• 제목/요약/키워드: Gibbs Sampling method

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한우의 도체형질 유전모수 추정을 위한 REML과 Bayesian via Gibbs Sampling 방법의 비교 연구 (Comparison between REML and Bayesian via Gibbs Sampling Algorithm with a Mixed Animal Model to Estimate Genetic Parameters for Carcass Traits in Hanwoo(Korean Native Cattle))

  • 노승희;김병우;김효선;민희식;윤호백;이득환;전진태;이정규
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제46권5호
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    • pp.719-728
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    • 2004
  • 본 연구는 한우의 도체형질들에 대한 유전적 변이를 분석방법에 따라 어떠한 차이가 있는지를 알아보고자 한우 후대검정자료를 이용하여 분석하였다. 분석에 이용된 도체성적 관련 자료는 가축개량사업소와 한우개량단지에서 1996 년부터 2001 년까지 태어난 후대검정우 1526두로부터 조사었다. 한우에 있어서 주요 개량형질인 육량과 육질에 영향하는 도체중, 도체율,배최장근단면적, 등지방두께, 근내지방도를 대상으로 유전력과 유전상관을 추정하였다. 유전모수 추정에 있어서 REML 분석법과 Bayesian추론방법으로써 Gibbs Sampling 분석법을 사용하였는데 각각의 모수들에 대한 Gibbs Sampler는 100,000회 실시하였고 초기 1,000회는 모수의 사후분포에 대한 부정확성으로 간주하여 모수의 사후분포특성 규명에서 제외하였다. 각각의 형질들에 대한 유전변이는 이러한 두 가지 분석방법을 상호 비교 함으로써 최적의 통계분석 방법을 모색하였다. 도체형질에 대한 유전력 추정은 REML 방법을 통한 추정에서는 근내지방도가 0.51로 고도의 유전력을 보였고, 도체율이 0.25로 중도의 유전력이 추정되었다. Gibbs Sampling 방법을통한 추정에서도 근내지방도가 0.54로 고도의 유전력을 도체율에서 0.25로 중도의 유전력을 보였다. REML 분석방법과 Gibbs Sampling 분석방법에서의 유전력은 다소 큰 차이는 보이지 않았으나, 대체로 Gibbs Sampling 방법으로 분석한 유전력 추정치가 높게 추정되었다. 그리고, 유전상관분석에서는 REML 방법을 통한 분석에서 도체중과 배최장근단면적에서 0.651 로 높은 정의 유전상관을 나타내었고, 배최장근단면적과 등지방두께에서 -0.139로 부의 유천상관을 나타내었다. Gibbs Sampling 방법에서는 도체중과 도체율, 배최장근단면적에서 각각 0.814, 0.695으로 높은 정의 상관을 나타내었고, 배최장근단면적과 등지방두께에서 -0.126으로 부의상관을 나타내었다. Gibbs Sampling방법을 통한 분석에서 특정 형질간 유전상관이 높게 나타났으며, 다소 큰 차이를 보이지 않았다. REML 분석방법과 Bayesian Inference를 바탕으로 한 Gibbs Sampling 분석에서 모수 추정은 큰 차이를 보이지 않았다. 따라서 방대한 현장정보를 활용하여 보다 정확한 모수 추정을 수행하기 위해서는 분석모형에 대한 계수행렬의 역행렬 계산을 통한 REML 방법의 한계성을 극복할 수 있는 방법으로써 Gibbs Sampling 분석 방법이 가능할 것으로 사료된다.

중도 절단 자료에서의 역추정 문제 (On the calibration problem with censored data)

  • 박래현;이석훈;이낙영;박영옥;이상호
    • 응용통계연구
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    • 제7권1호
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    • pp.1-17
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    • 1994
  • 본 논문은 종속변수가 중도 절단된 경우 역추정을 베이지안 방법으로 접근하였는데 이때 특별히 Gibbs Sampling을 응용하여 사후분포를 계산하는 것을 토의하였다. 적용의 예로서 실제 자료에서의 점추정 및 Simulated Annealing을 이용한 구간추정도 하였다.

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Inference of Parameters for Superposition with Goel-Okumoto model and Weibull model Using Gibbs Sampler

  • Heecheul Kim
    • Communications for Statistical Applications and Methods
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    • 제6권1호
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    • pp.169-180
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    • 1999
  • A Markov Chain Monte Carlo method with development of computation is used to be the software system reliability probability model. For Bayesian estimator considering computational problem and theoretical justification we studies relation Markov Chain with Gibbs sampling. Special case of GOS with Superposition for Goel-Okumoto and Weibull models using Gibbs sampling and Metropolis algorithm considered. In this paper discuss Bayesian computation and model selection using posterior predictive likelihood criterion. We consider in this paper data using method by Cox-Lewis. A numerical example with a simulated data set is given.

