• 한국산림과학회지
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• 제95권4호
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• pp.483-494
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• 2006

테다소나무 7-1037 클론에서 얻은 반형매 풍매 차대의 반수체 DNA에 대해 AFLP 표지자 분석을 수행하여 유전연관지도를 작성하고, 6년생 때의 수고 및 흉고직경 생장에 대한 QTL mapping을 수행하였다. 121개 AFLP 표지자로 전체 연관거리 1,869 cM, marker간 평균거리 18.5 cM의 20개 framework map을 작성하였다. Composite interval mapping 방법에 의해 수고 생장의 전체 표현형 변이의 5.9%를 설명할 수 있는 l개의 QTL과 흉고직경 생장 변이의 3.9~5.6%를 설명할 수 있는 3개의 QTL을 동정하였으며, QTL 간의 상호작용 효과는 없었다. 수고 생장에 대한 QTL의 유전적 효과는 39.6cm이었고, 흉고직경 생장에서는 7.20~9.41 mm인 것으로 추정되었다. 상기 QTL들과 가장 가깝게 연관되어 있는 표지자를 이용하여 대립유전자 치환의 평균효과(average effect of gene substitution)를 산출한 결과, 수고생장에서는 44.3 cm, 흉고직경 생장에서는 8.38~11.81 mm이었다. 테다소나무의 생장에 대한 가계내 개체유전력을 0.2 이하로 가정한다면, 본 연구에서 확인된 QTL은 7-1037 클론의 반형매 풍매 차대가 보유한 상가적 유전분산의 26.8%를 설명할 수 있어 표현형에 의한 개체선발보다 선발효율에서 5배나 높은 것으로 추정되었다. 본 연구에서 제시된 반형매 풍매 차대를 이용한 QTL mapping 분석은 채종원을 기반으로 하는 선발육종 사업에서 필요한 breeding value 등의 정보를 제공한다는 측면에서 인공교배 가계를 이용한 기타의 QTL 분석에 비해 보다 현실적이고 적용성이 높은 방법론이라 생각된다.

• 아시안잔디학회지
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• 제22권1호
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• pp.85-100
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• 2008

Gray leaf spot (GLS)은 Pyricufaria oryzae Cavara에 의해 발병하는 중요한 곰팡이병으로 최근 주요 잔디류 및 목초류에 해당하는 퍼레니얼 라이그래스 (Perennial ryegrass; Lolium perenne L.)에서 발생되는 것으로 보고되었다. 또한 이 곰팡이는 벼의 도열병을 일으키는데, 이는 기주 저항성에 의해 방제될 수 있지만 이 저항성의 지속기간에 문제가 있는 것으로 알려져 있다. 지금까지 퍼레니얼 라이그래스에서는 GLS 저항성에 관한 내용이 거의 보고되지 않았다. 그러나 이탈리안 라이그래스 x 퍼레니얼 라이그래스 mapping population에서 GLS 저항성에 관한 주요 양적형질 유전자좌 (QTL)가 연관군 (linkage group) 3과 6 상에서 각각 발견되었다. 이 두 가지 양적형질 유전자좌가 다음 세대에서도 여전히 나타나고, 이들이 다른 유전적 배경 하에서도 기능할 수 있다는 사실을 확인하기 위해 기존의 mapping population으로부터 나온 저항성 개체를 저항성을 갖고 있지 않은 다른 퍼레니얼 클론과 교잡시켜 새로운 mapping population을 만들었다. 이 새로운 mapping population에서 RAPD, RFLP 및 SSR 마커를 이용하여 QTL 분석을 실시하였다. 이 결과, 비록 연관군 6 상에서는 양적형질 유전자좌가 확인되지 않았지만 연관군 3 상의 양적형질 유전자좌는 새로운 mapping population에서도 여전히 나타나고 있음이 확인되었다. 또한 두 개의 새로운 양적형질 유전자좌가 저항성을 갖고 있지 않았던 부모개체에서도 발견되었다. 본 실험 결과는 라이그래스에 있어서 GLS 저항성의 유전적 구조를 이해하는데 도움을 줄 뿐만 아니라 퍼레니얼 라이그래스 육종 프로그램에 사용상 편의성을 제고시킬 것이다.

