• 제목/요약/키워드: Direct PCR

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반성 열성 범저감마글로불린혈증 1가계 3환자의 Bruton's Tyrosine Kinase 유전자 변이 및 임상 양상 (Characterization of Bruton's Tyrosine Kinase Genetic Mutations in One Korean X-linked Agammaglobulinemia Family)

  • 조은경;송창화;박정규;백영종;유혜영;이재호;황태주;국훈
    • Clinical and Experimental Pediatrics
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    • 제45권2호
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    • pp.183-191
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    • 2002
  • 목 적 : 본 연구에서는 임상적으로 XLA로 진단받고 현재 치료 중인 한가족 3명 환아의 가계를 대상으로 말초혈액 단핵구의 Btk 단백질 발현과 Btk 유전자 변이를 분석하고자 하였다. 방 법 : 환아 말초혈액 단핵구의 Btk 발현도를 항 Btk 항체를 이용한 유세포계측을 통해 분석하고 PCR-SSCP 및 직접 염기서열 분석에 의해 Btk 유전자 변이를 분석하였다. 결 과 : 유세포 계측 및 PCR-SSCP에 의하여 가계내의 환자 3명 및 보인자 4명을 확인하였으며 환아들의 단핵구의 Btk 발현도를 조사한 결과 2.7% 미만으로 건강인에 비해 매우 유의한 감소를 나타내었다. 유전자 변이 분석 결과 Btk 유전자 exon 3에서 점돌연변이($T{\rightarrow}C$)가 발견되어 61번째 아미노산의 치환이 일어난 과오돌연변이를 확인할 수 있었다. 동일한 유전형을 지닌 3명의 환아들은 임상적으로 매우 다양한 표현형을 나타내었다. 특히 환아들의 혈청 IgG level이 낮을수록 임상 양상은 심한 소견을 보였다. 결 론 : 본 연구 결과를 종합해 볼 때 임상적으로 XLA로 진단된 환아와 가족에 대한 항 Btk 항체를 이용한 유세포계측 및 PCR-SSCP 방법은 XLA 환아 및 보인자의 진단에 매우 유용하며 신속하게 적용될 수 있는 기법으로 생각된다. 또한 분자유전학 기법을 이용하여 환아의 유전자 변이를 검색한 결과 Btk의 PH 도메인 내 한개의 과오돌연변이를 검색하여 XLA를 최종 확진할 수 있었다.

복숭아순나방과 복숭아순나방붙이의 분자동정법 개발 및 복숭아와 자두에서의 발생차이 (Molecular Diagnosis of Grapholita molesta and Grapholita dimorpha and Their Different Occurrence in Peach and Plum)

  • 안승준;최경희;강택준;김형환;김동환;조명래;양창열
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제52권4호
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    • pp.365-370
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    • 2013
  • 복숭아순나방붙이(Grapholita dimorpha Komai)는 동북아시아에 주로 발생하는 과수 해충으로, 국내에서는 2009년에 사과에 피해를 준다는 것이 보고되었으나, 그 이외의 과수에서는 직접적인 피해가 명확히 알려지지 않았다. 본 연구는 핵과류인 복숭아와 자두를 대상으로 복숭아 순나방류의 피해로 보이는 피해순과 피해과를 채집하여, 복숭아순나방붙이와 그 유사종인 복숭아순나방(Grapholita molesta Busck)의 피해율을 비교 조사하였다. 두 유사종의 정확한 구별을 위해 우선 종 특이적 프라이머와 PCR 반응조건을 이용한 분자동정법을 개발하였다. 복숭아와 자두의 신초와 과실을 가해하는 종을 야외에서 채집하여 분자동정법으로 확인한 결과, 복숭아의 신초와 과실은 거의 모두 복숭아순나방이 가해하였으며, 자두는 신초의 경우 복숭아순나방이, 과실의 경우 복숭아순나방붙이가 주로 가해하는 것으로 나타났다. 즉, 복숭아와 자두에서 조사한 신초는 모두(100%) 복숭아순나방에 의해 피해를 받았으나, 복숭아 과실은 대부분(92.5%) 복숭아순나방이, 자두 과실은 대부분(97.0%) 복숭아순나방붙이가 가해하는 것으로 나타났다. 본 연구결과는 복숭아순나방붙이가 복숭아 보다는 자두 과실에 주로 피해를 준다는 것을 보여주며, 특히 자두나무에서도 신초와 과실에 따라 각기 다른 종이 피해를 준다는 점을 보여준다. 이렇게, 기주식물에 따라 두 유사종의 가해특성이 다른 것은 복숭아와 자두과원에서 두 종의 발생을 예찰하는데 중요한 정보를 제공할 것으로 여겨진다.

