• 제목/요약/키워드: RT-PCR detection

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Noninvasive Prenatal Diagnosis using Cell-Free Fetal DNA in Maternal Plasma: Clinical Applications

  • Yang, Young-Ho;Han, Sung-Hee;Lee, Kyoung-Ryul
    • Journal of Genetic Medicine
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    • 제8권1호
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    • pp.1-16
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    • 2011
  • 현재 사용되고 있는 침습적 산전진단법(양수천자, 융모막샘플링)은 1-2%의 태아 손실이 초래되어, 비침습적 산전진단법이 산전진단의 궁극적인 목표로 대두되어 왔다. 1997년 Dr. Lo에 의해서 임신부 혈장 내에 세포 유리 태아 DNA (cffDNA)의 존재가 발견된 후 비침습적 산전진단의 새로운 가능성이 열렸으며, 과거 10년간 이에 대한 연구의 많은 진전을 보여주고 있다. 최근에 cffDNA를 이용한 Hemophilia A와 듀센형 근이영양증 등 반성 유전병(X-linked disorders) 진단에 필수적인 산전태아의 성 판정과 RhD-음성 임신부에서 태아의 RhD유전자 핵형 분석 등이 이미 외국에서 임상적으로 적용되고 있으나, 한국에서는 아직 실용화되지 않고 있다. CffDNA의 임상 사용에는 여전히 많은 제약점이 있으며, 이는 임신부 혈장 내 cffDNA 양에 비해 많은 양의 모태 DNA가 존재하고, 종래에 사용되었던 특이적인 Y염색체 유전자(Y-specific gene)는 남아 태아 임신 시에만 적용된다는 것에 기인한 다. 따라서 모든 태아에 적용할 수 있는 태아 성과 무관한 마커(sex-independent universal fetal marker as internal positive controls)가 요구되며, 이를 이용하여 정확한 태아 DNA를 검출할 수 있다. 본 연구진은 국내 처음으로 임신부 혈장 내에 cffDNA를 이용하여 SRY 유전자, RhD-exon 7, 태아 성과 무관한 DNA마커(universal fetal DNA marker)로써 RASSF1A 유전자를 실시간 중합효소연쇄반응(RT- PCR)을 사용하여 뛰어난 결과를 얻었다. 이는 한국에서 처음으로 성공적으로 시도된 것이다. 연구결과에서 산전 태아 성 판별과 산후 태아의 성이 100% 일치하였으며, 임신 주기별 SRY 수치는 임신이 진행할수록 증가함을 확인할 수 있었다. 따라서 이러한 방법은 혈우병 A, 듀센형 근이영양증, 선천성 부신증식증과 연골 무형성증의 진단과 치료 상담에 이용할 수 있으며 50%에서 침습적인 방법을 줄일 수가 있다. 또한, RhD-음성 임신부 대상으로 태아의 성 판정과 RhD 태아 유전자형을 분석한 결과 RhD-음성 태아를 정확히 검출함으로써 앞으로 기존 양수천자 등 침습적 검사를 대체할 수 있을 것이다. 특히 이는 치료가 필요 없는 RhD-음성 태아에서 RhD-면역글로불린의 예방적 치료를 사전에 막을 수 있어, 임신부 건강을 보호하고 의료 비용을 줄일 수 있는 큰 장점을 가진다. 한국에서 최초로 시도된 임신부 혈장 내 cffDNA를 이용한 본 연구의 성공은 비침습적 산전진단 임상 적용의 새 길을 제시하였다. 따라서 이를 각 유전질환의 산전진단에 유용하게 활용하는 것은 태아와 임신부의 건강 증진과 의료비용 절약 등 개인과 국가에 많은 기여를 할 것으로 사료된다.

