• 대한의생명과학회지
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• 제24권4호
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• pp.390-397
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• 2018

For the specific detection of human Parvovirus B19 (HuPaV-B19), we designed ten specific PCR primers from 3,800~4,500 nucleotides of HuPaV-B19 complete genome (NC_000883.2). Seventeen candidate PCR primer sets for specific detecting HuPaV-B19 were constructed. In specific reaction of HuPaV-B19, seventeen PCR primer sets showed specific band, however five PCR primer sets were selected basis of band intensity, amplicon size and location. In non-specific reaction with seven reference viruses, four PCR primer sets showed non-specific band, however one PCR primer set is not. Detection sensitivity of final selective PCR primer set was $100fg/{\mu}L$ for 112 minute, and PCR amplicon is 539 base pairs (bp). In addition, nested PCR primer set was developed, for detection HuPaV-B19 from a low concentration of contaminated samples. Selection of nested PCR primer set was basis of sensitivity and groundwater sample tests. Detection sensitivity of final selective PCR and nested PCR primer sets for the detection of HuPaV-B19 were $100fg/{\mu}L$ and $100ag/{\mu}L$ basis of HuPaV-B19 plasmid, it was able to rapid and highly sensitive detection of HuPaV-B19 than previous reports. We expect developed PCR primer set in this study will used for detection of HuPaV-B19 in various samples.

• Genomics & Informatics
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• 제21권2호
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• pp.24.1-24.7
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• 2023

Assays of clinical diagnosis and species identification using molecular markers are performed according to a quantitative method in consideration of sensitivity, cost, speed, convenience, and specificity. However, typical polymerase chain reaction (PCR) assay is difficult to quantify and have various limitations. In addition, to perform quantitative analysis with the quantitative real-time PCR (qRT-PCR) equipment, a standard curve or normalization using reference genes is essential. Within the last a decade, previous studies have reported that the digital PCR (dPCR) assay, a third-generation PCR, can be applied in various fields by overcoming the shortcomings of typical PCR and qRT-PCR assays. We selected Stilla Naica System (Stilla Technologies), Droplet Digital PCR Technology (Bio-Rad), and Lab on an Array Digital Real-Time PCR analyzer system (OPTOLANE) for comparative analysis among the various droplet digital PCR platforms currently in use commercially. Our previous study discovered a molecular marker that can distinguish Hanwoo species (Korean native cattle) using Hanwoo-specific genomic structural variation. Here, we report the pros and cons of the operation of each dPCR platform from various perspectives using this species identification marker. In conclusion, we hope that this study will help researchers to select suitable dPCR platforms according to their purpose and resources.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제49권3호
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• pp.281-289
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• 2000

배경 : 결핵의 진단에 있어 결핵균 배양검사는 결핵의 확진 검사이지만 배양에 최소한 6-8주가 소요되어 진단 및 치료가 지연되는 단점이 있다. PCR 법은 신속하고 예민하게 결핵균을 검출할 수 있지만 위양성율과 위음성율이 높아 문제시 되고 있다. 최근에 개발된 LCR법과 PCR-Hybridization은 PCR 법 보다도 민감하게 결핵균을 검출할 수 있는 것으로 알려져 있다. 이에 저자들은 하상균 배양을 기준으로 in house PCR, LCR 및 PCR- Hybridization 각각의 임상적 유용성을 알아보고자 한다. 방법 : 1998년 8월에 결핵진단을 위해 세브란스 병원 임상 병리과에 의뢰된 75검체를 대상으로 AFB 도말 염색 검사, 결핵균 배양 검사(3% Ogawa 배지, 8주간), in house PCR, LCR(Abbott LCx kit) 및 PCR Hybridization을 시행하여 각각의 민간도와 특이도를 평가해보았다. 결과 : 항산균 배양법을 기준으로 판단할 때 in house PCR, LCR(Abbott LCx kit) 및 PCR-Hybridization의 민감도는 각각 40%, 80%, 100%였고 특이도는 98.6%, 94.3%, 94.3%였다. 결론 : LCR법과 PCR-Hybridization은 결핵균 검출에 있어 우수한 민감도와 특이도를 보여 결핵의 조기진단에 유용할 것으로 사료된다.