재발성 아프타성 궤양 환자의 타액에서 Herpes Simplex Virus, Varicella Zoster Virus, Helicobacter pylori 그리고 Candida 검출 (Detection of Herpes Simplex Virus, Varicella Zoster Virus, Helicobacter Pylori and Candida in Saliva of Patients with Recurrent Aphthous Ulceration)

  • 허웅;윤창륙;안종모
    • Journal of Oral Medicine and Pain
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    • 제30권3호
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    • pp.319-328
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    • 2005
  • 재발성 아프타성 궤양 환자의 타액에서 구강내 궤양성 병소를 유발할 수 있고 감염성이 비교적 높은 미생물로 알려진 Herpes Simplex virus, Varicella Zoster virus, Helicobacter pylori 그리고 Candida가 발현되는지 여부와 병소의 발생과 상관관계가 있는지를 알아보고자 조선대학교 치과병원 구강내과에 내원한 재발성 아프타성 궤양을 가진 환자 29명과 대조군 29명의 타액을 이용하여 PCR과 배양을 통해 발현율을 비교한바 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. HSV DNA는 재발성 아프타성 궤양 환자군에서 41.4%, 대조군에서 55.2%가 발현되었으나 두 군간에 유의한 차이는 없었고(P>0.05), VZV DNA는 두 군에서 모두 나타나지 않았다. 2. H. pylori DNA는 재발성 아프타성 궤양 환자군에서 27.6%, 대조군에서 48.3%가 발현되었으나 두 군간에 유의한 차이는 없었다(P>0.05). 3. Candida는 재발성 아프타성 궤양 환자군에서 13.8%, 대조군에서 6.9%가 배양되었으나 두 군간에 유의한 차이는 없었다(P>0.05). 이상의 연구를 종합하여 보았을 때, HSV, VZV, H. pylori 그리고 Candida는 재발성 아프타성 궤양의 발생에 직접적인 역할을 한다고는 볼 수 없으므로 향후 더 많은 표본을 대상으로 다른 미생물이 병소 발생의 유발요인으로 작용하는지 연구하여야 할 것으로 사료된다.

국내 돼지에 존재하는 내인성 레트로 바이러스의 분포 (Prevalence of PERVs from Domestic Pigs in Korea (pol gene sequences))

  • 김영봉;유재영;이종영;김계옹;박홍양
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제46권3호
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    • pp.307-314
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    • 2004
  • 돼지를 이용한 이종간 장기 이식은 차세대 장기 공급 부족 문제를 해결해 줄 수 있는 가능성을 제공해준다. 그러나 돼지 장기를 이용한 이종간 장기 이식은 면역학적인 문제 외에도 가축 유래 전염성 병원균에 대한 안전성 문제가 심각하게 고려되어지고 있다. 대부분의 외인성 병원균은 무균 사육환경을 통해 제어되는 반면 내인성 레트로 바이러스(Endogenous Retrovirus, PERVs)는 germ line을 통해 전파됨으로 사육 조건으로 해결할 수는 없다. 본 연구는 이종간 장기 이식용 무균 돼지 생산시 가장 문제가 되는 PERVs에 대한 분포를 알아보고자 국내 돼지(Landrace, Berkshire, Yorkshire, Duroc)의 genome 내 PERVs 분포와 유전자 염기 서열을 비교하였다. 모든 공시 돼지(20두)의 genomic DNA로부터 PCR을 이용하여 PERV A/B/C와 PERV-E의 존재를 확인하였다. pol 유전자 일부 염기 서열 분석 결과 같은 품종내 개체간 또는 품종간 상동성이 99.1과 98.8%로 매우 높게 나왔다. 본 연구의 결과 모든 국내 돼지 유전자내에 PERV A/B/C와 PERV E가 provirus 형태로 많이 존재하며 바이러스간의 높은 상동성은 바이러스 제어에 많은 잇점으로 작용하리라 사료되며 아직 밝혀지지 않은 내인성바이러스에 대한 연구가 요구되어진다. 그러므로 본 연구의 자료는 이종간 장기 이식용 무균돼지 생산 시 PERVs 를 제어하기 위한 기초 자료로 활용될 수 있을 것으로 사료된다.

