Proteomics for biomarker validation needs high throughput instrumentation to analyze huge set of clinical samples for quantitative and reproducible analysis at a minimum time without manual experimental errors. Sample preparation, a vital step in proteomics plays a major role in identification and quantification of proteins from biological samples. Tryptic digestion a major check point in sample preparation for mass spectrometry based proteomics needs to be more accurate with rapid processing time. The present study focuses on establishing a high throughput automated online system for proteolytic digestion and desalting of proteins from biological samples quantitatively and qualitatively in a reproducible manner. The present study compares online protein digestion and desalting of BSA with conventional off-line (in-solution) method and validated for real time sample for reproducibility. Proteins were identified using SEQUEST data base search engine and the data were quantified using IDEALQ software. The present study shows that the online system capable of handling high throughput samples in 96 well formats carries out protein digestion and peptide desalting efficiently in a reproducible and quantitative manner. Label free quantification showed clear increase of peptide quantities with increase in concentration with much linearity compared to off line method. Hence we would like to suggest that inclusion of this online system in proteomic pipeline will be effective in quantification of proteins in comparative proteomics were the quantification is really very crucial.
본 논문에서는 수량화 방법과 AHP(Analytic Hierarchy Process) 기법을 사용하여 산사태 발생에 대한 통계적 예측모형을 구축하는데 목적이 있다. 수량화(Quantification) 방법은 질적변수에 수량을 부여하는 통계적 방법으로, 기 조사된 자료에 기반하여 분석을 수행하는 방법이다. 본 논문에서는 서구의 다변량분석 기법인 정준상관분석의 결과를 토대로 수량화 과정을 구체적으로 제안한다. 데이터에 기반한 수량화 방법과는 팔리 AHP 기법은 일종의 다기준 의사결정을 위해 사용되는 기법으로, 설문자료에 기반한 분석법이다. 실제자료에 대한 분석으로 산사태 발생여부를 측정한 자료(한국지질자원연구원 제공)와 전문가 설문을 통해 수집된 자료를 이용하였다. 이들 자료에 대해 수량화 분석과 AHP분석을 통해 산사태 발생여부를 예측할 수 있는 두 종류의 평가표와 함께 로지스틱 회귀를 통한 통계적 예측모형을 개발하였으며, 두 모형간의 성능비교와 안정성 평가를 수행하였다.
Large-scale reactor simulation often requires the use of Monte Carlo calculation techniques to estimate important reactor parameters. One drawback of these Monte Carlo calculation techniques is they inevitably result in some uncertainty in calculated quantities. The present study includes parametric uncertainty quantification (UQ) and sensitivity analysis (SA) on the Advanced Test Reactor Critical (ATRC) facility housed at Idaho National Laboratory (INL) and addresses some complications due to Monte Carlo uncertainty when performing these analyses. This approach for UQ/SA includes consideration of Monte Carlo code uncertainty in computed sensitivities, consideration of uncertainty from directly measured parameters and a comparison of results obtained from brute-force Monte Carlo UQ versus UQ obtained from a surrogate model. These methodologies are applied to the uncertainty and sensitivity of keff for two sets of uncertain parameters involving fuel plate geometry and fuel plate composition. Results indicate that the less computationally-expensive method for uncertainty quantification involving a linear surrogate model provides accurate estimations for keff uncertainty and the Monte Carlo uncertainty in calculated keff values can have a large effect on computed linear model parameters for parameters with low influence on keff.
다차원선호분석(mutidimensional preference analysis)은 여러 상품들에 대한 개인(또는 그룹)의 선호도를 알아보기 위한 분석방법으로 결과는 보통 2차원 그림으로 제공된다. 본 연구에서는 의미있는 두 가지 최적척도 기준을 제안하고 이와 연관된 행 및 열표시자를 유도하고 있으며, 아울러 사전지식을 반영하기 위해 부분수량화를 다차원선호분석에 도입하는 방법을 제시한다. 또한 본 연구에서 제시한 다차원분석기법들을 실제 인터넷 검색엔진에 대한 선호도 자료에 적용한다.
목적: 광학적 분자 발광영상은 발광효소를 이용하여 발광하는 빛의 신호를 영상화하는 기법이다. 발광하는 광량이 분자 변화 또는 세포 수와 비례하고 신호 대 잡음비가 좋아서 영상을 얻고, 정략분석이 가능하다. 이 연구에서는 정량적 분석을 위해 비례적 측정 정량화기법을 개발하였다. 대상 및 방법: 개발 중인 ALIS (animal light imaging system) 광학발광영상 카메라에서 박테리아 수를 달리한 박테리아 광원 3가지와 또 다른 3가지 광원을 이용하여 발광영상을 측정하였다. 일정한 세기의 광원에 대해서 측정 방법을 수학적으로 표현하기 위해 cd와 광속의 개념을 이용하여 간단한 수식을 유도하였다. 실험을 통해 측정시간 1초를 기준으로 얻어진 값으로 표준 정량화 함수를 얻었다. 얻어진 정량화 함수를 이용하여 박테리아를 이용한 실험에 필요한 함수의 상수 값을 구했으며, 세 가지 세기가 다른 광원을 이용하여 측정한 값을 측정시간과 함께 정량화 식에 대입하여 측정하였다. 결과: 표준측정함수를 이용하여 측정시간에 비례하는 정량적 값을 얻을 수 있었다. 정량화결과를 측정시간으로 나눠준 값은 일정하였으며, 측정시간에 대비한 비례적 값을 얻을 수 있었다. 결론: 측정한 결과를 정량화 함수에 대입하여 정량화시킨 값은 표준정량화 하기에 적합하였다. 이 정량화 방법은 다른 광학적 분자영상 장비에 적용하여도 빛의 세기를 표준화 시킬 수 있을 뿐 만 아니라 성격이 다른 각각의 광원에 대해서도 보다 정량적인 분석을 시행할 수 있으므로, 새로운 표준 정량화 방법으로 발전시킬 수 있을 것으로 기대한다.