• 생명과학회지
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• 제16권6호
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• pp.949-954
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• 2006

콩은 전 세계 시장의 48%를 차지하는 중요한 유료작물이다. 콩 종자를 구성하는 양적인 부분과 질적인 부분의 개선은 콩 육종 목표의 중요한 부분이다. 단백질함량과 종실의 크기는 두부와 콩나물의 질을 평가하는 중요한 특성이다. 따라서 본 연구는 콩에서 종실의 크기와 단백질 및 oil 함량을 조절하는 양적형질유전자좌(QTLs)를 확인하기 위하여 실시하였다. 시험재료로는 큰올콩과 신팔달콩을 교배한 후 $F_2$유래 $F_10$세대의 RIL을 이용하였으며, 이를 바탕으로 종실의 무게와 oil 및 단백질 함량과 관련된 QTLs를 탐색하였다. 종실의 무게와 단백질 및 oil 함량의 협의의 유전력은 각각 0.8과 0.78 및 0.71을 나타내었다. 종실의 무게와 관련된 QTLs는 연관군 F, I와 K의 세 개의 독립적인 QTLs를 확인하였다. 단백질함량과 관련된 QTLs는 연관군 D1b, E, H, I와 L의 다섯 개의 독립적인 QTLs를 확인하였다. 그리고 oil 함량과 관련된 QTLs는 연관군 D1b, E, G, I, J와 N의 여섯 개의 독립적인 QTLs를 확인하였다. oil 및 단백질 함량과 관련된 QTLs는 연관군 D1b, E와 I에서 공통적으로 나타났다. 따라서 이들 주요 QTL은 콩 품종 육성과정에서 품질의 개선하기 위한 선발 마커로서 활용가치가 높은 것으로 판단된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제15권7호
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• pp.932-937
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• 2002

A partial genome scan using porcine microsatellites was carried out to detect quantitative trait loci (QTL) for backfat thickness (BFT) in a pig reference population. This population carried QTL on chromosomes 1, 13 and 18. The QTL on chromosome 1 was located between marker loci S0113 and SW1301. The QTL corresponded to very low density lipoprotein receptor gene (VLDLR) in location and in biological effects, suggesting that VLDLR might be a candidate gene. The QTL found on chromosome 13 was found between marker loci SWR1941 and SW864, but significance for the marker-trait association was inconsistent by using data with different generations. The QTL on chromosome 18 was discovered between markers S0062 and S0117, and it was in proximity of the regions where IGFBP3 and GHRHR were located. The porcine obese gene might be also a candidate gene for the QTL on chromosome 18. In order to understand genetic architecture of BFT better, fine mapping and positional comparative candidate gene analyses are necessary.

• 한국육종학회지
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• 제41권4호
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• pp.429-436
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• 2009

We conducted a QTL analysis of grain quality traits using 117 $BC_3F_4$ and $BC_3F_5$ lines developed from a cross between Ilpumbyeo and Moroberekan. Genotypes of 117 $BC_3F_5$ lines were determined using 134 simple sequence repeat (SSR) markers. A linkage map constructed using 134 SSR markers was employed to characterize quantitative trait loci (QTL). The 117 $BC_3F_4$ and $BC_3F_5$ lines were evaluated for eleven grain quality traits in 2005 and 2006. A total of 18 QTLs were identified for eleven traits, and the phenotypic variance explained by each QTL ranged from 9.9% to 35.2%. Moroberekan alleles contributed positive effects in the Ilpumbyeo background at two QTL loci for 1,000 grain weight. Four QTLs, two for chalky rice and one each for 1,000 grain weight and head rice were consistently detected in two consecutive years indicating that these QTLs are stable. Clusters of QTLs were observed in three chromosome regions. One cluster harboring five QTLs including head rice and brown rice ratio near SSR markers RM190 and RM314 was detected on chromosome 6. Another cluster harboring grain weight and white belly was detected on chromosome 2. Increase in white belly at this locus might be due to the increase in grain weight due to the presence of the Moroberekan allele. The Moroberekan alleles at two QTL loci, gw3 and gw4 associated with increased grain weight might be useful in breeding programs to develop high-yielding cultivars.

