• 제목/요약/키워드: RNA content

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RNA-Sequencing을 이용한 벼 품종간 수발아 차이 분석 (Analysis of Varietal Differences in Pre-harvest Sprouting of Rice using RNA-Sequencing)

  • 최명구;이현석;황운하;양서영;이윤호;이충근;윤성중;정재혁
    • 한국작물학회지
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    • 제65권4호
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    • pp.274-283
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    • 2020
  • 본 연구는 조평과 조운의 벼 출수 후 적산온도와 검정온도에 따른 수발아 발생 정도를 조사하고, RNA-sequencing 방법을 사용하여 수발아 발생 원인을 찾았다. 품종간 수발아성에 관여하는 생리적, 유전학적 요인을 구명하고자 수행하였으며 분석한 결과는 다음과 같다. 1. 출수 후 적산온도가 높아질수록, 검정온도가 높아질수록 수발아 처리시 수발아율이 높았고, 조운벼가 내수발아성이 강하고, 조평벼가 수발아성이 높은것으로 나타났다. 2. 수발아성이 높은 조평벼를 대상으로 한 RNA-sequencing 결과 ABA 생합성에 관여하는 OsNCEDs의 발현이 감소하고, ABA 분해에 관여하는 OsCYP707As의 발현이 증가하였다. 3. 조평과 조운의 OsNCEDs와 OsCYPY707As의 Quantitation Real-Time PCR 결과 조평보다 조운에서 OsNCEDs의 발현이 높게 나타나 수발성과 상관관계를 보였으나, OsCYP707As는 수발아성과 상관관계를 보이지 않았다. 4. 조운벼는 등숙기간중 종실내 ABA함량이 조평보다 높으며 수발아 처리시 남아있는 ABA함량이 높아 내수발아성이 상대적으로 강하게 나타났다.

가지검은마름병 병징을 보이는 사과나무 가지에서 분리한 식물병원세균인 Erwinia pyrifoliae EpK1/15 균주의 유전체 해독 (Draft genome sequence of a bacterial plant pathogen Erwinia pyrifoliae strain EpK1/15 isolated from an apple twig showing black shoot blight)

  • 이규민;오엄지;고세영;박정금;박덕환;김동혁;오창식
    • 미생물학회지
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    • 제54권1호
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    • pp.69-70
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    • 2018
  • Erwinia pyrifoliae는 그람 음성 세균으로 사과와 배에 가지검은마름병을 일으킨다. E. pyrifoliae EpK1/15 균주가 병징을 보이는 경기도 포천지역의 사과나무 가지에서 2014년도에 분리되었다. 본 논문에서는 PacBio RS II 플랫폼을 이용하여 E. pyrifoliae EpK1/15 균주의 전체 유전체를 분석하여 보고한다. 본 균주는 G + C 비율이 53.4%이며, 4,027,225 bp로 구성된 염색체와 G + C 비율이 50.3%이며, 48,456 bp로 구성된 plasmid를 지니고 있다. 이들 염색체와 plasmid DNA에서 3,798개의 단백질 코딩 유전자, 22개의 rRNA, 77개의 tRNA, 13개의 non-coding RNA 및 231개의 위유전자(pseudo gene)가 확인되었다.

제주도 한우 집단에서 Galactose mutarotase (GALM) 유전자의 삽입/결실 다형성과 도체형질의 연관성 분석 (Associations between Insertion/deletion Polymorphisms in Galactose Mutarotaseand Carcass Traits in the Hanwoo Population of Jeju Island)

  • 김유경;이종안;신상민;고응규;유지현;원미영
    • 생명과학회지
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    • 제33권12호
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    • pp.987-994
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    • 2023
  • 이 연구는 제주도 한우집단에서 galactose mutarotase (GALM) 유전자형과 도체형질의 연관성을 시험하였다. GALM 유전자형은 3'-비해독부위(3'-UTR)의 14-bp (5'-GGTCTAATGACCAG-3') 삽입/결실 다형성을 이용하였다. 한우 비육우 집단에서 GALM 유전자의 세 가지 유전자형(LL, LS, SS)이 모두 관찰되었다. 연관성 분석결과는 근내지방의 함량과 밀접한 상관을 보이는 육질등급과 근내지방도의 수준과, 등지방두께의 수준이 유전자형에 따른 유의적인 차이를 나타내었다(p<0.05). 동형접합인 SS 유전자형을 보유한 도체에서 LL 또는 LS 유전자형인 도체에 비해 근내지방 함량 수준은 더 높고, 등지방두께도 더 얇은 수준을 보였다. 반면, 도체중, 등심단면적, 육색, 지방색 등은 GALM 유전자형에 따른 유의적인 차이는 없었다(p>0.05). 3'-UTR에서 14-bp 절편의 결실은 RNA의 2차 구조의 변형과 RNA-결합 단백질, microRNA와의 결합능력에 대한 방해를 통해 유전자 발현에 영향을 줄 수 있는 것으로 예측되었다. GALM 유전자의 3'-UTR 영역에서 14-bp 삽입/결실 다형성에 대한 이번 연구결과는 소에서 근육과 등지방 조직에서 galactose 대사에 의한 지방 축적을 통해 성장형질, 도체형질에 영향을 주는 것으로 판단된다.