• 미생물학회지
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• 제39권3호
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• pp.197-200
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• 2003

기존의 핵산증폭기를 사용하여 유리 슬라이드상에서의 효과적인 원위치 중합효소 연쇄반응(in situ PCR)을 수행하기 위해서는 여러 가지 조건들을 고려해야 하는데, 이러한 조건에는 PCR 용액의 세포속으로의 침투, 증폭된 PCR산물의 세포외 유출의 방지, PCR용 액 성분의 유리슬라이드로의 비특이적 부착으로 인한 손실, 열에 의한 시약의 증발, heat block으로부터 슬라이드로의 열전도성 둥이 있다. 특히 PCR용액 성분의 세포내로의 침투를 보장하기 위해서는 다소 높은 농도의 PCR 용액성분(특히 4.5 mM $MgCl_{2}$ 농도)이 필요하였고, Taq 효소는 PCR전 처리(pre-PCR incubation)를 수행하는 경우,50 ${\mu}l$ 반응당 5～10 units이면 충분하였다. 또한 PCR의 전형적인 온도-시간 양상(temperature-time profile)을 만족시키기 위해서는 먼저 샘플의 건조화를 방지해야 하는데, 이를 위해서 heat block속의 빈 공간에 적당량의 물을 첨가했고, 설정온도와 실제온도를 측정해본 결과 약3～$4^{\circ}C$의 차이가 있었다.

• 미생물학회지
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• 제38권3호
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• pp.198-204
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• 2002

폴리오 바이러스는 전형적인 장관계 바이러스로 마비, 무균성 수막염, 뇌염 등을 유발한다. 폴리오 바이러스는 분변-구강 경로를 통해 전파되며, 오염된 물을 음용수로 사용할 시 공중 보건에 문제가 될 수 있으므로 먹는 물에서 폴리오 바이러스를 검출하는 것은 중요하다. 감염성이 있는 바이 러스와 불활성화(열처리와 자외선 처리)시킨 바이러스를 세포배양법, 역전사 중합효소 연쇄반응법(reverse transcription-polymerase chain reaction: RT-PCR)그리고 세포배양-중합효소 연쇄반응 통합법(integrated cell culture-PCR: ICC-PCR)으로 검출 실험을 했다. 감염성이 있는 폴리오 바이러스는 세 가지 방법으로 모두 검출이 되었으며, 이 중에서 바이러스를 검출하는데 ICC-PCR 방법이 가장 민감했다. 세포배양법은 적은 수의 바이러스를 검출하는데 약 2주의 긴 시간이 걸렸다. 열처리나 자외선 처리로 불활성화된 바이 러스는 세포배양과 ICC-PCR방법으로는 검출이 되지 않았다. 자외선 처리한 바이러스는 RT-PCR 방법으로 검출되지 않았으나 열처리한 바이러스는 검출되었다. RT-PCR 방법은 감염성 바이러스뿐 아니라 불활성화된 바이러스도 검출할 수 있으므로 감염성이 있는지 없는지를 구분할 수 없는 단점이 있다. 이와 같은 결과는 감염성 있는 바이러스를 가장 민감하고 효과적으로 검출하는 방법이 ICC-PCR 방법이라는 것을 제시하여 준다.

• 전기전자학회논문지
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• 제23권1호
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• pp.295-301
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• 2019

바이오샘플의 DNA를 대량 증폭할 수 있는 휴대형 실시간 중합효소연쇄반응(Real-time PCR) 기기에서 히터는 PCR 반응 온도를 제어하기 위한 중요한 요소 중의 하나이다. 보통 빠른 히팅을 위해 소형 PCR 칩에 집적화되어 있고, 반도체 공정을 이용하여 박막형태로 제작되어 PCR 칩 제작 단가가 높은 편이다. 따라서 본 연구에서는 값싸고 온도제어를 정확히 할 수 있는 히터로 칩 저항을 사용하는 것을 제안한다. 칩 저항을 사용한 히터는 구조가 단순하고 제작이 쉽다는 장점이 있다. $2.54{\times}2.54cm^2$ 크기의 실시간 PCR 칩 위에 칩 저항을 1개 또는 2개를 사용했을 때 온도분포를 시뮬레이션 하였고, 고른 온도분포를 갖는 PCR 칩을 제작했다. 또한 효율적인 PCR 칩 냉각을 위해 소형 fan이 내장된 하우징을 설계하였고, 3D 프린터로 제작했다. 온도제어는 마이크로프로세서를 이용한 PID제어법(Proportional-Integral-Differential control)을 적용했다. 온도상승비와 하강비는 각각 $18^{\circ}C/s$, $3^{\circ}C/s$이며, 각 PCR 반응 단계의 유지 시간을 30초로 하였을 때, 한 사이클은 약 2.66분이 걸렸고, 35 사이클은 약 93 분 내로 진행할 수 있었다.