배양한 흰쥐 해마신경세포에서 항우울제에 의한 c-fos mRNA의 발현 (C-fos mRNA Expression in Rat Hippocampal Neurons by Antidepressant Drugs)

  • 박응철;조연규;양병환;김광일;양보기;채영규
    • 생물정신의학
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    • 제8권1호
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    • pp.85-95
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    • 2001
  • This study was designed to examine the effects of two antidepressant drugs on the expression of c-fos mRNA in cultured embryonic rat hippocampal neurons. The drugs used were imipramine and amitriptyline. On the fourth day of culture, hippocampal neurons were treated with variable concentrations of each drug. Competitive RT-PCR(Reverse Transcriptase-PCR) analysis was used to quantify the c-fos mRNA expression induced by each drug. Experimental results showed that acute and direct treatment with imipramine and amitriptyline with relatively low concentrations(imipramine ${\leq}10{\mu}M$, amitriptylne ${\leq}10{\mu}M$) had no inductive effect on the expression of c-fos mRNA in the rat hippocampal neurons. However, after treatment with relatively high concentrations(imipramine ${\geq}100{\mu}M$, amitriptyline ${\geq}100{\mu}M$) c-fos mRNA was not detected. These findings suggest the followings. Firstly, the action mechanisms of these drugs on the hippocampal neurons might not be mediated by c-fos but by other immediate-early genes(IEGs). Secondly, their actions may be mediated indirectly via other areas of the brain. Thirdly, the expression of c-fos might be inhibited by high concentrations of these drugs, or the high concentrations could induce cell death. Finally, though cell death remains to be confirmed, the inhibition of c-fos induction or cell death could play a role in the cognitive impairments known to be adverse effects of some antidepressants. This study is believed to be a first step toward understanding the mechanisms of learning and memory. Further studies are needed to investigate the expression of various IEGs and changes in the hippocampal neurons of rat resulting from chronic treatment with antidepressant drugs.

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APPLICATION STUDY OF CHEMOINFOMETRICAL NEAR-INFRARED SPECTROSCOPY IN PHARMACEUTICAL INDUSTRY

  • Otsuka, Makoto;Kato, Fumie;Matsuda, Yoshihisa
    • 한국근적외분광분석학회:학술대회논문집
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    • 한국근적외분광분석학회 2001년도 NIR-2001
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    • pp.2111-2111
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    • 2001
  • A chemoinfometrical method for evaluating the quantitative determination of crystallinity one polymorphs based on fourie-transformed near-infrared (FT-NIR) spectroscopy was established. A direct comparison of the data with the ones collected from using the and compared with the conventional powder X-ray diffraction method was performed. [Method] The pPure a and g forms of indomethacin (IMC) were prepared by reportedusing published methods. Six kinds of standard samples obtained by physically mixing of a and g forms. After the powder X-ray diffraction profiles of samples have been measured, the intensity values were normalized to against the intensity of silicon powder as the as an external standard. The calibration curves for quantification of crystal content were based upon the total relative intensity of four diffraction peaks from of the form g crystal. FT-NIR spectra of six calibration sample sets were recorded 5 times with the NIR spectrometer (BRAN+LUEBBE). Chemoinfometric analysis was performed on the NIR spectral data sets by applying the principal component regression (PCR). [Results] The relation between the actual and predicted polymorphic contents of form g IMC measured using by the X-ray diffraction method shows a good straight linen linear relation., and it has slope of 0.023, an intercept of 0.131 and a correlation coefficient of 0.986. PCR analyses wereis was performed based on normalized NIR spectra sets offer standard samples of known content of IMC g form. IMC. A calibration equation was determined to minimize the root mean square error of the predictionthe prediction. Figure 1 shows a plot of the calibration data obtained by NIR method between the actual and predicted contents of form g IMC. The predicted values were reproducible and had a smaller standard deviation. Figure 2 shows that the plot for the predicted transformation rate (%) of form a IMC to form g as measured by X-ray diffractomeoy against to those as measured by NIR method. The plot has a slope of 1.296, an intercept of 1,109, and a correlation coefficient of 0.992. The line represents a satisfactory correlation between the two predicted values of form g IMC content. Thus NIR spectroscopy is an effective method for the evaluation to the pharmaceutical products of quantitative of polymorph.

