Park, Young-Hwan;Kim, Young-Chang;Park, Sang-Un;Lim, Hyoun-Sub;Kim, Joon-Bum;Cho, Byoung-Kwan;Bae, Han-Hong
Journal of Ginseng Research
/
제36권3호
/
pp.327-333
/
2012
Fungal endophytes were isolated from 1-, 2-, 3-, and 4-year-old ginseng roots (Panax ginseng Meyer) cultivated in Korea. The isolated fungal endophytes were identified based on sequence analysis of the internal transcribed spacer and morphological characterization by microscopic observations. A total of 81 fungal endophytes were isolated from 24 ginseng roots. Fungal endophytes were classified into 9 different fungal species and 2 unknown species. Ginseng roots that were 1-, 2-, 3-, and 4-years old were colonized by 2, 6, 8, and 5 species of fungal endophytes, respectively. While Phoma radicina was the most frequent fungal endophyte in 2-, 3-, and 4-year-old ginseng roots, Fusarium solani was the dominant endophyte in 1-year-old ginseng roots. The colonization frequencies (CF) varied with the host age. The CF were 12%, 40%, 31%, and 40% for 1-, 2-, 3-, and 4-year-old ginseng roots, respectively. We found a variety of fungal endophytes that were distributed depending on the age of ginseng plants.
Park, Sang-Un;Lim, Hyoun-Sub;Park, Kee-Choon;Park, Young-Hwan;Bae, Han-Hong
Journal of Ginseng Research
/
제36권1호
/
pp.107-113
/
2012
In order to investigate the diversity of endophytes, fungal endophytes in Panax ginseng Meyer cultivated in Korea were isolated and identified using internal transcribed spacer (ITS) sequences of ribosomal DNA. Three cultivars of 3-year-old ginseng roots (Chunpoong, Yunpoong, and Gumpoong) were used to isolate fungal endophytes. Surface sterilized ginseng roots were placed on potato dextrose agar plates supplemented with ampicilin and streptomycin to inhibit bacterial growth. Overall, 38 fungal endophytes were isolated from 12 ginseng roots. According to the sequence analysis of the ITS1-5.8S-ITS2, 38 fungal isolates were classified into 4 different fungal species, which were Phoma radicina, Fusarium oxysporum, Setophoma terrestris and Ascomycota sp. 2-RNK. The most dominant fungal endophyte was P. radicina in 3 cultivars. The percentage of dominant endophytes of P. radicina was 65.8%. The percentage of colonization frequency of P. radicina was 80%, 52.9%, and 75% in Chunpoong, Yunpoong, and Gumpoong, respectively. The second most dominant fungal endophyte was F. oxysporum. The diversity of the fungal endophytes was low and no ginseng cultivar specificity among endophytes was detected in this study. The identified endophytes can be potential fungi for the production of bioactive compounds and control against ginseng pathogens.
You, Young-Hyun;Park, Jong Myong;Park, Jong-Han;Kim, Jong-Guk
Mycobiology
/
제43권3호
/
pp.231-238
/
2015
A total of 4 aquatic plants, Eleocharis kuroguwai Ohwi, Hydrocharis dubia Backer, Salvinia natans All., and Zizania latifolia Turcz., were sampled from representative two wetlands of South Korea. A total of 38 endophytic fungal strains were isolated from aquatic plants native to the Daepyeong wetland, and 27 strains were isolated from the Jilnal wetland. The internal transcribed spacer regions of fungal isolates were sequenced and a phylogenetic analysis was performed. In addition, endophytic fungal diversity from each wetland and host plant species was deduced. A total of 25 fungal genera were purely isolated, and 16 fungal genera were isolated from each of the two wetlands. Commonly isolated genera from both wetlands were Aspergillus, Cladosporium, Clonostachys, Fusarium, Leptosphaeria, Penicillium, and Talaromyces. This study revealed that fungal diversity varied with environmental conditions and by host plant in representative two wetlands.
