A cellulolytic bacterial strain, S2-3, was isolated from sea water collected in Jeju island, Republic of Korea. The strain was aerobic and gram negative, and formed yellow colored colonies on marine agar medium. S2-3 cells were long rod-shaped, 0.5 × 0.25 ㎛ (width x length) in size, and did not have flagella. The optimal growth conditions for S2-3 were 30-35℃ and pH 6.5-7.0. Analysis of the 16S rRNA gene sequence of S2-3 revealed that it had the highest identity with those of Seonamhaeicola algicola Gy8 (97.08%), Hyunsoonleella udonensis JG48 (95.01%), and Aestuariibaculum scopimerae I-15 (94.86%). In phylogenetic analysis, S2-3 formed the same clade as S. algicola Gy8, implying that S2-3 belongs to the genus Seonamhaeicola. The major fatty acids (>10%) comprised C15:1 iso G (22.29%), C15:0 iso (17.71%), C17:0 iso 3OH (16.06%), and C15:0 iso 3OH (10.7%), resulting in quite different ratio of the component from those of S. algicola Gy8. Moreover, its biochemical characteristics, including acid production and enzyme activities, were different from those of S. algicola Gy8. Therefore, putting all these results together, we concluded S2-3 is distinct species from S. algicola Gy8, and thus named it Seonamhaeicola sp. S2-3. In liquid culture, S2-3 produced extracellular cellulases that can hydrolyze cellulose or cellooligosaccharides into cellobiose, which is a good enzyme resource that deserves further research.
An open reading frame (ORF) encoding a putative epoxide hydrolase (EHase) was identified by analyzing the genome sequence of Sphingophyxis alaskensis. The EHase gene (seh) was cloned and expressed in E. coli. To facilitate purification, the gene was fused in-frame to 6$\times$ histidine at the C-terminus. The recombinant EHase (rSEH) was highly soluble and could be purified to apparent homogeneity by one step of metal affinity chromatography. The purified SEH displayed hydrolyzing activities toward various epoxides such as styrene oxide, glycidyl phenyl ether, epoxyhexane, epoxybutane, epichlorohydrin, and epifluorohydrin. The optimum activity toward styrene oxide was observed at pH 6.5 and $35^{\circ}C$. The purified SEH showed a cold-adapted property, displaying more than 40% of activity at low temperature of $10^{\circ}C$ compared with the optimum activity. Despite the catalytic efficiency, the purified SEH did not hydrolyze various epoxides enantioselectively. $K_m$ and $k_{cat}$ of SEH toward (R)-styrene oxide were calculated as 4$\pm$0.3 mM and 7.42$s^{-1}$ respectively, whereas $K_m$ and $k_{cat}$ of SEH toward (S)-styrene oxide were 5.25$\pm$0.3 mM and 10.08$s^{-1}$ respectively.
To evaluate the effects of microorganism agents on oil biodegradation, treatability and microcosm studies were conducted. Petroleum oil degrading bacteria were isolated from enriched cultures of oil-contaminated sediment samples using a mineral salts medium (MSM) containing 0.5% Arabian heavy crude oil as the sole carbon source. After a 5 day-incubation period using MSM, mixed microorganisms of three species (strains BS1, BS2 and BS4) degraded 48.4% of aliphatic hydrocarbons and 30.5% of aromatic hydrocarbons. Treatability and microcosm tests were performed in the three different treatment conditions (AO: Arabian heavy crude oil, AO+IN: Arabian heavy crude oil+inorganic nutrient, AO+IN+MM: Arabian heavy crude oil+inorganic nutrient+mixed microorganism agents). Among these, significantly enhanced biodegradation of aliphatic hydrocarbons were observed in AO+IN and AO+IN+MM conditions, without showing any different biodegradation rates in either condition. However, the degradation rates of aromatic hydrocarbons in an AO+IN+MM condition were increased by 50% in the treatability test and by 13% in the microcosm test compared to those in an AO+IN condition. Taken together, it can be concluded that mixed microorganism agents enhance the biodegradation of aliphatic and aromatic hydrocarbons in laboratory, a treatability test, and a microcosm test. This agent could especially be a useful tool in the application of bioremediation for removal of aromatic hydrocarbons.