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순서를 갖는 척도모수들의 사전정보 하에 k-모집단 와이블분포의 베이지안 모수추정 (Bayesian Estimation of k-Population Weibull Distribution Under Ordered Scale Parameters)

  • 손영숙;김성욱
    • 응용통계연구
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    • 제16권2호
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    • pp.273-282
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    • 2003
  • 순서화된 척도모수들의 사전정보를 가지는 k-모집단 와이블분포의 모수추정을 위한 베이지안방법이 제시된다. 모수추정은 깁스샘플링에 의해서 이루어지며, 특히 깁스샘플러에서 형태모수의 조건부 사후분포는 로그-오목함수이므로 적응기각표집(Adaptive Rejection Sampling: ARS)방법에 의해 모수생성을 하였다. 논의된 모수추정법을 전기 절연유체 고장시간자료에 적용하여 척도모수의 순서화정보를 반영한 경우와 그렇지 않은 경우를 비교하였다.

GPU 를 활용한 스캔라인 블록 Gibbs 샘플링 기법의 가속 (Accelerating Scanline Block Gibbs Sampling Method using GPU)

  • ;김원식;;박인규
    • 한국방송∙미디어공학회:학술대회논문집
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    • 한국방송공학회 2014년도 하계학술대회
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    • pp.77-78
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    • 2014
  • A new MCMC method for optimization is presented in this paper, which is called the scanline block Gibbs sampler. Due to its slow convergence speed, traditional Markov chain Monte Carlo (MCMC) is not widely used. In contrast to the conventional MCMC method, it is more convenient to parallelize the scanline block Gibbs sampler. Since The main part of the scanline block Gibbs sampler is to calculate message between each edge, in order to accelerate the calculation of messages passing in scanline sampler, it is parallelized in GPU. It is proved that the implementation on GPU is faster than on CPU based on the experiments on the OpenGM2 benchmark.

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Bayesian Analysis of Multivariate Threshold Animal Models Using Gibbs Sampling

  • Lee, Seung-Chun;Lee, Deukhwan
    • Journal of the Korean Statistical Society
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    • 제31권2호
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    • pp.177-198
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    • 2002
  • The estimation of variance components or variance ratios in linear model is an important issue in plant or animal breeding fields, and various estimation methods have been devised to estimate variance components or variance ratios. However, many traits of economic importance in those fields are observed as dichotomous or polychotomous outcomes. The usual estimation methods might not be appropriate for these cases. Recently threshold linear model is considered as an important tool to analyze discrete traits specially in animal breeding field. In this note, we consider a hierarchical Bayesian method for the threshold animal model. Gibbs sampler for making full Bayesian inferences about random effects as well as fixed effects is described to analyze jointly discrete traits and continuous traits. Numerical example of the model with two discrete ordered categorical traits, calving ease of calves from born by heifer and calving ease of calf from born by cow, and one normally distributed trait, birth weight, is provided.

Bayesian Parameter Estimation using the MCMC method for the Mean Change Model of Multivariate Normal Random Variates

  • Oh, Mi-Ra;Kim, Eoi-Lyoung;Sim, Jung-Wook;Son, Young-Sook
    • Communications for Statistical Applications and Methods
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    • 제11권1호
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    • pp.79-91
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    • 2004
  • In this thesis, Bayesian parameter estimation procedure is discussed for the mean change model of multivariate normal random variates under the assumption of noninformative priors for all the parameters. Parameters are estimated by Gibbs sampling method. In Gibbs sampler, the change point parameter is generated by Metropolis-Hastings algorithm. We apply our methodology to numerical data to examine it.

공정능력자수에 대한 깁스샘플링 추정 (Some Process Capability Indices Using Gibbs Sampling)

  • 김평구;김희철
    • 품질경영학회지
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    • 제26권1호
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    • pp.88-98
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    • 1998
  • Process capability indices are used to determine whether a production process is capable of producing items within a specified tolerance. Using conditional distribution, we study some process capability indices ${\hat{C}}_{Gp}$, ${\hat{C}}_{Gpk}$, ${\hat{C}}_{Gpm}$ under conjugate prior distribution. We consider some process capability indices with Gibbs sampling method. Also, we examine some small sample properties related to these estimaters by some simulations.

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Sampling Based Approach to Bayesian Analysis of Binary Regression Model with Incomplete Data

  • Chung, Young-Shik
    • Journal of the Korean Statistical Society
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    • 제26권4호
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    • pp.493-505
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    • 1997
  • The analysis of binary data appears to many areas such as statistics, biometrics and econometrics. In many cases, data are often collected in which some observations are incomplete. Assume that the missing covariates are missing at random and the responses are completely observed. A method to Bayesian analysis of the binary regression model with incomplete data is presented. In particular, the desired marginal posterior moments of regression parameter are obtained using Meterpolis algorithm (Metropolis et al. 1953) within Gibbs sampler (Gelfand and Smith, 1990). Also, we compare logit model with probit model using Bayes factor which is approximated by importance sampling method. One example is presented.

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FUNCTIONAL CENTRAL LIMIT THEOREMS FOR THE GIBBS SAMPLER

  • Lee, Oe-Sook
    • 대한수학회논문집
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    • 제14권3호
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    • pp.627-633
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    • 1999
  • Let the given distribution $\pi$ have a log-concave density which is proportional to exp(-V(x)) on $R^d$. We consider a Markov chain induced by the method Gibbs sampling having $\pi$ as its in-variant distribution and prove geometric ergodicity and the functional central limit theorem for the process.

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