Postnatal Expression Pattern of Adipose Type Fatty Acid Binding Protein in Different Adipose Tissues of Porcine

  • Xu, C.L.;Wang, Y.H.;Huang, Y.H.;Liu, J.X.;Feng, J.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제20권6호
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    • pp.811-816
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    • 2007
  • Adipocyte fatty acid-binding protein (A-FABP), which belongs to the FABP family, plays an essential role in long-chain fatty acid uptake and metabolic homeostasis, especially in adipose tissue. The pattern of A-FABP gene mRNA expression in different growth stages and its relation to intramuscular fat (IMF) accretion in pigs was studied. Fifteen female $Duroc{\times}Landrace{\times}Yorkshire$ pigs in five groups of three pigs each, weighing 1, 30, 50, 70 and 90 kg were used to study developmental gene mRNA expression of A-FABP in various adipose tissues by means of semi-quantitative RT-PCR. Results showed that A-FABP mRNA levels in subcutaneous and ventral adipose tissues first increased from 1 to 50 kg, then gradually declined from 50 to 90 kg. Moreover, the rank order of A-FABP mRNA levels determined in three adipose tissues was as follows: subcutaneous adipose>ventral adipose>mesenteric adipose. A-FABP mRNA expression in mesenteric adipose tissue was constant during development. In addition, a positive correlation from 1 to 50 kg BW pigs and a negative correlation from 50 to 90 kg BW between A-FABP mRNA levels in subcutaneous and ventral adipose and IMF content were found.

Effects of Saturated Long-chain Fatty Acid on mRNA Expression of Genes Associated with Milk Fat and Protein Biosynthesis in Bovine Mammary Epithelial Cells

  • Qi, Lizhi;Yan, Sumei;Sheng, Ran;Zhao, Yanli;Guo, Xiaoyu
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제27권3호
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    • pp.414-421
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    • 2014
  • This study was conducted to determine the effects of saturated long-chain fatty acids (LCFA) on cell proliferation and triacylglycerol (TAG) content, as well as mRNA expression of ${\alpha}s1$-casein (CSN1S1) and genes associated with lipid and protein synthesis in bovine mammary epithelial cells (BMECs). Primary cells were isolated from the mammary glands of Holstein dairy cows, and were passaged twice. Then cells were cultured with different levels of palmitate or stearate (0, 200, 300, 400, 500, and 600 ${\mu}M$) for 48 h and fetal bovine serum in the culture solution was replaced with fatty acid-free BSA (1 g/L). The results showed that cell proliferation tended to be increased quadratically with increasing addition of stearate. Treatments with palmitate or stearate induced an increase in TAG contents at 0 to 600 ${\mu}M$ in a concentration-dependent manner, and the addition of 600 ${\mu}M$ was less effective in improving TAG accumulation. The expression of acetyl-coenzyme A carboxylase alpha, fatty acid synthase and fatty acid-binding protein 3 was inhibited when palmitate or stearate were added in culture medium, whereas cluster of differentiation 36 and CSN1S1 mRNA abundance was increased in a concentration-dependent manner. The mRNA expressions of peroxisome proliferator-activated receptor gamma, mammalian target of rapamycin and signal transducer and activator of transcription 5 with palmitate or stearate had no significant differences relative to the control. These results implied that certain concentrations of saturated LCFA could stimulate cell proliferation and the accumulation of TAG, whereas a reduction may occur with the addition of an overdose of saturated LCFA. Saturated LCFA could up-regulate CSN1S1 mRNA abundance, but further studies are necessary to elucidate the mechanism for regulating milk fat and protein synthesis.