The phytopathogenic fungus Magnaporthe oryzae is a major limiting factor in rice production. To understand the genetic basis of M. oryzae pathogenic development, we previously analyzed a library of T-DNA insertional mutants of M. oryzae, and identified ATMT0879A1 as one of the pathogenicity-defective mutants. Molecular analyses and database searches revealed that a single TDNA insertion in ATMT0879A1 resulted in functional interference with an annotated gene, MGG00056, which encodes a short-chain dehydrogenase/reductase (SDR). The mutant and annotated gene were designated as $MoSDR1^{T-DNA}$ and MoSDR1, respectively. Like other SDR family members, MoSDR1 possesses both a cofactor-binding motif and a catalytic site. The expression pattern of MoSDR1 suggests that the gene is associated with pathogenicity and plays an important role in M. oryzae development. To understand the roles of MoSDR1, the deletion mutant ${\Delta}Mosdr1$ for the gene was obtained via homology-dependent gene replacement. As expected, ${\Delta}Mosdr1$ was nonpathogenic; moreover, the mutant displayed pleiotropic defects in conidiation, conidial germination, appressorium formation, penetration, and growth inside host tissues. These results suggest that MoSDR1 functions as a key metabolic enzyme in the regulation of development and pathogenicity in M. oryzae.
Kim, Yeong Chae;Kim, Yeon Hwa;Lee, Young Hee;Lee, Sang Woo;Chae, Yun-Soek;Kang, Hyun-Kyung;Yun, Byung-Wook;Hong, Jeum Kyu
The Plant Pathology Journal
/
제29권3호
/
pp.305-316
/
2013
Non-protein amino acid, ${\beta}$-amino-n-butyric acid (BABA), has been involved in diverse physiological processes including seedling growth, stress tolerance and disease resistance of many plant species. In the current study, treatment of kimchi cabbage seedlings with BABA significantly reduced primary root elongation and cotyledon development in a dose-dependent manner, which adverse effects were similar to the plant response to exogenous abscisic acid (ABA) application. BABA was synergistically contributing ABA-induced growth arrest during the early seedling development. Kimchi cabbage leaves were highly damaged and seedling growth was delayed by foliar spraying with high concentrations of BABA (10 to 20 mM). BABA played roles differentially in in vitro fungal conidial germination, mycelial growth and conidation of necrotroph Alternaria brassicicola causing black spot disease and hemibiotroph Colletotrichum higginsianum causing anthracnose. Pretreatment with BABA conferred induced resistance of the kimchi cabbage against challenges by the two different classes of fungal pathogens in a dose-dependent manner. These results suggest that BABA is involved in plant development, fungal development as well as induced fungal disease resistance of kimchi cabbage plant.
Past decade systemic mycoses caused by opportunistic human fungal pathogens, including Candida, Aspergillus, and Cryptococcus, have been a growing problem for both immunocompromised and immunocompetent individuals. Particularly, Cryptococcus neoformans has recently emerged as a major fungal pathogen, which can cause fungal pneumonia and meningitis that are lethal if not timely medicated. However, treatment for cryptococcosis has been difficult due to a lack of proper anti-cryptococcal drugs with fungicidal activity and less toxicity. In this review we introduced novel therapeutic methods for treating cryptococcosis by exploring pathogenomic signa1ing networks of C. neoformans with genome-wide transcriptome approaches as well as diverse molecular/genetic tools.
The Automobile HVAC system is a habitat for odor-associated fungal communities. We investigated the odor-associated fungal community in an automobile HVAC system using a high-throughput DNA sequencing method. The fungal community structure was evaluated via metagenome analysis. At the phylum level, Ascomycota and Basidiomycota were detected, accounting for 43.41% and 56.49% of the fungal community in the HVAC system, respectively. Columnosphaeria (8.31%), Didymella (5.60%), Davidiella (5.50%), Microxyphium (4.24%), unclassified Pleosporales (2.90%), and Cladosporium (2.79%) were abundant at phylum of Ascomycota and Christiansenia (36.72%), Rhodotorula (10.48%), and Sporidiobolus (2.34%) were abundant at phylum of Basidiomycota. A total of 22 genera of fungi were isolated and identified from the evaporators of the HVAC systems which support fungal growth and biofilm formation. Among them, Cladosporium, Penicillium, Aspergillus, and Alternaria are the most representative odor-associated fungi in HVAC systems. They were reported to form biofilm on the surface of HVAC systems with other bacteria by hypha. In addition, they produce various mVOCs such as 3-methyl-1-butanol, acetic acid, butanoic acid, and methyl isobutyl ketone. Our findings may be useful for extending the understanding of odor-associated fungal communities in automobile HVAC systems.
