• 한국미생물·생명공학회지
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• 제30권1호
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• pp.8-14
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• 2002

Pseudomonas sp. S-47은 xylXYZLTE 유전자에 의하여 암호화되는 효소군에 의하여 4CBA를 분해하여 5-chloro-2-hydroxymuconic semialdehyde(5C-2HMS)를 생성하는데, 본 연구에서는 이 5C-2HMS의 다음 분해과정을 확인하였다. xylXYZLTE 유전자와 5-chloro-2-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase(5C-2HMSD)를 암호화하고 xylG 유전자를 포함하는 재조합 균주인 pCSS202로부터, xylG 유전자를 포함하는 재조합 플라스미드 pENV5를 만들었다. 이 플라스미드는 2-hydroxymuconic semialdehyde, 3-chloro-muconate, 2-hydroxy-6-oxohepta-2,4-dienoate, 2-hydroxy-5-methylmuconic semialdehyde와 같은 aromatic compound 에서 분해능을 나타냈으며, 그 중 5C-2HMS에서 가장 높은 분해능을 나타내었다. 또한 5C-2HMSD를 암호화하는 유전자인 xylC의 염기서열을 분석한 결과, 약 1,600 bp의 염기와 486개의 amino acid residue를 갖고있는 것을 확인하였다. P. sp. S-47의 xylG 유전자를 비교 분석한 결과 P. putida CF600, P. putida G7과 P. putida mt-2 등의 5C-2HMS dehydro-genase와 85％ 이상의 amino acid homology를 보여주었다.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제10권3호
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• pp.177-184
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• 2006

레티놀 결합 단백질(retinol-binding protein, RBP)은 고등 척추동물에서 혈류를 통해 특이적으로 레티놀을 표적세포에 운반해 주는 중요한 역할을 한다. 우리나라의 연안에 서식하고 있으며 산업적으로 중요한 조피볼락(Sebastes schlegeli)을 대상으로 4-nonylphenol(NP)가 RBP mRNA 발현에 미치는 영향을 구명하기 위해 간으로부터 cDNA library를 제작하고 RBP 단편의 염기서열을 분석하였다. 분석된 RBP mRNA 서열로부터 아미노산 서열을 추정하여 다른 종의 RBP 아미노산 서열과 비교한 결과 Sparus aurata와는 80%, 무지개 송어(Oncorhynchus mykiss)와는 72%, 유럽 뱀장어(Anguilla anguilla)와는 78%의 높은 상동성을 보였다. 조피볼락에서 4-NP에 대한 RBP와 VTG mRNAs 발현에 미치는 영향을 northern blot 분석 방법에 의해 조사하였다. 4-NP를 10 mg/kg BW로 주사한 실험구에서는 암수 모두 VTG mRNA 발현에 영향을 주지 않았으나, RBP mRNA 발현은 수컷에서 48시간 후에 감소하였다. 4-NP를 25 mg/kg BW으로 주사한 실험구에서는 24시간 후에 암수 모두 VTG mRNA 발현이 증가하였으며, RBP mRNA 발현은 48시간 후에 암수 모두 감소하였다. 이들 결과로부터 조피볼락에서는 4-NP 등의 에스트로겐 유사물질이 RBP와 VTG 유전자 발현에 상반되는 효과를 유도함을 알 수 있었다.

• 한국균학회지
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• 제42권4호
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• pp.262-268
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• 2014

수호초로부터 분리된 DUCC5000 균주를 형태적, 분자생물학적 분류를 통해 Paraconiothyrium brasiliense로 동정하였다. 본 균은 기존에 알려진 P. brasiliense 균주의 ITS 염기서열과 100%의 상동성을 보였다. 계통유전학적 분석 결과 P. brasiliense 균주와 같은 clade를 형성하였다. 서로 다른 영양 배지와 pH 조건 하에서 균사생육 특성을 조사한 결과 oatmeal agar 배지와 pH 9에서 최적의 생장을 보였다. 배지 종류에 따라 그리고 pH 조건에 따라 균총 형태가 달라지는 특성을 지니고 있었다. Chroma 반응배지를 이용하여 7가지 세포외 효소의 분비 능력을 조사한 결과 ${\beta}$-glucosidase 활성이 가장 활발하였고 CM-cellulase와 xylerase에서는 활성이 미약하였다. 인공 접종하였으나 수호초에 대한 병원성은 나타내지 않았다. 본 균은 수호초에서는 국제적으로 처음 보고되는 균이다.

