• 식물병연구
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• 제17권3호
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• pp.376-380
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• 2011

P. syringae pv. tomato는 토마토에서 bacterial speck병을 일으키는 종자전염 세균으로, 감수성 품종에서 주로 발병하여 경제적으로 큰 손실을 입힌다. 따라서 P. syringae pv. tomato는 한국을 비롯한 많은 나라에서 식물 검역대상 세균으로 지정하여 관리되고 있다. 본 연구에서 우리는 토마토 종자로부터 PCR을 이용하여 Pst를 검출할 수 있는 방법을 개발하였다. P. syringae pv. tomato의 hrpZ 유전자에서 특이적인 프라이머를 개발하였다. 개발된 프라이머는 P. syringae pv. tomato에서만 501 bp 크기의 특이적 DNA를 증폭하였으며, P. syringae pv. glycinea, P. syringae pv. maculicola, P. syringae pv. atropurpurea, P. syringae pv. morsprunorum와 같은 다른 토마토 세균병원균과 P. syringae pathovar 균주들에서는 증폭되지 않았다. Nested PCR 프라이머를 이용한 PCR에서도 오직 P. syringae pv. tomato에서만 119 bp 크기의 특이적 DNA가 증폭되었고, 토마토 종자에서 P. syringae pv. tomato을 정확하고 민감하게 검출하였다. 본 연구는 현재까지 사용되고 있는 Pst의 검출방법의 민감도를 비교한 최초의 보고로 본 연구에서 개발된 PCR방법들은 토마토 종자에서 Pst을 검출하는 매우 유용한 방법으로 생각된다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제21권2호
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• pp.119-126
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• 2005

Genomic and phenotypic characteristics of the bacterial strains of Pseudomonas syringae pv. actinidiae and P. syringae pv. syringae collected from several kiwifruit orchards of Korea were investigated and compared with those from Japan to elucidate their phylogenic relationships. All the strains of P. syringae pv. actinidiae and pv. syringae tested were sensitive to copper sulfate but Korean and Japanese strains showed quite different responses to streptomycin. Korean strains were sensitive to streptomycin, but most of the Japanese strains of P. syringae pv. actinidiae were highly resistant to streptomycin. Japanese strains were also relatively more resistant to oxytetracycline than Korean strains. Plasmid profiles were not valuable to distinguish Korean strains of P. syringae pv. actinidiae frombJapanese strains. One or more indigenous plasmids with more than 15 kb in size were detected in all strains of P. syringae pv. actinidiae, but the number and sizes of plasmids harbored in P. syringae pv. actinidiae were variable among the strains regardless of their geographic origins. There also observed no significant relationship among resistance levels of the strains of P. syringae pv. actinidiae to antibiotics, their pathogenicity and plasmid profiles. RAPD profiles were useful to analyze the strains of P. syringae pv. actinidiae and pv. syringae. All the strains of P. syringae pv. actinidiae fell into a wide cluster separated from the strains of P. syringae pv. syringae, but Korean strains of P. syringae pv. actinidiae were separated from Japanese strains. The results support that Korean and Japanese strains of P. syringae pv. actinidiae may have different phylogenic origins.

• The Plant Pathology Journal
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• 제28권1호
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• pp.60-67
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• 2012

For the genetic differentiation of $Pseudomonas$ $syringae$ pathovar $tomato$, a total of 51 $P.$ $syringae$ pv. strains infecting 33 different host plants were analyzed using repetitive element PCR(REP-PCR) and universal rice primer PCR(URP-PCR). The entire DNA fingerprint profiles were analyzed using unweighted pair-group method with arithmetic averages (UPGMA). The 51 $P.$ $syringae$ pv. strains could be divided into five clusters based on 65% similarity by Rep-PCR using BOX, ERIC, and REP primers. $P.$ $syringae$ pv. $tomato$ cluster was well separated from other 31 $P.$ $syringae$ pathovars. $P.$ $syringae$ pv. $tomato$ cluster included only $P.$ $syringae$ pv. $maculicola$ and $P.$ $syringae$ pv. $tomato$. $P.$ $syringae$ pv. $tomato$ strains could be divided into two genetic groups. Meanwhile, the Pseudomonas pv. strains could be divided into four clusters based on 63% similarity by URP-PCR using 2F, 9F, and 17R primers. $P.$ $syringae$ pv. $tomato$ cluster was also well separated from 30 other $P.$ $syringae$ pathovars. In this case, $P.$ $syringae$ pv. $tomato$ cluster included $P.$ $syringae$ pv. $maculicola$, $P.$ $syringae$ pv. $berberidi$, and $P.$ $syringae$ pv. $tomato$. $P.$ $syringae$ pv. $tomato$ strains was also separated into two genetic groups by URP-PCR analysis. Overall, our work revealed that $P.$ $syringae$ pv. $tomato$ can be genetically differentiated from other $P.$ $syringae$ pathovars by the DNA fingerprint profiles of REP-PCR and URP-PCR. We first report that there are two genetically diverged groups in $P.$ $syringae$ pv. $tomato$ strains.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제13권1호
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• pp.110-118
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• 2003

