• Journal of Plant Biotechnology
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• 제33권4호
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• pp.289-295
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• 2006

국내에서 유통되고 있는 토마토 품종의 판별 방법에 SSR marker의 이용 가능성에 대한 연구를 수행하여 얻어진 결과를 요약하면 다음과 같다. 토마토 28품종을 18개의 SSR marker를 이용하여 분석하였을 때 대립유전자의 수는 $2{\sim}9$개로 비교적 다양한 분포를 나타내었으며 전체 60개의 대립유전자가 분석되었다. PIC 값은 $0.476 {\sim}0.800$ 범위에 속하였으며 평균값은 0.607로 나타났다. SSR marker를 이용하여 작성된 토마토 28품종의 품종간 유전적 거리는 $0.35{\sim}0.97$의 범위로 나타났고, 유사도 지수 0.36을 기준으로 할 때 28개 품종은 체리형 토마토 그룹과 일반형 토마토 그룹으로 나눌 수 있었으며, 공시 품종 모두 SSR marker의 genotype에 의해 뚜렷이 구분되었다. 이 연구결과는 토마토의 품종식별에 기초 자료로 유용하게 이용될 수 있는 것으로 나타났다.

• 생명과학회지
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• 제16권6호
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• pp.1001-1005
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• 2006

SSR markers를 이용하여 벼의 품종간 유전적 유연관계 분석과 품종식별 방법에 대한 연구를 수행하여 얻어진 결과를 요약하면 다음과 같다. SSR primer 50개와 벼 보급종 21품종을 PCR 반응시킨 결과 다형성을 뚜렷하게 나타내는 primer는 23개였으며, 각 marker에 의해 발생된 대립유전자의 수는 $2{\sim}9$까지 검출되었고, 평균값은 3.00개로 나타났다. 유전적 다형성 정도를 나타내어 주는 SSR marker의 PIC 값은 최소 0.091에서부터 최대 0.839까지 다양하게 분석되었다. SSR marker를 이용하여 분석된 벼 21품종에 대한 전체 유전적 유사도는 $0.59{\sim}0.92$의 범위에 속하였고 유사도 지수 0.65를 기준으로 할 때 4개의 그룹으로 구분되었다. SSR marker중에서 RM206, RM225, RM418, RM478은 marker genotype에 의해 21 품종에 대해 각각 고유한 밴드 특성을 나타내어 품종판별이 가능한 것으로 나타났다. 금후 이 연구결과는 벼 보급종의 품종식별을 위해 효과적으로 이용될 수 있는 것으로 나타났다.

• Mycobiology
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• 제47권4호
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• pp.466-472
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• 2019

For the purpose of protecting the rights of Lentinula edodes breeders, we developed a new simple sequence repeat (SSR) marker set consisting only of genetically independent tetranucleotide or longer core motifs. Using available genome sequences for five L. edodes strains, we designed primers for 13 SSR markers that amplified polymorphic sequences in 20 L. edodes cultivars. We evaluated the independence of every possible marker pair based on genotype data. Consequently, eight genetically independent markers were selected. The polymorphic information content values of the markers ranged from 0.269 to 0.764, with an average of 0.409. The markers could distinguish among 20 L. edodes cultivars and produced highly repeatable and reproducible results. The markers developed in this study will enable the precise identification of L. edodes cultivars, and may be useful for protecting breeders' rights.

• 한국작물학회지
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• 제52권1호
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• pp.51-54
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• 2007

Soybean has a morphological type with a broadened and flattened stem. Fasciation has been suggested as a new gene for soybean research. SSR marker linked to the $\Large f$ locus that controls fasciation phenotype has not identified within 10 cM. A mapping population consisting of 94 $F_2$ progenies was derived from a cross between wild type Clark (FF) and fasciation mutant C32 (${\Large f}{\Large f}$). The phenotype of $F_2$ individual plants was recorded at R2 and R3 growth stage from field. One-thousand 10-mer oligonucleotide RAPD primers and 29 SSR primers selected from the D1b+W of the soybean molecular linkage map were used. A genetic map was constructed from the segregating 35 RAPD, four SSR markers and one phenotypic(wild type/fasciation) marker. The segregation ratios of 3 : 1 observed in the $F_2$ population and the Chi-square values strongly suggest that the fasciation trait is controlled by a single recessive gene. Satt537 marker was linked to $\Large f$ locus at a distance of 9.6 cM. Assignment of the $\Large f$ locus to linkage group D1b+W and identification of markers can be used as an initial step for fine mapping of the $\Large f$ gene.

