• 원예과학기술지
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• 제34권1호
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• pp.142-153
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• 2016

국내외에서 재배되고 있는 감귤속 식물 108 품종 및 유전자원과 SSR 마커를 활용하여 유전적 유사도 분석을 통한 품종식별력 검정 등에 대한 연구를 수행하였다. 감귤 8품종을 203개의 SSR 마커로 검정하여 반복 재현성이 높은 뿐만 아니라 다형성 정도가 높은 18개를 선정하였다. 이들 마커와 국내외에서 재배되고 있는 감귤 108품종을 검정하였을 때 마커당 평균 대립유전자수는 9.28개로 나타났고, 5-14개까지 다양한 분포를 나타내었다. PIC 값은 분자표지에 따라 0.417-0.791 범위에 속하였으며 평균값은 0.606으로 나타났다. 감귤류 108품종에 대하여 계통도를 작성하였을 때 감귤류 식물의 분류학적 특성 및 품종 육성의 계보도에 따라 13개의 그룹으로 크게 나누어졌다. 감귤류 식물 품종중 오렌지나 온주 밀감의 경우 대부분의 품종이 SSR 마커의 유전자형에 의해 구분이 되지 않은 것으로 나타났다. 본 연구에서 개발된 감귤속 식물의 품종별 SSR DNA 프로파일 데이터베이스는 감귤속 식물의 유전자원 특성평가와 육종가의 지식재산권 보호의 수단으로 유용하게 활용될 수 있을 것이다.

• Molecular & Cellular Toxicology
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• 제2권4호
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• pp.273-278
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• 2006

95 squamous cell lung carcinoma samples (normal tissue: 40 samples, tumor: 55 samples) were analyzed with 8 K cDNA microarray. 1-way ANOVA test was employed to select differentially expressed genes in tumor with FDR<0.01. Among the selected 1,655 genes, final 212 genes were chosen according to the expression fold change and used for following analysis. The expression of up-regulated 64 genes was verified with Reverse Transcription PCR and 10 genes were identified as candidates for SCC markers. In our opinion, those candidates can be exploited as diagnostic or therapeutic purposes. Gene Ontology (GO) based analysis was performed using those 212 genes, and following categories were revealed as significant biological processes: Immune response (GO: 0006955), antigen processing (GO: 0030333), inflammatory response (GO: 0006954), Cell adhesion (GO: 0007155), and Epidermis differentiation (GO: 0008544). Gene set enrichment analysis (GSEA) also carried out on overall gene expression profile with 522 functional gene sets. Glycolysis, cell cycle, K-ras and amino acid biosynthesis related gene sets were most distinguished. These results are consistent with the known characteristics of SCC and may be interconnected to rapid cell proliferation. However, the unexpected results from ERK activation in squamous cell carcinoma gripped our attention, and further studies are under progress.

• 한국어병학회지
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• 제34권1호
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• pp.31-38
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• 2021

본 연구는 1996년부터 2010년 사이에 우리나라 양식넙치와 뱀장어에서 분리하여 Edwardsiella tarda로 동정하였던 18 균주에 대하여 생화학적 특성과 RAPD profile을 비교해봄으로써 이전 양식생물의 질병에 관여되었던 Edwardsiella속 세균의 다양성을 알아보고자 하였다. 생화학적 특성으로 볼 때 이들은 citrate 분해, H₂S 그리고 indole 생산 결과에 차이를 보여 4가지 패턴으로 구분되었으나 모두 E. tarda로 동정되었고 숙주에 따른 분리균의 특성으로 구분되지는 않았다. E. tarda 특이 primer인 EDtT로 PCR을 실시한 결과 18 분리균에서는 모두 약 270 bp의 동일한 band가 검출되었으나 비교 균주로 사용된 E. tarda와 E. ictaluri의 type strain에서는 특이 밴드가 검출되지 않았다. 또한 Ready-To-Go-RAPD kit의 primer 5번과 6번으로 실시한 RAPD PCR 결과, 넙치 분리균, 뱀장어 분리균, 그리고 E. tarda와 E. ictaluri type strain에서 band profile이 뚜렷한 차이를 보여 origin에 따른 특징으로 정리될 수 있었으며 병원체 모니터링을 위한 tool의 하나로 개발될 가능성을 보였다.

