• 제목/요약/키워드: Sequence type

검색결과 1,799건 처리시간 0.032초

배추에서 염 저항성 관련 유전자, BrSSR의 기능 검정 및 발현 네트워크 분석 (Characterization and Gene Co-expression Network Analysis of a Salt Tolerance-related Gene, BrSSR, in Brassica rapa)

  • 유재경;이기호;박지현;박영두
    • 원예과학기술지
    • /
    • 제32권6호
    • /
    • pp.845-852
    • /
    • 2014
  • 다양한 비생물적 스트레스 중 토양 염 집적은 식물의 광합성 효율, 생장 및 수확량의 감소를 초래한다. 최근 염 저항성 향상을 위한 많은 유전자들이 보고되고 있다. 본 연구의 목적은 형질전환 배추를 이용하여 아직 기능이 밝혀져 있지 않지만 완전장이 보고된 Brassica rapa Salt Stress Resistance(BrSSR) 유전자의 기능을 검정하는 것이다. BrSSR의 생리적 역할을 분석하기 위해, BrSSR의 과발현 vector인 pSL94 vector를 이용하여 내혼계 배추('CT001')를 형질전환하였다. Quantitative real-time RT-PCR 분석에서 형질전환체의 BrSSR 발현량은 대조군 대비 2.59배까지 증가하였다. 한편, 염 처리 후 표현형 분석에서 BrSSR이 과발현된 형질전환체들이 정상적인 생장을 보여줌으로써 염 스트레스에 내성을 가지는 것을 확인할 수 있었다. Microarray 분석을 통해 구축된 염 스트레스 저항성 관련 유전자들의 발현 네트워크 상에서 BrSSR은 기존에 염 저항성 관련 유전자로 보고되어 있는 ERD15(AT2G41430), protein containing PAM2(AT4G14270), GABA-T(AT3G22200)와 매우 밀접하게 연결되어 있는 것으로 분석되었다. 위 결과들을 바탕으로 BrSSR은 염 스트레스 발생 시 식물의 생장 및 저항성에 관련된 중요한 역할을 하는 것으로 판단된다.

배추에서 신규 염 저항성 관련 유전자 분리 및 검정 (Isolation and Identification of a New Gene Related to Salt Tolerance in Chinese Cabbage)

  • 유재경;박영두
    • 원예과학기술지
    • /
    • 제31권6호
    • /
    • pp.748-755
    • /
    • 2013
  • 본 연구는 배추에서 염 저항성 관련 유전자를 발굴하기 위해 수행되었다. 우선 염처리(250mM NaCl)된 순계배추 'Chiifu'를 이용한 KBGP-24K oligo chip 데이터[BrEMD(B. rapa EST and microarray database)]를 분석하였다. 그 결과, 염처리 시 크게 반응하는 202개의 unigene들을 1차 선발하였고, 이들 중 기능이 정확히 알려지지 않았으나 완전장을 갖추고 있는 1개의 유전자를 최종선발하여 BrSSR(B. rapa salt sensitive resistance)로 명명하였다. BrSSR은 94개의 아미노산으로 번역되는 총 285bp의 오픈리딩프레임을 가지고 있으며, DUF581 도메인을 지니고 있다. 염 저항성을 분석하기 위하여 BrSSR이 과발현된 pSL94 vector를 제작하여 담배에 형질전환시켰다. BrSSR이 과발현된 $T_1$ 세대 담배 형질전환체들은 PCR과 DNA blot 분석에 의해 선발하였다. Quantitative real-time RT PCR 분석 결과, 형질 전환된 담배에서 BrSSR의 발현이 대조군 보다 약 3.8배까지 높게 발현되었다. 이는 RNA blot 분석 결과와도 일치했다. 또한 표현형 분석에서 5일간 250mM NaCl 염 처리 후 BrSSR이 과발현된 형질전환체들이 대조군보다 우수한 염 저항성을 보여 주었다. 위 결과들에 근거하여 염 스트레스 환경 하에서 BrSSR 유전자의 과발현은 식물의 염 저항성을 향상과 매우 밀접한 관계가 있는 것으로 판단된다.