• 한국자원식물학회지
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• 제26권4호
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• pp.491-502
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• 2013

본 연구는 감 수집종의 분류 및 품종 육종을 위하여 EST-SSR 마커를 개발해 유전적 유연관계를 분석하고, 형태적 유연관계를 비교 분석하여 DNA 마커의 효율성을 극대화한 연구 결과이다. 경북농업기술원 상주감시험장에서 수집한 42품종을 대상으로 6가지의 양적형질(과실크기, 과고, 과경, 과경굵기, 과경길이, 종자크기)과 19가지의 질적형질(횡단면, 종단면, 골의 정도, 얕은 동심원 균열, 옆모양, 정부열과, 세로홈, 꽃받침 끝 주름, 배꼽 홈길이, 꽃받침 쪽의 홈, 꽃받침 크기)을 사용하여 형태적 유연관계를 분석하였다. 유전적 유연관계를 분석하기 위해 수집한 감에서 cDNA library를 만들어 sequence를 분석한 후, PCR을 통해 얻은 polymorphism이 인정되는 25개의 primer set에서 16개의 EST-SSR primer set를 선발하였다. 수집한 감 42품종의 형태적 유연관계와 개발한 14개의 EST-SSR 마커를 이용하여 유전적인 유연관계를 분석한 결과 형태적 유연관계에서는 여러 그룹이 형성되었지만 coefficient가 0.02 이하로 형성되어 형태적 특성을 사용해 분류하기는 어려웠다. 유전적 유연관계는 coefficient 0.77에서 3개 그룹으로 분류되어, 상주수수감과 상주수꽃감, 밀양반시와 밀양고동시, 영동반시와 영동수시는 각각 같은 그룹으로 분류되었다. 형태적 분석과 유전적 분석의 상관관계를 조사한 결과 형태적 분석의 유사도 거리와 유전적 분석의 유사도 거리 간의 값이 -0.03으로 유의성이 매우 낮게 나왔다. 본 실험에서 얻어진 분자마커는 (EST-SSR 마커) 국내 감육종 효율 증진뿐만 아니라 우수형질을 도입하는데 유용하게 이용할 수 있을 것으로 기대된다.

• 원예과학기술지
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• 제34권1호
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• pp.142-153
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• 2016

국내외에서 재배되고 있는 감귤속 식물 108 품종 및 유전자원과 SSR 마커를 활용하여 유전적 유사도 분석을 통한 품종식별력 검정 등에 대한 연구를 수행하였다. 감귤 8품종을 203개의 SSR 마커로 검정하여 반복 재현성이 높은 뿐만 아니라 다형성 정도가 높은 18개를 선정하였다. 이들 마커와 국내외에서 재배되고 있는 감귤 108품종을 검정하였을 때 마커당 평균 대립유전자수는 9.28개로 나타났고, 5-14개까지 다양한 분포를 나타내었다. PIC 값은 분자표지에 따라 0.417-0.791 범위에 속하였으며 평균값은 0.606으로 나타났다. 감귤류 108품종에 대하여 계통도를 작성하였을 때 감귤류 식물의 분류학적 특성 및 품종 육성의 계보도에 따라 13개의 그룹으로 크게 나누어졌다. 감귤류 식물 품종중 오렌지나 온주 밀감의 경우 대부분의 품종이 SSR 마커의 유전자형에 의해 구분이 되지 않은 것으로 나타났다. 본 연구에서 개발된 감귤속 식물의 품종별 SSR DNA 프로파일 데이터베이스는 감귤속 식물의 유전자원 특성평가와 육종가의 지식재산권 보호의 수단으로 유용하게 활용될 수 있을 것이다.

• 한국산림과학회지
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• 제102권1호
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• pp.59-65
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• 2013