• 한국어류학회지
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• 제19권4호
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• pp.257-265
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• 2007

본 연구에서는 넙치(Paralichthys olivaceus) 정소에 대한 cDNA library를 제작하여 총 248개의 EST (Expressed sequence tag)를 분석을 하였다. 넙치 정소의 유전자 발현 패턴을 조사하기 위하여 염기서열의 유사성 분석을 한 결과 248개의 EST 중 156개의 EST는 이미 밝혀진 유전자와 유사성이 있는 것으로 나타났으며, 92개의 EST는 새로운 유전자로 밝혀졌다. 유전자의 기능이 밝혀진 250개의 EST 중 6개(3.8%)의 EST는 이미 알려진 넙치 EST와 상동성이 있는 유전자로 확인되었고, 100개(64.1%)의 EST는 다른 생물에서 알려진 유전자와 상동성이 있는 것으로 나타났다. 그러나 50개(32.1%)의 EST는 전혀 기능이 알려지지 않은 새로운 유전자로 밝혀졌다. 이상의 결과에서 넙치 정소에서 발현되는 유전자는 다른 조직에 비해 일부 유전자의 상대적인 발현정도가 많지 않고, 대부분의 유전자가 골고루 발현함으로써 다양한 유전자의 발현패턴이 확인되었다. 따라서 넙치 정소에 대한 cDNA library는 특이하고 새로운 발현 유전자의 탐색에 좋은 재료로 사용될 것으로 추측된다.

• Genomics & Informatics
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• 제10권1호
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• pp.1-8
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• 2012

Recently, the technologies of DNA sequence variation and gene expression profiling have been used widely as approaches in the expertise of genome biology and genetics. The application to genome study has been particularly developed with the introduction of the nextgeneration DNA sequencer (NGS) Roche/454 and Illumina/ Solexa systems, along with bioinformation analysis technologies of whole-genome $de$ $novo$ assembly, expression profiling, DNA variation discovery, and genotyping. Both massive whole-genome shotgun paired-end sequencing and mate paired-end sequencing data are important steps for constructing $de$ $novo$ assembly of novel genome sequencing data. It is necessary to have DNA sequence information from a multiplatform NGS with at least $2{\times}$ and $30{\times}$ depth sequence of genome coverage using Roche/454 and Illumina/Solexa, respectively, for effective an way of de novo assembly. Massive shortlength reading data from the Illumina/Solexa system is enough to discover DNA variation, resulting in reducing the cost of DNA sequencing. Whole-genome expression profile data are useful to approach genome system biology with quantification of expressed RNAs from a wholegenome transcriptome, depending on the tissue samples. The hybrid mRNA sequences from Rohce/454 and Illumina/Solexa are more powerful to find novel genes through $de$ $novo$ assembly in any whole-genome sequenced species. The $20{\times}$ and $50{\times}$ coverage of the estimated transcriptome sequences using Roche/454 and Illumina/Solexa, respectively, is effective to create novel expressed reference sequences. However, only an average $30{\times}$ coverage of a transcriptome with short read sequences of Illumina/Solexa is enough to check expression quantification, compared to the reference expressed sequence tag sequence.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제14권10호
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• pp.5941-5948
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• 2013