• 한국균학회지
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• 제40권2호
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• pp.78-85
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• 2012

20 mer의 URP primers 가 한국 재래적미의 반복배열 DNA 염기서열로부터 고안되어 다양한 곰팡이 종의 PCR 다형성검출에 적용 되어 왔다. URP-PCR 방법은 PCR반응중 $55^{\circ}C$이상의 고온에서 annealing반응을 함으로 하여 재생적인 PCR결과를 얻을 수 있으며 효모균류에서 담자균류의 고등 균류까지 33속, 142 종, 1,489 균주의 다양한 곰팡이 종의 유전체 DNA에 적용되어 그 유용성이 평가 되어 왔다. 본 논문은 URP-PCR의 특성과 지금까지 다양한 곰팡이 종 다양성 검정결과를 종합하여 보고 한다.

• 한국임상수의학회지
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• 제19권3호
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• pp.295-298
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• 2002

본 연구에서는 개의 Helicobacter 균속 감염을 비침습적 방법으로 진단하기 위해 분변을 시료로한 PCR 검사법을 확립하고 그 효능을 검정하고자 하였다. 분변 PCR 분석은 분변에서 채취된 DNA에서 Helicobacter 균속의 16S RNA의 특이적인 영역에 반응하는 primer를 이용해 수행하였다. 분변 PCR분석법에 의한 결과와 위조직 검사 법 결과를 비교해 본 결과 분변 PCR분석법은 높은 특이도 (100%)와 민감도(96%)를 나타내었다. 도한 확립된 분볍 PCR분석법을 이용해 국내 애완결들의 위내 Helicobacter 균속 감염율을 조사한 결과 감염율이 72.1%로 나타났다. 이상의 결과 본 연구에서 확립한 분변 PCR 분석법은 개의 Helicobacter 균 감염을 진단할 수 있는 새로운 비침습적 진단방법으로 이용될 수 있으리라 사료된다.

• Biotechnology and Bioprocess Engineering:BBE
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• 제8권4호
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• pp.213-220
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• 2003

Polymerase chain reaction (PCR) is one of the most widely used analytical tool and is an important module that would benefit from being miniaturized and integrated onto diagnostic or analytical chips. There are potentially two different approaches for the miniaturization of the PCR module: chamber-type and flow-type micro-PCR. These miniaturized PCRs have distinct characteristics and advantages. In this article, we review the necessity of micro-PCR, the materials for the chip fabrication, the surface modification, and characteristics of the two types of micro-PCR. The motivation underlying the development of micro-PCR, the advantages and disadvantages of the various materials used in fabrication and the surface modification methods will be discussed. And finally, the precise features of the two different types of micro-PCR will be compared.

• 미생물학회지
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• 제41권3호
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• pp.168-176
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• 2005

갯벌 퇴적물에 존재하는 병원성 해양미생물인 Vibrio vulnificus를 신속하고 정확하게 검출하기 위해 PCR, Southern hybridization 방법과 real-time PCR을 수행하여 검출 민감도를 비교하였다. 갯벌 퇴적물로부터 bead beater를 이용한 물리적 방법으로 DNA 조추출액을 얻고 상용화된 키트 (Geneclean turbo Kit)를 이용하여 부식물질(humic substances)을 제거하였다. 병원성에 관련된 3 종의 유전자(hemolysin, vvhA; phosphomannomutase, pmm; metalloprotease, vvpE)를 대상으로 설계한 프라이머 셋을 동시에 사용하는 multiplex PCR 방법과 Southern hybridization과 병행한 방법(PCR/Southern hybridization)을 수행하였다. Real-time PCR은 hemolysin 유전자(vvhA)에 특이한 프라이머와 TaqMan 탐침을 사용하였다. 전처리하지 않은 갯벌 퇴적물의 경우, PCR/Sourthern hybridization과 real-time PCR 방법의 검출 민감도는 퇴적물 1 g 당 약 $10^2$ 개의 세포 수준이었다. 농후처리액(APW; alkaline peptone water)으로 $35^{\circ}C$에서 $2{\~}3$시간, 8시간 중균 배양할 경우 갯벌 퇴적물 1 g 당 $2{\~}10$개 세포가 존재할 때 PCR/Southern hybridization 방법과 real-time PCR 방법으로 각각 검출할 수 있었다. 전처리 과정을 포함하여 real-time PCR은 $6{\~}7$시간, PCR/Sourthern hybridization은 약 36시간이 소요되었다.