Pseudomonas syringae pv. actinidiae strains, which cause canker disease in kiwifruit, were collected from kiwifruit orchards in Korea and identified using biochemical and physiological tests. The nucleotide sequences of the 16s rDNA and 16s-23s internally transcribed spacer of the isolates were found to be Identical to those of' the pathotype strain, Kwl 1, of P syringae pv. actinidiae. Remarkably, no coding sequence for phaseolotoxin biosynthesis or phaseolotoxin- resistant ornithine carbamoyltransferase was found by PCR amplification in any of the new Korean isolates of pseudomonas syringae pv. actinidiae, although this was clearly identified in the control pathotype Kwl 1 reference strain. In contrast, three primer sets derived from the coronatine biosynthetic gene cluster and DNA from the Korean strains yielded amplified DNA fragments of the expected size. A sequence analysis of the PCR products revealed that P. syringae pv. actinidiae and the Korean strains of pv. actinidiae contain coronafncate ligase genes (cfl)with identical sequences, whereas their. corR genes exhibited 91% sequence similarity. The production of coronatine, instead of phaseolotoxin, by the Korean strains of P. syringae pv. actinidiae was confirmed by a bioassay using reference pathovars known to produce coronatine and phaseolotoxin. The genes for coronatine biosynthesis in the Korean strains of P. syringae pv. actinidiae were found to be present on plasmids.

• The Plant Pathology Journal
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• 제30권1호
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• pp.96-101
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• 2014

The molecular features of Pseudomonas syringae pv. actinidiae strains isolated in Korea were compared with strains isolated in Japan and Italy. Sequencing of eight P. syringae pv. actinidiae and three P. syringae pv. theae strains revealed a total of 44 single nucleotide polymorphisms across 4,818 bp of the concatenated alignment of nine genes. A multiplex PCR assay was developed for the detection of P. syringae pv. actinidiae and for the specific detection of recent haplotype strains other than strains isolated since the 1980s in Korea. The primer pair, designated as TacF and TacR, specifically amplified a 545-bp fragment with the genomic DNA of new haplotype of P. syringae pv. actinidiae strains. A multiplex PCR conducted with the TacF/TacR primer pair and the universal primer pair for all P. syringae pv. actinidiae strains can be simultaneously applied for the detection of P. syringae pv. actinidiae and for the differentiation of new haplotype strains.

• 미생물학회지
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• 제55권1호
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• pp.80-82
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• 2019

Pseudomonas syringae pv. syringae WSPS007 균주는 대한민국 경상북도 영주시 사과 과원에서 나타난 가지마름병 병징으로부터 2013년 분리되었다. 본 논문에서는 6,238,498 bp(59.04% G+C 함량)인 WSPS007 균주의 전체 염기서열을 보고한다. 전체 지놈은 5,379개의 코딩서열, 65개의 tRNA, 16개의 rRNA 유전자를 가지고 있다. 특히 WSPS007 균주의 전체 염기서열 분석은 냉해와 관련된 빙핵 활성 유전자 클러스터를 중심으로 분석을 수행하였으며, P. syringae pv. syringae 국외 대표 균주인 PssB728a와 유사한 빙핵활성 유전자 구성을 가지고 있는 것으로 나타났다. 따라서 본 논문에서의 염기서열 분석 결과를 바탕으로 경상북도 일원 사과 과원에서 동해로 추정되는 병원균의 원인을 규명하기 위한 기본 자료를 제공하는데 있어서 의의가 있다고 사료된다.