Tumor response to antineoplastic drugs is not always predictable. This is also true for bladder carcinoma, a highly recurrent neoplasia. Currently, the combination of cisplatin and gemcitabine is well accepted as a standard protocol for treating bladder carcinoma. However, in some cases, this treatment protocol causes harmful side effects. Therefore, we investigated the roles of the genes TP53, RASSF1A (a tumor suppressor gene) and hMLH1 (a gene involved in the mismatch repair pathway) in cell susceptibility to cisplatin/gemcitabine treatment. Two bladder transitional carcinoma cell (TCC) lines, RT4 (wild-type TP53) and 5637 (mutated TP53), were used in this study. First, we evaluated whether the genotoxic potential of cisplatin/gemcitabine was dependent on TP53 status. Then, we evaluated whether the two antineoplastic drugs modulated RASSF1A and hMLH1 expression in the two cell lines. Increased DNA damage was observed in both cell lines after treatment with cisplatin or gemcitabine and with the two drugs simultaneously, as depicted by the comet assay. A lack of RASSF1A expression and hypermethylation of its promoter were observed before and after treatment in both cell lines. On the other hand, hMLH1 downregulation, unrelated to methylation status, was observed in RT4 cells after treatment with cisplatin or with cisplatin and gemcitabine simultaneously (wild-type TP53); in 5637 cells, hMLH1 was upregulated only after treatment with gemcitabine. In conclusion, the three treatment protocols were genotoxic, independent of TP53 status. However, cisplatin was the most effective, causing the highest level of DNA damage in both wild-type and mutated TP53 cells. Gemcitabine was the least genotoxic agent in both cell lines. Furthermore, no relationship was observed between the amount of DNA damage and the level of hMLH1 and RASSF1A expression. Therefore, other alternative pathways might be involved in cisplatin and gemcitabine genotoxicity in these two bladder cancer cell lines.

• 한국축산식품학회지
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• 제28권3호
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• pp.276-282
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• 2008

우리나라는 전 세계 녹용의 약 80% 이상을 소비하고 있는 양록 대국이나 최근 국내 녹용시장에서의 녹용 둔갑판매 및 불법유통 현상이 문제점으로 대두되고 있다. 따라서 본 연구는 녹용의 종 감별 기술을 개발하고자 현재 국내에서 유통되고 있는 러시아산 원용, 북미산 대록, 국산화용, 중국산 깔깔이 및 알래스카산 순록 등 5종의 대표적인 녹용들을 대상으로 종간 염기서열 변이성이 매우 높은 유전자로 알려져 있는 mt DNA내 cytochrome b 및 D-loop 유전자 영역의 염기서열 분석 및 종간 변이성 비교분석을 수행하였다. 각 녹용시료에서 mt DNA를 분리하고 cytochrome b와 D-loop유전자의 특정 영역을 포함하는 primer를 설계 합성하고 PCR로 증폭한 후 DNA 증폭산물의 염기서열을 분석하여 종간 유전정보의 동일성 여부를 비교한 결과 녹용 종간에 명확한 차이를 보이는 염기서열 부위가 검출되었고 이러한 종간 염기배열 차이에 근거하여 녹용의 종 감별이 가능하였다. 또한, mt DNA cytochrome b유전자에서 종간 특이적 염기서열을 인지하는 두 종류의 제한효소(NlaIV 및 TaqI)을 이용한 PCR-RFLP 기법으로 녹용으로 인정되지 않는 순록의 종 특이적 RFLP 분자표지를 검출하였고 이를 이용하여 녹용과 순록간의 종 판별이 가능하였다. 한편, D-loop 유전자의 특정 영역 염기서열 분석기법을 이용하여 시중에서 러시아산 원용으로 유통되고 있는 녹용 절편 32개를 무작위표본 추출하여 녹용의 종 감별을 조사한 결과 러시아산 원용으로 인정되는 것은 62.5%에 불과하였고 나머지는 중국산 마록(25.0%)과 엘크 및 순록의 아종으로 추정되는 시료도 일부 검출되었다. 따라서 본 연구를 통해 사슴 녹용 mt DNA 유전자의 염기서열 유전정보 변이 차이를 이용한 염기서열 분석법과 특정 제한효소(NlaIV 및 TaqI)를 이용한 PCR-RFLP 기법은 녹용의 과학적인 종 감별과 이를 바탕으로 녹용 원산지의 추정도 가능할 것으로 기대된다.

