• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제23권11호
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• pp.1509-1518
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• 2013

An agar-degrading bacterium, designated as strain $G7^T$, was isolated from a coastal seawater sample from Gaya Island (Gayado in Korean), Republic of Korea. The isolated strain $G7^T$ is gram-negative, rod shaped, aerobic, non-motile, and non-pigmented. A similarity search based on its 16S rRNA gene sequence revealed that it shares 95.5%, 90.6%, and 90.0% similarity with the 16S rRNA gene sequences of Catenovulum agarivorans $YM01^T$, Algicola sagamiensis, and Bowmanella pacifica W3-$3A^T$, respectively. Phylogenetic analyses demonstrated that strain $G7^T$ formed a distinct monophyletic clade closely related to species of the family Alteromonadaceae in the Alteromonas-like Gammaproteobacteria. The G+C content of strain $G7^T$ was 41.12 mol%. The DNA-DNA hybridization value between strain $G7^T$ and the phylogenetically closest strain $YM01^T$ was 19.63%. The genomes of $G7^T$ and $YM01^T$ had an average ANIb value of 70.00%. The predominant isoprenoid quinone of this particular strain was ubiquinone-8, whereas that of C. agarivorans $YM01^T$ was menaquinone-7. The major fatty acids of strain $G7^T$ were Iso-$C_{15:0}$ (41.47%), Anteiso-$C_{15:0}$ (22.99%), and $C_{16:1}{\omega}7c/iso-C_{15:0}2-OH$ (8.85%), which were quite different from those of $YM01^T$. Comparison of the phenotypic characteristics related to carbon utilization, enzyme production, and susceptibility to antibiotics also demonstrated that strain $G7^T$ is distinct from C. agarivorans $YM01^T$. Based on its phenotypic, chemotaxonomic, and phylogenetic distinctiveness, strain $G7^T$ was considered a novel genus and species in the Gammaproteobacteria, for which the name Gayadomonas joobiniege gen. nov. sp. nov. (ATCC BAA-2321 = $DSM25250^T=KCTC23721^T$) is proposed.

• 생명과학회지
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• 제28권1호
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• pp.68-77
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• 2018

바이오제닉 아민 비생성 유산균의 선별을 위해 순창군에서 재배된 베리류 및 엑기스, 식초 등으로부터 42종의 유산균을 분리하였다. 분리주를 대상으로 세포외 효소 활성, 항균 활성, 항산화 활성과 같은 다양한 생리활성 분석을 실시하여 5종의 분리주를 1차 선별하였다. 분리주를 대상으로 바이오제닉 아민 생성 여부를 분석하여 최종적으로 SBB07을 선별하였고, 16S rRNA 염기서열 분석을 통해 Lactobacillus brevis SBB07로 명명하였다. SBB07의 프로바이오틱스 활용 가능성을 확인하기 위해 효소 생산 여부, 내산성, 내담즙성, 내열성, 항생제 내성을 조사하였고, pH 2.0에서의 내산성 및 0.5% oxgall을 함유한 내담즙성에서 각각 86% 이상과 54% 이상의 높은 생존율을 나타내었다. 또한 $60^{\circ}C$에서도 113% 이상의 생존율을 나타내어 내열성도 우수하며 다양한 항생제 내성을 갖는 것을 확인하였다. 프리바이오틱스 이용가능성을 확인한 결과에서는 GOS의 이용 능력이 가장 우수하였으며, FOS와 inulin의 이용 능력도 높게 나타났다. 따라서 SBB07은 세포외 효소 및 항균 활성이 우수하고, 내담즙, 내산성, 내열성 및 항생제 내성을 지니며 프리바이오틱스 기질 이용 능력도 우수한 프로바이오틱스 소재로 활용가능성이 높은 유산균으로 기대된다.