한 환자에게서 분리된 Imipenem 내성세균들의 특성 (The Characteristics of Imipenem-Resistant Bacteria Isolated from One Patient)

  • 박철;이혁재;서민영
    • 대한임상검사과학회지
    • /
    • 제49권4호
    • /
    • pp.413-419
    • /
    • 2017
  • 폐렴의 한(일개) 환자의 임상검체에서 연속적으로 분리된 Imipenem 내성세균 4균주를 분리하였다. 분리균을 동정하기 위해 Vitek II system의 GN card를 이용하였으며 16S rRNA유전자 염기서열을 기초로 계통학적 분석을 실시하였다. 분리균은 P. aeruginosa (2 strains), P. monteilii (1) 및 P. putida (1) 으로 동정되었다. 분리균들의 항생제에 대한 내성시험은 Vitek II system AST-N225 card를 이용해서 imipenem의 최소억제 농도가 모두 $${\geq_-}8{\mu}g/mL$$을 확인한 후 실험에 사용하였다. ${\beta}-Lactamase$ 유전자의 특이 시발체를 이용하여 증폭한 PCR 산물로 imipenem 내성 유전자형을 결정하였는데 분리된 4균주 모두에서 MBL 유전자를 확인하였으며 2균주의 P. aeruginosa는 MBL유전자중 VIM형과 SHV형 유전자를 그리고 또다른 균주는 VIM형과 OXA group II형 유전자를 동시에 보유하고 있었다. 항생제 감수성 결과에서는 amikacin이 다른 항생제보다 감수성을 보였을 뿐 대체적으로 내성율이 높았다. 균주들간의 역학적 연관성 분석을 위해 ERIC-PCR을 이용한 DNA 지문 분석결과, 분리된 2 균주의 P. aeruginosa는 유사한 균주일 것으로 추정하였으나 DNA band 유형의 상동성은 서로 다른 유형임을 알아 볼 수 있었다. 특이하게 한 환자에게서 imipenem 내성세균이 4균주가 검출 된 것은 이례적이며 동종의 DNA band 유형도 서로 상이하였다.

영천 화강암지역 지하수의 지화학적 모델링 (Geochemical Modeling of Groundwater in Granitic Terrain: the Yeongcheon Area)

  • Koh, Yong-Kwon;Kim, Chun-Soo;Bae, Dae-Seok;Yun, Seong-Taek
    • 대한지하수환경학회지
    • /
    • 제5권4호
    • /
    • pp.192-202
    • /
    • 1998
  • 영천 도수터널 내 화강암 지역의 단열대를 따라 유출되는 지하수에 대하여 지화학 및 환경동위원소 연구를 수행하였다. Ca-HCO$_3$유형에 속하는 유출수의 화학 조성은 화강암을 구성하는 규산염 광물 및 열극 충진 방해석의 지화학적 용해 반응에 의해 설명되며, 그 수문지화학적 진화는 부분적 개방계에서 진행되었음을 보여준다. 환경동위원소 연구 결과, 유출수는 모두 강수 기원으로서 적어도 1953년 이전에 함양된(즉 체류 시간이 최소 45년 이상인) 지하수임을 지시해주며, 나아가 지표로부터의 거리와 단열대의 발달 상태에 따라 부분적으로 지표수의 혼입이 진행되고 있음을 지시한다. 지화학 반응 경로 모델인 CHILLER를 이용하여 본 지역 화강암 지하수의 수문지화학적 진화를 모델링 하였다. 그 결과, $Ca^{2+}$, $Na^{+}$, HCO$_3$$^{-}$ 및 pH는 규산염 광물 및 방해석의 용해 작용과 더불어 점차 증가되는 반면, $Mg^{2+}$$K^{+}$는 각각 몬트모릴로나이트와 백운모의 2차 생성과 더불어 감소됨을 보여준다. 2차 광물의 생성 순서는 적철석, 깁사이트, 카올리나이트, 몬트모릴로나이트, 백운모, 장석의 순이다. 모델링 결과는 유출수의 물리화학적 분석값과 2차 광물의 동정 결과와도 잘 일치한다. 따라서, 이러한 물-암석 상호 반응 모델링을 비교적 복잡한 암반 지하수의 수문지화학적 진화 해석에 타당성 있게 적용할 수 있음을 보여준다.

