• 식물분류학회지
• /
• 제37권4호
• /
• pp.419-430
• /
• 2007

본 연구는 한국산 괭이밥 4분류군과 도입종 1분류군의 9개체를 대상으로 핵 리보솜 DNA인 5.8S, ITS1 그리고 ITS2 지역 염기서열의 분류학적 특정을 알아보기 위해 수행되었다. 군외군으로 GenBank에 축적되어 있는 16분류군의 동일지역 염기서열도 같이 정렬하여 사용하였다. 정렬 된 ITS 구간의 염기서열 길이는 679 bp 이었다. 분류군 별 유사도 및 염기서열 분기와 계통학적 및 통계학적인 분석 등의 결과는 염기서열 특징이 본 속의 분류에 유용한 것으로 나타났다. 유경종간 및 무경종간에 염기서열 유사도는 95%와 89%로 높게 나타나는 반면, 유경종과 무경종 사이는 64~69%로 비교적 낮게 나타난다. 염기서열 분기에서도 유경종과 무경종간에는 0.36~0.42로 높게 나타나며, 유경종과 유경종 또는 무경종과 무경종간에는 0.04~0.06으로 낮게 나타났다. 계통학적으로 유경종과 무경종 집단은 병계원으로 나타났으며, 두 집단은 각각 신빙성이 높은 단일 계통군을 형성한다. 정렬된 염기서열은 통계학적으로 유의성이 있으며, Duncan 사후검정에서 자주괭이밥은 한국산 분류군들에서 분리되었다.

• 한국잠사곤충학회지
• /
• 제51권2호
• /
• pp.137-141
• /
• 2013

ITS 1, 2, 5.8S ribosomal RNA gene 염기서열 분석과 주사전자현미경 구조 분석을 통해 3종의 페루산 곤충병원성진균들의 동정을 수행하고자 하였다. 이를 위해 두개의 ITS 부위와 5.8S rRNA gene 부위를 포함하는 PCR product를 증폭하여 염기서열 분석을 수행하였으며 분석된 염기서열을 이용하여 NCBI의 BLAST를 이용하여 가장 높은 상동성을 보이는 종들의 ITS1-5.8S-ITS2 염기서열 정보와 비교분석을 위한 근연종들의 염기서열 정보를 다운로드하여 neighbor joining 분석을 수행하였다. 이를 통해 5.8S rRNA 유전자 염기서열은 속 수준에서도 거의 차이를 보여주지 않을 정도로 매우 안정적으로 보존되어 있음을 확인할 수 있었으며 종간 구분이 모호한 결과를 보여주었다. 그와 반대로 ITS 부위의 염기서열은 종에 매우 특이적임을 확인할 수 있었으며, 비교분석에 사용된 Beauveria bassiana strain 간의 차이는 확인할 수 없었다. ITS 염기서열 분석결과를 뒷받침하고자 곤충병원성 진균류의 동정을 위한 분류 key로 사용되는 미세구조 관찰을 위해 주사전자현미경 관찰과 광학현미경 관찰을 통해 B. bassiana 및 Lecanicillium attenuatum의 전형적 구조를 관찰할 수 있었다.

• 식물분류학회지
• /
• 제43권1호
• /
• pp.63-68
• /
• 2013

소나무속내 속생 잎의 수가 1개인 종류와 한 개체에서 2~3개의 속생 잎 수를 갖는 종류의 기원을 밝히고자 ITS DNA 지역의 염기서열을 조사하였다. 또한 속생 잎 수 변이가 출현하는 지역에서 생육하는 소나무, 리기다소나무 그리고 잣나무 등의 동일지역 염기서열을 비교 조사하였다. 확인된 ITS1, 5.8S 그리고 ITS2 DNA 등 3지역의 총 길이는 종류에 따라서 580~584 염기이었으며, ITS1 지역에서 가장 변이가 크게 나타났다. 5.8S 지역은 잣나무의 2개 염기 치환을 제외하면 조사된 모든 종류에서 일치하였다. 조사된 일부 ITS1 지역은 5.8S 위쪽으로 종에 따라 181~185 염기이며, 1개 또는 2~3개의 속생 잎 수를 갖는 변이들은 소나무와 동일한 염기서열로 확인되었다. ITS2 지역은 모두 237 염기이며, 소나무와 잎 변이들의 염기서열은 일치하였다. 확인된 염기서열을 이용하여 유집분석을 수행한 결과는 소나무와 속생 잎 수 변이들이 유사도 100%로 유집되었다. 따라서 조사된 속생 잎 수 변이들은 소나무의 속생 잎 수 변이로 최종 판별되었다.