• 미생물학회지
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• 제39권4호
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• pp.283-287
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• 2003

본 연구에서는 에어컨 내에서 서식하는 세균을 분리하여 동정하였고 이들 에어컨에 대한 위생 관리에 대하여 조사하였다. 20개의 에어컨 냉각기에서 8종의 세균이 분리, 동정되었는데 그것들은 가장 많이 분리 동정된 Pantoea sp.를 비롯하여 Bacillus circulans, Bacillus pumilus, Corynebacterium, Flavimonas oryzihabitans, Ochrobacterum anthropi, Micrococcus sp., non fermented bacilli (NFB)이었다. 한편 에어컨 사용자 1,322명을 대상으로 에어컨의 위생관리 상태에 대하여 조사하였는데 설문자의 1,138명(86%)이 에어컨 사용시 환기를 하는 것으로 나타났다. 에어컨 청소에 있어서 1,128명(85%)이 청소를 하는 것으로 나타났지만 에어컨의 오염원들이 되는 에어컨의 필터 청소는 864명(66%)이 하지 않는 것으로 나타났고 에어컨의 열교환기는 1089명(82%)이 하지 않는 것으로 나타났다. 이런 결과로 상기에서 언급된 세균들과 같은 에어컨 오염원이 증가하면 호흡기 질환과 같은 인간의 질병을 초래할 수 있다는 것을 알 수 있었고 따라서 에어컨 사용시 에어컨의 오염원제거와 위생관리는 에어컨내 세균으로부터 발생되는 인간의 질병을 예방할 수 있을 것이다.

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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• 제43권4호
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• pp.199-206
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• 2016

Objective: This study was carried out to investigate the correlations of the sperm DNA fragmentation index (DFI) with semen parameters and apoptosis, and to investigate the effects of density-gradient centrifugation (DGC) and magnetic-activated cell sorting (MACS) on reducing the proportion of sperm with DNA fragmentation and protamine deficiency. Methods: Semen analysis and a sperm DNA fragmentation assay were performed to assess the correlations between semen parameters and the DFI in 458 semen samples. Sperm with progressive motility or non-apoptosis were isolated by DGC or MACS, respectively, in 29 normozoospermic semen samples. The effects of DGC or MACS alone and of DGC and MACS combined on reducing the amount of sperm in the sample with DNA fragmentation and protamine deficiency were investigated. Results: The sperm DFI showed a significant correlation (r=-0.347, p< 0.001) with sperm motility and morphology (r=-0.114, p< 0.05) but not with other semen parameters. The DFI ($11.5%{\pm}2.0%$) of semen samples was significantly reduced by DGC ($8.1%{\pm}4.1%$) or MACS alone ($7.4%{\pm}3.9%$) (p< 0.05). The DFI was significantly further reduced by a combination of DGC and MACS ($4.1%{\pm}1.3%$, p< 0.05). Moreover, the combination of DGC and MACS ($1.6%{\pm}1.1%$, p< 0.05) significantly reduced the protamine deficiency rate of semen samples compared to DGC ($4.4%{\pm}3.2%$) or MACS alone ($3.4%{\pm}2.2%$). Conclusion: The combination of DGC and MACS may be an effective method to isolate high-quality sperm with progressive motility, non-apoptosis, high DNA integrity, and low protamine deficiency in clinical use.

• 정보처리학회논문지:컴퓨터 및 통신 시스템
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• 제6권3호
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• pp.105-112
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• 2017