  • PDF

Aspergillus nidulans의 유성분화에 관여하는 nsdC 유전자의 분리 및 분석 (Isolation and Characterization of the nsdC Gene in Sexual Development of Aspergillus nidulans)

  • 김혜련;한동민
    • 미생물학회지
    • /
    • 제42권4호
    • /
    • pp.246-251
    • /
    • 2006
  • 사상성 진균인 Aspergillus nidulans에서 유성분화초기단계, 또는 유성분화유도를 위한 세포내 조건 형성과정에 관여할 것으로 예상되는 유전자를 탐색하였다. 선행연구결과를 통해 유성분화를 전혀 하지 못하는 NSD (never in sexual development) 돌연변이주가 분리되어 nsdA, nsdB, nsdC, 그리고 nsdD의 4상 보군으로 동정된 바 있다. 본 연구에서는 이들 유전자 중 nsdC 유전자를 분리하고자 A. nidulans AMAl-Not I Genomic DNA library로 nsdC6 돌연변이균주를 형질전환하여 야생형처럼 유성분화를 할 수 있는 형질전환체를 분리하고 이들로부터 약 10 kb genomic DNA가 삽입된 library DNA를 분리하였다. Genomic priming system (GPS)을 이용하여 nsdC6 돌연변이를 상보하는 유전자의 부분 서열을 확보한 후 전체 DNA 염기서열을 결정하였다. 유전자분석 결과 nsdC는 intron 없이 1,929염기(643개의 아미노산)로 구성된 Open reading frame (ORF)를 가지며, 약 1kb 정도의 비교적 긴 5'-UTR 부위에 2개의 intron을 가지고 있음이 확인되었다. 또한 NsdC polypeptide의 중앙에 $C_2H_2C_2H_2C_2HC$ 형의 zinc finger DNA binding domain과 C 말단 부위에 coiled-coil domain이 존재하였다. nsdC6 돌연변이는ORF의 407 bp와 408 bp사이에 엽기 T가 삽입되어 frameshift가 일어난 것으로 밝혀졌다. 따라서 nsdC6 돌연변이균주는 단지 139개 아미노산만 갖고 있는 결실 단백질이 생산됨을 알 수 있었다.

시판 전통누룩의 젖산균 분리동정과 제조단양주의 품질특성 (Characteristics of Takju (a Cloudy Korean Rice Wine) Prepared with Nuruk (a Traditional Korean Rice Wine Fermentation Starter), and Identification of Lactic Acid Bacteria in Nuruk)

  • 박지희;정장호
    • 한국식품과학회지
    • /
    • 제46권2호
    • /
    • pp.153-164
    • /
    • 2014
  • 본 연구는 일반 개량누룩 1종류(MN)와 시판되고 전통제조방식으로 제조된 4종류의 전통누룩(SH, SS, JJ, and SJ)을 구입하여 단양주를 제조하고 이들 단양주의 발효특성을 비교 분석하고자 하였다. 각 누룩으로 제조한 탁주의 pH는 담금 직후부터 24시간 까지 급격히 감소하는 경향을 보였고, 적정산도는 급격히 증가하였다. Maltose 함량은 담금 직후에는 0.49-2.68% (w/v)였고, glucose의 함량은 1.03-2.07% (w/v)으로 나타났다. T-SH와 T-SS의 ethanol 함량이 7일까지 높은 경향을 나타내었다. 전체적인 ethanol 의 함량은 12시간부터 ethanol의 함량이 증가하기 시작했으며, 발효 7일부터 21일까지 13.08-14.96% (w/v)로 유지되었다. 발효과정 중 유리아미노산 함량 분석 결과 glutamic acid, threonine, serine과 glycine 함량을 각각 T-JJ은 104.157, 42.855, 69.715, and 53.035 mg/100 g으로 가장 높았다. 탁주 유기산으로 lactic acid, citric acid, succinic acid, acetic acid가 주요 유기산으로 나타났으며 유기산총량은 T-SS, T-JJ 가 2286.21 mg/100 g, 1983.5 mg/100 g 순으로 가장 높은 값을 나타냈다. 총균수, 젖산균수, 효모 수 모두 시간이 지날수록 급격히 증가하다가 발효 1일에 감소하다 완만한 증가 후 발효가 끝나는 21일까지 점차 감소하는 비슷한 경향을 나타내었다. 관능검사결과 과일향은 T-SH, 단맛은 TSS, 신맛은 T-SS가 가장 높았으며 알코올향, 알코올맛, 쓴맛은 시료간 유의적으로 차이가 나타나지 않았다. 따라서 대체적으로 전통누룩으로 담근 탁주의 아미노산 함량과 유기산 함량이 개량누룩으로 담근 탁주의 아미노산 함량보다 높은 것으로 보아 전통누룩으로 담근 탁주의 다양성에 대한 잠재력을 확인할 수 있었다. 또한 각 누룩들의 젖산균을 분리동정하였는데 분리된 균들은 대체적으로 Leuconostoc, Weissella, Pediococcus과 Lactobacillus속에 속하였다.

