• Title/Summary/Keyword: Genetic evaluation

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Unsupervised Feature Selection Method Using a Fuzzy-Genetic Algorithm (퍼지-유전자 알고리즘을 이용한 무감독 특징 선택 방법)

  • 이영제;이정훈
    • Proceedings of the Korean Institute of Intelligent Systems Conference
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    • 2000.05a
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    • pp.199-202
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    • 2000
  • 본 논문에서는 퍼지-유전자 접근방법을 이용한 무감독 특징 선택방법에 대하여 나타내었다. 이 방법은 각각의 특징들의 중요도에 따라 순서를 정하기 위해 사용되는 weighted distance 를 포함하는 특징 평가 지표 (feature evaluation index)를 최소화시키는데 있다. 또한 특징 평가 지표에서 사용되는 각 패턴들의 쌍에 대하여 근접함의 정도를 퍼지 멤버쉽 함수를 이용하여 결정하고 유전자 알고리즘은 평가 지표를 최소화시킴으로써 각 특징의 중요도를 나타내는 최적의 weighting 계수의 집합을 한기 위하여 적용하였다.

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Performance Evaluation of a Genetic Algorithm-Based Multiuser Detector (유전자 알고리즘 기반 다중사용자 복조기의 성능 평가)

  • 김동호;정희창;김성철;이연우
    • The Journal of Korean Institute of Communications and Information Sciences
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    • v.26 no.7A
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    • pp.1227-1233
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    • 2001
  • 본 논문에서는 유전자 알고리즘을 기반으로 한 새로운 다중사용자 복조기를 제안하고, 최적(optimum) 다중사용자 복조기의 Hopfield 신경망 다중사용자 복조기를 비교 대상으로 하여 원근문제가 존재하는 환경에서 컴퓨터 시뮬레이션을 통해서 비트오율 성능을 비교하였다. 시뮬레이션 결과, 원근문제에 존재하는 채널환경에서는 본 논문에서 제안한 구조는 상당히 적은 계산량으로 최적의 다중사용자 복조기와 Hopfield 다중사용자 복조기와 근접한 성능을 기대할 수 있었고, 원근문제가 존재하지 않는 경우에서는 Hopfield 신경망구조보다 우월한 성능향상을 얻을 수 있었다.

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An Efficient Genetic Algorithm with Partial Evaluation by Clustering (개체 클러스터링을 이용한 효율적인 국소 평가 유전자 알고리즘)

  • 김희수;조성배
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2000.10b
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    • pp.6-8
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    • 2000
  • 유전자 알고리즘을 적용하는 문제의 경우 일반적으로 집단의 크기를 가능한 한 크게 유지시킴으로써 최적의 해가 찾아지도록 한다. 그러나 개체 평가 비용이 상대적으로 큰 몇몇 특정한 문제의 경우 집단의 크기가 커지면 심각한 문제가 되기도 한다. 이러한 이유로 본 논문에서는 클러스터링 기법을 이용한 국소 평가 유전자 알고리즘을 제안하였다. 이 방법은 집단을 몇 개의 클러스터로 나누고 각각의 대표 개체를 평가한 후 나머지 개체들의 적합도 값은 간접적인 계산에 의해 얻어내는 방법으로, 적은 수의 평가만으로도 상대적으로 큰 집단을 유지시키는 효과를 얻을 수 있다. 일반적인 유전자 알고리즘과의 성능 비교를 통해 제안된 알고리즘이 효율적이었음을 알 수 있었다.

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An Intelligent Management System for Evaluating Science Research Projects

  • Chen, Zhi-Yu;Chen, Shi-Quan;Wu, Jin-Pei
    • Industrial Engineering and Management Systems
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    • v.4 no.1
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    • pp.109-116
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    • 2005
  • Proposed in this paper is an intelligent management system for evaluating science research projects based on fuzzy neural networks with genetic algorithms. This system was planned, designed and tested employing theories and approaches of software engineering. This system was then applied to evaluate science research projects of the Natural Science Foundation of Guangdong Province, People’s Republic of China. The outcome / results shows the feasibility and validity of the system and its possible application to other intelligent management systems.