큰조롱과 넓은잎 큰조롱에서 신종 포티바이러스(큰조롱모자이크바이러스)의 동정 (Identification of a New Potyvirus, Keunjorong mosaic virus in Cynanchum wilfordii and C. auriculatum)

  • 이주희;박석진;남문;김민자;이재봉;손형락;최홍수;김정수;이준성;문제선;이수헌
    • 식물병연구
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    • 제16권3호
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    • pp.238-246
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    • 2010
  • 2006년 9월 충청북도 농업기술원 내 백미속 약용작물, 큰조롱과 넓은잎 큰조롱 시험포장에서 바이러스병 조사를 수행하였다. 각 시험구별 바이러스 발병률은 20-80%의 범위였으며, 뿌리로 번식한 경우가 종자로 번식한 경우보다 발병률이 두 배 정도로 높았다. 두 약용식물에서는 모자이크, 얼룩, 괴저, 황화, 퇴록반점, 기형 등 매우다양한 바이러스 병징이 관찰되었다. 전자현미경 분석결과 대부분의 시료에서 390-730 nm 길이의 사상형 입자가 관찰되었으며, 바이러스 병징을 보인 시료 중 일부에서는 바이러스 입자가 관찰되지 않은 것도 있었다. 전형적인 모자이크 증상을 보이는 큰조롱 잎을 순화하여 약 430-845 nm 길이의 사상형 입자를 얻을 수 있었다. 순화한 바이러스로부터 분리된 RNA를 이용하여 염기서열 분석을 실시한 결과 포티바이러스속 P3과 외피단백질 유전자의염기서열을 얻을 수 있었으며, BLAST 분석결과 포티바이러스속 바이러스들과 각각 약 26-38%와 62-72% 상동성을 나타내었다. 순화한 바이러스의 SDS-PAGE 분석에서 염기서열 분석으로 예상되는 약 30kDa의 외피단백질을 확인하였다. 7과 21종의 지표식물을 사용한 생물검정에서 Chenopodium quinoa에서 접종엽의 국부병반과 함께 전신적 황화반점 증상을 나타냈으며, 나머지 지표식물에서는 감염되지 않았다. 채집된 큰조롱과 넓은잎 큰조롱시료를 특이 프라이머를 이용한 RT-PCR 방법으로 진단한 결과 병징을 보인 모든 시료에서 양성반응이 나타났으며, 병징을 보이지 않는 7점 중 5점의 시료에서 양성반응을 나타내었다. 이러한 결과들을 종합해 볼 때 본 바이러스는 포티바이러스속의 새로운 종으로 확인되었으며, 우리나라가 원산지인 큰조롱에서 최초로 발견된 바이러스인 점에서 Keunjorong mosaic virus(KjMV)로 명명하고자 한다.

2016-2017년 국내 핵과류에서의 자두곰보병 발생 및 방제 (Occurrence and eradication of Plum pox virus on Ornamentals in Korea, 2016-2017)

  • 김미경;김기수;곽해련;김정은;서장균;홍성준;이경재;김주희;최민경;김병련;김지광;한인영;이현주;원헌섭;강효중;한종우;고숙주;김효정;김승한;이중환;최홍수
    • 식물병연구
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    • 제25권1호
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    • pp.8-15
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    • 2019
  • 전 세계적으로 자두곰보바이러스는 핵과류에 발생하는 중요한 바이러스이다. 2015년 국내 복숭아에서 자두곰보바이러스 감염이 확인된 이후 국내 핵과류 과원에 대한 자두곰보바이러스 발생 조사가 시작되었다. 2016-2017년 국내 핵과류 1,985과원의 30,333주 나무에서 시료를 채집하여 특이 프라이머를 이용한 RT-PCR 검정 결과, 10과원의 21주 나무에서 자두곰보바이러스가 확인되었고, 박멸조치에 따라 감염 주에 대한 폐기 등 방제가 실시되었다. 2016년 자두곰보바이러스에 감염된 복숭아 나무 7주의 total RNA에서 PCR 산물 약 547 bp을 얻은 후 direct sequencing 하여 염기서열을 결정하였다. BLAST 검색 결과 Genbank에 등록된 자두곰보바이러스 D 계통 분리 주들(LC331298, LT600782)과 99% 높은 염기서열 상동성을 보였으며, 국내 복숭아 나무 7개 분리 주 간에 98-100% 염기서열 상동성을 보였다. Phylogenetic tree 분석 결과 한국, 일본, 미국, 캐나다에서 보고된 D 계통과 높은 유연관계를 가지는 것을 확인 할 수 있었다. 이 보고는 2016-2017년 국내 핵과류 과원의 자두곰보바이러스 발생 현황에 대한 첫 보고이며, 이를 바탕으로 발생 주 제거 등 국내 금지급 자두곰보병의 예방 및 방제 대책 수립을 위한 기초자료로 활용하고자 하였다.

