Polydnaviruses (PDVs) are a group of double-stranded DNA viruses symbiotic to some endoparasitoid wasps. Cotesia plutellae bracovirus (CpBV) is a PDV symbiotic to an endoparasitoid wasp, C. plutellae, parasitizing young larvae of Plutella xylostella. An early expressed gene, CpBV-ELP1, plays an important role in the parasitism by suppressing host cellular immunity by its cytotoxic activity against hemocytes. This study aimed to test its oral toxicity against insect pest by expressing it in a recombinant tobacco plant. A recombinant CpBV-ELP1 protein was produced using a baculovirus expression system and secreted to cell culture medium. The cell cultured media were used to purify CpBV-ELP1 by a sequential array of purification steps: ammonium sulfate fractionation, size exclusion chromatography, and ion exchange chromatography. Purified rCpBV-ELP1 exhibited a significant cytotoxicity against Spodoptera exigua hemocytes. CpBV-ELP1 was highly toxic to the fifth instar larvae of S. exigua by injection to hemocoel. It also showed a significant oral toxicity to fifth instar larvae of S. exigua by a leaf-dipping assay. CpBV-ELP1 was cloned into pBI121 vector under CaMV 35S promoter with opaline synthase terminator. Resulting recombinant vector (pBI121-ELP1) was used to transform Agrobacterium tumefaciens LBA4404. The recombinant bacteria were then used to induce callus of a tobacco (Nicotiana tabacum Xanthi) leaves and subsequent generation (T1) plants were selected. T1 generation tobacco plants expressing CpBV-ELP1 gave significant insecticidal activities against S. exigua larvae. These results suggest that CpBV-ELP1 gene can be used to control insect pests by constructing transgenic crops.
A natural hybrid of interspecific between the Coreoleuciscus splendidus and C. aeruginos (Cypriniformes: Cyprinidae) was captured in the Hwang-ji Stream, a tributary of the Nakdong River basin in Korea. An interspecific hybrid between C. splendidus and C. aeruginos was genetically identified based on morphological characteristics and the sequence analysis of nuclear recombination activating gene 1 (RAG1) gene (1,334 bp) and mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1 (CO1) gene (1,551 bp). As a result of morphological variations, the natural hybrid appeared to have an intermediate character between two parental species (C. splendidus and C. aeruginos) in three variations of black array (s) on dorsal, caudal and anal fin rays. Phylogenetic analysis inferred from RAG1 and CO1 sequence data revealed that Coreoleuciscus populations from Hwang-ji stream consist of two pure Coreoleuciscus species and a hybrid individual group. The individuals were clearly identified the cross and reciprocal hybrid by CO1 gene analysis. In RAG1 gene, 13 nucleotide variation loci were detected and the hybrid individuals displayed the double peaks of sequence chromatograms at the 9 diagnostic positions. In this study, molecular data and morphological variations were clearly demonstrated that hybridization did occur between C. splendidus and C. aeruginos. However, F2 hybrid generation and reproductive capacity of F1 hybrid individuals were not demonstrated.
Kim, Bichsaem;Kim, Nahui;Kang, Jumsoon;Choi, Youngwhan;Sim, Sung-Chur;Min, Sung Ran;Park, Younghoon
Horticultural Science & Technology
/
v.33
no.4
/
pp.566-574
/
2015
Yellow or transparent fruit peel color is caused by the accumulation or lack of naringenin chalcone (NG, C) in fruit peel and determines the red or pink appearance of tomato fruit, respectively. NGC biosynthesis is regulated by the SlMYB12 gene of the Y locus on chromosome 1, and DNA markers derived from SlMYB12 would be useful for marker-assisted selection (MAS) of tomato fruit color. To develop a gene-based marker, 4.9 kb of the SlMYB12 gene including a potential promoter region was sequenced from the red-fruited (YY) line 'FCR' and pink-fruited (yy) line 'FCP'. Sequence alignment of these SlMYB12 alleles revealed no sequence variations between 'FCR' and 'FCP'. To identify SlMYB12-linked single nucleotide polymorphisms (SNPs), 'FCR' and 'FCP' were genotyped using a SolCAP Tomato SNP array and CAPS markers (CAPS-456, 531, 13762, and 38123) were developed from the four SNPs (solcap_snp_sl_456, 531, 13762, and 38123) most closely flanking the SlMYB12. These CAPS markers were mapped using $F_2$ plants derived from 'FCR' ${\times}$ 'FCP'. The map positions of the fruit peel color locus (Y) were CAPS-13762 (0 cM) - 456 (11.09 cM) - Y (15.71 cM) - 38123 (17.82 cM) - 531 (30.86 cM), and the DNA sequence of SlMYB12 was physically anchored in the middle of CAPS-456 and CAPS-38123, indicating that fruit peel color in domesticated tomato is controlled by SlMYB12. A total of 64 SolCAP tomato germplasms were evaluated for their fruit peel color and SNPs located between solcap_snp_sl_456 and 38123. Seven SNPs that were detected in this interval were highly conserved for pink-fruited accessions and specific to transparent fruit peel traits, as depicted by a phenetic tree of 64 accessions based on the seven SNPs.