• 미생물학회지
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• 제32권2호
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• pp.120-125
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• 1994

Vibrio meschnikovii 균주 RH530의 trpB. trpA 및 3‘ trpC(F) 유전자를 대장균에 클로닝하여 염기서열을 결정하였다. trpB 및 trpA 유전자는 각각 391 및 268 아미노산을 coding할 수 있는 1,173 bp 및 804 bp의 open reading frame을 가졌다. trpB 및 trpA 유전자는 일반적인 ribosome-binding sequence를 가졌으며 1개의 nucleotide만큼 중복되어 있었다. 이는 이들 두 유전자가 trinslation 단계에서 연결되어 있음을 의미한다. trpB 유전자의 개시토돈에서 115 nucleotide 위에 trpC(F)와 trpF의 융합체인 trpC(F)의 3’-말단부위의 불완전한 open reading frame의 존재 하였다. V. metschnikovil RH530의 TrpB, TrpA 및 TrpC(F)의 아미노산 서열은 V. parahaemolyticus의 그것들과 각각 64.2%, 82.4%, 73.7%: S. typhimurium과 58.7%, 72.3%, 54.9%: B. lactoermentum과 42.6%, 54.1%, 12.5%의 유사성을 보였다. 이는 TrpB가 TrpA보다 서열이 잘 보존되어 있음을 나타내며 TrpC(F)는 다를 두 polypeptide에 비해서 서열의 변이가 큼을 나타낸다. 이들 유전자들의 구조, 특히 trpC(F)와 trpB 사이의 noncoding 부위는 Enterobacteriaceae 비롯한 다를 개체들과는 다른 특징을 보였다.

• 한국토양비료학회지
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• 제35권1호
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• pp.59-67
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• 2002

강한 인산 가용력을 가진 인산 용해 세균인 균주 60-2G를 잔디의 근권에서 분리하였다. GC-FAME구조와 탄소이용형태 및 16S rRNA의 부분 염기서열 분석을 통해 균주 60-2G는 Enterobacter intermedium으로 동정되었다. Hydroxyapatite를 첨가한 배지와 생장 시킨 균주 60-2G는 gluconic acid 와 2-ketogluconic acid 및 소량의 lactic acid를 생성하였다. 균주 60-2G의 생장 기간동안 배지의 pH는 3.8 까지 낮아지는 반면에 배지의 유효 인산 농도는 증가하였다. 배지의 낮은 pH와 유효인산농도의 증가는 역 상관관계이며, 이는 균주 60-2G가 생성하는 유기산에 의한 영향이다. E. intermedium 60-2G 균주는 유기산 생성에 관여하는 glucose dehydrogenase의 co-factor인 PQQ를 생성하였으며, pqq의 부분 염기서열 분석 결과 기존에 보고된 서열과 85% 이상의 상동성을 가지고 있었다.

• 한국생명과학회:학술대회논문집
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• 한국생명과학회 2001년도 제32회 학술심포지움
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• pp.67-86
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• 2001