관악산에서 참진드기 조사 및 중증열성혈소판감소증후군 바이러스 검출 (Prevalence of severe fever with thrombocytopenia syndrome virus among ticks surveyed at Mt. Gwanak, Korea)

  • 채정병;김태희;정지호;박윤지;박진호;최경성;유도현;박배근;채준석
    • 대한수의학회지
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    • 제57권3호
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    • pp.169-174
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    • 2017
  • This study was performed to investigate the distribution of ticks and the rate of infection with severe fever with thrombocytopenia syndrome (SFTS) virus in ticks collected at Mt. Gwanak and the Seoul National University campus, Korea. Ticks (n = 273) were collected from May to October and included 76 Haemaphysalis longicornis (4 adult females, 72 nymphs), 49 Haemaphysalis flava (9 adult females, 3 adult males, 37 nymphs), and 148 Haemaphysalis spp. larvae. SFTS virus detection was performed by using one-step RT PCR and nested PCR. The SFTS virus was detected in 7 samples (1 Haemaphysalis longicornis nymph, 3 Haemaphysalis flava nymphs, and 3 Haemaphysalis spp. larva). The overall minimum field infection rate was 2.6%, whereas the minimum field infection rates of adult, nymphal, and larval ticks were 0%, 3.2%, and 2.0%, respectively. For a more accurate indication of the prevalence of SFTS virus in Korea, further in-depth investigations of tick species and SFTS virus occurrence over a larger area and longer period are needed.

Detection of Human Taurine Transporter and Production of Monoclonal Antibody

  • An, Hye-Suk;Han, Hee-Chang;Lee, Sun-Min;Park, Taesun;Park, Kun-Koo;Kim, Ha-Won
    • 한국응용약물학회:학술대회논문집
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    • 한국응용약물학회 2001년도 추계학술대회 및 정기총회
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    • pp.102-102
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    • 2001
  • Taurine (2-ethaneaminosulfonic acid) is one of the major intracellular ${\beta}$ -amino acids in mammals and is required for a number of biological processes including membrane stabilization, osmoregulation, antioxidation, detoxification, modulation of calcium flux and neurornodulation. The taurine transporter (TAUT) which contains 12 hydrophobic membrane-spanning domains has been cloned from dog kidney, rat brain, mouse brain, human thyroid, placenta and retina. In this study, The TAUT cDNA from the human intestinal epithelial cell, HT-29 was cloned and sequenced. Reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) was performed to amplify partial cDNA encoding human intestinal TAUT. The coding region of the PCR product was 732 bp long. The primers were designed to encode highly conserved amino acid sequences near the transmembrane domains III (IPYFIFLF) and Ⅵ (KYKYNSYR) both in human and mouse. The TAUT cDNA amplified was ligated into the pGEX 4T-1 expression vector. The resulting sequence of human intestinal TAUT cDNA (Accession number of NCBI Genebank is AF346763) was identical to the sequences of the TAUTs previously determined in the human placenta and retina except 3 base pairs from that of the reported human thyroid. TAUT specific antibodies were generated to use them as biological tools in the studies of the biological role of TAUT. Peptides of 149-162 amino acid residue (14 amino acids) of the TAUT were synthesized. The synthetic peptide used in this study was LFQSFQKELPWAHC. This region was chosen not only to avoid putative glycosylation sites but also to exclude regions of known homology with GABA transporters in the extracellular hydrophilic domains. The synthetic peptide, TAUT-1 was conjugated with carrier protein, kehole lympet hemocyanin (KLH) to use as an antigen. When used for immunization on a rabbit to produce polyclonal antiserum, the conjugates elicited high -titered specific anti-TAUT-1 antibodies, which reacted well with the ovalbumin (OVA) conjugated peptides in ELISA. The KLH-conjugated peptide was also used as immunizing antigen in BALB/c mice to produce TAUT specific monoclonal antibodies. From the culture supernatant of the hybridoma, the specificity of anti-TAUT-1 monoclonal antibodies was confirmed by ELISA. Further applications of more tools in TAUT expression analysis will be performed such as western blotting and flow cytometry.