The chestnut blight fungus, Cryphonectria parasitica, and its hypovirus aye a useful model system in the study of the mechanisms of hypoviral infection and its consequences, such as a biological control of fungal pathogens. Strains containing the double-stranded (ds) RNA viruses Cryphonectria hypovirus 1 show characteristic symptoms of hypovirulence and display hypovirulence-associated changes, such as reduced pigmentation, sporulation, laccase production, and oxalate accumulation. Interestingly, symptoms caused by hypoviral infection appear to be the result of aberrant expression of a number of specific genes in the hypovirulent strain. Several viral regulated fungal genes are identified as cutinase gene, Lac1, which encodes an extracellular laccase, Crp, which encodes an abundant tissue-specific cell-surface hydrophobin that mediates physical strength, and Mf2/1 and Mf2/2, which encode pheromone genes involved in poor sporulation in the presence of hypo-virus. Since the phenotypic changes in the fungal host are pleiotropic, although coordinated and specific, it has been suggested that the hypovirus disturbs one or several regulatory pathways (Nuss,1996). Accordingly, several studies have shown the implementation of a signal transduction pathway during viral symptom development. Although further studies are required, hypovirulence and its associated symptom development due to the hypoviral regulation of a fungal hetero-trimeric G-protein have been suggested. In addition, recent studies have shown the presence of a novel protein kinase gene cppk1 and its transcriptional upregulation by hypovirus. In this review, the presence of important components in signal transduction pathway, their putative biological function, and viral-specific regulation will be addressed.
Fungal pathogens have huge impact on health and economic wellbeing of human by causing life-threatening mycoses in immune-compromised patients or by destroying crop plants. A key determinant of fungal pathogenesis is their ability to undergo developmental change in response to host or environmental factors. Genetic pathways that regulate such morphological transitions and adaptation are therefore extensively studied during the last few decades. Given that epigenetic as well as genetic components play pivotal roles in development of plants and mammals, contribution of microbial epigenetic counterparts to this morphogenetic process is intriguing yet nearly unappreciated question to date. To bridge this gap in our knowledge, we set out to investigate histone modifications among epigenetic mechanisms that possibly regulate fungal adaptation and processes involved in pathogenesis of a model plant pathogenic fungus, Magnaporthe oryzae. M. oryzae is a causal agent of rice blast disease, which destroys 10 to 30% of the rice crop annually. Since the rice is the staple food for more than half of human population, the disease is a major threat to global food security. In addition to the socioeconomic impact of the disease it causes, the fungus is genetically tractable and can undergo well-defined morphological transitions including asexual spore production and appressorium (a specialized infection structure) formation in vitro, making it a model to study fungal development and pathogenicity. For functional and comparative analysis of histone modifications, a web-based database (dbHiMo) was constructed to archive and analyze histone modifying enzymes from eukaryotic species whose genome sequences are available. Histone modifying enzymes were identified applying a search pipeline built upon profile hidden Markov model (HMM) to proteomes. The database incorporates 22,169 histone-modifying enzymes identified from 342 species including 214 fungal, 33 plants, and 77 metazoan species. The dbHiMo provides users with web-based personalized data browsing and analysis tools, supporting comparative and evolutionary genomics. Based on the database entries, functional analysis of genes encoding histone acetyltransferases and histone demethylases is under way. Here I provide examples of such analyses that show how histone acetylation and methylation is implicated in regulating important aspects of fungal pathogenesis. Current analysis of histone modifying enzymes will be followed by ChIP-Seq and RNA-seq experiments to pinpoint the genes that are controlled by particular histone modifications. We anticipate that our work will provide not only the significant advances in our understanding of epigenetic mechanisms operating in microbial eukaryotes but also basis to expand our perspective on regulation of development in fungal pathogens.
The ascomycete fungus Fusarium graminearum is a major causal agent for Fusarium head blight in cereals and produces mycotoxins such as trichothecenes and zearalenone. Isolation of the fungal strains from air or cereals can be hampered by various other airborne fungal pathogens and saprophytic fungi. In this study, we developed a selective medium specific to F. graminearum using toxoflavin produced by the bacterial pathogen Burkholderia glumae. F. graminearum was resistant to toxoflavin, while other fungi were sensitive to this toxin. Supplementing toxoflavin into medium enhanced the isolation of F. graminearum from rice grains by suppressing the growth of saprophytic fungal species. In addition, a medium with or without toxoflavin exposed to wheat fields for 1 h had 84% or 25%, respectively, of colonies identified as F. graminearum. This selection medium provides an efficient tool for isolating F. graminearum, and can be adopted by research groups working on genetics and disease forecasting.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.