• Mass Spectrometry Letters
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• 제13권4호
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• pp.177-183
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• 2022

The monomer and dimer structures of the amyloid fragment Aβ(1-16) sequence formed in H₂O were investigated using electrospray ionization mass spectrometry (MS) and tandem MS (MS/MS). Aβ16 monomers and dimers were indicated by signals representing multiple proton adduct forms, [monomer+zH]ⁿ⁺ (=M^z+, z = charge state) and [dimer+zH]^z+ (=D^z+), in the MS spectrum. Fragment ions of monomers and dimers were observed using collision-induced dissociation MS/MS. Peptide bond dissociation was mostly observed in the D1-D7 and V11-K16 regions of the MS/MS spectra for the monomer (or dimer), regardless of the monomer (or dimer) charge state. Both covalent and non-covalent bond dissociation processes were indicated by the MS/MS results for the dimers. During the non-covalent bond dissociation process, the D³⁺ dimer complex was separated into two components: the M¹⁺ and M²⁺ subunits. During the covalent bond dissociation of the D³⁺ dimer complex, the b and y fragment ions attached to the monomer, (M+b_10-15)^z+ and (M+y_9-15)^z+, were thought to originate from the dissociation of the M²⁺ monomer component of the (M¹⁺+M²⁺) complex. Two different D³⁺ complex geometries exist; two distinguished interaction geometries resulting from interactions between the M¹⁺ monomer and two different regions of M²⁺ (the N-terminus and C-terminus) are proposed. Intricate fragmentation patterns were observed in the MS/MS spectrum of the D⁵⁺ complex. The complicated nature of the MS/MS spectrum is attributable to the coexistence of two D⁵⁺ configurations, (M¹⁺+M⁴⁺) and (M²⁺M³⁺), in the Aβ16 solution.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제43권1호
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• pp.69-74
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• 1996

연구배경: 폐색전증의 진단에 있어 확전법인 폐동맥 조영술은 관혈적이고 임상에서의 제약이 있으며, 폐환기-관류주사는 비고확률 소견인 경우 진단적 민감도 및 특이도가 낮은 문제가 있다. 혈장 D-dimer는 섬유소분 해산물로 임상적으로 폐색전증이 의심되는 환자에서 증가되는 것이 알려져 있어 혈장 D-dimer의 측정이 폐색전증에 있어 어떤 진단적 가치가 있는지 알아보고자 하였다. 방법: 전향적 임상연구로 정상대조군 21예와 폐색전증 환자군 9예에서 latex agglutination법에 의해 혈장 D-dimer를 측정하고 폐동맥조영술 결과와 비교하였다. 결과: 1) 대조군 및 폐색전증군의 혈장 D-dimer치; 대조군의 혈장 D-dimer치는 21예중 0.5 mg/L 미만 11예, 0.5 mg/L 보다 높은 경우 10예 였고, 폐색전증군 9예중 0.5 mg/L 미만 1예, 0.5 mg/L 보다 8예로 혈장 D-dimer치가 0.5 mg/L 이상으로 증가된 양성율은 폐색전증군에서 대조군에 비해 유의하게 많았다(p=0.049). 2) 혈장 D-dimer치의 진단적 효용; 혈장 D-dimer치 0.5 mg/L를 cut-off으로 했을 때 폐색전증 진단의 민감도 88.9%(8/9), 특이도 52.4%(11/21), 양성예측치 44.4%(8/18) 및 음성 예측치 91.7%(11/12)였다. 결론: 폐색전증의 진단에 있어 D-dimer의 측정치가 cut-off(0.5 mg/L)치 이내인 경우 폐색전증의 존재 가능성은 매우 적을 것으로 사료되었다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제59권6호
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• pp.651-655
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• 2005

