• Mycobiology
• /
• 제28권1호
• /
• pp.11-16
• /
• 2000

The nucleotide sequences of the internal transcribed spacer (ITS) regions of the ribosomal DNA including the 5.8S ribosomal RNA gene (rDNA) have been determined for 11 species in order to analyze their intrageneric relationships. The total length of these sequences ranged from 530 nucleotides for Trichoderma reesei KCTC 1286 to 553 nucleotide for Trichoderma koningii IAM 12534. Generally speaking, the length of ITS1 region was about 30 nucleotides longer than that of the ITS2 region. Also, the sequences of 5.8S rDNA were more conserved in length and variation than those of ITS regions. Although the variable ITS sequences were often ambiguously aligned, the conserved sites were also found. Thus, a neighbor-joining tree was constructed using the full sequence data of the ITS regions and the 5.8S rDNA. The Trichoderma genus used to be grouped on the basis of the morphological features and especially the shape of phialides needs to be reexamined. The phylogenetic tree displayed the presence of monophylogeny in the species of Trichoderma. Therefore, it was difficult to distinguish the intrageneric relationships in the Trichoderma genus.

• 한국유기농업학회지
• /
• 제22권4호
• /
• pp.855-868
• /
• 2014

파프리카에 발생하는 병들을 방제하기 위하여 합성농약이 광범위하게 사용되어왔지만 최근에 수많은 농약사용의 부작용에 대한 관심이 증가 하고 있다. 파프리카 주요병인 잿빛곰팡이병, 줄기 및 과실썩음병, 역병, 균핵병, 시들음병을 방제하기 위한 미생물을 분리하고 특성을 파악하기 위하여 본 연구를 실시하였다. 지방산분석과 16S rDNA 염기배열은 이 연구에서 분리한 YKJ1가 Serratia marcescens 그룹에 속하는 것을 밝혔다. 특히, YKJ1의 16S rDNA 염기배열은 S. marcescens의 염기서열과 99% 상동성을 보였다. 광학현미경을 통해 YKJ1처리에 의해 병원균의 포자 발아 및 균사 생장이 저해됨을 확인 하였다. YKJ1처리는 팽윤균사와 같은 현저한 형태적 변화와 세포벽의 분해를 유발하였다. 역병균의 경우 유주자낭의 형성이 억제되었다. 본 연구에서 동정한 S. marcescens는 S. marcescens-YKJ1으로 부르고자 한다. 포장실험등과 같은 시험이 차후 더 요구되어지나 파프리카의 주요 병관리를 위한 생물적 방제제의 하나로 가치가 있을 것으로 생각된다.

• Parasites, Hosts and Diseases
• /
• 제34권2호
• /
• pp.127-134
• /
• 1996

형태학적으로 카스텔라니가시아메바 혹은 대식가시아메바로 동정된 12 분리주들과 쿨버트손가시 아메바. 힐리가시아메바(Aconthomoeba hedwi) 팔레스타인가시아메바(A. plestinenis) 별가시아메바의 small subunitribosomal RNA유전자(ssu rDNA) 중 conserved region을 PCRR 증폭하여 제한효노절단부위를 비교하떴다. 별가시아메바의 PCR증폭 산물의 크기는 1.170 bp였고 나머지 분기주들의 것은 910-930 bp 사이였다 카스텔라너가시아메바로 분류건 여섯 주간의 추정 염기치찬율의 평근은 9.BPg였고. 대식가시아떼바로 분류된 분리주간의 그 평근은 9 6U였다. 카스텔 라니가시아메바로 분류된 여섯 분리주들 사이의 최대 염기치환율은 Chang주와 Ma주 사이의 (7 3%)였고 대식가시아메바로 분류된 여섯 분리주간의 최대 염기치환율은 1A/S3주와 KA/S7주 사이의 (16.1%)였다. 이들 종내 최대 염기치환율은 Castellani주 혹은 CCAP 1501/12g주와 KA/S3 주 사이에거 나타난 카스텔라니가시아메바와 대식가시아떼바간의 종간 최소 염기치환율(2.6%)보 다 횔씬 컸나. 쿨버트손가시아메바. 힐리가시아메바 팔레스타인가시아메바 및 별가시아메바의 PCR-RFLP 양상은 카스텔라니가시아메바 또는 대식가시아메바로 동정된 분리주들의 것들과 그리 고 강호간에서도 높은 염기치환율(평균 23 6%)을 보였다. 이상의 성적으로 미루어 보아 가시아메바속의 분류는 재평가 해 보아야 할 건으로 생각된다 A. healyi와 A. palestinensis의 우리말 이름을 각각 힐리가시아메바와 팔레스타인가시아메바로 제안한다.