대추나무는 우리나라에서 중요한 과수이다. 이전의 대추나무의 분류는 형태적 특성에 근거하였다. 그러나 표현형적인 특성은 환경의 영향 받아 정확한 품종 식별에 문제가 있다. 반면에 DNA 표지자는 빠르고 정확하게 식물종을 식별할 수 있다. I-SSR은 DNA를 이용한 분자표지의 하나로 유전적 유연관계와 가까운 관계에 있는 품종들의 식별에 유용하다. 본 연구에서는 16개의 I-SSR primer를 이용하여 5종의 한국 대추나무 품종과 중국에서 도입된 1종의 대추나무 품종을 분석하였다. I-SSR 분석을 통하여 primer당 6.25개인 100개의 증폭산물을 얻었고, 그 중 45개의 증폭산물(45%)이 다형성을 나타냈다. Primer별로 증폭된 밴드의 수는 2개에서 13개였다. 다형성 유전자좌의 비율은 10%에서 100%였다. I-SSR 지문분석 결과 '보은대추'와 '대리대추'는 분자수준에서 품종 특이적인 식별 가능한 DNA 패턴들이 나타났다. 군집분석결과 유전적 유사도지수는 0.68~0.92로 나타났다. '보은대추'와 '대리대추'가 독립적인 그룹들로 유집되었으며, '월출대추', '금성대추', '무등대추' 그리고 '복조대추'가 한 그룹으로 합쳐졌다. 이상의 결과로, I-SSR 표지를 이용한 분석방법은 '복조대추'와 '보은대추' 품종의 식별에 활용될 수 있음이 확인되었다.

• 한국육종학회지
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• 제40권2호
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• pp.119-127
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• 2008

A total of 41 microsatellite markers were used with 29 genotypes to examine the relationship between SSR polymorphisms and N-use efficiency related traits with a goal to identify the putative QTLs related to these traits. These primers yielded a total of 183 alleles (average 4.46 alleles per primer), and polymorphism information content (PIC) values of the SSRs ranged from 0.119 to 0.805 with mean value of 0.425. Correlation coefficients were obtained among the four N-use efficiency traits in the 34 accessions and significant positive correlations of relative ratios between grain yield and harvest index (r=0.3404) and total dry matter (r=0.7976), while N uptake showed a moderate level of correlation with the ratios of the grain yield and total dry matter, respectively. 36.5% (15/41) SSR markers were monomorphic among the 25 japonica accessions out of the 29 accessions. Association between SSR genotypes and phenotypic performances from the total (29) or japonica (25) accessions was tested based on a single point analysis. Three putative QTL regions were detected for the ratio of grain yield. These include the chromosomal region containing the RM283 locus on chromosome 1 and RM25 on chromosome 8 (all and japonica accessions) and the region with the SSR marker, RM206 on chromosome 11 (the japonica accessions). For the total dry matter ratio, two chromosomal regions were identified as the putative QTL region. One is the region with the SSR marker, RM162 on chromosome 6 (all and japonica accessions) and the other was the one with the SSR marker RM25 on chromosome 8 (the japonica accessions). Among these markers, RM25 showed associations with both traits.

• 생명과학회지
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• 제21권3호
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• pp.468-472
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• 2011

DNA 마커는 유전현상 분석이나 품종육성에 널리 사용되고 있다. 본 연구에서는 내냉성 오이 계통인 'NC76'과 냉해 감수성 계통인 'GY14'로부터 내냉성 연관 마커을 목적으로 기존의 총 995개 SSR 마커의 다형성을 평가하였다. Agarose gel 전기영동법으로 'NC76과 'GY14' 간 PCR증폭 산물의 길이 다형성을 보이는 145개 SSR 마커를 개발하였으며, high resolution melting (HRM) 기술을 사용하여 염기서열 다형성을 보이는 30개의 SSR 마커를 확인하였다. 개발된 175개 SSR 마커 중 20개 마커를 선발하여 'NC76'과 'GY14' 간 $F_2$ 분리 집단에 대한 연관지도를 작성하였으며 그 결과 13개의 마커가 예상했던 연관군에 일치하여 위치됨을 확인할 수 있었다. 따라서 본 연구에서 확인된 175개의 SSR 마커는 향 후 냉해 저항성 연관 마커 개발을 위한 오이 유전자 지도 작성 및 이를 통한 품종 육성에 크게 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

• 한국작물학회지
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• 제48권1호
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• pp.56-64
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• 2003

If a quantitative trait loci (QTL) marker identified in a population is applicable to different populations (marker universality), this will not only reduce the labor and cost in marker assisted selection (MAS), but accelerate the application of molecular markers to real breeding programs. Present study aims to evaluate the defined QTL related markers from a population to a different breeding population for the MAS. Four rice breeding populations were subjected to seventy-five simple sequence repeat (SSR) markers which were already identified for their polymorphism information content (PIC) in the parents of the crossings. Among them, eight markers were evaluated for their correlation between presence of marker alleles and phenotypic expression in breeding populations. A reasonable level of polymorphism for the mapped markers originated from any sources of rice accessions was observed between crosses of any sources (marker repeatability). However, correlation between presence of markers and expression of the traits in rice breeding populations was not significant except for minor portion of traits and markers examined (failure of marker universality). In the present study, various strategies were discussed to develop new markers with universality of breeding application.