토양 방선균인 Gordonia sp. MMS17-SY073 균주의 유전체 분석 (Complete genome sequence of Gordonia sp. MMS17-SY073, a soil actinobacterium)

  • 김영석;김승범
    • 미생물학회지
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    • 제55권3호
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    • pp.303-305
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    • 2019
  • 섬 해안가 토양에서 방선균주 Gordonia sp. MMS17-SY073를 분리하여 유전체 분석을 실시하였고, 그 결과 5,962,176 염기쌍 및 67.4%의 G + C 함량으로 이루어진 유전체 정보를 확보하였다. 유전정보 분석 결과 총 5,201개 단백질 지정 유전자, 6개 rRNA 유전자 및 45개 tRNA 유전자를 확인하였다. MMS17-SY073 균주는 16S rRNA 유전자를 이용한 분석 결과 분류학적으로 Gordonia soli의 표준균주와 가장 가까웠으며 그 유사도는 98.5%로 나타났다. MMS17-SY073 균주는 non-ribosomal peptide synthetase 유형을 비롯한 다수의 이차대사산물 생합성 유전자를 보유하고 있는 것으로 나타났다.

지방의 종류가 다른 식이의 섭취가 하지고정 흰 쥐의 근 섬유별 근 위축과 PPAR${\delta}$ 활성에 미치는 영향 (Effects of Different Types of Dietary Fat on Muscle Atrophy According to Muscle Fiber Types and PPAR${\delta}$ Expression in Hindlimb-Immobilized Rats)

  • 이호욱;박미나;이연숙
    • Journal of Nutrition and Health
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    • 제44권5호
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    • pp.355-365
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    • 2011
  • 본 연구는 지방의 종류와 함량이 다른 식이의 섭취가 하지 고정 흰 쥐의 근육 내 화학 조성, PPAR${\delta}$ 및 관련 효소의 발현에 미치는 영향을 근육 종류에 따라 알아 보기 위해 수행되었다. 연구결과를 요약하면 다음과 같다. 1) 10일 간의 하지고정과 식이 중재에 의해 실험동물의 체중, 식이섭취량 및 혈청 지방산에는 유의적인 차이가 없었다. 2) 10일 간의 하지고정에 따라 근육 양은 하지 근육 종류에 따라, 각각 soleus 에서 약 57%, plantaris에서 약 39% 그리고 gastrocnemius에서 약 38%로 달리 감소되었다 (p < 0.01). 특히 soleus에서 가장 많은 감소 현상을 보였다. 이러한 감소 경향은 식이 지방의 종류 및 함량에 영향을 받지 않았다. 3) 10일 간의 하지고정에 따라 근육 내 조성 변화의 경우, gastrocnemius에서 분석한 근육 총 단백질량은 정상 다리(contralateral)와 비교하여 하지고정에 따라 유의적으로 감소 (CO, 41%; FO, 40%; HCO, 37%; HBT, 38%)하였다. Plantaris, gastrocnemius에서 분석한 근육 내 중성지방량의 경우에도, 정상다리와 비교하여 하지고정에 따라 plantaris(CO, 39%; FO, 27%; HCO, 38%; HBT, 35%)와 gastrocnemius(CO, 38%; FO, 34%; HCO, 33%; HBT, 34%) 모두에서 유의적으로 감소하였다. 그러나, 근 단백질량과 중성지방량의 감소 현상은 모두 식이군 간의 차이는 나타나지 않았다. 4) PPAR${\delta}$ 단백질은 하지고정에 의해 plantaris에서는 유의적으로 증가 (p < 0.05)하였고, gastrocnemius, soleus에서는 증가하는 경향을 나타내었다. PPAR${\delta}$ 단백질과는 반대로 PPAR${\delta}$ mRNA는 하지고정에 의해 plantaris에서는 유의적으로 감소 하였고, soleus에서는 FO군만 PPAR${\delta}$ mRNA 발현 양이 유의적으로 감소하였다. PPAR${\alpha}$의 경우 하지고정에 따라 두 근육에서 모두 영향을 받지 않았다. mCPT1 mRNA는 하지고정에 따라 soleus와 plantaris 모두에서 변화가 없었지만, PDK4 mRNA는 하지고정에 따라 plantaris에서 유의적으로 감소하였고, 반대로 soleus에서는 유의적으로 증가하였다. 5) PPAR${\delta}$ 단백질은 세 근육의 FO군에서 모두 크게 증가하는 경향을 보였지만, 식이에 따른 유의적인 차이를 보이지는 않았다. PPAR${\delta}$ mRNA의 경우, plantaris의 CO군과 비교해 FO군에서 mRNA 발현이 유의적으로 낮은 수준이었고, 다른 군에서는 유의적인 차이가 없었다. Soleus의 PPAR${\delta}$ mRNA는 CO군과 비교해 FO, HCO 그리고 HBT군 모두에서 발현 양이 유의적으로 낮은 수준을 보였다. 반면, PPAR${\alpha}$의 mRNA 발현은 두 근육에서 모두 식이에 의한 영향을 받지 않았다. mCPT1 mRNA 발현의 경우, plantaris에서는 CO군과 비교해 FO군에서 발현 양이 유의적으로 낮은 수준을 보였지만, 고지방 식이 군에서는 유의적인 차이가 없었다. 반대로, soleus에서는 CO군과 비교해 FO군에서 발현이 유의적으로 높은 수준을 보였지만, 고지방 식이 군에서는 CO군과 비교해 유의적인 차이는 없었다. PDK4 mRNA의 경우, plantaris에서는 CO군과 비교해 FO군의 mRNA 발현 양이 유의적으로 높은 수준을 보였다. 고지방 식이 군에서는 CO군과 비교해 발현 양의 유의적인 차이가 없었다. 한편, soleus에서는 FO군에서 발현이 낮은 경향을 보였을 뿐, 식이에 따른 mRNA 발현에는 모든 군에서 유의적인 차이가 없었다. 본 연구에서는 10일간의 하지고정에 의해서 모든 근육에서 유의적인 근 위축이 유발되었고, 이에 따라 근육 양의 감소와 함께 근육 총 단백질의 유의적인 감소가 나타났다. 하지만 근육 총 단백질과 중성지방의 유의적인 감소에도 불구하고, 하지고정에 의한 근육 내 중성지방 축적은 일어나지 않았다. 이는 하지고정에 의해 모든 근육에서 증가된 PPAR${\delta}$ 단백질이 하지고정 초기에 근육 내 중성지방의 축적을 억제했을 것으로 사료된다. 결론적으로, 하지고정에 따른 근 위축에 의해 근육 내 지질대사를 조절하는 PPAR${\delta}$의 mRNA 발현은 감소하였지만, ${\omega}$-3 PUFA를 함유한 어유 식이는 PPAR${\delta}$ 단백질 및 관련 효소의 발현 수준과 활성에 근 섬유별특성에 따라 긍정적인 영향을 줌으로써 근육 내 지질축적을 비롯한 근위축의 경감에 도움을 줄 수 있다는 가능성을 제시하였다.

