• Journal of Chest Surgery
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• 제37권12호
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• pp.967-977
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• 2004

배경: DNA 메칠화란 유전자의 Promoter에 있는 CpG dinucleotide의 cytosine기에 메칠기가 붙는 현상을 말한다. CpG dinucleotide에 과메틸화가 일어나면 일부 유전자의 발현이 감소되며, 그 반대로 CpG dinucleotide의 메칠화가 억제되면 유전자 발현이 증가된다. DNA 메칠화 억제제인 5-aza-2'- deoxycytidine (ADC)을 폐암세포에 처치했을 때 암항원 유전자의 발현 유무와 이를 위한 최적 조건을 조사하고, 아울러 MHC와 B7의 발현과 세포 성장에 미치는 영향을 조사하여 암치료 백신에 ADC를 임상적으로 이용할 수 있는 지를 연구하였다. 대상 및 방법: 4개의 사람 폐암세포주 (NCIH1703, NCIH522, MRC-5 및 A549)에 ADC를 1 uM 농도로 처치한 후 48시간 뒤에 MAGE family, GAGE, NY-ESO-1, PSMA, CEA 및 SCC항원 유전자에 대한 RT-PCR을 실시하였고, 폐암세포에서 암항원의 발현을 증가시키는 최적의 ADC처치 조건을 규명하기 위하여 ADC농도와 처치 시간을 다양하게 하여 암세포를 자극한 후 암항원 유전자 발현성을 분석하였다. 또한 ADC 처리가 폐암 세포주의 MHC와 B7 발현을 증가시키는 가를 알아보기 위해 1 uM 농도의 ADC를 72시간 처치한 후 FACS 분석을 실시하였고, ADC가 세포성장에 미치는 영향을 알아보기 위하여, ADC를 0.2, 1 및 5 uM 농도로 96시간 처치 후 세포수를 측정하여 상대성장지수를 조사하였다. 결과: 세포주에 따라 차이는 있으나 MAGE, GAGE, NY-ESO-1 및 PSMA의 발현이 유도되었으며, MAGE아형 중에는 MAGE-1, -2, -3, -4, -6으로 나타났다. 그러나 비암항원인 CEA발현은 변화가 없었으며 SCC항원 유전자의 발현은 오히려 ADC처치에 의해 감소되었다. ADC 처치 후 24∼48 시간이 지난 뒤부터 암항원 유전자의 발현이 증가하였으며 ADC처리에 의해 유도된 유전자의 발현성은 ABC처치 후 최소 14일까지 유지되었다. 또 ADC를 0.2, 1, 5 uN 농도로 첨가하여 48시간 배양한 후 암항원 유전자 발현성을 측정한 결과 세포주에 따라 다소 차이는 있으나 대개 0.2 uM농도에서도 유전자 발현이 유도되었으며 1, 5 uM농도에서 매우 강하게 유도되었다. ADC 처리가 페암세포주의 MHC와 B7 발현을 증가시키는가를 알아보기 위해 1 uM 농도의 ADC를 72시간 처치한 후 FACS 분석을 실시한 결과 4개의 페암세포주에서 MHC 및 B7분자의 발현은 유도되지 않았다. 또 ADC농도가 세포성장에 미치는 영향을 알아보기 위하여 ADC를 0.2, 1, 5 uM농도로 96시간 처치 후 세포수를 측정하여 상대성장지수를 알아본 결과 ADC 처치 농도가 증가함에 따라 세포의 성장은 매우 감소하였다. 결론: 폐암세포주에서 ADC처치는 MAGE, GAGE 및 NY-ESO-1과 같은 세포독성 T 림프구 반응을 유도할 수 있는 암항원의 발현을 증가시킬 수 있으며, ADC의 세포독성과 항원 발현 유발시간을 분석할 때 1 uM 농도에서 48시간 처치한 후 ADC가 없는 배지에서 수일간 배양하는 것이 가장 효과적이라고 생각된다. 그러나, ADC를 처치하여도 MHC 및 B7의 발현의 변화는 없었으므로 ADC를 처치한 폐암세포를 암백신으로 사용하기 위해서는 MHC나 B7 및 cytokine의 발현을 증가시키는 추가적인 처치가 필요하다고 생각된다.