• 응용통계연구
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• 제23권1호
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• pp.113-121
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• 2010

형사사건에서 STR(short tandem repeat)을 이용한 개인 식별은 범죄현장에서 발견된 유전자 증거와 용의자의 유전자 검사 결과를 이용하여 평가하게 된다. 특히 범죄현장에서 발견된 유전자 증거 표본에 기여자가 두 명 이상인 경우를 Mixture라고 하며, 이는 강간 등과 같은 사건에서 흔히 볼 수 있다. 이러한 상황에서 법의학적 추론을 위해 유전자 증거 표본을 해석하고자 하는 연구들이 계속되어 왔으며, 최근에는 Mixture에서 발생한 대립유전자의 봉우리 면적을 활용하여 유전자 증거를 해석하기 위한 노력들이 계속되고 있다. 따라서 본 연구에서는 봉우리 변적을 이용하여 유전자 증거 표본을 해석하기 위한 연구 방법들에 대해 살펴볼 것이며, 또한 유전자 증거 표본에 기여한 사람의 수가 세 명 이상안 표본으로 확장시킨 연구를 실시해 볼 것이다. 마지막으로 사례틀 통해 유전자 증거를 해석하는 방법을 살펴보고자 한다.

• Journal of Ginseng Research
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• 제37권3호
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• pp.361-370
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• 2013

A lysine histidine transporter (LHT) cDNA was isolated and characterized from the roots of Panax ginseng, designated PgLHT. The cDNA is 1,865 bp with an open reading frame that codes for a protein with 449 amino acids and a calculated molecular mass of 50.6 kDa with a predicted isoelectric point of 8.87. Hydropathy analysis shows that PgLHT is an integral membrane protein with 9 putative membrane-spanning domains. Multiple sequence alignments show that PgLHT shares a high homology with other plant LHTs. The expression profile of the gene was investigated by real-time quantitative polymerase chain reaction during various chemical treatments. PgLHT was up-regulated in the presence of abscisic acid, salicylic acid, methyl jasmonate, NaCl, and amino acids. To further explore the function of PgLHT gene, full-length cDNA of PgLHT was introduced into P. ginseng by Agrobacterium rhizogenes A4. The overexpression of PgLHT in the hairy roots led to an obviously increase of biomass compared to the controls, and after addition of the amino acids, the overexpressed-PgLHT hairy roots grew more rapidly than untreated controls during early stage of the culture cycle. The results suggested that the PgLHT isolated from ginseng might have role in the environmental stresses and growth response.

• 환경생물
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• 제29권3호
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• pp.225-235
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• 2011

하절기 수화발생이 빈번한 대청호에서 2003~2005년(3년)에 걸쳐 분자생태학적 방법의 하나인 DGGE를 이용하여 시간에 따른 미생물 군집구조의 변화를 연구하였다. 조사기간 동안 출현한 식물플랑크톤을 형태학적으로 분류한 결과 Cyanophyceae가 우점하였고, 이중에서 Microcystis, Planktothrix (Oscillatoria), Phormidium 그리고 Anabaena 속이 크게 우점하였다. 분자적 군집분석 방법으로서 16S rDNA의 DGGE profile 분석과 계통학적 분류에 의하여 우점하는 미생물 군집의 구조와 다양성을 확인하였다. Microcystis는 조사기간 동안 지속적으로 우점하였으나, Planktothrix는 2003년과 2004년 9월에, Anabaena는 2005년 9월, 그리고 Aphanizomenon은 2003년 8월에 우점하였다. DGGE와 계통분류학적 분석방법은 형태학적 분석법에 의해 얻지 못하는 새로운 정보를 제공하며, 남조류와 수생 세균사이의 상관관계를 추정할 수 있고, 그들의 유전적 다양성을 보다 자세하게 확인할 수 있다.