• 한국양식학회지
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• 제13권1호
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• pp.79-85
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• 2000

자성 및 웅성스테로이드 호르몬들이 Vg 유전자발현에 영향을 미치는지를 미성숙 무지개송어의 배양간세포 막간을 이용하여 조사하였다. 이미 보고된 송어의 Vg gene의 염기배열을 참고로 Vg cDNA 단편(600 bp)을 증폭시킬 수 있는 primer들을 작성하였다. 이들 primer를 이용하여 증폭된 PCR 산물의 염기배열을 결정하여 송어의 Vg cDNA임을 확인하였고, RT-PCR법을 이용하여 배양간세포 그리고 E$_2$ 및 MT 처리된 송어의 간으로부터 Vg mRNA의 전사량 변화를 조사하였다. 호르몬 처리된 간세포 및 송어의 간에서 추출한 total RNA를 이용하여 RT-PCR법으로 분석한 결과 in vivo, in vitro 실험 모두에서 E$_2$ 또는 MT처리된 간세포 및 송어의 간으로부터 Vg mRNA와 Vg 단백질합성이 유도되었고, 이들의 증가 경향은 처리된 호르몬 농도 및 시간에 의존하고 있음이 밝혀졌다. 또한 progesterone, androsterone 그리고 testosterone 등의 웅성호르몬들도 Vg mRNA의 전사를 유도하고 있다는 것이 시사되었다. 이와 같은 결과로부터E$_2$ 뿐 아니라 웅성스테로이드들도 Vg mRNA의 발현을 유도하고 있음이 송어의 in vivo 또는 in vitro 실험에 의해서 확인되었다.

• Preventive Nutrition and Food Science
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• 제15권2호
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• pp.159-166
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• 2010

The aim of this study was to develop species-specific primer sets for kimchi Lactobacillus. Known gene sequences of Lactobacillus 16S rRNA were collected from the NCBI Gene bank, and 69 primer sets were designed using the homologous gene sequence. Six species of kimchi Lactobacilli were used as reference strains: Lactobacillus brevis KCTC3102, Lactobacillus farciminis KCTC3681, Lactobacillus fermentum KCTC3112, Lactobacillus hilgardii KCTC3500, Lactobacillus plantarum KCTC3099, and Lactobacillus sanfranciscensis KCTC3205. PCR amplification and gel electrophoresis were performed to identify the accuracy and specificity of the developed primer set. The results show that the primer set of 5'-aagcctgcgaaggcaag-3' & 5'-aggccaccggctttg-3', 5'-acatactatgcaaatctaagagattagacg-3' & 5'-actgagaatggctttaagagattagcttac-3' resulted in a specific PCR band on L. hilgardii, and primer set of 5'-ctaataccgcataacaactactttcacat-3' & 5'-aacttaataaaccgcctacattctctttac-3' on L. farciminis. The results indicate that the developed primer sets can provide a useful tool for the identification and differentiation of L. hilgardii and L. farciminis from other Lactobacillus species of kimchi.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제47권3호
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• pp.465-474
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• 2005

A two-step broad-range PCR method detecting gram-negative bacteria at the level as low as 2 CFU was developed by using primers of GNFI and GNRI and then semi-nested primer of GNF2 and GNRI. The nucleotide sequences of the primers were determined based on l6S rRNA gene. The DNA fragments of 1173 bp and 169 bp were amplified in one-step PCRs with primer sets of GNFI-GNRI and GNF2-GNRl, respectively, using template DNA from seven strains of gram-negative bacteria including Escherichia coli, Enterobacter aerogenes, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas spp., and Acinetobacter baumaii but not from Achromobacter lyticus, Alca/igens faecalis, and five strains of gram-positive bacteria. DNA fragments of 180 bp were amplified from LTLT-pasteurized milk and UHf-pasteurized milk in the two-step PCR. The DNA fragments were amplified from LTLT-pasteurized milk which was added with Pseudomonas j/uorescens and subsequently heated at 65 $^{\circ}C$, 80 $^{\circ}C$, and 100 $^{\circ}C$ for 30 min but they were not amplified from the milk autoclaved at 121$^{\circ}C$ for 15 min. It was suggested in PCR that Pseudomonas fluorescens heated at 65 $^{\circ}C$ for 30 min in milk was more sensitive to DNase treatment than viable bacteria.