Effect of Sea Buckthorn Leaves on Inosine Monophosphate and Adenylosuccinatelyase Gene Expression in Broilers during Heat Stress

  • Zhao, Wei;Chen, Xin;Yan, Changjiang;Liu, Hongnan;Zhang, Zhihong;Wang, Pengzu;Su, Jie;Li, Yao
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제25권1호
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    • pp.92-97
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    • 2012
  • The trial was conducted to evaluate the effects of sea buckthorn leaves (SBL) on meat flavor in broilers during heat stress. A total 360 one-day-old Arbor Acre (AA) broilers (male) were randomly allotted to 4 treatments with 6 replicates pens pretreatment and 15 birds per pen. The control group was fed a basal diet, the experimental group I, II and III were fed the basal diet supplemented with 0.25%, 0.5%, 1% SBL, respectively. During the 4th week, broilers were exposed to heat stress conditions ($36{\pm}2^{\circ}C$), after which, muscle and liver samples were collected. High performance liquid chromatography (HPLC) was performed to measure the content of inosine monophosphate (IMP); Real-Time PCR was performed to determine the expression of the ADSL gene. The results showed that the content of breast muscle IMP of group I, II and III was significantly increased 68%, 102% and 103% (p<0.01) compared with the control, respectively; the content of thigh muscle IMP of group II and III was significantly increased 56% and 58% (p<0.01), respectively. Additionally, ADSL mRNA expression in group I, II and III was increased significantly 80%, 65% and 49% (p<0.01) compared with the control, respectively. The content of IMP and expression of ADSL mRNA were increased by basal diet supplemented with SBL, therefore, the decrease of meat flavor caused by heat stress was relieved.