• 생명과학회지
• /
• 제20권4호
• /
• pp.578-583
• /
• 2010

세균 및 진균류의 증식을 억제하는 능력이 있는 것으로 보고된 누로와 대계의 추출물을 사용하여 Mycobacterium smegmatis 및 Mycobacterium fortuitum의 증식을 억제하는 능력이 있는지를 시험하였다. 그 결과, 누로의 추출물에서는 증식억제능을 발견할 수 없었으나, 대계의 추출물에서는 뚜렷한 증식억제능이 관찰되었다. 따라서 본 연구에 사용된 대계(엉겅퀴)에 대한 분류학적 또는 진화적 분석을 수행하기 위하여 genomic DNA를 추출한 후, ITS1, 5.8S rRNA 유전자 및 ITS2를 포함하는 부분을 PCR로 증폭시켰다. PCR 산물의 염기서열을 분석한 결과, 733-bp의 염기서열이 얻어졌고, 이것을 GenBank에 등록하였다(accession number GU188570). 이렇게 얻어진 염기서열을 사용하여 BLAST analysis를 수행한 결과, 염기서열이 일치하는 생물체는 아직까지 GenBank에 보고된 적이 없고, 가장 가까운 식물들로는 귀화식물로서 전국적으로 분포하는 Carduus crispus (지느러미엉겅퀴) 및 현재까지 국내에 자생하는 것으로 보고된 적이 없는 Carduus defloratus로서 각각 3개씩의 염기가 다른 것으로 나타났다.

• 생명과학회지
• /
• 제26권11호
• /
• pp.1341-1344
• /
• 2016

보길도에서 자라고 있는 황칠나무(Dendropanax morbifera)를 구입하여, 캘러스로 유도한 후, ribosomal DNA(nrDNA)의 internal transcribed spacer (ITS) region의 염기서열을 결정하였다 보길도의 황칠나무(Dendropanax morbifera)의 ITS region의 염기서열을 분석한 결과, 총 689염기를 결정하였다. 결정된 689염기 중에서 ITS1은 222 개염기, 5.8S rDNA는 160염기, ITS2는 233염기인 것으로 판명되었다. GenBank의 BLAST 프로그램(http://www.ncbi.nlm.nih.BLAST)을 사용하여 GenBank/EMBL/DDBJ에 등록되어 있는 Dendropanax 속 33의 염기서열을 수집한 후 multiple alignment를 수행한 결과, 유사도는 99.7%(D. chevalieri)에서 92.6%(Dendropanax arboreus)로 나타났으며, 일본황칠나무(D. trifidus)와는 유사도가 99.4%로 판명되었다.

• 한국자원식물학회지
• /
• 제24권4호
• /
• pp.358-369
• /
• 2011

괭이눈속 식물에 대한 계통 유연관계를 알아보기 위하여 핵 rDNA의 internal transcribed spacer(ITS) 지역에 대한 염기서열을 분석하였다. 5.8s를 포함한 ITS 염기서열은 647-653 bp로 그중 219개의 염기에서 유전적 다양성을 나타내었다. 정렬된 염기서열은 bootstrap을 포함한 parsimony 방법과 neighbor-joining 방법을 통하여 계통수를 평가하였다. 그 결과 C. pseudofauriei(선괭이눈)이 군내군의 가장 기부에 분계조를 형성하였고, Ser. Pilosa and Ser. Oppositifolia와 Ser. Alternifolia and Ser. Flagellifera가 높은 bootstrap 값으로 두 개의 분계조를 각각 형성하였다. Neighbor-joining 분석의 결과도 일치하였다. 본 연구결과 핵 rDNA의 ITS 염기서열 분석은 괭이눈속의 계통학적 연구에 유용한 마커로 확인되었으며, 최종적으로 ITS 염기서열과 종자 형태형질을 바탕으로 C. sphaerospermum Maxim. and C. valdepilosum (Ohwi) S.H. Kang & J.W. Han에 대한 분류학적 검토를 하였다.

• 한국토양비료학회지
• /
• 제35권1호
• /
• pp.12-26
• /
• 2002

근류형성에 의한 생물학적 질소고정기능을 갖는 여러종의 근류균을 대상으로 분자생물학적 계통 분류의 기초자료를 얻기 위하여 Azorhizobium, Bradyrhizobium, Mesorhizobium, Rhizobium, Sinorhizobium 속의 33 균주에 대한 ITS 영역의 염기서열을 이용한 계통 분류가 이루어 졌다. 이들 균주중 대부분의 균주는 한 종류의 ITS 영역을 가지는 반면, 일부균주는 2개의 서로 다른 ITS 염기서열을 가지는 것으로 나타났다. 실험에 이용된 모든 균주들간의 ITS 영역의 염기서열 상동성은 28 - 95%로 매우 변이폭가 컸으며, 이들 염기서열의 계통 분석에 의하면 4가지 그룹으로 구분되었다. Sinorhizobium 속의 모든 균주 및 Rhizobium giardinii 는 그룹 I으로 구분되었다 그룹 II는 R. giardinii를 제외한 모든 Rhizibium 속의 균주를 포함하고 있으며, 계통수의 topology는 매우 불안정한 것으로 나타났다. 특히, R. radiobacter와 R. rubi는 계통분류학적 위치가 불명확한 것으로 나타났다. Bradyrhizobium 속의 균주는 Azorhizobium caulinodans 와 함께 그룹 III로 구분되었고, 그룹 IV는 Mesorhizobium 속의 균주로 이루어 ㅈ다. 특히, Mesorhizobium 속균주의 ITS 영역의 염기서열 상동성이 높게 나타났다.