• 식물병연구
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• 제10권1호
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• pp.30-33
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• 2004

현재까지 벼 줄무의잎마름병(Rice stripe virus, RSV)은 남부지방에 국한되어 발생되어 왔다. 그러나 최근에는 RSV의 발생이 충청도, 경기도를 포함한 중부지방까지 확산되는 경향을 나타내고 있다. 이병의 병징은 육안으로는 생리적인 장해 현상과 구분하기가 힘들다 본 실험에서는 이병주 및 애멸구(Laodelphax striatellus)로 부터 viral RNA를 추출한 후 RNA복제효소 및 외피단백질유전자에 특이적인 primer를 제작하여 RT-PCR법에 의해 RSV를 검정하였다. 그결과 이병식물체 및 보독 애멸구로부터 RNA복제효소 유전자에 특이적인 band(1,023 bp) 및 외피단백질유전자에 특이적인 band(969 bp)가 관찰되었다.

• 한국임상수의학회지
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• 제27권5호
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• pp.508-513
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• 2010

싸이토카인은 염증 및 면역 반응의 평가에 있어서 매우 중요한 요소이다. 따라서 이들의 mRNA 수준을 정량하고 평가하는 것은 염증 및 면역 반응을 평가하는데 있어서 그 민감도가 매우 높은 방법으로 알려져 있다. 본 연구의 목적은 SYBR green dye를 이용하여 개의 싸이토카인 mRNA를 정량적 실시간 역전사 중합효소연쇄반응(real-time reverse transcriptase PCR; qRT-PCR)으로 분석을 할 수 있도록 함에 있다고 할 수 있다. 제작된 시발체(primer)의 최적화된 붙임 온도(annealing temperature; $T_a$)는 인터루킨(interleukin; IL)-$1{\beta}$, IL-6, IL-10이 각각 $62^{\circ}C$, glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH)와 tumor necrosis factor (TNF)-${\alpha}$가 $60^{\circ}C$ 그리고 high mobility group box 1 (HMGB1)이 $58^{\circ}C$였다. 표준 정량 곡선을 이용하여 측정한 시발체의 효율성은 97.1%에서 102.%로 매우 높았고, 2차 구조물(secondary structure)과 시발체-이합체 형성(primer-dimer formation)은 융해곡선(melt-curve)분석과 전기영동을 통해 확인하였다. 이렇게 정립된 qRT-PCR 분석법은 민감도와 특이도가 매우 높은 개 싸이토카인 유전자 정량법으로 활용될 수 있을 것이다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제20권3호
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• pp.200-205
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• 2004

The partial nucleotide sequences of the genomic dsRNA mycovirus infecting Pleurotus ostreatus isolates ASI2223 and Suhan were determined and compared with those of mycoviruses belonging to partitiviruses and totiviruses. Partial nucleotide sequences of the purified dsRNA from ASI2223 and Suhan showed RNA-dependent RNA polymerase sequences that are closely related to those of partitiviruses, including Fusarium poae virus 1, Fusarium solani virus, Rhizoctoniasolani virus, Discula destructiva virus 2, and Oyster mushroom isometric virus 2. Specific primers were designed for RT-PCR detection of dsRNA viruses from the P. ostreatus isolate ASI2223 and Suhan. Two virus specific primer sets were found to specifically detect each virus among six sets of designed oligonucleotide primers. Collectively, these results suggest that dsRNA mycoviruses from P. ostreatus isolates ASI2223 and Suhan belong to the family Partitiviridae, although, they are not the same virus species. Our results also suggest that these virus-specific primer sets can be employed for the specific detection of each viral sequence in infected tissues.

• 대한화학회지
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• 제65권2호
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• pp.121-124
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• 2021

RNA molecules which bind to the G-rich sequence in the 5'-UTR RNA which plays an important role in expression of N-ras, were selected. The secondary structures of five selected RNA aptamers including primer sequence were found by the CLC RNA workbench ver. 4.2 program (www.clcbio.com) and investigated with RNA structural probes such as RNase T1 which has specificity for a G in single-stranded region, RNase V1 specific for double strand and nuclease S1 specific for single strand. The generalized secondary structure model was proposed and characterized. It was composed of a central long double strand region flanked by single strand region at both end sides. The double strand region had an internal single-strand region and bulges. The single strand loop in the right side was composed of four or five nucleotides.