연구배경 : D-dimer는 혈장응고 및 섬유소분해계의 활성화 표지자로 알려져 있고 폐색전증은 비특이적인 임상양상과 진단이 어려워 비관혈적인 진단적 필요성이 대두되어 ELISA법에 의한 D-dimer 검사가 알려져 있으나 검사에 대한 소요시간이 길어 현실적으로 적용하기 어려운 단점이 있다. 검사 소요시간이 짧은 latex응집법에 의한 D-dimer 검사가 폐색전증의 선별검사에 유용한지에 대해 알아보고자 하였다. 대상 및 방법 : 흉부 나선형 전산화 단층촬영, 폐관류 및 폐환기검사, 폐동맥조영술 등을 통해 진단된 폐색전증 환자 90명 (I군) 및 폐색전증을 상기의 방법으로 제외가 가능하였던 환자 95명 (II군)을 대상으로 반정량적 latex응집법에 따른 D-dimer 검사 (Stago D-Di, Diagnostica Stago, France)에 대한 후향적 조사를 시행하였다. 결 과: 환자의 성별 및 연령은 I군은 남:녀 = 37:55 및 57세였고 II군은 남:녀 = 50:45 및 52세 였다. D-dimer $500{\mu}g$ 이상을 양성으로 판정하였을때 민감도는 86.7%, 양성예측치 61.4%, 음성예측치 79.3%, 특이도 48.4%였고 확진이 가능하였던 66명과 음성으로 최종 판독되었던 95명에서 D-dimer $500{\mu}g$ 이상을 양성으로 판정하였을때 민감도는 93.9%, 양성예측치 55.9%, 음성예측치 92.0%, 특이도 48.4% 였다. 결 론: 반정량적 latex응집법에 의한 D-dimer 검사는 알려진 ELISA법에 의한 결과보다 민감도 및 음성예측치가 낮으며 혈전의 부하가 많은 경우에는 비교적 양성률이 높게 나타나나 혈전의 부하가 적은 경우 양성률이 낮게 나타날 수 있어 폐색전증 및 심부정맥 혈전증의 선별검사로 적합하지 않았다.

• 한국진공학회:학술대회논문집
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• 한국진공학회 2011년도 제40회 동계학술대회 초록집
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• pp.301-301
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• 2011

We present theoretical investigations of the self-assembled growth of one-dimensional (1D) molecular lines directed across the dimer rows on the H-terminated Si(001) surface [1]. Based on density-functional theory calculations, a new growth mechanism of the 1D acetylacetone line is proposed [2], which involves the radical chain reaction initiated at two dangling-bond sites on one side of two adjacent Si dimers. It is also enabled that, if an H-free Si dimer were employed as the initial reaction site, a 1D acetylacetone line can grow along the dimer row. Our findings represent the first insight into the growth of 1D molecular lines not only across but also along the dimer rows on the H-terminated Si(001) surface.

• 한국추진공학회:학술대회논문집
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• 한국추진공학회 2010년도 제35회 추계학술대회논문집
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• pp.797-799
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• 2010

산업적으로 유용한 다중고리형 탄화수소화합물 중의 하나인 NBD 이량체 제조시, 이량화반응후 결과물에는 여러 가지 촉매와 용매, 부생성물 등이 포함되어 있다. NBD 이량체 혼합물의 수율을 증가시키기 위해서는 효율적인 분리공정이 가장 먼저 요구된다. 본 연구에서는 친환경적이고, 회수율이 높은 용매를 사용하여 NBD 이량체의 분리수율을 개선하였다.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제21권5호
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• pp.510-514
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• 2000

Molecular hydrogen dimer, ($H_2)_2$ is a weakly bound van der Waals complex. The configuration of two hydrogen molecules and the potential well structure of the dimer have been the subjects of various studies among chemists and astrophysicists. In this study, we used DFT, MCG2, and MCG3 methods to determine the structure and energy of the molecular hydrogen dimer. We compared the results with previously reported ab initio method results. The ab initio results were also recalculated for comparison. All optimized geometries obtained from the MP2 and DFT methods are T-shaped. The H-H bond lengths for the dimer are almost the same as those of monomer. The center-to-center distance depeds on the levels of theory and the size of the basis sets. The bond lengths of the $H_2$ molecule from the MCG2 and MCG3 methods are shown to be in excellent agreement with the experimental value. The geometry of optimized dimer is T-shaped, and the well depths for the dimerization potential are very small, being 23 $cm-^1$ and 27 $cm-^1$ at the MCG2 and MCG3 levels, respectively. In general the MP2 level of theory predicts stronger van der Waals than the DFT, and agrees better with the MCG2 and MCG3 theories.

• BMB Reports
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• 제56권11호
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• pp.606-611
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• 2023

The main protease (Mpro) of SARS-CoV-2 cleaves 11 sites of viral polypeptide chains and generates essential non-structural proteins for viral replication. Mpro is an important drug target against COVID-19. In this study, we developed a real-time fluorometric turn-on assay system to evaluate Mpro proteolytic activity for a substrate peptide between NSP4 and NSP5. It produced reproducible and reliable results suitable for HTS inhibitor assays. Thus far, most inhibitors against Mpro target the active site for substrate binding. Mpro exists as a dimer, which is essential for its activity. We investigated the potential of the Mpro dimer interface to act as a drug target. The dimer interface is formed of domain II and domain III of each protomer, in which N-terminal ten amino acids of the domain I are bound in the middle as a sandwich. The N-terminal part provides approximately 39% of the dimer interface between two protomers. In the real-time fluorometric turn-on assay system, peptides of the N-terminal ten amino acids, N10, can inhibit the Mpro activity. The dimer interface could be a prospective drug target against Mpro. The N-terminal sequence can help develop a potential inhibitor.