Quality control QC for spot-uniformity is a critical point in fabricating an oligonucleotide array, and quantification of targets is very important in array analysis. We developed two new types of QC probes as a means of confirming the quality of the uniformity of attached probes and the quantification of targets. We compared the signal intensities and fluorescent images of the QC and target-specific probes of arrays containing only target-specific probes and those containing both QC and target-specific probes. In a comparison of quality control methods, it was found that the arrays containing QC probes could check spot-uniformity or spot defects during all processes of array fabrication, including after spotting, after washing, and after hybridization. In a comparison of quantification results, the array fabricated by the method using QC probes showed linear and regular results because it was possible to normalize variations in spot size and morphology and amount of attached probe. This method could avoid errors originating in probe concentration and spot morphology because it could be normalized by QC probes. There were significant differences in the signal intensities of all mixtures (P<0.05). This result indicates that the method using QC probes is more useful than the ordinary method for quantification of mixed target. In the quantification of mixed targets, this method could determine a range for mixed targets of various amounts. Our results suggest that methods using QC probes for array fabrication are very useful to the quality control of spots in the fabrication processes of quantitative oligonucleotide arrays.
The number of human accidents in the construction industry is increasing every year, and it constitute the highest percentage among industry. This means that activities performed to prevent safety accidents in the country are not efficient to reduce the rate of accidents in the construction industry. In order to solve this issue, research has been conducted from various perspectives. But, research regarding to quantification model of human accidents is insufficient. the objective of this study is to conduct a basic study on quantification model development of human accidents. To achieve the objective, first, Cause of accident is defined the through literature review. Second, a basic statistic analysis is conducted to determine the characteristics of the accident causes. Third, the analysis is conducted after dividing into four categories : accumulate rate, season, total construction cost, and location. In the future, this study can be used as a reference for developing the safety management checklist for safety management in construction site and development of prediction models of human accident.
Glycated hemoglobin (HbA1c) is used as an index of mean glycemia over prolonged periods. This study describes an optimization of enzyme digestion conditions for quantification of non-glycated hemoglobin (HbA0) and HbA1c as diagnostic markers of diabetes mellitus. Both HbA0 and HbA1c were quantitatively determined followed by enzyme digestion using isotope dilution liquid chromatography-tandem mass spectrometry (ID-LC-MS/MS) with synthesized N-terminal hexapeptides as standards and synthesized isotope labeled hexapeptides as internal standards. Prior to quantification, each peptide was additionally quantified by amino acid composition analysis using ID-LC-MS/MS via acid hydrolysis. Each parameter was considered strictly as a means to improve digestion efficiency and repeatability. Digestion of hemoglobin was optimized when using 100 mM ammonium acetate (pH 4.2) and a Glu-C-to-HbA1c ratio of 1:50 at $37^{\circ}C$ for 20 h. Quantification was satisfactorily reproducible with a 2.6% relative standard deviation. These conditions were recommended for a primary reference method of HbA1c quantification and for the certification of HbA1c reference material.
수량화 제3방법은 일본의 하야시(Hayashi)에 의해 창안된 교차표 분석 기법으로 사회조사 및 마케팅 조사 자료의 분석에서 매우 유용하다. 그러나 반응빈도가 작은 일부 범주들이 특이하게 큰 수량화 값을 갖는 경우가 있어 불안정한 과잉 해석으로 이어지기도 한다. 본 교신은 이 문제를 해결하고자 한 연구로서 수량화 제3방법을 새로 정식화하고 축소 해 (shrinkage solution)를 제안할 것이다. 그리고 실제 조사 자료에 새 방법론을 적용해 보고자 한다.
본 연구에서는 집중력이 중요한 학령기 아동을 대상으로 '비 집중 상태'와 '집중 상태'에 대한 뇌파의 차이를 분석하기 위해 비선형 해석 방법의 하나인 반복 정량 분석(Recurrence Quantification Analysis, RQA)을 이용하였다. 건강한 아동 21명(남성 12명, 여성 9명)을 대상으로, 청각 자극이 나오는 시점 전 500msec를 '비 집중상태' 자극 후 500msec를 '집중 상태'로 실험을 진행하였다. 실험결과 반복 정량 분석의 파라미터 값은 '비 집중 상태'보다 '집중 상태'가 큰 것을 확인하였다(p < 0.05). 또한, 상태에 따른 유발 전위의 반복궤적과 색상 반복궤적을 도식화하여 비선형 특성을 확인하였고, '비 집중 상태'보다 '집중 상태'일 때 뇌가 복잡한 특징을 나타내는 것을 알 수 있었다. 본 실험을 통하여 청각 자극에 대한 비 집중 집중 시 뇌의 비선형 특성을 반복 정량 분석을 통해 해석할 가능성을 확인하였다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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