TGF-β1 upregulates the expression of hyaluronan synthase 2 and hyaluronan synthesis in culture models of equine articular chondrocytes

  • Ongchai, Siriwan;Somnoo, Oraphan;Kongdang, Patiwat;Peansukmanee, Siriporn;Tangyuenyong, Siriwan
    • Journal of Veterinary Science
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    • 제19권6호
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    • pp.735-743
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    • 2018
  • We investigated the effect of transforming growth factor beta 1 ($TGF-{\beta}1$) on equine hyaluronan synthase 2 (HAS2) gene expression and hyaluronan (HA) synthesis in culture models of articular chondrocytes. Equine chondrocytes were treated with $TGF-{\beta}1$ at different concentrations and times in monolayer cultures. In three-dimensional cultures, chondrocyte-seeded gelatin scaffolds were cultured in chondrogenic media containing 10 ng/mL of $TGF-{\beta}1$. The amounts of HA in conditioned media and in scaffolds were determined by enzyme-linked immunosorbent assays. HAS2 mRNA expression was analyzed by semi-quantitative reverse transcription polymerase chain reaction. The uronic acid content and DNA content of the scaffolds were measured by using colorimetric and Hoechst 33258 assays, respectively. Cell proliferation was evaluated by using the alamarBlue assay. Scanning electron microscopy (SEM), histology, and immunohistochemistry were used for microscopic analysis of the samples. The upregulation of HAS2 mRNA levels by $TGF-{\beta}1$ stimulation was dose and time dependent. $TGF-{\beta}1$ was shown to enhance HA and uronic acid content in the scaffolds. Cell proliferation and DNA content were significantly lower in $TGF-{\beta}1$ treatments. SEM and histological results revealed the formation of a cartilaginous-like extracellular matrix in the $TGF-{\beta}1$-treated scaffolds. Together, our results suggest that $TGF-{\beta}1$ has a stimulatory effect on equine chondrocytes, enhancing HA synthesis and promoting cartilage matrix generation.

수평망식 양식 굴, Crassostrea gigas의 산란기 이후 생태·생리학적 특성 변화 (Ecophysiological Characteristics Changes in the Pacific Oyster, Crassostrea gigas, after Spawning Season in Off-bottom Culture)

  • 김수경;최은희;한현섭;임현정
    • 한국패류학회지
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    • 제28권3호
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    • pp.215-223
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    • 2012
  • 한국 서해안 해역에서 2011년 9월부터 2012년 1월까지 수평망식으로 양성한 굴의 산란기 이후 생태 생리학적 변화를 조사하였다. 조사 지역은 충남 태안 연안의 의항, 신두리, 이원의 두 곳을 선정하여 생식소지수, 조직학적 분석, 생식소와 폐각근 내의 RNA/DNA의 양과 비, condition index (CI), 연체부지수 등을 분석하여 건강도를 판정하였다. 연구결과 의항에서 수평망식으로 양식한 굴은 다른 지역의 굴과 생리학적 차이를 보였다. 즉, 폐각근 내 RNA/DNA의 양 및 비가 조사기간 동안 지속적으로 감소하였고 가장 낮은 CI와 연체부지수를 보였다. 이원지역의 St. 1과 2에서 양식한 굴은 산란기 이후 빠른 회복력을 보여 RNN/DNA가 증가하였고, 연체부지수와 CI 또한 10월까지 급격히 증가한 이후 감소하는 것으로 나타났다. 신두리 지역의 굴은 연체부지수와 CI가 10월까지 급격하게 감소하였다. 그러나 이러한 건강도 판정요소와는 다르게 폐각근 내 RNA/DNA 비는 단백질의 증가 양상처럼 10월까지 지속적으로 증가하는 것으로 조사되었다. 특이한 점은 신두리와 이원의 St. 1에서는 12월까지도 부분방출기의 개체가 관찰이 되었다. 모든 결과를 종합하여 볼 때 본 연구에서 사용된 RNA/DNA 양과 비의 변화, 연체부지수, CI 등의 간단한 지표만으로도 양식 굴의 건강상태, 산란 후 회복과정에 관한 정보 취득이 가능하였다. 따라서 이와 같은 자료를 통하여 우량종패 생산을 위한 굴 어미관리가 가능하고, 또한 소비자들이 선호할 수 있는 양질의 굴 생산이 가능할 것으로 판단되므로 향후에도 다년간 연구조사가 필요할 것으로 생각된다.