Kim, Ji-Sook;Shim, Hyung-Jin;Kim, Hong-Jin;Choi, Kyung-Hee;Kim, Jung-Woong;Kwak, Byung-Kook
Biomedical Science Letters
/
v.13
no.3
/
pp.207-212
/
2007
The purpose of this preliminary study is to improve the efficiency of gene transfer of nonviral plasmid DNA by in vivo electroporation in ischemic hindlimb muscle, tibialis anterior. Hindlimb ischemic model was aseptically made by excision of left femoral artery. Each $50\;{\mu}g$ of pEGFP-C1 and pGL3-control in $100\;{\mu}l$ 0.9% NaCl was injected in tibialis anterior muscle. In vivo electroporation was applied on the same site with 10 mm-distance 2 needle array electrodes and ECM830. In 3 groups of normal rat with different electric field strength 0, 200 and 800 V/cm, the expression of pEGFP-C1 was comparatively evaluated. In 8 groups of normal rats, the expression of pGL3-control was evaluated in 0, 40, 50, 80, 100, 150, 200 and 300 V/cm of electric field strength. In 5 groups of ischemic models, the expression of pGL3-control was analyzed on 0, 4, 7, 10 and 14 days elapsed after making ischemic models. In 9 groups of ischemic rats, the expression of pGL3-control was analyzed in the electric field strength 0, 60, 70, 80, 100, 150, 200, 250 and 300 V/cm. GFP expressions in normal tibialis anterior were high in the extent and degree in order of electric field strength of 200, 800 and 0 V/cm. Luciferase value was highest in $50{\sim}100\;V/cm$ electric field strength. In the case of ischemic models, luciferase expression was significantly increasing in the order elapsed time after making the model. The degree of luciferase expression was higher in cases of application of in vivo electroporation than in that of non-application and was highest in $100{\sim}150\;V/cm$. In conclusion, in vivo electroporation is effective in transfer and expression of plasmid DNA in normal and ischemic tibialis anterior of rat.
Objectives : Scolopendrae Corpus has a broad array of clinical applications in Korean medicine, including treatment of inflammatory conditions such as arthritis. To explore the global gene expression profiles in human Raw cell lines treated with Scolopendrae Corpus herbal-acupuncture solution (SCHAS), cDNA microarray analysis was performed. Methods : The Raw 264.7 cells were treated with lipopolysaccharide (LPS), SCHAS, or both. The primary data was normalized by the total spots of intensity between two groups, and then normalized by the intensity ratio of reference genes such as housekeeping genes in both groups. The expression ratio was converted to log2 ratio. Normalized spot intensities were calculated into gene expression ratios between the control and treatment groups. Greater than 2 fold changes between two groups were considered to be of significance. Results : Of the 8 K genes profiled in this study, with a cut-off level of two-fold change in the expression, 20 genes (BCL2-related protein A1, MARCKS-like 1, etc.) were upregulated and 5 genes (activated RNA polymerase II transcription cofactor 4, calcium binding atopy-related autoantigen 1, etc.) downregulated following LPS treatment. 139 genes (kell blood group precursor (McLeod phenotype), ribosomal protein S7, etc.) were upregulated and 42 genes (anterior gradient 2 homolog (xenopus laevis), phosphodiesterase 8B, etc.) were downregulated following SCHAS treatment. And 10 genes (yeast saccharomyces cerevisiae intergeneic sequence 4-1, mitogen-activated protein kinase 1, etc.) were upregulated and 8 genes (spermatid perinuclear RNA binding protein, nuclear receptor binding protein 2, etc.) were downregulated following co-stimulation of SCHAS and LPS. Discussions : It is thought that microarrays will play an ever-growing role in the advance of our understanding of the pharmacological actions of SCHAS in the treatment of arthritis. But further studies are required to concretely prove the effectiveness of SCHAS.