• 식물병연구
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• 제27권4호
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• pp.180-186
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• 2021

경남과 전남의 육묘중인 수박과 정식한 포장의 유묘에서 황색의 둘레무리와수침상의 갈색 및 검은색의 반점의 병반이 관찰되었다. 병반에서 분리한 분리균은 수박과 쥬키니에서 높은 병원성을 보여주었다, 분리균은 4개의 속생모를 가진 막대형 세균이었다. 분리균은 그람음성으로 LOPAT group 1a에 속하였으며, King'B 배지에서 형광성이 없었다. 16S rRNA 유전자 염기서열을 이용한 계통수 분석과 4개의 항존유전자 염기서열(gapA, gltA, gyrB, rpoD)을 이용한 multi-locus sequencing typing 분석 결과 분리균들은 Pseudomonas syringae pv. syringae와 가장 높은 상동성을 보여주었고, 같은 그룹(clade)으로 묶이었다. 또한 이들은 P. syringae genomospecies group 1에 속하였다. 수박의 잎점무늬병징에서 분리한 세균의 형태적, 생리적, 유전적 특징은 이들이 P. syringae pv. syringae임을 제시한다. 본 논문은 한국에서 P. syringae pv. syringae가 수박에서 점무늬병을 일으키는 최초의 보고이다.

• 식물병연구
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• 제10권4호
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• pp.310-312
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• 2004

Pseudomonas syringae pv. actinidiae는 참다래 궤양병을 일으키는 세균이다. 식물독소인 coronatine 생합성에 관여하는 유전자 중 하나인 cfl의 염기서열로부터 설계된 primer를 사용한 nested PCR 방법을 토양시료에 적용시켰다. 이 primer 세트와 우리나라에서 분리된 P. syringae pv. actinidiae가 접종된 토양으로부터 얻은 DNA로 두 번의 PCR을 행했을 때 665 bp와 310 bp의 절편이 각각 증폭되었다. 이 시스템을 참다래 궤양병으로 폐원된 과수원의 토양조사에 적용시킨 결과 여섯 곳으로부터 채취한 토양시료 모두에서 특이적인 310 bp의 PCR 산물이 증폭되었다.

• Journal of Microbiology
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• 제42권4호
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• pp.365-368
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• 2004

The occurrence of strA-strB streptomycin-resistance genes within transposon Tn5393 was examined in Pseudomonas syringae pv. actinidiae, P. syringae pv. syringae, and P. marginalis, isolated from kiwifruit plants in Korea and Japan. PCR amplification with primers specific to strA-strB revealed that three of the tested Pseudomonas species harbored these genes for a streptomycin-resistance determinant. Tn5393, containing strA-strB, was also identified with PCR primers designed to amplify parts of tnpA, res, and tnpR. No IS elements were detected within tnpR, nor were they found in the intergenic region between tnpR and strA. Nucleotide sequence analysis indicated that the strA sequence of P. syringae pv. actinidiae contained a single nucleotide alteration at position 593 (CAA $\rightarrow$CGA), as compared to Tn5393a in P. syringae pv. syringae. This resulted in an amino acid change, from Gin to Arg.

• 식물병연구
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• 제23권1호
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• pp.35-41
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• 2017

Pseudomonas syringae pv. actinidiae는 참다래에 궤양병을 일으키는 원인세균이다. 이 병원균 집단은 분자적 특성에 따라 biovar 1, 2, 3로 나누어진다. 본 연구에서는 1997년부터 우리나라에서 분리되어 순천대학교 생물학과에 보관 중인 P. syringae pv. actinidiae 균주들의 biovar를 기존에 발표된 biovar에 특이적인 PCR primers를 사용하여 동정하였다. 전체 682개 균주 중 biovar 2에 속한 균주가 288개, biovar 3에 속한 균주가 394개였다. 그러나 우리나라에서 분리된 균주 중 biovar 1에 속하는 균주는 없었다. Biovar 3 균주에 의한 궤양병의 갑작스러운 발생과 확산은 이 균주가 빠른 전파력을 가지고 있음을 말해준다.