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P-Glycoprotein과 Multidrug Resistance Associated Protein을 발현하는 암세포와 종양에서 Tc-99m Sestamibi와 Tc-99m Tetrofosmin의 섭취율 비교 (Comparative Uptake of Tc-99m Sestamibi and Tc-99m Tetrofosmin in Cancer Cells and Tissue Expressing P-Glycoprotein or Multidrug Resistance Associated Protein)

  • 조정아;이재태;유정아;서지형;배진호;정신영;안병철;손상균;하정희;이규보
    • 대한핵의학회지
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    • 제39권1호
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    • pp.34-43
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    • 2005
  • 목적: 인체대장암 HCT15/CL02 암세포와 인체 비소세포 폐암 A549세포를 대상으로 Pgp와 MRP발현을 조사하고, 세포와 이종이식된 종양조직에서 $^{99m}Tc$-MIBI와 tetrofosmin의 섭취정도를 비교하여 이들 방사성의약품의 Pgp와 MRP 추적자로서의 성능을 알아보고자 하였다. 또한 다약제내성 극복제인 CsA 처리에 의한 두 방사성 의약품의 암세포 내섭취정도를 비교해 보았다. 재료 및 방법: Pgp의 발현은 RT-PCR과 면역조직화학 염색으로, MRP발현은 MRPrl항체에 대한 western blot analysis와 면역조직화학 염색으로 확인하였다. 세포 섭취는 $37^{\circ}C$에서 $1{\times}10^6$개/ml 농도에서 MIBI와 tetrofosmin을 30분과 60분 동안 반응시킨 후 상층액과 침전물로 분리하여 각각의 방사능을 감마계수기로 측정하여, 50 ${\mu}M$의 cyclosporin A (CsA)를 처리한 성적과 비교하였다. 체내실험은 HCT15/CL02세포와 A549세포를 이종이식 한 누드마우스를 4군으로 구분하여, MIBI와 tetrofosmin 만을 주사한 군과, CsA를 70 mg/kg으로 1시간전에 주사한 후 체내분포를 측정한 군으로 구분하였다. MIBI와 tetrofosmin은 각각 370 KBq을 정맥주사하고 10분, 60분, 240분 후에 동물들을 희생시켜 종양조직내의 두 방사성의약품의 장기섭취율(%ID/gm)로 계산하여 비교하였다. 결과: HCT15/CL02세포와 A549세포에서 MIBI와 tetrofosmin의 섭취는 배양시간이 지남에 따라 증가하였으며 그 섭취정도는 MIBI가 tetrofosmin보다 높았다. CsA 50 ${\mu}M$에 의한 MIBI와 tetrofosmin의 섭취정도를 각각의 60분 대조군과 비교하면 각각 763%와 629% 증가하여 MIBI의 섭취증가 정도가 tetrofosmin보다 높았다. 체내에서 두 방사성의약품의 섭취정도는 유사하였다. CsA 처리군의 섭취정도는 각각의 대조군에 비교하여 MIBI는 10분에 114%, 60분에 257%, 240분에 396%로 증가하였으며, tetrofosmin은 10분에 110%, 60분에 205%, 240분에 410%로 증가하였다. HCT15/ CL02 세포실험에서도 두 방사성약품의 섭취정도에 유의한 차이가 없었으나, CsA를 처리하였을 때 MIBI와 tetrofosmin의 섭취율은 기저치보다 모두 증가하였다. CsA에 의한 MIBI와 tetrofosmin의 섭취율은 기저치보다 각각 10배와 2.4배 증가하여, MIBI의 섭취율이 tetrofosmin보다 1.2배에서 4배정도 높았다. HCT15/CL02 종양조직내의 섭취는 CsA 처치시 증가하였으나 MIBI와 tetrofosmin 간에 유의한 차이는 없었다. 결론: Pgp와 MRP를 발현하여 다약제내성을 나타내는 암세포에서 MIBI와 tetrofosmin 섭취율은 유사하였으나, Pgp와 MRP를 억제하는 CsA에 의한 섭취증가정도는 MIBI가 더 높았다. 그러나 두 약제 섭취율 증가의 차이는 동물실험에서는 관찰되지 않았다. 이러한 결과로 보아 MIBI와 tetrofosmin은 Pgp와 MRP에 의한 다약제내성의 발현을 평가할 수 있는 방사성의약품으로 판단되며, 다약제내성 극복제의 시험관내 효능평가에는 MIBI가 tetrofosmin보다 더 우수할 것으로 사료되었다.