• International Journal of Oral Biology
• /
• 제42권3호
• /
• pp.143-147
• /
• 2017

In a previous study, Peptoniphilus mikwangii was isolated from the human oral cavity as a new species. The purpose of this study was to develop P. mikwangii-specific PCR primers. The PCR primers were designed, based on the nucleotide sequence of 16S ribosomal RNA (16S rDNA). The specificity of the primers was tested using genomic DNAs of 3 strains of P. mikwangii and 27 strains (27 species) of non-P. mikwangii bacteria. The sensitivity of primers sensitivity was determined using PCR, with serial dilutions of the purified genomic DNAs (4 ng to 4 fg) of P. mikwangii KCOM $1628^T$. The data showed that P. mikwangii-specific qPCR primers (B134-F11/B134-R1 & B134-F5/B134-R5) could detect only P. mikwangii strains, and 400 fg or 40 fg of P. mikwangii genome DNA. These results suggest that PCR primers are useful in detecting P. mikwangii from the oral cavity.

• Journal of the Korean Wood Science and Technology
• /
• 제34권1호
• /
• pp.68-78
• /
• 2006

돈분뇨 분해 장치의 발효 속도를 가속화시키는 토착미생물의 확보를 위하여 우리나라 각 지역에서 수집한 균주 중 우수한 균주를 선별하고 168 rDNA 증폭에 의한 동정을 실시하여 돈분뇨 분해에 관여하는 균주의 특성을 확인하기 위해 본 연구에서는 총 23장소(서울, 충청, 강원, 전북, 전념, 경남 지역)에서 28종류의 부숙 퇴비를 수집하여 생균수를 조사한 결과 대체적으로 $1{\times}10^5{\sim}10^8$의 분포 밀도를 보였다. 분리한 균주의 효소 생산 역가결과는 $30^{\circ}C$에서 보다 $55^{\circ}C$에서 배양된 고온호기성박테리아가 상대적으로 높은 섬유소분해효소와 전분분해효소 생산력을 보였고, genomic DNA의 추출에 의한 168 primer로 증폭하여 염기서열을 결정한 결과 돈분뇨 발효에 관여하는 고온호기성박테리아는 15종으로 동정되었다. 그 중 미생물제재를 제조하기 위하여 효소 역가 면에서도 우수성을 보이고 내생 포자를 형성하는 균주는 Bacillus subtihs로 확인되었다.

• 한국식품저장유통학회지
• /
• 제17권3호
• /
• pp.410-417
• /
• 2010

우리나라 전통발효식품의 하나인 청국장으로부터 고 비활성 세포외 protease 생산능이 우수한 균주를 분리하고 그 특성을 조사하였다. 분리된 균주 중 D14 균주 배양 상징액의 protease 활성이 15.2 U/mL로서 가장 강하였으며 비활성 또한 40.0 U/mg protein으로서 가장 강하게 나타났다. 이 균주의 특성을 조사한 후 Berge's Manual of Systematic Bacteriology에 준하여 Bacillus subtilis로 동정하였다. 균주 D14의 16S rDNA 염기서열을 분석하여 B. subtilis subsp. subtilis NCIB 3610 균주와 99.9%의 상동성을 가짐을 확인 하였다. 또한 16S rDNA의 염기서열을 토대로 계통분석을 통하여 다른 Bacillus sp.의 균주들보다 NCIB 3610 균주와 유전적으로 매우 가까운 관계에 있음을 확인하였다. Soluble starch는 사용한 탄소원 중 가장 높은 수준의 protease 생산능을 보였으나 단당류, 이당류 등은 모두 효소 생산능에 대하여 저해효과를 나타내었다. 특히 fructose를 첨가한 경우에는 12.7%, glucose를 첨가한 경우에는 35.9% 수준의 효소 생산능을 나타내었다. 질소원의 경우는 soytone의 첨가구에서 대조구에 비하여 약 61.4% 수준의 효소활성을 나타내어 저해효과가 가장 높았으며 다른 질소원은 효소 생산에 크게 영향을 미치지 않았다.