Contamination of soils, groundwater, air and marine environment with hazardous and toxic chemicals is major side effect by the industrialization. Bioremediation, the application of microorganism or microbial processes to degrade environmental contaminant, is one of the new environmental technologies. Because of low water solubility and volatility of diesel, bioremediation is more efficient than physical and chemical methods. The purpose of this study is biodegradation of diesel in sand by using Rhodococcus fascians, a microorganism isolated from petroleum contaminated soil. This study was performed in the column containing sand obtained from sea sides. Changes in biodegradability of diesel with various flow rates, inoculum sizes, diesel concentrations, and pH were investigated in sand column. The optimal condition for biodegradation of diesel by R. fascians in sand column system was initial pH 8 and air flow rate of 30 mL/min. Higher diesel degradation was achieved at larger inoculum size and the diesel degradation by R. fascians was not inhibited by diesel concentration up to 5%.
The spatial variation of organic matter sources in tidal flat sediment of the Nanakita River estuary, involving Gamo lagoon on the north-east coast of Honshu Island, Japan, was examined using carbon stable isotopes and fatty acid biomarkers. The spatial variation of total organic carbon (TOC) contents and ${\delta}^{13}C$ values were highly variable in between the stations, such as sandy flat (1.3 mg/g, -21.0‰), sand-muddy flat (2.6 mg/g, -21.9‰), and muddy flat (24.9 mg/g, -25.9‰), respectively. Particularly, at the muddy flat, high TOC content and low ${\delta}^{13}C$ value of the sediments indicated that the surface sediment was composed largely of terrestrial organic matter. Whereas, at the sandy flat and sand-muddy flat, the high ratios of diatom and bacteria biomarkers indicated the high contribution of abundant microorganism along with marine organic matter in sediment composition. From these results, it considered that the amount and origin of transported sedimentary organic matter indicated different characteristics in this study stations.
Microorganism-derived compounds, such as peptidoglycan, lipoteichoic acid, and β-glucan were supplemented in the scuticociliate Miamiensis avidus (M. avidus) vaccine to verify the specify component contribution to the adjuvant effect. Vaccine was formulated with the inactivated M. avidus antigen (YS2, 4.44×105 cells/fish) in combination with either peptidoglycan (10 ㎍ and 100 ㎍/fish), lipoteichoic acid (5 ㎍ and 50 ㎍/fish), or β-glucan (10 ㎍ and 100 ㎍/fish). Olive flounder injected with peptidoglycan supplemented vaccine (10 ㎍ and 100 ㎍/fish) exhibited significant protection, and the relative percent survival (RPS) was 55% and 65% at 4 weeks post vaccination (wpv), respectively, at the corresponding doses. The vaccine groups with added lipoteichoic acid (5 ㎍ and 50 ㎍/fish) exhibited RPS of 40% and 5%, respectively. Additionally, the group with added β-glucan (100 ㎍/fish) exhibited RPS of 35%, but no effect was observed in the group with added 10 ㎍/fish β-glucan. At 8 wpv, olive flounder injected with peptidoglycan and lipoteichoic acid supplemented vaccines exhibited protection with RPS range of 11/11% and 5/21%, respectively, at the respective doses. M. avidus vaccine containing 10 ㎍ and 100 ㎍/fish of β-glucan exhibited the RPS of 32% and 37%, respectively. Conclusively, peptidoglycan contributed in high protection of the M. avidus vaccine, and thus, it can be used as an effective adjuvant in the M. avidus vaccine.
In order to screen new receptor tyrosine kinase inhibitor which is expected to be anticancer drug lead, we have investigated receptor tyrosine kinase inhibitory activity on the marine alga-derived symbiotic microorganisms (500 strains). The significant activities (over 70% inhibition at $10\;{\mu}g/ml$) were observed in the extracts of ten strains (Strain No.: MFA018, 019, 206, 242, 325, 335, 343, 344, 354, 356), isolated from marine red algae, five strains (Strain No.: MFA030, 126, 213, 324, 339), isolated from the brown algae, and one strain (Strain No.: MFA272), isolated from the marine green algae, respectively. Among the active strains, MFA019 and 356 showed strong receptor tyrosine kinase inhibitory activity with $IC_{50}$ values of 0.6 and $0.9\;{\mu}g/ml$, respectively.