PCI Express는 고속, 저전력 등의 특성으로 인하여 프로세서와 주변 I/O 장치들을 연결하는 업계 표준의 버스 기술이다. PCI Express는 최근 고성능 컴퓨터나 클러스터/클라우드 컴퓨팅 등의 분야에서 시스템 인터커넥션 네트워크로서 그 활용가능성을 검증하고 있는 추세이다. PCI Express가 시스템 인터커넥션 네트워크로서 활용가능하게 된 계기는 PCI Express에 NTB(non-transparent bridge) 기술이 도입되면서부터이다. NTB 기술은 물리적으로 두 PCI Express subsystem을 연결가능하도록 하지만, 필요할 경우 논리적인 격리(isolation)를 제공하는 특징이 있다. 또한, PGAS(partitioned global address space)와 같은 공유 주소 공간(shared address space) 프로그래밍 모델은 최근 멀티코어 프로세서의 보편화로 인하여 병렬컴퓨팅 프레임워크로 각광받고 있다. 따라서, 본 논문에서는 차세대 병렬컴퓨팅 플랫폼을 위하여 PCI Express 환경에서 OpenSHMEM을 구현하기 위한 초기 OpenSHMEM API를 설계 및 구현하였다. 본 연구에서 구현한 15가지 OpenSHMEM API의 정확성을 검증하기 위해서 Github의 openshmem-example 벤치마크의 수행을 통하여 확인하였다. 현재 시중에서는 PCI Express 기반 인터커넥션 네트워크는 가격이 매우 비싸고 아직 일반인이 사용하기 용이하도록 NIC형태로 널리 보급되지 않은 실정이다. 이러한 기술개발 초기단계에서 본 연구는 PCI Express 기반 interconnection network를 RDK(evaluation board) 수준에서 실제로 동작하는 실험환경을 구축하고, 여기에 추가로 최근 각광받는 OpenSHMEM software stack를 자체적으로 구현하였다는 데 의의가 있다.

• 대한수의학회지
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• 제41권2호
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• pp.177-188
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• 2001

Mastitis is one of the most significant cause of economic loss to the dairy industry. Especially, Staphylococcus aureus is a major contagious mastitis-causing pathogen in dairy cattle. Because of its high transmission rate and resistance to antibiotic therapy, staphylococcal mastitis presents a constant threat to the dairy industry. Staphylococcal enterotoxin C(SEC) produced by S aureus has been known as one of superantigens which are able to stimulate a large proportion of T lymphocytes independently of their antigenic specificity. In this experiment, we have conducted preliminary studies with mice and lactating cows to evaluate the immunogenicity and safety of the experimental vaccine consists of SEC mutant antigen on controlling the bovine mastitis associated with S aureus infections. The average value of somatic cell counts in quarter milk, isolation rate of S aureus were consistently decreased in SEC-SER vaccinated groups, whereas antibody titers were highly increased in SEC-SER vaccinated groups. Peripheral blood were also collected from the lactating cows to determine the proportion of leukocyte subpopulation associated with humoral immunity(HI) and cell mediated immunity(CMI). Proportion of leukocyte subpopulation expressing $BoCD2^+$(total T lymphocyte), $BoCD4^+$(T helper cell), $BoCD8^+$(T cytotoxic/suppressor cell) and NonT/NonB lymphocyte which are involved in CMI in SEC-SER vaccinated groups were decreased for the initial stage after first vaccination and then increased from ten weeks after first vaccination maintaining elevated level till 14 weeks after vaccination. In contrast, proportion of monocyte, MHC class II and B lymphocyte which are associated with the production of primary immune response in SEC-SER vaccinated groups were increased for the initial period and then decreased from ten weeks after first vaccination. We present evidence that vaccination of SEC-SER mutant antigen in lactating cows induced a significant proliferation of bovine T lymphocytes. These results suggest that SEC-SER mutant antigen used in this experiment might be one of potential immunogen in developing innovative vaccine against bovine IMI associated with S aureus. Additional challenge trials should be carried out to evaluate substantial protection against S aureus under the commercial farm conditions.

• 한국식품영양과학회지
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• 제34권8호
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• pp.1251-1257
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• 2005