벼 품종 밀양 23호와 고시히카리의 유수 및 영화 발달 비교 (Comparison of Panicle and Spikelet Development in Rice Cultivars Milyang 23 and Koshihikari)

  • 강시용
    • 한국작물학회지
    • /
    • 제42권5호
    • /
    • pp.503-514
    • /
    • 1997
  • 벼 다수성 통일계 밀양 2003와 일본형 품종 고시히카리를 1/5000a 포트에 담수조건으로 재배하여, 유수시원체 분화기의 전후로부터 출수 직전까지 연속적으로 주경을 채취하여 유수와 영화의 발달을 Cryo-SEM을 이용 관찰하였다. 1. 생식상으로 이행한 경정은 후드상의 지엽시원체 반대편 위쪽에 제1포엽시원체가 분화되었고, 그 상부에 1차지경시원체가 포시원세포층의 분화와 함께 향정적으로 분화 융기하였는데, 최상위의 1차지경시원체가 분화종료 후 유수의 생장점은 발육이 정지하여 퇴화하는 경우가 보여졌다. 2. 1차지경 시원체수가 분화 종료되면, 늦게 분화된 상위 1차지경시원체의 기부로부터 빠르게 신장 발육하면서 배축면에 2열 호생적으로 2차 지경과 소지경 시원체를 분화하였고, 각각의 지경 및 소지경은 발육을 계속하여 영화시원체를 분화발달시켰다. 3. 1, 2차지경 시원체의 분화 징후는 기부에서 포엽 또는 포모가 되는 포시원세포의 분화융기로부터 시작되었으며, 각 지경시원체는 포모 또는 포엽에 액생하는 형식으로 착생하였다. 4. 1수내 위치별 영화의 발육순서는 상위 1차지경의 정단부 영화일수록 빠랐으며, 하위1차지경의 기부측 2차지경의 영화일수록 느렸는데, 약 7∼10일 정도 발육의 차이가 있었다. 또한 각 1차지경 및 2차지경의 영화에서는 정단에서 2번째 영화의 발육이 느리고 그 크기도 작았다. 5. 유수와 영화의 기본적인 분화 발달과정은 두 품종에서 유사한 양상을 나타냈으나, 밀양 2003는 1차지경 시원체수가 고시히카리보다 2개 정도 많이 분화되었고, 중하위 1차지경에서는 많은 2차시경시원체가 분화하는 경향이었는데, 일부의 2차지경에서는 3차지경시원체와 3차지경으로부터 영화 시원체의 분화가 관찰되었다. 또한 유수의 크기는 전 유수발달기를 통하여 항상 밀양 2003가 고시히카리보다 컸다.

  • PDF

작성자 분석 기반의 공격 메일 탐지를 위한 분류 모델 (A Classification Model for Attack Mail Detection based on the Authorship Analysis)

  • 홍성삼;신건윤;한명묵
    • 인터넷정보학회논문지
    • /
    • 제18권6호
    • /
    • pp.35-46
    • /
    • 2017
  • 최근 사이버보안에서 악성코드를 이용한 공격은 메일에 악성코드를 첨부하여 이를 사용자가 실행하도록 유도하여 공격을 수행하는 형태가 늘어나고 있다. 특히 문서형태의 파일을 첨부하여 사용자가 쉽게 실행하게 되어 위험하다. 저자 분석은 NLP(Neutral Language Process) 및 텍스트 마이닝 분야에서 연구되어지고 있는 분야이며, 특정 언어로 이루어진 텍스트 문장, 글, 문서를 분석하여 작성한 저자를 분석하는 방법들은 연구하는 분야이다. 공격 메일의 경우 일정 공격자에 의해 작성되어지기 때문에 메일 내용 및 첨부된 문서 파일을 분석하여 해당 저자를 식별하면 정상메일과 더욱 구별된 특징들을 발견할 수 있으며, 탐지 정확도를 향상시킬 수 있다. 본 논문에서는 기존의 기계학습 기반의 스팸메일 탐지 모델에서 사용되는 특징들과 문서의 저자 분석에 사용되는 특징들로부터 공격메일을 분류 및 탐지를 할 수 있는 feature vector 및 이에 적합한 IADA2(Intelligent Attack mail Detection based on Authorship Analysis)탐지 모델을 제안하였다. 단순히 단어 기반의 특징들로 탐지하던 스팸메일 탐지 모델들을 개선하고, n-gram을 적용하여 단어의 시퀀스 특성을 반영한 특징을 추출하였다. 실험결과, 특징의 조합과 특징선택 기법, 적합한 모델들에 따라 성능이 개선됨을 검증할 수 있었으며, 제안하는 모델의 성능의 우수성과 개선 가능성을 확인할 수 있었다.