소아 보카바이러스 호흡기 감염증의 역학적 특징 (Epidemiologic Characteristics of Human Bocavirus-Associated Respiratory Infection in Children)

  • 최재홍;백지연;최은화;이환종
    • Pediatric Infection and Vaccine
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    • 제18권1호
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    • pp.61-67
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    • 2011
  • 목 적 : 본 연구는 소아에서 보카바이러스와 연관된 하기도 감염증의 역학적인 특성에 대해 알아보고자 하였다. 방 법: 2000년 3월부터 2005년 9월까지 서울대학교 병원과 분당 서울대학교병원에 하기도 감염증으로 입원한 658명의 소아에게서 비인두 흡입 검체를 채취하였다. 다중 역전사 중합효소 연쇄 반응을 이용하여 11종의 바이러스를 조사하였고, 의무기록을 후향적으로 분석하였다. 결 과:전체 호흡기바이러스는 658명의 환아 중 325명(49.4%)에서 검출되었다. 보카바이러스는 62명(9.4%)에서 검출되었으며, 3개월 이상 5세 미만에서 많았다. 보카바이러스가 중복감염이 확인된 것은 37.1%로, 전체 바이러스 양성 환자들의 중복감염률(12.3%)보다 의미 있게 높은 것으로 확인되었다(P =0.000). 또한 늦은 봄부터 이른 여름인 5월부터 7월에 많이 검출되었다. 결 론 : 보카바이러스는 국내에서 소아의 하기도 감염증에서 유병률이 높았고, 특히 늦은 봄부터 초여름에 유행하였다.

굴로부터 장바이러스를 검출하기 위한 간단하고 민감한 방법의 개발 (Development of a simple and sensitive method to detect enteric viruses from oysters)

  • 정은영;제회복;전홍기;윤재득;지영미;천두성;조해월;장경립
    • 생명과학회지
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    • 제12권1호
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    • pp.49-54
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    • 2002
  • 굴 소비자의 보호를 위해서는 매우 민감하고 특이적으로 바이러스를 모니터링할 수 있는 신속진단법의 개발이 필수적이다. 굴 조직은 흔히 비교적 소량의 바이러스와 검출단계를 방해할 수 있는 다른 물질들을 함께 함유한다. 따라서 굴으로부터 바이러스의 검출에서 가장 중요한 과정은 시료의 가공단계이다. 본 연구에 의하면 한번의 sucrose 구배 초원심분리에 의하여 10%와 50% 사이에서 소량의 바이러스를 분리할 수 있음을 제시하였다. 우리는 두 종류의 primer 세트를 이용하여 HAV와 poliovirus를 동시에 굴 조직으로부터 검출할 수 있었다. 또한, 이 방법은 높은(>95%) 바이러스 회수율을 나타내었다. 이 방법은 24시간이내에 5 g의 굴조직으로부터 2 pfu의 HAV를 검출할 수 있을 정도로 신속하고 민감한 검사법이다.