정치발효 중인 식초로부터 분리한 4 초산균주는 모두 단간균으로 flagella가 없으며 쌍을 이루고 있는 것이 관찰되었다. 또한, 3$\%$ acetic acid를 함유한 배지에서 매우 잘 자랐으나 4$\%$ acetic acid를 함유한 배지에서는 JS 21 균주를 제외한 3균주만이 생육이 활발하였다. 그리고 2, 4, 6, 8$\%$ 모든 ethanol 농도에서 4균주 모두 생육이 활발하였다. 분리 균주는 tannin 농도가 증가함에 따라 균주의 생육 유도기가 길어지는 것을 알 수 있었으며 tannin 농도 500 ppm 이상 첨가한 구에서는 산 생성능이 저해됨을 관찰하였다. 분리한 초산균의 탄소원 이용능과 생화학적 성질들을 Hergey's manual에 나타난 Acetobacter 속과 Gluconobacter 속 균주의 특성과 비교해 보았을 때 본 연구에서 분리한 균주들이 Acetobacter 속으로 추정된다. 분리한 4균주를 이 용하여 감식초 사입액에서 6일간 정치 배양하였을 때 5.25$\∼$5.68$\%$의 초산 생성능을 보였으며 배양 2$\∼$5일된 종균을 사용할 경우 배양기간이 길었던 노쇠한 균을 사용할수록 접종후 최 대 산도에 도달하기까지의 기간 즉, 유도기가 증가하였다. 배양 2일된 종균은 1일, 배양 3, 4일된 종균은 3일, 배양 5일된 종균은 4일 정치발효 후에 최대 산도에 도달하였으나, 배양 6일된 종균을 사용할 경우 발효 7일 이후에도 산도 증가가 전혀 관찰되지 않았다. 이러한 결과들로 미루어 보아 종균 배양기간은 2$\∼$3일이 가장 좋을 것으로 생각된다. 본 연구에서 분리한 tannin 내성 초산균을 육종하여 배양특성을 향상시킬 수 있을 것으로 기대하며 감식초의 초산농도를 5$\%$ 이상으로 향상시킬 수 있는 종균 확보가 가능할 것으로 사료된다.

• 농업생명과학연구
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• 제46권5호
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• pp.47-55
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• 2012

본 연구는 가축 체지방 감소를 위한 수동면역학적 기법의 기초자료 확보를 위해 흰쥐 지방부위별(복강 및 피하지방) 특이 다클론 항체를 개발하고자 실시되었다. 흰쥐 부위별 지방 조직에서 지방세포를 분리하고 각각 primary 배양시킨 후 개발된 복강지방(AAb) 및 피하지방 특이 다클론 항체(SAb)를 주입한 뒤 media 내 lactate dehydrogenase(LDH) 방출 수준을 조사하였다. 희석배율 1:1,000배를 기준으로 비면역 혈청은 항원-항체 결합 반응이 거의 측정되지 않았고, AAb 및 SAb는 희석배율 1:128,000배까지 각각 항원-항체 반응이 감지되었다. 부위별 지방과 비교했을 때, AAb 및 SAb는 흰쥐 타 장기들과는 특이한 반응을 나타내지 않았다(p<0.001). 본 연구에서 개발한 두 항체들은 모두 항원으로 이용된 부위의 지방세포 PMP와 가장 높은 반응을 나타내었으며, 지방세포 배양을 통한 LDH 수준 검사에서는 AAb 및 SAb 모두 비면역혈청에 비해 유의적으로 높은 세포파괴가 일어났음을 확인할 수 있었다(p<0.01). 이상의 결과를 종합할 때 본 연구에서 개발된 AAb 및 SAb는 높은 역가, 타장기 안전성 및 in vitro 지방 감소 효과가 있었다고 생각된다.

• 한국축산식품학회지
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• 제30권1호
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• pp.87-94
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• 2010