Safety evaluation of gene therapy - a case study of naked DNA product

  • Ahn, Byung-Ok
    • Proceedings of the Korean Society of Toxicology Conference
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    • 2003.10b
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    • pp.86-86
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    • 2003
  • Gene therapy is a medical intervention based on modification of the genetic material of living cells. Gene transfer usually conducted using bacterial plasmid DNA and/or virus vector to express a specific protein. Gene transfer medicinal products classified as naked nucleic acid, complexed nucleic acid or non-viral vectors, viral vector, and genetically modified cells according to biological origin.(omitted)

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Performance Evaluation of the Workflow Scheduling with Using Genetic Algorithm (유전 알고리즘을 활용한 워크플로우 스케줄링 기법에 관한 연구)

  • Jang, Hyun-gyu;Joo, Kyung-no;Youn, Chan Hyun
    • Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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    • 2015.04a
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    • pp.147-149
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    • 2015
  • 게놈을 위한 Bioinformatics 분석을 위해 순서가 있는 작업(Task)의 집합인 워크플로우를 특정 데드라인 이내로 수행할 것을 요청하면, 워크플로우 관리자는 데드라인을 지켜주면서 비용이 최소가 되는 방향으로 워크플로우를 수행하여야 한다. 본 논문은 클라우드 환경에서 유전알고리즘을 적용하여 이 워크플로우를 효율적으로 스케줄링하는 기법을 분석하고자 한다.

Genetic Analysis of Medicinal Plants in Adenophorae Radix Using DNA Barcode (DNA바코드를 활용한 사삼(沙蔘)의 종 감별)

  • Kim, Minkyeoung;Lee, Wookyu;Kim, Jaelim;Lee, Kiho;Choi, Yoorae;Kim, Jonghwan;Kang, Ilhyun;Kang, Juhye
    • Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
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    • 2019.10a
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    • pp.97-97
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    • 2019
  • 사삼(沙蔘, Adenophorae Radix)은 "대한민국약전외한약(생약)규격집(KHP)"에 잔대 Adenophora triphylla var. japonica Hara 또는 사삼(당잔대, A. stricta Miq.)의 뿌리로 수재되어 있으나, 형태학적으로 유사한 제니(모시대, A. remotiflorus Miquel), 층층잔대(윤엽사삼, A. tetraphylla (Thunb.) Fisch), 더덕 Codonopsis lanceolata (Sieb. et Zucc.)과 오 혼용 우려가 있어 이들을 구별하기 위한 종 감별법이 필요하다. 본 연구에서는 '사삼'과 오 혼용 우려가 있는 종들을 구별할 수 있는 유전자 마커 개발을 위하여 DNA 바코드로 활용되고 있는 유전자 부위를 분석하여 ITS (25%), atpB-rbcL (15%), atpF-atpH (14%), rpl16 (13%), trnL-F (10%), matK (9%), rpoC1 (7%)에서 변이율(percent of variable sites)을 확인하였다. 또한, 분석한 유전자 부위 중 종간 차이를 확인하기 용이한 matK 구간을 활용해 기원종인 잔대, 당잔대와 형태적으로 유사하여 오 혼용될 우려가 있는 층층잔대, 모시대 및 더덕을 감별 할 수 있는 유전자 마커를 개발하였다. 본 연구를 통해 얻어진 염기서열과 분자 마커는 '사삼'의 품질관리에 유용하게 활용 가능할 것으로 사료된다.