• 미생물학회지
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• 제34권1_2호
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• pp.58-63
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• 1998

'Contig 구성문제'는 random sequencing 단편들로부터 DNA 염기 서열의 정보를 밝혀낼 경우 발생하는 문제이다. 본 연구에서는 이러한 contig 구성문제를 해결하기 위한 알고리즘을 구성하였으며, X-window 응용 프로그램인 XFAP을 개발하였다. XFAP에서는 dimer 빈도 비교 방법을 사용하여 중첩 가능성이 없는 단편을 효과적으로 제거하였다. 이 방법은 단편 쌍 중첩에서 최소 수용 중첩 길이 내의 각 단편 사이의 dimer 빈도 차이를 이용하여 단편 쌍을 선별하는 것이다. 또한 단편 쌍 최대치 정렬 과정의 메모리 사용량을 줄이기 위해서, Myers 알고리즘을 적용하여 linear space에서 최대치 정렬을 구하는 방법을 사용하였다. 그리고 본 프로그램은 사용자들에게 편리한 그래픽 환경을 제공하기 위해서 Motif 라이브러리를 사용하여 X-window에서 구현되었다. 본 프로그램의 테스트 데이터를 생성하기 위해서 GenBank 데이터베이스에서 일정 길이의 염기 서열을 추출한 다음, sequencing시 일어날 수 있는 모든 오류들을 고려하여 단편 샘플을 생성하였다. 단편 샘플에 대해서 dimer 빈도 비교 방법의 효과 및 실행 시간을 측정하였다. 특히 dimer 빈도 비교 방법의 효율은 단편의 길이에 비례하여 증가하는 것으로 나타났다.

• KSBB Journal
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• 제19권4호
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• pp.315-320
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• 2004

본 연구에서는 환경호르몬 물질의 하나인 스티렌 다이머를 분해하는 미생물을 자연계로부터 분리하고자 하였다. 분리결과 스티렌 다이머 분해 능력이 있는 strain YH3를 분리하였다. Strain YH3은 단일균주가 아닌 3종류의 서로 다른 미생물상을 이루고 있었다. 동정을 한 결과 strain YH32는 Pseudomonas sp.로, strain YH33은 Klebsiella pneumoniae로 동정되었으나, strain YH31은 동정이 되지 않았다. 이들 세균주는 단일균 혹은 두 종류씩 짝을 지어 배양 하여도 스티렌 다이머를 분해하지 못하였으나 세 균주가 혼합되었을 때는 O. $D_{660nm}$ 값과 색도의 변화를 통해 생장을 확인 할 수 있었다. 세 균이 혼합된 복합균주 YH3을 대상으로 균주의 최적 생장 조건을 검토한 결과, 35$^{\circ}C$, pH 7.0, 기질 농도 1,000ppm (v/v)으로 각각 조사되었다. 또한, 유기용매에 대한 내성은 복합균주 YH3는 logP 값이 3.1 이상에서 생장하였고, 방향족화합물인 ethyl benzene과 제초제의 일종인 2,4-D를 분해하였다. 그러나 benzene, toluene, xylene 및 styrene trimer는 분해가 어려운 것으로 확인되었다. 그리고 TLC 분석 결과, 배양 5일째부터 스티렌 다이머의 중간대사산물이 관찰되었다.

• 반도체디스플레이기술학회지
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• 제8권2호
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• pp.55-58
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• 2009

Density functional theory was used to investigate the adsorption and reaction of $HfCl_4$ with two hydroxyls on Si (001)-$2{\times}1$ surface in atomic layer deposition (ALD) process. We prepared a reasonable Si substrate which consisted of six inter-dimer dissociated $H_2O$ molecules and two intra-dimer dissociated $H_2O$ molecules. The $HfCl_4$must react with two hydroxyls to be a bulk-like structure. When $HfCl_4$ was adsorbed on a hydroxyl, there was energy benefit of -0.55 eV. Though there was energy loss for $HfCl_4$ to react with H of hydroxyl, thermal energy of ALD chamber would be enough to pass the energy barriers. There were five reaction pathways for $HfCl_4$ to react with two hydroxyls; inter-dimer, intra-dimer, cross-dimer, inter-row, and cross-row. Inter-row, inter-dimer and intra-dimer were relatively favorable among the five reaction pathways based on the energy difference. The electron densities between O and Hf in these three reactions were higher than the others and they had shorter Hf-O and O-O bond lengths than the other two reaction pathways.