대학입학전형유형별 신입생의 입학 후 대학생활 비교 연구 -K대학 사례분석- (A Comparative Study of After Entering College Freshman's Life Based on Their Different University Admission Types)

  • 양은목;서창호;홍도원;김종훈
    • 디지털융복합연구
    • /
    • 제14권4호
    • /
    • pp.437-448
    • /
    • 2016
  • 본 연구는 대학에서 학생들에게 입학과 함께 전문지식과 덕성을 갖출 수 있도록 관리 지원하는 프로그램(K-Leader마일리지)을 통해 대학생의 핵심역량 데이터를 입학전형 유형별로 나누어 그 차이를 비교 분석하였다. 분석결과는 리더십과 인간관계 영역을 제외하고 나머지 영역은 상대적으로 활동인원이 많이 부족한 것으로 나타났다. 리더십과 인간관계는 수능위주(수능) > 학생부위주(교과), 학생부위주(종합) 학생부위주(교과) 수능위주(수능) > 수능위주(수능+학생부), 글로벌 영역은 수능위주(수능+학생부) 수능위주(수능) > 학생부위주(종합), 수능위주(수능+학생부) 수능위주(수능) > 학생부위주(교과), 진로 및 취업활동은 학생부위주(종합) 학생부위주(교과) > 수능위주(수능+학생부), 마일리지점수 합계는 수능위주(수능) > 학생부위주(교과) 수능위주(수능)의 결과로 나타났다. 이러한 결과로 볼 때, 리더십과 인간관계의 항목인 공동체 참여의 활동만으로 보면 기존 연구와 같이 학생부위주(종합)전형의 학생이 학교생활을 잘한다는 연구 결과와 같다. 그러나 본 논문에서의 K-Leader 마일리지 분석결과는 수능위주(수능)전형이 대학생활을 잘 한다는 결과를 얻을 수 있었다.

벼의 칼슘-의존성 단백질 카이네즈 유전자인 OsCPK11의 기능적 분석 (A Functional Analysis of OsCPK11, a Calcium-dependent Protein Kinase (CDPK) Gene in Rice)

  • 이수희;이정은;필립 데이;사이몬 길로이;김성하
    • 생명과학회지
    • /
    • 제27권11호
    • /
    • pp.1233-1244
    • /
    • 2017
  • Calcium-dependent protein kinases (CDPKs)는 칼슘 이온을 매개로 한 신호전달 경로에서 중요한 역할을 한다. 벼(Oryza sativa)에는 29개의 CDPKs가 확인되었지만 그들의 기능은 완벽히 밝혀지지 않았다. 이 연구는 OsCPK11 유전자에 초점을 맞춰 그것의 기능적인 특징을 조사하였다. 벼의 어린 잎, 성장한 잎, 꽃에서 OsCPK11 유전자의 조직-특이적 발현이 확인되었고, 지베렐린이 처리된 벼의 호분층에서도 이 유전자의 발현을 확인할 수 있었다. Tos-17이 삽입된 oscpk11의 표현형에서 돌연변이체 각각의 키는 야생형과 구분되지 않았지만, 영과의 수나 무게는 통계적으로 유의미한 차이가 있었다. 덧붙여 많은 돌연변이체 낟알의 배젖에서 white belly materials이 확인되었다. OsCPK11의 cDNA가 cloning되었고, 약 60.5 kD인 OsCPK11 단백질이 GST affinity chromatography와 SDS-PAGE에 의해 얻어졌다. 아미노산 서열 분석을 통해 OsCPK11이 전형적인 CDPKs의 구조적 특징을 가짐을 알 수 있었다. 이 결과는 OsCPK11유전자의 기능과 식물에서 칼슘 이온을 매개로 한 신호전달 경로에 CDPK 역할의 유용한 정보를 제공해줄 것이다.