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Evaluation of Genetic Variations in miRNA-Binding Sites of BRCA1 and BRCA2 Genes as Risk Factors for the Development of Early-Onset and/or Familial Breast Cancer

  • Erturk, Elif;Cecener, Gulsah;Polatkan, Volkan;Gokgoz, Sehsuvar;Egeli, Unal;Tunca, Berrin;Tezcan, Gulcin;Demirdogen, Elif;Ak, Secil;Tasdelen, Ismet
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • v.15 no.19
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    • pp.8319-8324
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    • 2014
  • Although genetic markers identifying women at an increased risk of developing breast cancer exist, the majority of inherited risk factors remain elusive. Mutations in the BRCA1/BRCA2 gene confer a substantial increase in breast cancer risk, yet routine clinical genetic screening is limited to the coding regions and intronexon boundaries, precluding the identification of mutations in noncoding and untranslated regions. Because 3' untranslated region (3'UTR) polymorphisms disrupting microRNA (miRNA) binding can be functional and can act as genetic markers of cancer risk, we aimed to determine genetic variation in the 3'UTR of BRCA1/BRCA2 in familial and early-onset breast cancer patients with and without mutations in the coding regions of BRCA1/BRCA2 and to identify specific 3'UTR variants that may be risk factors for cancer development. The 3'UTRs of the BRCA1 and BRCA2 genes were screened by heteroduplex analysis and DNA sequencing in 100 patients from 46 BRCA1/2 families, 54 non-BRCA1/2 families, and 47 geographically matched controls. Two polymorphisms were identified. SNPs $c.^*1287C$ >T (rs12516) (BRCA1) and $c.^*105A$ >C (rs15869) (BRCA2) were identified in 27% and 24% of patients, respectively. These 2 variants were also identified in controls with no family history of cancer (23.4% and 23.4%, respectively). In comparison to variations in the 3'UTR region of the BRCA1/2 genes and the BRCA1/2 mutational status in patients, there was a statistically significant relationship between the BRCA1 gene polymorphism $c.^*1287C$ >T (rs12516) and BRCA1 mutations (p=0.035) by Fisher's Exact Test. SNP $c.^*1287C$ >T (rs12516) of the BRCA1 gene may have potential use as a genetic marker of an increased risk of developing breast cancer and likely represents a non-coding sequence variation in BRCA1 that impacts BRCA1 function and leads to increased early-onset and/or familial breast cancer risk in the Turkish population.

Genetic Diversity of High-Quality Rice Cultivars Based on SSR Markers Linked to Blast Resistance Genes (도열병 저항성 유전자와 연관된 SSR 마커를 이용한 양질미 품종의 유전적 다양성)

  • Huhn-Pal Moon
    • KOREAN JOURNAL OF CROP SCIENCE
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    • v.49 no.3
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    • pp.251-255
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    • 2004
  • The epidemics of rice blast which occurred in south parts of Korea during the period from 1999 to 2001 and damaged several high quality rice cultivars developed using "Milyang 95" and/or "Milyang 96" as a parent. Genetic diversity of 23 rice cultivars including "Milyang 95" and it's relatives was assessed using 54 simple sequence repeats (SSR) markers reported to be linked to major blast resistance genes. Fifty-four SSR markers representing fifty-seven loci in the rice genome detected polymorphism among the 23 cultivars and revealed a total of 170 alleles with an average of 3.0 alleles per primer, The number of amplified bands ranged from 1 to 7. Several SSR markers including RM249, RM206 and OSR20 were informative for assessing the genetic diversity of relatively closed japonica rice cultivars. The 23 cultivars were classified into four groups by cluster analysis based on Nei's genetic distances, and the cultivars developed from same parents showed a tendency to cluster together that is consistant with genealogical information. High quality rice cultivars, Daesanbyeo, Donganbyeo, and Milyang 95 belonged to the same cluster, At the loci, RM254 and OSR32, all of the cultivars derived from the crosses using "Milyang 95" shared same alleles, suggesting that these japonica cultivars might carry alleles that are identical by descent. Evaluation of 23 rice cultivars against blast needs to be confirmed regarding the relationship between genotype and blast resistance.p between genotype and blast resistance.