• 원예과학기술지
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• 제31권6호
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• pp.748-755
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• 2013

본 연구는 배추에서 염 저항성 관련 유전자를 발굴하기 위해 수행되었다. 우선 염처리(250mM NaCl)된 순계배추 'Chiifu'를 이용한 KBGP-24K oligo chip 데이터[BrEMD(B. rapa EST and microarray database)]를 분석하였다. 그 결과, 염처리 시 크게 반응하는 202개의 unigene들을 1차 선발하였고, 이들 중 기능이 정확히 알려지지 않았으나 완전장을 갖추고 있는 1개의 유전자를 최종선발하여 BrSSR(B. rapa salt sensitive resistance)로 명명하였다. BrSSR은 94개의 아미노산으로 번역되는 총 285bp의 오픈리딩프레임을 가지고 있으며, DUF581 도메인을 지니고 있다. 염 저항성을 분석하기 위하여 BrSSR이 과발현된 pSL94 vector를 제작하여 담배에 형질전환시켰다. BrSSR이 과발현된 $T_1$ 세대 담배 형질전환체들은 PCR과 DNA blot 분석에 의해 선발하였다. Quantitative real-time RT PCR 분석 결과, 형질 전환된 담배에서 BrSSR의 발현이 대조군 보다 약 3.8배까지 높게 발현되었다. 이는 RNA blot 분석 결과와도 일치했다. 또한 표현형 분석에서 5일간 250mM NaCl 염 처리 후 BrSSR이 과발현된 형질전환체들이 대조군보다 우수한 염 저항성을 보여 주었다. 위 결과들에 근거하여 염 스트레스 환경 하에서 BrSSR 유전자의 과발현은 식물의 염 저항성을 향상과 매우 밀접한 관계가 있는 것으로 판단된다.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제43권1호
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• pp.5-11
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• 2000

Three cDNA clones encoding rice calmodulin (CaM) isoforms (OsCaM-1, OsCaM-2, and OsCaM-3) were isolated from a rice cDNA library constructed from suspension-cultured rice cells treated with fungal elicitor. The coding regions of OsCaM-1 and O.sCaM-2 were 89% homologous at DNA Ievel, whereas the 5' and 3' untranslated regions were highly divergent. The polypeptides encoded by OsCaM-1 and OsCaM-2 was identical except two conservative substitution at position 8 and 75. The coding region of OsCaM-3 was consist of a typical conserved CaM domain and an additional C-terminal extension. The amino acid sequence of conserved CaM domain of OsCaM-3 shared only 86% identity with that OsCaM-1. The OsCaM-3 cDNA is belongs to a novel group of calmodulin gene due to its C-terminal extension of 38 amino acids, a large number of which are positively charged. The extension also contains a C-terminal CaaX-box prenylation site (CVlL). Genomic Southern analysis revealed at least six copies of CaM or CaM-related genes, suggesting that calmodulin may be represented by a small multigene family in the rice geneme. Expression of OsCaM gene was examined through Northern blot analysis. Transcript level of OsCaM-3 was increased by treatment with a fungal elicitor, whereas the OsCaM-1 and OsCaM-2 genes did not respond to the fungal elicitor. The expression of OsCaM-3 gene was remarkable inhibited in the rice cells treated with cyclosporine A, calcinurin inhibitor.

• BMB Reports
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• 제30권3호
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• pp.200-204
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• 1997

We eliminated introns from replication independent chicken H3.3 histone gene using a H3.3 cDNA clone and a genomic H3.3 clone. After introduction into Rat 3 cells, we observed its pattern of expression by analyzing mRNA from different phases of the cell cycle. Even without introns, the H3.3 gene was expressed constitutively at a low level throughout the cell cycle. This indicates that the introns in the H3.3 gene are not responsible for the cell cycle-independent expression of the gene. This result contradicts previous reports that suggested their importance in cell cycle regulated expression. We believe that other regions of the gene, promoter, coding region, and/or 3'-end of the gene, are involved in its expression pattern.

