• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제32권6호
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• pp.730-739
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• 2022

Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) causes severe infections and poses a global healthcare challenge. The utilization of novel molecules which confer synergistical effects to existing MRSA-directed antibiotics is one of the well-accepted strategies in lieu of de novo development of new antibiotics. Thymol is a key component of the essential oil of plants in the Thymus and Origanum genera. Despite the absence of antimicrobial potency, thymol is known to inhibit MRSA biofilm formation. However, the anti-MRSA activity of thymol analogs is not well characterized. Here, we assessed the antimicrobial activity of several thymol derivatives and found that 4-chloro-2-isopropyl-5-methylphenol (chlorothymol) has antimicrobial activity against MRSA and in addition it also prevents biofilm formation. Chlorothymol inhibited staphyloxanthin production, slowed MRSA motility, and altered bacterial cell density and size. This compound also showed a synergistic antimicrobial activity with oxacillin against highly resistant S. aureus clinical isolates and biofilms associated with these isolates. Our results demonstrate that chlorinated thymol derivatives should be considered as a new lead compound in anti-MRSA therapeutics.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제41권1호
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• pp.10-18
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• 2014

식물지방은 인간의 필수지방산과 영양 공급원 이외에 산업원료와 바이오 연료로 사용되고 있다. 식물지방은 색소체에서 지방산이 합성되어 소포체로 이동되어 최종적으로 중성지방으로 합성 축적되는 복잡한 대사과정을 거친다. 최근 연구결과에 의하면 종자지방 합성에 있어서 기존에 알려진 케네디 경로 이외에 세포막의 주요 인지질인 PC가 종자지방 합성에 있어 중요한 역할을 하며 종자지방에 존재하는 지방산의 불포화도를 조절하는데 핵심 역할을 함이 밝혀졌다. 또한 색소체로부터 소포체로의 지방산 이동에 PC가 직접적인 운반체 역할을 할 가능성이 제시되고 있다. PC가 종자지방 합성에 중요한 역할을 한다는 결과는 앞으로 PC가 어떤 기작에 의해 지방산을 종자로 이동시키며 소포체의 어느 특정부위에서 지방을 합성하는지에 대한 연구가 이루어져야 한다.

• Journal of Yeungnam Medical Science
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• 제17권1호
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• pp.39-48
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• 2000

대장암의 발생에는 adenoma-carcinoma sequence 가설과 de novo cancer 가설이 있다. 서양에서는 adenoma-carcinoma sequence에 의해 주로 대장암이 발생한다고 생각하지만 최근 일본을 중심으로 1 cm 이하의 작은 용종에서 암 조직이 많이 발견되면서 어느 가설이 옳은 것인지에 대한 논란이 되고 있다. 이에 우리나라 사람에서의 작은 용종의 특성을 알고자 본 연구를 시행하였다. 연구 대상은 1999년 5월부터 1999년 9월까지 각종 소화기 증상 및 대장암의 감시검사를 원하는 환자를 대상으로 전향적 검사를 시행하였고 용종의 대장 내시경 소견과 조직검사 소견을 분석하여 용종의 발견빈도, 위치, 크기, 모양, 조직소견 등을 관찰하고 시술의 안정성을 조사 하였다. 전체 508명의 환자 중 210명에서 대장 용종이 발견되었고(41.3%), 나이별 분포는 50대와 60대에서 가장 많았으며 나이가 증가 할수록 의미있게 용종의 빈도가 증가하였으며, 남녀의 차이는 없었다. 용종의 육안적 소견상 Yamada type II가 가장 많았으며 1 cm 이하 크기가 395개였고 1 cm 이상인 것이 13개였다. 위치는 상행결장, 직장, S자형 결장 순으로 많았다. 1 cm 이하인 용종의 위치도 상행 결장, 직장, S자형 결장 순으로 많았다. 용종의 제거는 EMR을 가장 많이 이용하였고, cold polypectomy나 생검겸자를 이용한 제거, 고주파 올가미법으로 하였고 여러가지 이유로 제거가 불가능한 것은 생검겸자로 생검만 하였다. 용종제거후 출혈이나 천공 등의 합병증은 전례에서 없었고 합병증을 예방하기 위해 19예에서 clipping을 시행하였다. 전체 408개의 용종 중 5개의 용종에서 암성 조직이 발견되었다. 간 만곡부와 상행결장에 1.5cm, 2.0cm 크기의 유경성 용종이었고 조직 검사상 tubulovillous adenoma에 국소 암성 조직을 포함하고 있었으며 1 cm 이하의 용종은 상행결장, 직장, 간 만곡부에 0.4 cm, 0.5 cm, 0.6 cm 크기의 용종에서 암 조직이 발견 되었는데 모두 주위에 선종 조직이 없는 암성 용종이었다. 결론적으로 우리나라 사람에서 용종은 결코 드문 질환이 아니며 작은 용종에서도 암 조직을 관찰할 수 있기 때문에 대장 내시경 검사시 용종이 발견되면 반드시 모두 제거하여 검사하는 것이 좋으며 용종 절제술 후에 합병증을 예방하는 내시경적 시술을 병행하면 합병중음 충분히 예방할 수 있다고 생각하며 우리나라 사람에서 대장암의 발생이 모두 adenoma-carcmoma scquence에 의해서 발행하는 것인지에 대해서는 앞으로 더 많은 연구가 필요할 것으로 생각된다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제43권1호
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• pp.12-20
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• 2016