A strain producing strongly fibrinolytic enzyme was isolated from soil and was identified to be Bacillus subtilis by biochemical and physiological characterization. The optimal culture conditions for the production of fibrinolytic enzyme was determined to be 1.0% tryptone, 1.5% soluble starch, 0.5% Peptone, 0.5% NaCl, $(NH_{4})_{3}PO_4.3H_{2}O, and MgSO_{4}.7H_{2}O.$ Initial pH and temperature were pH 8.0 and $30^{\circ}C$ , respectively, The highest enzyme production was observed at 30 hours of cultivation at $30^{\circ}C$ The fibrinolytic enzyme was purified to homogeneity by DEAE Sephadex A-50 ion exchange column chromatography, 70% ammonium sulfate precipitation, Sephadex G-200 and G-75 gel filtration column chromatography. The molecular weight of the purified enzyme was 28,000 as determined by sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis. A gene encoding the fibrinolytic enzyme was cloned into a plasmid vector pBluescript, transforming E.coli XL-1 Blue. The clone was able to degrade fibrin, This indicated that the gene could encode a fibrinolytic enzyme. The nucleotide sequence of the 2.7 kb insert was determined in both direction. One open reading frame composed of 1023 nucleotides was found to be a potential protein coding region. There was the putative Shine-Dalgano sequence and TATA box upstream of the open reading frame. The homology search data in the genome database showed that both the 2.7 kb insert and 1 kb open reading frame carried no significance in the nucleotide sequence of known fibrinolytic enzyme from Bacillus serovars. The recombinant cell harboring the novel gene involved in fibrinolysis was subjected to protein purification. The molecular mass of the purified fibrinolytic enzyme was determined to be 31864 Dalton, which was highly in accordance with the molecular mass(33 kDa) of the fibrinolytic gene deduced from the insert. The fibrinolytic enzyme was Purified 50.5 folds to homogeneity in overall yield of 10.7% by DEAE Sephadex A-50 ion exchange, 85% ammonium sulfate precipitation, Sephadex G-50, Superdex 75 HR FPLC gel filtration. In conclusion, a novel fibrinolytic gene from Bacillus subtilis was identified and characterized by cloning a genomic library of Bacillus subtilis into pBleuscript. For the soybean fermented by this strain, it is found that there increased assistant protein about 20% compared to the soybean not fermented and increased about 30% according to amino acid analysis and, in particular, essential amino acid increased about 40%. When keeping this fermented soybean powder at room temperature for about 70days, it showed very high stability maintaining almost perfect activity and, therefore, it gave us great suggestion its possibility of development as a new functional food.

• 생명과학회지
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• 제18권4호
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• pp.482-487
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• 2008

Alkaline protease는 식품 가공 공정에 있어 가공 원료의 선도 저하를 초래하거나 맛살류 제품 원료인 어류의 근육조직을 파괴하여 gel 구조를 파괴시키는 것으로 알려져 있다. 본 연구는 해양으로부터 alkaline protease에 대한 저해력을 가지는 방선균들을 분리하여 그 중 저해력이 가장 높은 C12균주를 최종 선정하였다. 본 균주의 형태학적, 배양적 및 생리학적 특성을 조사한 결과, 포자의 크기는 $2.0\;{\mu}m$로 외형은 원통형이고, 편모가 없으며, 포자형태는 smooth하였다. ISP 9배지를 제외한 대부분의 배지에서 잘 성장하였다. 또한 $15{\sim}50^{\circ}C$에서 잘 성장하였으며, 9% (w/v) NaCl이 포함된 배지에서도 성장하는 것으로 확인되었다. Gram 양성, citrate 음성, catalase 양성이었으며, melanin 색소를 생성하지 않았다. Starch, casein 및 gelatin 분해능이 있었으며, glucose, galactose, maltose, lactose, fructose 및 mannse 등은 잘 이용하였지만, sorbitol과 sucrose는 이용하지 않았다. 이러한 특성을 토대로 본 균주는 Streptomyces sp.로 확인되었다. 보다 정확한 균주 동정을 위하여 16S rDNA 염기서열 분석을 수행하였으며, 그 결과 C12 균주는 S. thermocarboxydus와 계통진화학적으로 가장 유연관계가 높았다.

• 한국어병학회지
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• 제13권2호
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• pp.121-127
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• 2000

1998년 8~10월에 남해안 일원 해상 가두리 양식장에서 사육중인 돌돔, Oplegnathus fasciatus이 60%이상 폐사하였다. 병어의 체색은 검어지거나 퇴색되며 아가미는 빈혈증상이 심하고 비장은 특이적으로 비대되어 있었고, 비장, 신장, 심장 및 간장 조직에서 퓰겐양성과 호염기성의 비대세포가 관찰되었다. 병어의 비장조직 마쇄액을 GF세포에 접종배양한 결과, 세포가 구형화 되면서 커지는 세포변성효과가 나타나 감염된 GF 세포로부터 바이러스가 분리되었다. 분리된 바이러스 배양액($10^4TCID_{50}$/0.1 ml)을 건강한 돌돔 치어에 복강주사하면 자연감염어와 유사한 증상을 나타내면서 폐사가 일어났고, 또한 병어의 비장조직을 전자현미경으로 관찰한 결과, 조직내 비대세포의 세포질에서 직경이 120~130 nm이며 외막이 있는 정 20면체의 바이러스 입자가 관찰되었다. 그리고 genebank로부터 얻은 참돔 이리도바이러스(RSIV)의 ATPase gene의 DNA염기서열을 주형으로 제작된 primer를 사용하여 PCR을 수행한 결과, 500 bp의 PCR 생성물이 병어나 인위감염된 GF세포에서 얻어졌는데, 이들 PCR 생성물은 RSIV의 ATPase cDNA gene과 95%의 상동성을 나타내었다. 따라서 양식돌돔에 대량 폐사를 일으킨 원인 바이러스는 참돔 이리도바이러스(RSIV)와 유사한 이리도바이러스로 밝혀졌다.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제64권4호
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• pp.333-341
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• 2021