• 미생물학회지
• /
• 제35권3호
• /
• pp.180-184
• /
• 1999

Agaricus 속의 계통분류학적 유연관계를 알아보기 위하여 Internal transcribed spacers 1,2, 와 5.8S rDNA 에 해당하는 부위를 PCR 기법으로 증폭하여 염기서열을 비교 조사하였다. 본 실험에 사용되어진 aGARICUS 속 5균주에 대한 염기서열을 분석한 결과, 이들 속은 크게 두 개의 군으로 분류되었다. 첫 번째 분류군은 aGARICUS BLAZEI atcc 76739, 현재 우리나라에서 배양중인 Agaricus blazei, agaricus arvensis IMSNU 32049, 그리고 Agaricus campestris VPI-OKM 25665로 이루어 졌다. 특히, Agaricus blazei ATCC 76739와 현재 우리나라 농가에서 배양중인 Agaricus blazeisms ITS 부위에서 5개의 염기서열에서 변이가 발견되었다. 이러한 변이는 지리적 또는 배양상의 변이로 인하여 특정염기서열에서 변이가 발생한 것으로 간주되므로 이들은 상호 동일종일 것으로 추정된다. 또한, Agaricus arvensis IMSNU 32049 와 Agaricus ampestris VPI-LKM 25665는 Agaricus blazei 하위 분류군을 형성하였다. 두 번째 분류군은 Agaricus bisporus CH 3004와 Agaricus pocillator DUKE-J 173 으로 이루어졌다.

• 한국응용곤충학회지
• /
• 제42권1호
• /
• pp.65-70
• /
• 2003

곤충자원의 대량사육을 위한 병 발생 예방과 해충의 효과적인 방제를 위하여 흰점박이꽃무지 이병충으로부터 곤충병원 사상균을 분리하였다. 전자현미경 관찰 결과 분리균주 KMA-1은 Metharizium속의 전형적인 쇠사슬형의 분생자를 paliside-like masse에 형성하였다. 따라서, 정확한 동정을 위하여 28S rRNA와 ITS염기 서열을 바탕으로 제작한 특이 프라이머쌍을 사용하여 PCR 반응을 수행하였다. 각각의 프라이머쌍을 사용한 PCR반응으로부터 특이 밴드가 검출되었으며 이 증폭 산물들의 염기 서열을 결정, 비교하였다. 분리 균주 KMA-1의 PCR산물인 28S rRNA와 ITS DNA염기서열을 GenBank데이터베이스에 등록된 염기서열 정보와의 상동성을 검색한 결과, 모두 Metarhizium anisopliae와 가장 높은 서열 상동성을 보였다. 이상의 결과로서 본 실험에서 분리 명명된 KMA-1는 M. anisopliae로 동정되었다.

• 생명과학회지
• /
• 제13권4호
• /
• pp.400-411
• /
• 2003

5.8S rDNA를 포함한 ITS부위에 대한 염기서열 분석결과, 종에 따라 다양한 염기서열을 가지고 있어 분류에 이용될 수 있었으며, 특히 ITS2부위보다 ITS1부위에서 종에 대한 변이율이 높은 것으로 나타났다. 아울러 균종에 따라 정도의 차이는 있으나 사용된 모든 종들이 서로 계통분류학적 거리가 멀어서 종간의 구분이 명확하게 나타났다. P. tenuipes, I. japonica, P. japonicus는 multiple alignment분석에서 매우 유사한 염기서열을 가지고 있어, 이들 세종은 같은 종이지만 다른 이름으로 불리고 있는 것으로 나타났으며, 아울러 Paecilomyces sp. KACC 40220과 KACC 40656도 동일한 염기서열을 가지고 있어 p. tenuipes로 판단된다. 국내에서 유통되는 동충하초제품 35건과 중국산 1건에 대해 실험한 결과 23건은 P. tenuipes / japonica로, 11건은 C. militaris로, 1건은 B. bassiana로 분류되었으며, 중국산 제품 1건은 C. multiaxialis로 분류되었다.