Kim, Hye-Jin;Gao, Wa;Lee, You-Jung;Chung, Chung-Han;Lee, Jin-Woo
Journal of Life Science
/
v.20
no.4
/
pp.487-495
/
2010
A microorganism hydrolyzing carboxymethylcellulose (CMC) was isolated from seawater, identified as Psychrobacter aquimaris by analysis of 16S rDNA sequences, and named P. aquimari LBH-10. This strain produced an acidic carboxymethylcellulase (CMCase), which hydrolyzed carboxymethylcellulose (CMC), cellobiose, curdlan, filter paper, p-nitrophenyl-$\beta$-D-glucopyranoside (pNPG), pullulan, and xylan, but there was no detectable activity on avicel and cellulose. The optimal temperature for CMCase produced by P. aquimari LBH-10 was $50^{\circ}C$ and more than 90% of its original activity was maintained at broad temperatures ranging from 20 to $50^{\circ}C$ after 24 hr. The optimal pH of the CMCase was 3.5, and more than 70% of its original activity was maintained under acidic conditions between pH 2.5 and 7.0 at $50^{\circ}C$ after 24 hr. The optimal pH of CMCase produced by P. aquimaris LBH-10 seems to be lower than those produced by any other bacterial and fungal strain. $CoCl_2$, EDTA, and $PbCl_2$ at a concentration of 0.1 M enhanced CMCase-produced P. aquimaris LBH-10, whereas $HgCl_2$, KCl, $MnCl_2$, $NiCl_2$, and $SrCl_2$ inhibited it.
In this study, euryhaline marine microorganism, Bacillus sp. strain EBW4 isolated from polychaete (Perinereis aibuhitensis) of Suncheon Bay was physiologically, biochemically and genetically characterized. Based on 16S rRNA sequence, EBW14 was found to share 98.25% similarity with Bacillus hemicentroti $JSM076093^T$, 97.96% similarity with Bacillus hwajinponensis SW-$72^T$ and 96.28% similarity with B. algicoa $KMM3737^T$, respectively. The temperature range for the growth of strain EBW4 was $4-40^{\circ}C$, NaCl concentration range 0-17% and pH range pH 5-9, revealing that EBW4 was euryhaline bacterium. Major fatty acids in strain EBW4 were composed of anteiso $C_{15:0}$ (48.2%), iso $C_{16:0}$ (12.1%), anteiso $C_{17:0}$ (11.6%) and iso $C_{14:0}$ (9.4%). EBW4 was found to have DNase, amylase, protease and lipase for the degradation of macromolecules such as DNA, carbohydrates, proteins, lipids, etc. The enzyme activities of alkaline phosphatase, esterase (C4), leucine arylamidase and ${\alpha}$-chymotrypsin were also found in strain EBW4. Analysis of the biodegradation ability of EBW4 for organic hydrocarbons under different salinity conditions using synthetic water waste revealed that EBW4 exhibited the ability to degrade organic hydrocarbons very quickly, suggesting strain EBW4 may be a good candidate for the application to various industries.
Cellulophga sp. J9-3, is a gram-negative, aerobic marine bacterium belonging to the family Flavobacteriaceae. In addition to cellulose degradability, the J9-3 strain is also capable of hydrolyzing agar in the solid and liquid medium, and the production of agarase in the presence of agarose can be remarkably induced by the bacterium. From the cell culture broth of Cellulophga sp. J9-3, ammonium sulfate precipitation and three kinds of column chromatography were successively performed to purify a specific agarase protein, the AgaJ93. Purified AgaJ93 showed the strongest hydrolyzing activity towards agarose (approximately 22%), and even displayed activity towards starch. AgaJ93 hydrolyzed agarose into neoagarotetraose and neoagarohexaose via various oligosaccharide intermediates, indicating that AgaJ93 is an endo-type β-agarase. AgaJ93 showed maximum activity at a pH of 7.0 and temperature of 35 ℃. Its activity increased by more than six times in the presence of Co2+ ions. The N-terminal sequence of AgaJ93 showed 82% homology with the heat-resistant endo-type β-agarase Aga2 of Cellulophaga sp. W5C. However, the biochemical properties of the two enzymes were different. Therefore, AgaJ93 is expected to be a novel agarose, different from the previously reported β-agarases.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.