• 한국유기농업학회지
• /
• 제23권1호
• /
• pp.133-148
• /
• 2015

Although several adverse effects have been increased in recent years, synthetic agro-chemicals have been widely used to control diseases on paprika. This research was conducted to isolate and to characterize the antagonistic microorganism to control major paprika diseases, gray mold rot, fruit and stem rot, phytophthora blight, sclerotium rot, and wilt disease. Analysis of the fatty acid and analysis of the 16S rDNA gene sequence revealed that YKJ2 isolated in this research belongs to a group of Burkholderia cepacia. Specially, 16S rDNA gene sequence of YKJ2 showed 99% of sequence similarity with B. cepacia. Observation through the optical microscope revealed that YKJ2 was effective on suppression of the spore germination and the hyphal growth of pathogens. YKJ2 treatment on pathogens induced marked morphological changes like hyphal swelling and degradation of cell wall. In the case of phytophthora blight, the zoosporangium formation was restrained. On the basis of the results of this study, we propose that an antagonistic microorganism, B. cepacia, found in this study naming as "B. cepacia strain YKJ2" and has great potential as one of biological control agents against major diseases of paprika.

• 식물병연구
• /
• 제10권1호
• /
• pp.63-68
• /
• 2004

벼에서 문제시되는 도열병과 잎집무의마름병을 생물학적으로 방제하기 위해 병원균과 생태학적 지위가 비슷한 벼 뿌리에서 내생하는 S. marcescens 23 균주를 분리하였다. 선발 균주들을 공시하여 R. solani와 P. grisea에 대한 길항능력을 검정하여 R. solani와 P. grisea에 각각 83.9％. 88.3％의 높은 억제율을 보인 RSm220 균주를 선발하였다. 선발된 RSm220은 생리ㆍ생화학적 특성 검정결과 S. marcescens type strain과 높은 상관성을 나타내었고. 16S rDNA sequencing에 의한 계통 분석에 의해 S. marcescens의 16S rDNA sequence에 98.2％ 유사성을 나타내어 S. marcescens로 동정되었다 내생성 S. marcescens RSm220은 벼 도열병과 잎집무늬마름병에 대한 생물학적 방제제로의 사용이 가능할 것으로 사료된다.

• 환경생물
• /
• 제22권1호
• /
• pp.66-74
• /
• 2004

한국에 분포하고 있는 개구리 속에 대한 염기서열을 결정하고 상호 비교하여 종간 유전적 변이 정도를 밝히고자 한국산 개구리 속 6종과 일본산 개구리 속 1종에 대한 미토콘드리아 165 rDNA를 분석하였으며, Gene-bank에 수록된 일본산 산개구리류 3종도 함께 비교 분석하여 총 437 bp의 염기서열을 결정하였다. 산개구리류 7종에 대한 similarity는 91.3∼97.3％이며, 참개구리류는 96.1∼97.3％로 나타났다. 또한, 참개구리류와 옴개구리류의 genetic distance가 참개구리류와 산개구리류보다 더 가깝게 나타났다. Neighbor-joining분석에서 참개구리류와 산개구리류로 2개의 cluster를 형성하였는데, 이 중산개구리류는 총 3개의 subcluster를 형성하였다. 또한, 참개구리는 내륙지방과 도서지방에 분포하는 집단이 각각 나눠지는 것은 지리적 격리에 의한 결과라고 사료된다. Maximum-likelihood분석도 NJ 분석 결과와 매우 유사하게 나타났으나 옴개구리(R. rugosa)는 NJ와 ML분석에서 서로 상반된 결과를 나타냈다. 이는 한국산 옴 개구리가 남부지역과 기타 지역에서 유전적 차이가 크게 나타나며, 일본 집단과 외부 특징에서 차이를 보이는 등 문제점을 가지고 있기 때문에 보다 다양한 연구가 이루어져야 올바른 해석 이 가능하리라 판단된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제16권12호
• /
• pp.1882-1889
• /
• 2006

A 16S rDNA clone library was generated to investigate the bacterial diversity in intertidal sediment from the coast of the Yellow Sea, P. R. China. A total of 102 clones were sequenced and grouped into 73 OTUs using a phylogenetic approach. The sequenced clones fell into 11 bacterial lineages: Proteobacteria, Bacteroidetes, Planctomycetes, Chloroflexi, Acidobacteria, Actinobacteria, Firmicutes, Spirochaetes, and candidate divisions of BRCl, OP3, and OP1l. Based on a phylogenetic analysis of these bacteria, together with the ten most closely related sequences deposited in the GenBank, it was concluded that intertidal bacteria are most likely derived from marine bacteria with a remarkable diversity, and some are particularly abundant in intertidal sediment.