermented persimmon vinegar. The resulting strain, KJ $145^{T}$, was then taxonomically investigated by phenotypic characterization, particularly chemotaxonomic, and by phylogenetic inference based on a 16S rDNA sequence analysis including other related taxa. Strain KJ $145^{T}$ was found to grow rapidly and form pale white colonies with smooth to rough surfaces on a GYC agar. Strain KJ $145^T$ also produced acetate from ethanol, and was tolerable to 10% ethanol in SM medium. In a static culture, a thick cellulose pellicle was produced, and in GYC broth, the strain grew at temperatures ranging from 28 to $40^\circ{C}$ with an optimum pH of 4.0. The genomic DNA G+C content of strain KJ $145^T$ was 61.9 mol%, and the predominant ubiquinone was Q 10 as the major quinone and Q9 as the minor quinone. The major cellular fatty acids were $C_{16:0}$ and the sum in feature 7 ($C_{18:1}$ w9c, w12t and/or w7c). A 16S rRNA-targeted oligonucleotide probe specific for strain KJ $145^T$was constructed, and the phylogenetic position of the new species was derived from a 16S rDNA-based tree. When comparing the 16S rDNA nucleotide sequences, strain KJ $145^T$ was found to be most closely related to G. hansenii LMG $1527^T$ (99.2%), although KJ $145^T$ was still distinct from G. hansenii LMG $l527^T$ and G. xylinus LMG $1515^T$ in certain phenotypic characteristics. Therefore, on the basis of 16S rDNA sequences and taxonomic characteristics, it is proposed that strain KJ $145^T$ should be placed in the genus Gluconacetobacter as a new species, Gluconacetobacter persimmonis sp. nov., under the type-strain KJ $145^T$ (=KCTC =$10175BP^T$=KCCM=$10354^T$).

• The Plant Pathology Journal
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• 제31권2호
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• pp.152-164
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• 2015

Biological control of major rice diseases has been attempted in several rice-growing countries in Asia during the last few decades and its application using antagonistic bacteria has proved to be somewhat successful for controlling various fungal diseases in field trials. Two novel endophytic Bacillus species, designated strains YC7007 and $YC7010^T$, with antimicrobial, plant growth-promoting, and systemic resistance-inducing activities were isolated from the roots of rice in paddy fields at Jinju, Korea, and their multifunctional activities were analyzed. Strain YC7007 inhibited mycelial growth of major rice fungal pathogens strongly in vitro. Bacterial blight and panicle blight caused by Xanthomonas oryzae pv. oryzae (KACC 10208) and Burkholderia glumae (KACC 44022), respectively, were also suppressed effectively by drenching a bacterial suspension ($10^7cfu/ml$) of strain YC7007 on the rhizosphere of rice. Additionally, strain YC7007 promoted the growth of rice seedlings with higher germination rates and more tillers than the untreated control. The taxonomic position of the strains was also investigated. Phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene sequences indicated that both strains belong to the genus Bacillus, with high similarity to the closely related strains, Bacillus siamensis KACC $15859^T$ (99.67%), Bacillus methylotrophicus KACC $13105^T$ (99.65%), Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum KACC $17177^T$ (99.60%), and Bacillus tequilensis KACC $15944^T$ (99.45%). The DNA-DNA relatedness value between strain $YC7010^T$ and the most closely related strain, B. siamensis KACC $15859^T$ was $50.4{\pm}3.5%$, but it was $91.5{\pm}11.0%$ between two strains YC7007 and $YC7010^T$, indicating the same species. The major fatty acids of two strains were anteiso-$C_{15:0}$ and iso $C_{15:0}$. Both strains contained MK-7 as a major respiratory quinone system. The G+C contents of the genomic DNA of two strains were 50.5 mol% and 51.2 mol%, respectively. Based on these polyphasic studies, the two strains YC7007 and $YC7010^T$ represent novel species of the genus Bacillus, for which the name Bacillus oryzicola sp. nov. is proposed. The type strain is $YC7010^T$ (= KACC $18228^T$). Taken together, our findings suggest that novel endophytic Bacillus strains can be used for the biological control of rice diseases.

• 생명과학회지
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• 제16권5호
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• pp.723-728
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• 2006

The species of Grateloupia filicina, Grateloupia divaricata in East Sea were investigated taxonmically in order to clarify taxonomic position. The ecological character, external morphology, anatomy of vegetative structure. Blade length are $15{\sim}40\;cm$, erect from discoidal holdfast of $3{\sim}10\;mm$ in diameter. Stipe $1{\sim}2.5\;cm$ long, narrowly cylindrical below, compressed above Grateloupia filicina. Main axis are long and compressed, $3{\sim}7\;mm$ broad in broadest part. Colors are scarlet to light red. Blade length are $10{\sim}25\;cm$, erect from discoidal holdfast of $3{\sim}8\;cm$ in diameter Grateloupia divaricata. Stipe are single and simple $2{\sim}5\;mm$ broad. Thallus composed of cortex and medulla in section ; cortex composed of $9{\sim}10$ layers of anticlinally arranged cortical cell, divided into outer, middle and inner parts. Partial fragments of nuclear 18S rDNAs from the two species of Grateloupia (Rhodophyta) were amplified using the PCR reaction and sequenced to compare their similarity. The partial sequences showed 98.9% similarity each other. Grateloupia filicina has 371 bp sizes and Grateloupia divaricata has 372 bp size. The G+C contents of Grateloupia filicina is 54.3% and Grateloupia divaricata is 53.64%.

• 한국균학회지
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• 제27권4호통권91호
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• pp.274-279
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• 1999

먹물버섯속 및 눈물버섯속 균류의 계통학적 유연관계 분석을 위해 rDNA의 cluster 중 ITS 영역을 Polymerase Chain Reaction(PCR)로 증폭하여 염기서열을 밝혔다. 이들의 ITS I, II 영역은 각각 $258{\sim}301\;bp,\;253{\sim}275\;bp$의 염기쌍으로 이루어져 있었으며 균주간 ITS 염기서열의 상동성은 $43.9{\sim}96%$로 나타났다. 이들의 염기서열을 이용해 분류도(tree)를 작성한 결과, Singer의 형태적 분류체계와 거의 유사한 결과를 보였으나 눈물버섯속 균류들은 먹물버섯속 내 그룹 II의 종들과 함께 분지를 형성하였고 먹물버섯속의 의기준종(type species)인 C. comatus는 조사된 다른 동일 속의 종들과의 유사도에서 50%수준의 저조한 상동성을 보여주었다. 이와 같은 결과로 볼 때 먹물버섯류가 기존의 다수 학자들이 보고한 단일 계통진화(monophyletic evolution)를 해온 속이란 점에서 의문점을 남기었고 좀더 많은 조사가 필요하겠으나 눈물버섯속 균류도 먹물버섯속 균류와 분리시키는 것보다는 동일 속으로 분류하는 것이 바람직 할 것으로 사료되었다.