본 연구는 저지방 고품질 돈육의 생산을 위해 돼지 복강 및 피하지방 감소를 위한 다클론 항체의 개발 및 실제 세포에 미치는 세포독성효과를 확인하고자 실시되었다. 항원으로써 돼지의 복강 및 피하지방세포 PMP를 분리하여 면양에 3회에 걸쳐 수동면역 주사하고, 면역 주사 전 및 후에 비면역혈청과 항체를 생산하였다. 돼지 AAb 및 SAb 항체의 역가와 생체 주요 장기 조직인 심장, 신장, 간장, 폐, 근육 및 비장세포의 PMP에 대한 타장기 교차반응성을 조사하였다. 돼지 부위별 지방 조직에서 지방세포를 분리하고 각각 primary 배양시킨 후 개발된 AAb 및 SAb를 주입한 뒤 media 내 LDH 방출 수준을 조사하였다. 희석배율 1:1,000배를 기준으로 비면역혈청은 항원-항체 결합반응이 거의 측정되지 않았고, AAb 및 SAb는 희석배율 1:16,000배까지 각각 항원-항체 반응이 감지되었으며, 이는 본 연구에서 생산한 부위별 지방 감소 다클론 항체가 지방세포 PMP에 대해 강한 역가를 가진 항체임을 시사한다. 또한 AAb 및 SAb는 타 장기들과는 특이한 반응을 나타내지 않았다. 본 연구에서 개발한 두 항체들은 모두 항원으로 이용된 부위의 지방세포 PMP와 가장 높은 반응을 나타내었으며, 비면역혈청에 비해 유의적으로 높은 세포독성 효과가 있음을 확인할 수 있었다. 이상의 결과를 종합할 때 본 연구에서 개발된 AAb 및 SAb는 높은 역가, 타 장기 안전성 및 in vitro 지방 감소 효과가 있었으며 향후 영양생리 안전성 및 생체 지방 감소 효과 등의 추가 연구가 지속될 경우 저지방 고품질 돈육의 생산이 가능하리라고 판단된다.

• 한국축산식품학회지
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• 제28권5호
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• pp.651-659
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• 2008

본 연구는 국내 고유종인 한우의 부위별 불가식 체지방 감소를 위한 특이 다클론 항체의 개발 및 타장기 안전성을 확인하고자 실시되었다. Collagenase digestion 방법으로 한우의 복강 및 피하지방세포 원형질막 단백질을 분리하여 면양에 3회에 걸쳐 수동면역 주사하고, 면역 주사 전 및 후에 비면역혈청과 항혈청(항체)을 생산하였다. 생산된 한우 부위별 지방 항체의 역가와 한우의 주요 장기 조직인 심장, 신장, 간장, 폐, 근육 및 비장세포의 원형질막 단백질에 대한 타장기 교차반응성과 한우의 부위별 지방 조직에서 지방세포를 분리하고 각각 배양시킨 후 개발된 한우 지방 항체를 직접 주입한 뒤 LDH 수준을 조사하였다. 복강 및 피하지방세포 원형질막 단백질들은 서로 유사하면서도 특이적인 단백질을 가지고 있는 것으로 SDS-PAGE 분석을 통해 확인할 수 있었다. 희석배율 1:1,000배를 기준으로 비 면역혈청은 항원-항체 결합 반응이 거의 측정되지 않았으나, 복강 및 피하지방 항체는 희석배율 1:128,000배 및 1:64,000배까지 각각 항원-항체 반응이 감지되었으며, 이는 본 연구에서 생산한 부위별 지방 특이 다클론 항체가 지방세포 원형질막 단백질에 대해 매우 강한 역가를 가진 항체임을 시사한다. 또한 복강 및 피하지방 항체는 타 장기들과는 특이한 반응을 나타내지 않았다. 본 연구에서 개발한 두 항체들은 모두 항원으로 이용된 부위의 지방세포 원형질막 단백질과 가장 높은 반응을 나타내었으며, 복강 및 피하지방특이항체는 비 면역혈청에 비해 유의적으로 높은 세포독성 효과가 있음을 확인할 수 있었다. 이상의 결과를 종합할 때 본 연구에서 개발된 복강 및 피하 지방 감소 다클론 항체는 높은 역가, 타 장기 안전성 및 세포 파괴 효과가 있었으며 생체 타장기 안전성 등 향 후 기존의 전체 지방에서 생산한 항체의 단점을 보완할 수 있는 연구가 지속될 경우 불가식 체지방이 감소된 저지방 한우 고급육 생산이 가능하리라고 사료된다.