• 한국환경성돌연변이발암원학회지
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• 제19권1호
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• pp.28-33
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• 1999

The SNF2 family includes proteins from a variety of species with roles I cellular processes such as transcriptional regulation, recombination and various types of DNA repair. Several proteins with unknown function are also included in this family. Here, we report the cloning and characterization of hrp 2+ gene (helicase related gene from S. pombe) which was isolated by PCR amplication using the conserved domain of SNF2 motifs within the ERCC6 gene which encodes a protein involved in DNA excision repair. The hrp2+ gene was isolated by screening with yeast S. pombe genomic library. The isolated cloned contained 6.5 kb insert DNA. Southern blot analysis confirmed that S. pombe chromosome contains the same DNA as hrp2+ gene and this gene exists as a single copy in S. pombe genome. The 4.7 kb transcript of mRNA was identified by Northern blot. To examined the transcriptional regulation of hrp2+ gene, DNA damaging agents were treated. These results indicated that the hrp2+ gene may not be directly involved in DNA replication, but may be involved in damage response pathway.

• 대한생식의학회:학술대회논문집
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• 대한불임학회 2006년도 The 5th Biannual Meeting of Pacific Rim Society for Fertility and Sterility
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• pp.151.1-151.1
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• 2006

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제28권12호
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• pp.1680-1685
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• 2015

Since ancient days, domestic horses have been closely associated with human civilization. Today, horse racing is an important industry. Various genes involved in energy production and muscle contraction are differentially regulated during a race. Among them, creatine kinase (CK) is well known for its regulation of energy preservation in animal cells. CK is an iso-enzyme, encoded by different genes and expressed in skeletal muscle, heart, brain and leucocytes. We confirmed that the expression of CK-M significantly increased in the blood after a 30 minute exercise period, while no considerable change was observed in skeletal muscle. Analysis of various tissues showed an ubiquitous expression of the CK-M gene in the horse; CK-M mRNA expression was predominant in the skeletal muscle and the cardiac muscle compared to other tissues. An evolutionary study by synonymous and non-synonymous single nucleotide polymorphism ratio of CK-M gene revealed a positive selection that was conserved in the horse. More studies are warranted in order to develop the expression of CK-M gene as a biomarker in blood of thoroughbred horses.

• 대한한방내과학회지
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• 제32권2호
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• pp.301-321
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• 2011

Objectives : The purpose of this investigation was to evaluate the effects of Coptidis chinesis FRANCH. on the alteration of gene expression in a hypoxic model using cultured rat cortical cells. Methods : E18 rat cortical cells were grown in neurobasal medium containing B27 supplement. On 12 DIV, water extract from Coptidis chinesis FRANCH. was added ($20{\mu}g/ml$) to the culture media 4 hrs. On 14 DIV, cells were given hypoxic insult (2% $O_2$/5% $CO_2$, $37^{\circ}C$, 3 hrs), returned to normoxia and cultured for another 24 hrs. Total RNA was extracted from Coptidis chinesis FRANCH. treated and untreated cultures and alterations in the gene expression were analysed by microarray using rat 5K-TwinChips. Results : Effects on some of the genes whose functions were implicated in neural viability were as follows: the expression of apoptosis-related genes such as Clu (Global M = 1.3), of presynaptic inhibition's genes such as Penk-rs (Global M = 1.97), and of innate immuniti's such as Crp (Global M = 1.95), Defensin (Global M = 2.14), and Dnase1l3 (Global M = 1.57) increased. The expression of neurotrophic genes such as S100b (Global M = 1.42), and $NF{\kappa}B$ (Global M = 2.04) increased. Conclusions : Analysing the genes expressed on microarray, shows Coptidis chinesis FRANCH.protects cells by increasing viability and neural nutrition.

