• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권10호
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• pp.1616-1621
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• 2007

We have established a SYBR Green-based realtime PCR method using AnyDirect solution, which enhances PCR from whole blood, for direct amplification of the virA gene of Shigella flexneri and the invA gene of Salmonella typhimurium from human feces without prior DNA purification. When we compared the efficiency of conventional or realtime PCR amplification of the virA and invA genes from the supernatant of boiled feces supplemented with S. flexneri and S. typhimurium in the presence or absence of AnyDirect solution, amplification products were detected only in reactions to which AnyDirect solution had been added. The detection limit of real-time PCR was $1{\times}10^4\;CFU/g$ feces for S. flexneri and $2{\times}10^4\;CFU/g$ feces for S. typhimurium; this sensitivity level was comparable to other studies. Our real-time PCR assay with AnyDirect solution is simple, rapid, sensitive, and specific, and allows simultaneous detection of S. flexneri and S. typhimurium directly from fecal samples without prior DNA purification.

• 대한원격탐사학회지
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• 제38권5_3호
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• pp.979-989
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• 2022

본 연구는 유독 와편모조류 Alexandrium pacificum의 조기 감지 여부를 조사하기 위해 홀 소자 센서(Hall element sensor)를 활용하여 진주담치(Mytilus edulis)와 참굴(Crassostrea gigas)의 패각운동(shell valve movements, SVMs) 변화를 살펴보았다. 무독성 조류 Isochrysis galbana에 대한 SVMs는 M. edulis와 C. gigas에서 모두 증감이 관찰되지 않았다. 하지만 마비성 패독(paralytic shellfish poisoning, PSP)을 유발하는 A. pacificum에 노출됨에 따라 M. edulis와 C. gigas는 폭로 전후로 약 12시간 동안 평균 SVMs가 각각 1.25 times/hr에서 2.13 times/hr 그리고 2.23 times/hr에서 8.91 times/hr로 증가하였다. M. edulis는 A. pacificum에 노출되고 1시간 이내에 SVMs가 증가한 뒤 점차 감소한 추세를 보였지만, C. gigas는 노출 후 4시간까지도 높은 SVMs를 보여, C. gigas가 M. edulis보다 유독 와편모조류에 대한 민감성이 높은 것으로 보였다. 따라서 이러한 결과들은 유독 와편모조류 A. pacificum의 출현 시 조기 감지를 할 수 있는 생물모니터링 시스템 체계 구축에 기초자료로 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

• 한국식품과학회지
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• 제29권4호
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• pp.630-634
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• 1997

N-glycanase처리에 의해 얻어진 1-amino-oligosaccharide를 FMOC-Cl로 표식 하는 방법을 확립하였다. 이 방법에 의해 얻어진 FMOC-표식 oligosaccharides는 기존의 방법보다 약 4배의 감도를 나타내었다. Amido 80 column을 사용한 분석에 의하여, Man 5-9 GlcNAc 2 amines의 5개의 성분은 각각 분리되어 용출 되었으며, 회수율은 기존의 방법과 거의 같았다. 1-amino-oligosaccharides는 0.05 pmol에서 1.5 pmol 사이에서 직선적인 관계를 나타내었으며, 2-aminopyridine에 의한 표식과 비교하였을 때, 안정된 화합물을 형성하고 있으며, 감도가 높아 미량의 oligosaccharides의 분석에 매우 적합한 것이 확인되었다.

• Journal of Photoscience
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• 제3권2호
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• pp.77-83
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• 1996

Photosensitization via the singlet oxygen ($^1O_2$) mechanism by the binuclear iron-sulfur center, denoted as [2Fe-2S], was investigated, using a highly purified ferredoxin (Fd) preparation from spinach leaves. Since the apoprotein of Fd contains a good number of amino acid residues that are readily reactive with $^1O_2$ and thus interfere with the detection of $^1O_2$ generated from [2Fe-2S], we attempted to deprive the $^1O_2$-sensitive residues of their $^1O_2$-scavenging capacity as much as possible by treating Fd with rose bengal plus 550 nm monochromatic light and thereby photooxidatively degrading these residues. The photochemically modified Fd was found to keep the structural integrity of its Fe-S group virtually unaffected by the treatment. By employing chemical trap method for measurement and examining the kinetic effects of azide and deuterium oxide on the reactions of $^1O_2$ with various trap compounds, we were able to demonstrate that [2Fe-2S] indeed acts as a photosensitizer via $^1O_2$. Further, the minimum quantum yield of $^1O_2$ production by [2Fe-2S] was estimated to be 0.0047.