DNA 염기서열 분석기술의 진보는 많은 근본적인 생명현상을 이해하는데 기여해왔다. 유례없는 저비용에 염기서열을 대량으로 분석을 할 수 있게 되어 단일 규모의 실험실에서도 관심이 있는 종의 신규유전체를 해독할 수 있다. 게다가 유전집단의 전체 염기서열을 편향되지 않은 채 분석하여 무수한 분자마커를 발굴할 수 있게 됨에 따라 집단유전학 연구도 두드러지게 가속화되어 왔다. 그러나 식물의 유전체가 이형접합성, 반복염기서열, 배수성과 같은 복잡한 특성이 있다는 것을 고려해 볼 때 기술이 매우 빠르게 진화함에 따라 적절한 개체 혹은 집단을 확보하는 것이 식물 연구에서 주요한 문제가 되었다. 이러한 난제는 오래되었지만 매우 효율적인 기술인 반수체 육성을 통하여 극복될 수 있을 것이다. 정상적인 개체가 갖는 염색체의 절반을 보유하는 반수체 식물은 주로 자방이나 화분과 같은 배우체 세포를 배양함으로써 빠르게 구축될 수 있다. 뒤이은 반수체 식물의 염색체 배수화는 완벽한 동형접합성을 보이는 안정된 배가반수체를 만든다. 본 논문에서는 반수체 식물을 육성하고 판별하기 위한 고전적인 방법론을 요약할 것이다. 게다가 동원체의 히스톤을 후성적으로 조절함으로써 반수체를 유도하는 방법을 설명할 것이다. 마지막으로, 유전체 시대에 반수체 식물의 활용 방안을 유전체 해독과 집단 유전학의 측면에서 논의할 것이다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제35권3호
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• pp.235-243
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• 2008

본 연구에서는 배추 원형질체 배양에 있어 다양한 처리의 효과를 구명함으로써 배추 원형질체 배양을 통한 재분화 체계를 확립하고자 하였다. 배추 원형질체 분리 수율은 효소액, 사용된 조직 및 효소액 처리 시간에 따라 달리 나타났는데, 효소액 처리 약 7시간 이후부터는 분리되는 원형질체의 수가 크게 증가하지 않았다. 따라서 효소 자체에 의한 부정적 영향을 고려하였을 때 최장 7시간 동안 효소처리를 하는 것이 적정한 것으로 판단하였다. 떡잎유래 원형질체를 2,4-D 1.0 mg/L, NAA 0.5 mg/L 및 BA 1.0 mg/L 첨가 액체배지에서 배양하였을 때 초기 세포분열과 이어지는 micro-callus 생장이 가장 양호하였다. 다양한 배추 인자형에 대한 검토 결과 본 연구의 배양조건 하에서는 초기 세포분열과micro-callus 생장이 배추 인자형에 따라 뚜렷하게 영향을 받는 것으로 나타났다. 노랑봄 품종의 떡잎에서 분리한 원형질체로부터 생장한 micro-callus 현탁액을 zeatin 0.2 mg/L외 spermidine 0.1 mM이 첨가된 반고체 MS 배지에 plating하였을 때 가장 왕성하게 callus colony가 형성 및 생장하였다. 이들 callus colony는 BA 5.0 mg 및 NAA 1.0 mg/L가 첨가된 배지에서 4.3%의 빈도로 재분화 신초가 유도되었다 얻어진 신초는 PGR 무첨가 MS배지에서 손쉽게 발근하였고 발근된 식군체는 기외에서 정상 식물체로 생장하였다. 본 연구의 결과는 배추 단독 원형질체 배양을 통한 고빈도 식물체 재분화 연구에 중요한 정보를 제공함으로써 유용하게 활용될 것으로 사료된다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권7호
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• pp.2707-2712
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• 2015