• Archives of Pharmacal Research
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• 제27권2호
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• pp.225-231
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• 2004

This study was designed to investigate the effect of Trolox, a hydrophilic analogue of vitamin E, on the alteration of vasoregulatory gene expression during hepatic ischemia and reperfusion (I/R). Rats were subjected to 60 min of hepatic ischemia in vivo. The rats were treated intravenously with Trolox (2.5 mg/kg) or the vehicle as a control 5 min before reperfusion. Liver samples were obtained 5 h after reperfusion for a RT-PCR analysis on the mRNA for the genes of interest. These mRNA peptides are endothelin-1 (ET -1), potent vasoconstrictor peptide, its receptor $ET_A$ and $ET_B$, vasodilator endothelial nitric oxide synthase (eNOS), inducible nitric oxide synthase (iNOS), heme oxygenase-1 (HO-1), tumor necrosis factor-$\alpha$ (TNF-$\alpha$) and cyclooxygenase-2 (COX-2). It was seen that serum alanine aminotransferase and lipid peroxi-dation levels were markedly increased after I/R and Trolox significantly suppressed this increase. In contrast, the glutathione concentration decreased in the I/R group, and this decrease was inhibited by Trolox. ET-1 mRNA expression was increased by I/R, an increase which was prevented by Trolox. The mRNA levels for $ET_A$ receptor was significantly decreased, whereas ET$_{B}$ receptor transcript increased in the I/R group. The increase in $ET_A$ was prevented by Trolox. The mRNA levels for iNOS and HO-1 significantly increased in the I/R group and Trolox attenuated this increase. There were no significant differences in eNOS mRNA expression among any of the experimental groups. The mRNA levels for COX-2 and TNF-$\alpha$ significantly increased in I/R group and Trolox also attenuated this increase. Our findings suggest that I/R induces an imbalanced hepatic vasoregulatory gene expression and Trolox ameliorates this change through its free radical scavenging activity.y.

• 한국응용과학기술학회지
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• 제39권6호
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• pp.916-923
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• 2022

창원시의 3개 지점(남천, 창원천, 청운지)에서 물 시료를 채취하고, 채취한 시료로부터 genomic DNA를 분리하였다. 분리된 DNA와 class A extended-spectrum beta-lactamase(ESBL) 유전자 5가지(bla_OXA-1, bla_SHV, bla_TEM, bla_CTX-M-1, bla_CTX-M-9)를 target으로 하는 primers를 사용하여 quantitative PCR을 수행하였다. 시료를 채취한 지점별로 ESBL 유전자들의 수와 비율에서 확연한 차이가 있음을 알 수 있었다. 남천의 경우 DNA 30ng당 ESBL 유전자가 1.93×10⁶ copy나 존재하는 데에 반해 창원천의 경우에는 1.47×10⁵ copy 그리고 청운지에는 9.5×10³ copy 밖에 존재하지 않았다. 흐르는 하천인 남천과 창원천에서는 각 ESBL 유전자들의 비율에서 큰 차이가 없었다. 즉, 남천에서는 bla_OXA-1 유전자가 65.3%, bla_CTX-M-1 유전자가 33.6%를 차지하여서 이 두 유전자가 전체 ESBL 유전자의 99% 가까이를 차지하고 있었다. 창원천에서도 bla_OXA-1 유전자가 64.1%, bla_CTX-M-1 유전자가 19.1%를 차지하므로 이 두 유전자가 전체의 83% 이상을 차지하고 있었다. 하천과 다르게 폐쇄된 환경인 청운지 연못에서는 내성세균들의 총량 자체가 다른 두 하천에 비해서 월등하게 적었다. 또한 내성 세균의 비율도 달라서 bla_CTX-M-1 유전자가 전체의 87.5%, 그리고 bla_CTX-M-9 유전자가 9.8%를 차지하고 있었다.