• 한국가금학회:학술대회논문집
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• 한국가금학회 2003년도 제20차 정기총회 및 학술발표회
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• pp.135-137
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• 2003

본 연구는 한국 재래닭에 대한 유전적 특성에 근거한 표지유전자 및 재래닭 특이유전자와 경제형질간의 연관성을 분석하고자 실시하였다. 연구의 수행을 위해 DNA 초위성체에 의한 경제형질 연관 QTL 지도를 작성하는 것을 목표로 하며, 실험재료로서는 현재 국내의 재래닭을 계통화하여 개량하고 있는 집단으로부터 QTL mapping을 위한 기준집단을 조성하여 이들로부터 경제형질을 조사하고 특정 경제형질 연관 QTL을 탐색하기 위한 연구 설계 및 기준집단을 조성하였다.

• 한국작물학회지
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• 제43권4호
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• pp.199-204
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• 1998

This study was conducted to investigate the chromosomal locations and effects of quantitative trait loci (QTL) associated with chemical properties of rice (Oryza sativa L.). One hundred sixty four recombinant inbred lines (MGRILs) of $F_{11}$ were derived from the cross between Milyang 23, Tongil type, and Gihobyeo, japonica type. They were evaluated for 7 traits of chemical property in rice. Transgressive segregation was observed for all traits examined. Eight significant QTLs were detected (LOD$\geq$2.0) for five traits, including two QTLs for amylose content, two QTLs for potassium content, one QTL for ratio of magnesium to potassium, one QTL for fat content and two QTLs for ash content. Phenotypic variation explained by each QTL ranged from 7.2% to 14.4%. However, no significant QTL was detected for magnesium and protein contents. In amylose content and ash content M alleles originated from Milyang 23 were responsible for increasing these traits and J alleles originated from Gihobyeo also responsible for increasing these traits. Pleiotropic effects of single QTLs on different traits are observed.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제18권6호
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• pp.772-779
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• 2005

The objectives of this study were to examine problems with using F$_1$ data by simulation, association of marker loci and QTL from crosses of inbred parental lines and to enumerate the preliminary characterization of genetic superiority within inbred parental lines. In this study, the association between markers for QTL used as covariates and estimates of variance components due to effects of lines was investigated through computer simulation. The effects of size of population to develop inbred lines and initial frequencies and magnitudes of effects of QTL were also considered. Results show that estimates of variance components due to line effects are influenced by including marker information as covariates in the model for analysis. Estimates of line variance were increased by adding marker information into the analysis, because negative covariances between effects associated with the markers and the remaining effects associated with other loci existed. However, the fit of the model as indicated by the log likelihood improved by adding more markers as covariates into the analysis. Marker assisted selection will be beneficial when markers explain unexplained genetic difference during selection procedure. Markers can be used to identify QTLs affecting traits, and to select for favorable QTL alleles. To efficiently use genetic markers, location of markers at the genome must be identified. The estimates of variance due to effects of with and without marker information used as covariates in the analysis were investigated. The estimates of line variances were always increased when markers were included as covariates for the model because a negative covariance were existed.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제14권12호
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• pp.1665-1669
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• 2001

A QTL was localized near S0120 on porcine chromosome 18. The QTL was significant (p<0.05) for average daily gain (ADG) of body weight and backfat thickness (BFT). The estimates of additive and dominance effects for the QTL were 0.0135 kg/day (p<0.001) and 0.0138 kg/day (p>0.5) for ADG and 1.6115 mm (p<0.001) and 0.9281 mm (p>0.05) for BFT. The location of this QTL coincided with a few growth hormone pathway genes. This study suggested that a QTL allele probably resulted from a mutation responsible for physiological lipase deficiency favoring obesity. This QTL might be important to obesity as well as growth in pigs.

• Plant Biotechnology Reports
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• 제4권1호
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• pp.61-73
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• 2010

Quantitative trait loci (QTL) associated with six physical traits of cooked rice and seven chemical properties of rice grain were identified using a recombinant inbred (RI) population of rice evaluated over 3 years at the National Honam Agricultural Research Institute in Korea. The RI population consisted of 164 lines derived from a cross between Milyang23 and Gihobyeo, and the genetic map consisted of 414 molecular markers. A total of 49 QTL were identified for the 13 physico-chemical properties using composite interval mapping. Of these, 13 QTL were identified for 2 or more years, while 36 were detected in only 1 year. Five QTL were identified over all 3 years and will be useful for marker-assisted improvement of rice grain quality in Korea. The two QTL with the highest LOD scores, adhesiveness1.2 and potassium content7.1, provide a valuable starting point for positional cloning of genes underlying these QTL.