Background: The human homologue of the mouse double minute 2 (MDM2) gene is a negative regulator of Tp53. MDM2-309T>G a functional promoter polymorphism was found to be associated with overexpression thereby attenuation of Tp53 stress response and increased cancer susceptibility. We have planned to evaluate the possible role of MDM2-309T>G polymorphism with risk and response to chemotherapy in AML. Materials and Methods: A total of 223 de novo AML cases and 304 age and sex matched healthy controls were genotyped for the MDM2-309T>G polymorphism through the tetra-primer amplification refractory mutation system (ARMS)-PCR method. In order to assess the functional relationship of -309T>G SNP with MDM2 expression level, we quantified MDM2 mRNA in 30 primary AML blood samples through quantitative RT-PCR. Both the (-309T>G) genotypes and the MDM2 expression were correlated with disease free survival (DFS) rates among patients who have achieved complete remission (CR) after first induction chemotherapy. Results: MDM2-309T>G polymorphism was significantly associated with AML development (p<0.0001). The presence of either GG genotype or G allele at MDM2-309 confered 1.79 (95% CI: 1.12-2.86; p<0.001) and 1.46 fold (95%CI: 1.14-1.86; p= 0.003) increased AML risk. Survival analysis revealed that CR+ve cases with GG genotype had significantly increased DFS rates (16months, p=0.05) compared to CR+ve TT (11 months) and TG (9 months) genotype groups. Further, MDM2 expression was also found to be significantly elevated in GG genotype patients (p=0.0039) and among CR+ve cases (p=0.0036). Conclusions: The MDM2-309T>G polymorphism might be involved in AML development and also serve as a good prognostic indicator.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제36권1호
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• pp.7-12
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• 2012

DNA methyltransferase 1 (Dnmt1) gene contains three different isoform transcripts, Dnmt1s, Dnmt1o, and Dnmt1p, are produced by alternative usage of multiple first exons. Dnmt1o is specific to oocytes and preimplantation embryos, whereas Dnmt1s is expressed in somatic cells. Here we determined that porcine Dnmt1o gene had differentially methylated regions (DMRs) in 5'-flanking region, while those were not found in the Dnmt1s promoter region. The methylation patterns of the porcine Dnmt1o/Dnmt1s DMRs were investigated using bisulfite sequencing and pyrosequencing analysis through all preimplantation stages from one cell to blastocyst stage in in vivo or somatic cell nuclear transfer (SCNT). The Dnmt1o DMRs contained 8 CpG sites, which located in -640 bp to -30 bp upstream region from transcription start site of the Dnmt1o gene. The methylation status of 5 CpGs within the Dnmt1o DMRs were distinctively different at each stage from one-cell to blastocyst stage in the $in$ $vivo$ or SCNT, respectively. 55.62% methylation degree of the Dnmt1o DMRs in the $in$ $vivo$ was increased up to 84.38% in the SCNT embryo, moreover, $de$ $novo$ methylation and demethylation occurred during development of porcine embryos from the one-cell stage to the blastocyst stage. However, the DNA methylation states at CpG sites in the Dnmt1s promoter regions were hypomethylated, and dramatically not changed through one-cell to blastocyst stage in the $in$ $vivo$ or SCNT embryos. In the present study, we demonstrated that the DMRs in the promoter region of the porcine Dnmt1o was well conserved, contributing to establishment and maintenance of genome-wide patterns of DNA methylation in early embryonic development.

• 한국발생생물학회:학술대회논문집
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• 한국발생생물학회 2003년도 제3회 국제심포지움 및 학술대회
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• pp.84-84
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• 2003

DNA methylation is involved in epigenetic processes such as X-chromosome inactivation, imprinting and silencing of transposons. DNA methylation is a highly plastic and critical component of mammalian development The DNA methyltransferases (Dnmts) are responsible for the generation of genomic methylation patterns, which lead to transcriptional silencing. The maintenance DNA methyltransferase enzyme, Dnmt 1, and the de novo methyltransferase, Dnmt3a and Dnmt3b, are indispensable for development because mice homozygous for the targeted disruption of any of these genes are not viable. The occurrence of DNA methylation is not random, and it can result in gene silencing The mechanisms underlying these processes are poorly understood. It is well established that DNA methylation and histone deacetylation operate along a common mechanistic pathway to repress transcription through the action of methyl-binding domain proteins (MBDs), which are components of, or recruit, histone deacetylase (HDAC) complexes to methylated DNA. As a basis for future studies on the role of the DNA-methyl-transferase in porcine development, we have isolated and characterized a partial cDNA coding for the porcine Dnmt1. Total RNA of testis, lung and ovary was isolated with TRlzol according to the manufacture's specifications. 5 ug of total RNA was reverse transcribed with Super Script II in the presence of porcine Dnmt 1 specific primers. Standard PCRs were performed in a total volume of 50 ul with cDNA as template. Two DNA fragmenets in different position were produced about 700bp, 1500bp and were cloned into pCR II-TOPO according to the manufacture's specification. Assembly of all sequences resulted in a cDNA from 158bp of 5'to 4861bp of 3'compare with the known human maintenance methyltransferase. Now, we are cloning the unknown Dnmt 1 region by 5'-RACE method and expression of Dnmt 1 in tissues from adult porcine animals.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제33권6호
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• pp.1012-1022
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• 2020