• 미생물학회지
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• 제27권1호
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• pp.1-9
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• 1989

SV40 바이러스가 원숭이 세포(CVIP)에 감염한 후기에 생기는 poly A(-) 19S RNA의 5'끝과 splicing 유형을 알아보기 위하여 primer extension 및 그 변형방법을 행하였다. 이 RNA의 5' 끝은 SV40 후가 RNA들이 가장 많이 사용하는 cap 자리 인 잔기 325 위치임이 밝혀졌다. 또한 splicing 유형도 세포질의 polyA(+)인 19S RNA와 같은 잔기 373에서 잔기 5581까지의 intron이 제거된 형태이었다. Sl 뉴클리아제에 의한 분석결과 이 RNA의 3' 끝은 polyadenylation 위치로부터 상위로 약11kb에 걸쳐 다양하게 존재함을 알았다. 정상적인 cap 자리와 splicing 형태를 지닌 이 RNA가 왜 핵에 축적되는지의 이유를 조사하였다. 이 RNA상에 사용되지 못한채로 남아있는 3' splice 부위가 핵내 편재를 유발했는지의 여부를 알아보기 위하여, 3' splice 부위를 결손시킨 돌연변이 SV 40 pNA를 세포에 도입시켰다.. 그 결과 3'splice 자리가 없는 RNA는 세포질에 많이 축적됨을 관찰하였다. 이 결손 RNA의 세포질내 축적은 결손으로 인해 RNA의 안정성이 증가함으로써 비롯된 것이 아니라는 것을 actinomycin D 추적실험을 통해 밝혔다. 따라서 정상적인 19S spliced RNA가 세포질로 이동되는 과정을 방해하는 것은 사용되지 않은 3' splice 부위에 형성된 pre-splicing 복합체 때문인 것으로 여겨진다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제14권4호
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• pp.737-744
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• 2004

A multiplex polymerase chain reaction (PCR) was developed for the simultaneous detection and differentiation among Vairimorpha spp. and Nosema spp. and identification of Vairimorpha necatrix from Lepidoptera insects. Three sets of primers were selected from different genomic sequences to specifically amplify an 831 bp amplicon within the SSU rRNA gene, specific for both Vairimorpha spp. and Nosema spp. (MSSR primer); a 542 bp amplicon within the SSU rRNA gene, specific for Vairimorpha spp. (VSSU primer); and a 476 bp amplicon within the actin gene, specific for Vairimorpha necatrix (VNAG primer). Using the primers in conjunction with multiplex PCR, it was possible to detect Vairimorpha spp. and Nosema spp. and to differentiate between them. The sensitivity of this PCR assay was approximately 10 spores per milliliter. It is proposed that the multiplex PCR is a sensitive, specific, and rapid tool that can serve as a useful differential diagnostic tool for detecting Vairimorpha spp. and Nosema spp. in Lepidoptera insect.

• 한국어병학회지
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• 제17권2호
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• pp.91-98
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• 2004

본 연구의 목적은 국내 어류 연쇄구균증 병원체 동정에 있어서 Streptococcus iniae에 대한 구체적인 국내 연구 보고가 없어, 기존에 수행되고 있는 동정방법을 근간으로 16S-23S intergenic spacer region (ISR)의 염기서열을 분석하여 보다 명확한 동정을 실시하고자 하였다. API 20 strep system에 의한 생화학적 성상을 분석해본 결과 정확한 종 동정은 이루어지지 않았지만 기존의 연구에서 보고된 API 20 strep system에 의한 S. iniae의 생화학적 성상과 높은 유사성을 보이는 10균주를 분리할 수 있었다. S. iniae 16S rRNA gene 서열 유래 종 특이적 primer Sin-1 5'-CTAGAGTACACATGTACT(AGCT)AAG-3'와 Sin-2 5'-GGATTTTC CACTCCCATTAC-3'에 의한 PCR-assay 결과 시험균주 10 균주 모두 동일하게 약 300bp의 증폭산물이 관찰되었고, 비 특이적인 반응은 관찰되지 않았다. 시험균주 모두 3개의 16S-23S ISR operon 구조가 관찰되었으나 S. iniae 표준균주 (KCTC 3657)의 경우 단일 구조가 관찰되었다. 16S-23S intergenic spacer region (ISR)의 염기서열을 분석해본 결과 기존에 보고된 S. iniae (Genbank accession number AF 048773)와 96%의 상동성을 보였으며 전체서열에서 상동성을 보이는 근연종이나 근연속은 검색되지 않아 최종적으로 S. iniae로 동정하였다.