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Elimination of Grapevine leafroll associated virus-3, Grapevine rupestris stem pitting associated virus and Grapevine virus A from a Tunisian Cultivar by Somatic Embryogenesis and Characterization of the Somaclones Using Ampelographic Descriptors

  • Bouamama-Gzara, Badra;Selmi, Ilhem;Chebil, Samir;Melki, Imene;Mliki, Ahmed;Ghorbel, Abdelwahed;Carra, Angela;Carimi, Francesco;Mahfoudhi, Naima
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제33권6호
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    • pp.561-571
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    • 2017
  • Prospecting of local grapevine (Vitis vinifera L.) germplasm revealed that Tunisia possesses a rich patrimony which presents diversified organoleptic characteristics. However, viral diseases seriously affect all local grapevine cultivars which risk a complete extinction. Sanitation programs need to be established to preserve and exploit, as a gene pool, the Tunisian vineyards areas. The presence of the Grapevine leafroll associated virus-3 (GLRaV-3), Grapevine stem pitting associated virus (GRSPaV) and Grapevine virus A (GVA), were confirmed in a Tunisian grapevine cultivar using serological and molecular analyses. The association between GRSPaV and GVA viruses induces more rugose wood symptoms and damages. For this reason the cleansing of the infected cultivar is highly advisable. Direct and recurrent somatic embryos of cv. 'Hencha' were successfully induced from filament, when cultured on $Ch{\acute{e}}e$and Pool (1987). based-medium, enriched with $2mg1^{-1}$ of 2,4-dichlorophenoxyacetic acid and $2.5mg1^{-1}$ of Thidiazuron, after 36 weeks of culture. After six months of acclimatization, RT-PCR carried on 50 somaplants confirmed the absence of GVA, GRSPaV as well as GLRaV-3 viruses in all somaplants. Ampelographic analysis, based on eight OIV descriptors, was carried out on two years acclimated somaplants, compared to the mother plant. Results demonstrated that the shape and contours of 46 somaclones leaves are identical to mother plant leaves and four phenotypically off-type plants were observed. The healthy state of 100% 'Hencha' somaclones and the high percentage of phenotypically true-to-type plants demonstrate that somatic embryogenesis is a promising technique to adopt for grapevine viruses elimination.

유기인계 및 카바메이트계 농약의 고감수성 아세틸콜린에스테라이즈의 대량생산 (Mass-Production of Acetylcholinesterase Sensitive to Organophosphosphates and Carbamates Insecticides)

  • 김영미;김소미;조문제
    • Applied Biological Chemistry
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    • 제46권4호
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    • pp.353-360
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    • 2003
  • 본 실험에서는 acetylcholinesterase(AChE, EC 3.1.1.7)를 이용한 간이 잔류농약 검사법에 필요한, 유기인계 및 카바메이트계 살충제에 대한 감수성이 증가된 AChE(MAChE)를 baculovirus를 이용하여 대량으로 생산하는 시스템을 구축하고 생산된 효소의 특성을 관찰하였다. 한라산에서 채취한 초파리에서 AChE의 cDNA를 합성한 후 PCR을 이용하여 AChE의 lipid anchor부분을 제거하고 site directed mutagenesis에 의해 E107Y, F368L, L408E의 염기서열을 변화시켜 재조합된 MAChE cDNA를 합성하였고 baculovirus vector에 삽입하여 대량생산을 시도하였다. 대량 증식에 필요한 조건으로 감염횟수가 네 번일 때, 그리고 세포수가 $2{\times}10^6$ cell/ml일 때 세포의 증식과 효소의 활성이 극대화됨을 알 수 있었다. His tag을 붙여 Ni-NTA affinity column을 이용하여 MAChE를 정제하였으며, 정제된 효소는 실험조건하에서는 pH(3-10)와 온도$(20-50^{\circ}C)$의 변화에 영향을 받지 않았다. 농약 추출액으로 methanol을 사용했을 때가 ethanol을 사용할 때 보다 효과적임을 알 수 있었다. 대표적인 유기인계와 카바메이트계 농약에 대한 저해율을 조사한 결과 재조합된 MAChE는 대만의 집파리 및 변형되지 않은 AChE에 비하여 전반적으로 농약에 대한 감수성이 높은 것으로 나타났다.