Objective: Caseins and fatty acids of milk are synthesized and secreted by the epithelial cells of the mammary gland. All-trans retinoic acid (ATRA), an active metabolite of vitamin A, has been shown to promote mammary development. This study was conducted to determine the effect of ATRA on casein synthesis and fatty acid composition in MAC-T cells. Methods: MAC-T cells were allowed to differentiate for 4 d, treated with ATRA (0, 1.0, 1.5, and 2.0 μM), and incubated for 3 d. We analyzed the fatty acid composition, the mRNA expression of casein and fatty acid synthesis-related genes, and the phosphorylation of casein synthesis-related proteins of MAC-T cells by gas chromatography, quantitative polymerase chain reaction, and western blotting, respectively. Results: In MAC-T cells, ATRA increased the mRNA levels of α_S1-casein and β-casein, janus kinase 2 (JAK2) and E74-like factor 5 of the signal transducer and activator of transcription 5 β (STAT5-β) pathway, ribosomal protein S6 kinase beta-1 (S6K1) and eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein 1 of the mammalian target of rapamycin (mTOR) pathway, inhibited the mRNA expression of phosphoinositide 3-kinase and eukaryotic initiation factor 4E of the mTOR pathway, and promoted the phosphorylation of STAT5-β and S6K1 proteins. Additionally, ATRA increased the de novo synthesis of fatty acids, reduced the content of long-chain fatty acids, the ratio of monounsaturated fatty acids to saturated fatty acids (SFA), the ratio of polyunsaturated fatty acids (PUFA) to SFA, and the ratio of ω-6 to ω-3 PUFA. The mRNA levels of acetyl-CoA carboxylase 1, fatty acid synthase, lipoprotein lipase, stearoyl-CoA desaturase, peroxisome proliferator-activated receptor gamma, and sterol regulatory element-binding protein 1 (SREBP1) were enhanced by ATRA. Conclusion: ATRA promotes the synthesis of casein by regulating JAK2/STAT5 pathway and downstream mTOR signaling pathway, and it improves the fatty acid composition of MAC-T cells by regulating SREBP1-related genes.

• 생명과학회지
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• 제30권3호
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• pp.291-297
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• 2020

본 연구는 차세대 염기서열 분석법(NGS)을 이용하여 방어의 microsatellite 마커를 개발하고, 개발된 마커를 이용하여 방어 집단의 유전적 특성을 분석하기 위해 수행되었다. 차세대 염기서열 분석 장비인 Illumina Hiseq2500를 이용하여 총 28,873,374개의 read들을 얻어 assembly를 수행한 결과, 전체의 약 1.6%에 해당하는 466,359개의 read들이 assembly 되었으며, 이 read들의 총 길이는 7,247,216,874 bp로 확인되었다. 크기가 518 bp 이상이 되는 contig는 30.729개로 나타났으며, 이 중 microsatellite 영역을 포함하는 contig 132개(0.43%)를 1차로 선별하고, PCR 증폭 여부 및 유전자형 분석을 통해 microsatellite 후보 60개를 2차로 선별하였다. 그 중 방어집단의 마커로서 유용한 15개의 microsatellite 마커를 선택하였다. 방어집단을 대상으로 개발된 15개의 microsatellite 마커로 분석한 결과, 관찰된 유효 대립유전자수(N_A)는 평균 18.5(11~30)로 나타났다. 평균 관측치 이형접합도(H_O)와 평균기대치 이형접합도(H_E)는 각각 0.812(0.431~0.972)와 0.896(0.782~0.949)으로 나타났다. 다형성이 관찰된 모든 microsatellite 마커 간의 연관불평형은 나타나지 않았으며, 해산어의 평균 H_E 값인 0.79 이상의 수치를 나타내었다. 따라서 본 연구에서 개발된 15개의 microsatellite 마커는 방어 집단의 유전적 다양성 분석에 유용할 것으로 사료된다.