Korean Journal of Microbiology (미생물학회지)

The Microbiological Society of Korea (한국미생물학회)
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Draft genome sequences of Pseudomonas syringae pv. syringae strain WSPS007 causing bacterial shoot blight on apple

사과가지마름병원세균 Pseudomonas syringae pv. syringae WSPS007 균주의 유전체 해독

  • Lim, Yeon-Jeong (Applied Biology Program, Division of Bioresource Sciences, Kangwon National University) ;
  • Ryu, Duck Kyu (Applied Biology Program, Division of Bioresource Sciences, Kangwon National University) ;
  • Kang, Min Kyu (Applied Biology Program, Division of Bioresource Sciences, Kangwon National University) ;
  • Jeon, Yongho (Department of Plant Medicals, Andong National University) ;
  • Park, Duck Hwan (Applied Biology Program, Division of Bioresource Sciences, Kangwon National University)
  • 임연정 (강원대학교 생물자원과학부 응용생물학전공) ;
  • 유덕규 (강원대학교 생물자원과학부 응용생물학전공) ;
  • 강민규 (강원대학교 생물자원과학부 응용생물학전공) ;
  • 전용호 (안동대학교 식물의학과) ;
  • 박덕환 (강원대학교 생물자원과학부 응용생물학전공)
  • Received : 2019.01.23
  • Accepted : 2019.03.04
  • Published : 2019.03.31
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Abstract

Pseudomonas syringae pv. syringae strain WSPS007 was isolated from infected twigs (Malus pumila) in 2013 in Yeongju, Gyeongbuk Province, Republic of Korea. Here, we report the draft genome sequence of WSPS007 with a chromosome size of 6,238,498 bp (59.04% G+C content). The genome comprises 5,379 CDS, 16 rRNA genes, and 65 tRNA genes. The P. syringae pv. syringae strain WSPS007 genome possesses an ice-nucleating activation (INA) gene and an antifreeze operon that may be related to frost damage by this pathogen. Thus, the genome sequence determined in this study will be useful in understanding the relationship between the outbreak of bacterial shoot blight disease and frost damage in northern Gyeongbuk Province.

Pseudomonas syringae pv. syringae WSPS007 균주는 대한민국 경상북도 영주시 사과 과원에서 나타난 가지마름병 병징으로부터 2013년 분리되었다. 본 논문에서는 6,238,498 bp(59.04% G+C 함량)인 WSPS007 균주의 전체 염기서열을 보고한다. 전체 지놈은 5,379개의 코딩서열, 65개의 tRNA, 16개의 rRNA 유전자를 가지고 있다. 특히 WSPS007 균주의 전체 염기서열 분석은 냉해와 관련된 빙핵 활성 유전자 클러스터를 중심으로 분석을 수행하였으며, P. syringae pv. syringae 국외 대표 균주인 PssB728a와 유사한 빙핵활성 유전자 구성을 가지고 있는 것으로 나타났다. 따라서 본 논문에서의 염기서열 분석 결과를 바탕으로 경상북도 일원 사과 과원에서 동해로 추정되는 병원균의 원인을 규명하기 위한 기본 자료를 제공하는데 있어서 의의가 있다고 사료된다.

Keywords

Table 1. Genome features of P. syringae pv. syringae strain WSPS007

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References

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