본 연구는 근권 토양 및 뿌리에 존재하는 근권 미생물 중 미생물 제제로 적합한 균주를 선별하기 위해서 미네랄 가용화능, 10종의 식물 병원성 곰팡이에 대한 항진균 활성 및 식물 생장 촉진 활성을 평가하였다. 결과적으로 불용성 인산, 탄산칼슘, 규소 및 아연 가용화능과 질소고정능, siderophore, indole-3-acetic acid와 aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase 생성능 및 7종의 식물 병원성 곰팡이에 대해 항진균 활성을 갖는 DDP346을 선별하였다. 선별된 DDP346은 Acinetobacter pittii DSM21653 (NR_117621.1)와 99.9% 이상의 높은 상동성을 보였으며, 16S rRNA 염기서열을 바탕으로 계통도를 분석한 결과에서도 Acinetobacter pittii와 높은 유연관계를 나타내었다. DDP346의 생장 조건은 온도(10-40 ℃), pH (5-11) 염농도(0-5%) 범위로 확인하였다. 또한 pH 변화와 가용화된 인산 함량 간에 음의 상관계수(r²= -0.913, p <0.01)를 나타내는 것을 확인하였는데, 이는 배양 중에 생성되는 유기산에 의한 것으로 추정된다. 결과적으로 미네랄 가용화능, 식물 병원성 곰팡이에 대한 항진균 활성 및 식물 생장 촉진 활성 평가를 통해 Acinetobacter sp. DDP346을 다목적 미생물 제제로써 활용 가능성을 제시한다.

• 한국육종학회지
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• 제42권5호
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• pp.565-573
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• 2010

사과의 경우 한 과총에 5개의 꽃이 피는데 그 중 한 가운데의 중심화가 먼저 개화하여 과일로 발달하고 주위의 측과 4개는 스스로 낙과되는 현상을 자가적과성이라고 한다. 적과는 인위적으로 과실의 숫자를 줄여 잎 수와 과실 수의 균형을 맞추는 작업으로 과실의 크기를 증가시키고, 수세, 수형을 유지시켜 안정적인 생산에 도움을 준다. 노동력 절감을 위해 인간에게 유용하게 사용될 수 있는 특성이 자가적과성인데, 자가적과성 품종의 사과에서 측과는 만개 후 30일 이내에 떨어지고 중심과만 남아서 성숙하게 된다. 51개의 사과 품종으로부터 비자가적과성 그룹 20종, 6월 생리적 낙과 그룹 16종, 자가적과성 그룹 15종을 분류하였다. 대표적인 자가적과성 품종인 Aori #9 로부터 중심과와 측과에서 다르게 발현이 되는 유전자들을 DD-PCR 방법으로 확인하였다. 중심과에서 30개의 clones 과 측과에서 24개의 clones을 선발하여 염기서열을 분석하였다. 주로 측과에서 발현되는 유전자들은 pathogenesis, senescence, temperature stress, protein degradation, fruit browning, sorbitol metabolism에 관여하는 유전자들과 높은 상동성을 나타내고, 중심과에서 발현되는 유전자들의 염기서열을 분석해 보면 anthocyanin의 up-regulation이나 flavonol 생합성, ethylene 생합성에 관여하는 유전자들이 분포한다. Cytochrome P450 유전자의 발현양상을 보기 위해 Real time PCR 분석을 한 결과 중심과보다 측과에서 발현량이 높게 나타났다. 중심과와 측과에서 다르게 발현되는 유전자들의 실제 발현양상을 분석하기 위해 Real time PCR을 이용해서 상대정량을 분석할 계획이며 분자수준에서의 자가적과를 조절하는 기작에 대한 앞으로의 연구는 생력 재배가 가능한 품종 육성의 육종 소재 개발에 활용될 수 있을 것이다.