• 대한전기학회논문지:전력기술부문A
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• 제51권10호
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• pp.495-501
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• 2002

A difference based current transformer (CT) saturation detection algorithm uses the third difference of a secondary current to detect the instants of the beginning/end of saturation. The third difference of a secondary current contains high frequency components when a CT is saturated. Thus, an effect of an anti-aliasing lowpass filter implemented in digital protection relays on the detection algorithm should be studied. This paper describes performance analysis of a lowpass filter on the CT saturation detection algorithm. The cutoff frequency of the lowpass filter is normally set to be half of a sampling frequency. In this Paper, two sampling frequencies of 3,840 (Hz) corresponding to 64 sample/cycle (s/c) and 1,920 (Hz) corresponding to 32 (s/c) are studied; the cutoff frequencies of the lowpass filters are set to be 1,920 (Hz), 960 (Hz) and 960(Hz), 480(Hz), respectively. And the proposed algorithm is verified by experiment. A 2nd order Butterworth filter is designed as a lowpass filter. The test results and experiment results clearly indicate that the saturation detection algorithm successfully detects the instants of the beginning/end of saturation even though a secondary current is filtered by the designed lowpass filters.

• 한국정보처리학회:학술대회논문집
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• 한국정보처리학회 2022년도 추계학술발표대회
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• pp.715-717
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• 2022

객체 탐지는 디지털 이미지나 비디오에서 유의미한 객체를 탐지하는 작업을 말한다. 이 작업은 객체가 있는 곳에 경계상자를 그리는 Localization과 객체의 Class를 구분하는 Classification 이 두 단계로 나눌 수 있는데, 각각의 단계를 순차적으로 행하는 2-stage detection 방식과 동시에 행하는 1-stage detection 방식을 실시간으로 마스크 착용여부를 탐지하는 프로그램에 적용하면서 속도와 성능을 비교하고 어떤 방식이 적합한지 연구한다

• Genomics & Informatics
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• 제7권1호
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• pp.32-37
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• 2009

The quality assurance (QA) is of utmost importance in biobanks when archived biomaterials are distributed to biomedical researchers. For sample authentication and cross-contamination detection, the two fundamental elements of QA, STR genotyping is usually utilized. However, the incorporated number of STR markers is highly redundant for biobanking purposes, resulting in time and cost inefficiency. An index to measure the cross-contamination detection capability of an STR marker, the mixture probability (MP), was developed. MP as well as other forensic parameters for STR markers was validated using STR genotyping data on 2328 normal Koreans with the commercial AmpFlSTR kit. For Koreans, 7 STR marker (D2S1338, FGA, D18S51, D8S1179, D13S317, D21S11, vWA) set was sufficient to provide discrimination power of ${\sim}10^{-10}$ and cross-contamination detection probability of ${sim}1$. Interestingly, similar marker sets were obtained from African Americans, Caucasian Americans, and Hispanic Americans under the same level of discrimination power. Only a small subset of commonly used STR markers is sufficient for QA purposes in biobanks. A procedure for selecting optimal STR markers is outlined using STR genotyping results from normal Korean population.

• 대한전자공학회논문지TC
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• 제43권2호
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• pp.56-65
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• 2006

본 논문에서는 멀티패스 채널의 지연프로필이나 채널에 부가되는 잡음에 영향을 받지 않으면서 정확한 GI검출 성능을 보이는 간단한 구조의 수정차분방식의 동기검출 방식에 있어서 동기 검출점에서의 S/N비율과 동기점 검출성능과의 관계를 보여준다. 컴퓨터 시뮬레이션에서는 또 IEEE802.11a 표준의 OFDM 프레임을 사용하고 쇼트와 롱 트레이닝의 4심볼을 심볼 동기타이밍 검출에 사용한다. 수신 OFDM신호위상이 1심볼내에서 ${\pi}/2$이내로 일어나는 최소위상채널은 물론 ${\pi}$까지 회전하는 비최소위상 채널에서도 수정차분방식은 채널에 부가되는 잡음전력의 크기에 관계없이 OFDM신호의 1샘풀간격 이내의 오차로 타이밍을 검출해내는 성능을 보인다.