식물근권에서 분리한 Pseudomonas fluorescens strain EP103에 의한 고추역병억제 (Endophytic bacterium Pseudomonas fluorescens strain EP103 was effective against Phytophthora capsici causing blight in chili pepper)

  • 김택수;스와나리더타;이세원;박경석
    • 농약과학회지
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    • 제18권4호
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    • pp.422-428
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    • 2014
  • 딸기 근권에서 분리한 내생균 중 고추역병균 방제 및 고추생육촉진 효과가 우수한 균주를 선발하였다. Pseudomonas fluorescen EP103으로 명명된 내생균주는 다른 내생균주와 비교하여 식물의 뿌리 길이와 생체 중이 크게 증가하였다. 고추역병에 대한 온실검정에서 EP103처리는 방제가 78.7%을 나타냈으며 항균력 실험결과 고추역병균을 직접 억제하지는 않았다. EP103이 처리된 고추에서는 PR1, PR10등의 병저항성 유전자가 발현되었으며 EP103의 PCR분석 결과 피올테오린, 파이로니트린, 하이드로젠 싸이아나이드, 오르화미드 등의 유용유전자를 함유하고 있음이 밝혀졌다. 따라서 본 균주는 고추역병의 생물 방제용으로 활용할 가치가 있는 것으로 판단된다.

Investigation of ${\beta}$-Lactamase-producing Multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa Isolated from Non-Tertiary Care Hospitals in Korea

  • Sohn, Eui-Suk;Yoo, Jeong-Sik;Lee, Jeom-Kyu;Lee, Kyeong-Min;Chung, Gyung-Tae;Shin, Eun-Shim;Han, Sun-Young;Lee, Sang-Hee;Kim, Joon;Lee, Yeong-Seon
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제17권10호
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    • pp.1733-1737
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    • 2007
  • A total of 2,280 nonduplicate clinical isolates of Pseudomonas aeruginosa, obtained nationwide from Korean non-tertiary care hospitals from 2002 to 2005, were identified and their susceptibilities to aminoglycosides, antipseudomonal penicillins, carbapenems, cephalosporins, monobactams, and quinolones were studied, together with their production of ${\beta}$-lactamases. Using disk diffusion and minimum inhibitory concentration tests, it was found that 2.9% of isolates were multidrug-resistant (MDR) P. aeruginosa. An EDTA-disk synergy test, PCR amplification with specifically designed primers, and direct sequencing of the PCR products showed that the $bla_{OXA-10}$, $bla_{VIM-2}$, $bla_{OXA-2}$, $bla_{OXA-17}$, $bla_{PER-1}$, $bla_{SHV-12}$, and $bla_{IMP-1}$ genes were carried by 34.3%, 26.9%, 3.0%,3.0%, 1.5%, 1.5%, and 1.5% of 67 MDR P. aeruginosa isolates, respectively. The prevalence of MDR P. aeruginosa was three-fold higher, compared with that from the United States. More than two types of ${\beta}$-lactamase genes were carried by 10.4% of isolates. The most prevalent ${\beta}$-lactamase genes were $bla_{VIM-2}$ and $bla_{OXA-10}$. This study is the first description of MDR P. aeruginosa trom non-tertiary care hospitals in Korea and the coexistence of the $bla_{VIM-2}$, $bla_{IMP-1}$, or $bla_{PER-1} in these clinical isolates.