충청지역 집단급식소의 노로바이러스 실태조사와 환경요인의 영향 (Investigation of Norovirus Occurrence and Influence of Environmental Factors in Food Service Institutions of ChungCheong Area)

  • 정우영;엄준호;김병조;윤민호;주인선;김창수;김미라;변정아;박유경;손상혁;이은미;정래석;나미애;육동연;강지연;허옥순
    • 한국식품위생안전성학회지
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    • 제25권2호
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    • pp.153-161
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    • 2010
  • 충청지역권내 지하수를 사용하는 집단급식소의 식품용수 82시료의 norovirus 검출빈도를 조사한 결과 7시료에서 검출 되었으며, 이는 8.5%에 해당 하였다. Norovirus가 검출된 집단 급식소에 대해서는 식중독 발생이 우려됨에 따라 소독, 관정개발, 오염원제거 및 상수도 보급 등의 위생환경 개선과 유지관리가 필요하다. Norovirus의 검출에 영향을 주는 요인으로는 암모니아성질소, 총고형분, 과망간산칼륨 소비량으로 나타났다. Norovirus 양성 검출군과 음성 검출군의 수질특성을 비교한 결과 수소이온농도는 큰 차이가 없었고, 탁도, 암모니아성질소, 일반세균수, 총고형분 항목에 있어서 norovirus 양성 검출군 평균값이 음성 검출군 평균값 보다 높은 값을 나타내었다. Norovirus 검출과 관련성이 높은 환경인자의 지속적인 모니터링을 통해 집단 급식소 식중독예방에 기여할 수 있을 것으로 기대된다.

YD-10B 인간구강암세포주에서 생강 유기용매 분획물의 항산화, 트롬빈억제 및 thrombin에 의해 처리된 암 침윤 및 전이 억제 효과 (Effect of the Solvent Fractions of Zingiber officinale Roscoe against Thrombintreated Tumor Invasion in Human Oral Squamous Carcinoma YD-10B Cells)

  • 김은정;김준호
    • 생명과학회지
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    • 제26권11호
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    • pp.1289-1297
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    • 2016
  • 구강편평세포암종은 구강 내에서 발생하는 가장 흔한 암의 형태로서, 구강암의 90%이상을 차지한다. 구강암은 국소적인 침윤의 양상을 나타내며 또한 조기진단과 치료가 용이하여 암예방을 위한 유용한 모델로 인정되고 있다. 본 연구에서는 생강 유기용매 분획물의 항산화 활성, 트롬빈억제 및 PMA 또는 thrombin에 의해 유도된 MMP- 2 및 MMP-9활성 억제 효과를 조사하였다. 시료들은 생강 열수 추출물을 헥산(hexane), 클로로포름(chloroform), 에틸 아세테이트(Ethyl acetate), 부탄올(butanol) 및 물($H_2O$)과 같은 용매로 분획화하여 사용하였고, $H_2O$ 분획물의 수득율이 9.79%로 가장 높았다. 항산화 활성은 DPPH assay, 세포 생존율 측정은 MTS assay, 항염증 활성은 마우스 대식세포 Raw 264.7세포에서 NO 생성 그리고 MMP-2 및 MMP-9의 mRNA 발현 및 단백질 활성 억제는 인간구강편평세포암종 YD-10B 세포에서 RT-PCR과 zymography방법을 통해 측정하였다. 본 연구의 결과에 의하면 MMP-2/-9 활성은 PMA에 의해 YD-10B세포에서 증가하였고, thrombin 처리에 의해서는 MMP-9 활성이 유의한 증가를 보였다. YD-10B 세포에서, PMA 또는 thrombin처리 모두에서 hexane 분획물이 MMP-2/-9의 mRNA 발현 및 단백질 활성을 유의하게 억제하였다. 그리고 항산화 활성은 hexane과 $H_2O$ 분획물에서 92.38%와 92.96%로 높게 나타났다. 또한 $H_2O$ 분획물에서 65.86%로 가장 유의하게 트롬빈 억제 활성을 보였다. 그러므로 본 연구에서는 생강 hexane분획물이 구강암의 우수한 암 침윤 및 전이 억제제로서의 개발 가능성을 제시하고 있다.