• 미생물학회지
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• 제42권1호
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• pp.19-25
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• 2006

치아우식중의 원인균 중 하나인 Streptococcus mutans를 종 수준에서 동정할 수 있는 중합효소연쇄반응 프라이머를 개발하기 위하여 본 연구를 시행하였다. 표준균주인 S. mutans ATCC $25175^T$및 본 연구에서 이용된 S. mutans 균주들의 16S rRNA 유전자 핵산염기서열을 바탕으로 S. mutans 종-특이 중합효소연쇄반응 프라이머(ChDC-SmF2와 ChDC-SmR2)를 설계 및 제작하였다. 프라이머의 특이도는 S. mutans 11균주와 구강 내 존재하는 12세 균 종(22균주)을 대상으로 실시하였다. 프라이머의 민감도는표준균주인 S. mutans ATCC $25175^T$의 유전체 DNA를 추출하여 실시하였다. 프라이머의 특이도 실험결과 10균주의 S. mutans 유전체 DNA에서만 종-특이 중합효소 연쇄반응 산물이 증폭되었고, 다른세균종의 유전체 DNA에서는 증폭되지 않았다. 또한 감수성 실험 결과 본 연구에서 사용된 프라이머는 direct PCR에 의해 S. mutans ATCC $25175T\^T$ 유전체 DNA 100 pg까지 검출 할 수 있었다. 또한 27F와 1492R 프라이머로 16S rDNA를 먼저 증폭한 다음, 이 증폭물 10배 회식한 것을 표적으로 해서 nested PCR을 시행한 결과 S. mutans ATCC $25175^T$ 유전체 DNA를 2 fg까지 검출할 수 있었다. 이상의 결과를 종합할 때, ChDC-SmF2와 ChDC-SmR2 프라이머들은 S. mutans 균주 유전체 DNA에 대한 높은 민감도를 가지고 있으며, 종-특이적으로 동정 및 검출하는 데 이용될 수 있을 것으로 생각된다.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제52권12호
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• pp.1358-1363
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• 2009

목 적:호흡기 감염의 증상이 없는 소아들을 대상으로 다중 역전사중합효소연쇄반응법(multiplex reverse transcription-polymerase chain reaction; mRT-PCR)을 이용하여 비인두 상주균의 이환율을 알아보고자 하였다. 방 법:2008년 7월 25일부터 28일까지 33명의 소아들을 대상으로 비강 면봉채취법으로 검체를 채취하였으며, 이들은 검체 채취 당시 심각한 호흡기 감염의 증상이 없었다. 모아진 검체에서 DNA를 추출한 후 multiplex primer set ($Seeplex^{(R)}$ PneumoBacter ACE Detection, Seegene, Seoul, Korea)로 PCR을 진행하였다. 증폭된 반응산물은 2% agarose gel과 전기 영동 자동화 시스템인 screen tape system (Lab901, Scottland, UK)에 각각 전기 영동하여 확인하였다. 결 과:전체 33명의 소아 중 남아는 15명 여아는 18명이었으며, 나이는 3.2세에서 16.3세로 중앙값은 8.2세였다. mRT-PCR 결과 30명(90.9%)의 소아들에서 양성을 보였으며(S. pneumoniae, H. influenzae, C. pneumoniae, B. pertussis), 이들 중 13명(39.4%)에서 2가지 이상의 균이 검출되었다. 균의 종류로는 12명(36.4%)에서는 S. pneumoniae와 H. influenzae, 1명(3.0%)에서는 S. pneumoniae, H. influenzae와 C. pneumoniae이 검출되었다.. 결 론:mRT-PCR은 비인두 상주균의 동정에 있어서 민감도가 높은 방법으로 생각된다. 하지만 비인두 상주균에 대한 PCR 결과가 소아들의 임상 양상과 어느 정도 일치할지에 대해서는 더 많은 연구가 필요할 것으로 생각된다.