We compared the transcriptome in response to propanol stress in wild-type and propanol-resistant mutant Escherichia coli using the DNA microarray technique. The correlation value of RNA expression between the propanol-treated wild type and the untreated-one was about 0.949, and 50 genes were differentially expressed by more than twofold in both samples. The correlation value of RNA expression between the propanol-treated mutant and the untreated one was about 0.951, and 71 genes in two samples showed differential expression patterns. However, the values between the wild type and mutant, regardless of propanol addition, were 0.974-0.992 and only 1-2 genes were differentially expressed in the two strains. The representative characteristics among differentially expressed genes in W3110 or P19 treated with propanol compared to untreated samples were up-regulation of hest shock response genes and down-regulation of genes relating to ribosome biosynthesis. In addition, many genes were regulated by transcription regulation factors such as ArcA, CRP, FNR, H-NS, GatR, or PurR and overexpressed by sigma factor RpoH. We confirmed that RpoH mediated an important host defense function in propanol stress in E. coli W3110 and P19 by comparison of cell growth rate among the wild type, rpoH disruptant mutant, and rpoH-complemented strain.
Mushrooms in Naejangsan National Park between May and September of 2021 have been surveyed. In this period, a total of 4 divisions, 9 classes, 25 orders, 72 families, 171 genera, and 381 species, including 3 climate-sensitive biological indicator species were found. The order in which the most diverse array of species was observed is Agaricales, which includes 24 families, 64 genera, and 170 species. Among these, the genus Russula was dominant, with 30 species, followed by the genus Amanita with 27 species. Among the 12 grids we investigated, species diversity was greatest in grid F5, in which 56 species of mushrooms were found. In particular, a large number of ectomycorrhizal mushrooms, including Russula spp. and Lactarius spp. were recognized. We presume that the gentle slopes and the low occurrence of Sasa borealis in this area may create a favorable environment for wild mushrooms. In corroboration, some grids (e.g. F6, F8, and F10) covering steep slopes and harboring large numbers of Sasa borealis contained only 19 species. Based on DNA sequence analysis, the NJ21064 was identified as Chlorophyllum hortense, which is newly recorded in Korea.
We aimed to assess the role of XPG, XPC and MMS19L polymorphisms on response to chemotherapy in osteosarcomas, and the clinical outcomes. One hundred and eighty five osteosarcoma patients who were histologically confirmed were enrolled in our study between January 2007 and December 2009. Genotyping of XPG, XPC and MMS19L was performed in a 384-well plate format on the MassARRAY$^{(R)}$ platform. Individuals with XPG TT genotype and T allele were more likely to be better response to chemotherapy than CC genotype, with the OR (95% CI) of 4.17 (1.64-11.54) and 2.66 (1.39-5.11), respectively. Those carrying MMS19L TT genotype and T allele showed better response to chemotherapy, with ORs (95% CI) of 4.8 (1.56-17.7) and 2.3 (1.22-4.36), respectively. Patients carrying TT genotype of XPG and MMS19L showed a significantly longer overall survival than CC genotype, with a 0.47 and 0.30-fold risk of death when compared with the wild-type of the gene. XPG and MMS19L are correlated with response to chemotherapy and prognosis of osteosarcoma, so that they could be used as predictive markers for prognosis.
There are several existing reports of microarray chip use for assessment of altered gene expression in different diseases. In fact, there have been over 1.5 million assays of this kind performed over the last twenty years, which have influenced clinical and translational research studies. The most commonly used DNA microarray platforms are Affymetrix GeneChip and Quality Control Software along with their GeneChip Probe Arrays. These chips are created using several quality controls to confirm the success of each assay, but their actual impact on gene expression profiles had not been previously analyzed until the appearance of several bioinformatics tools for this purpose. We here performed a data mining analysis, in this case specifically focused on ovarian cancer, as well as healthy ovarian tissue and ovarian cell lines, in order to confirm quality control results and associated variation in gene expression profiles. The microarray data used in our research were downloaded from ArrayExpress and Gene Expression Omnibus (GEO) and analyzed with Expression Console Software using RMA, MAS5 and Plier algorithms. The gene expression profiles were obtained using Partek Genomics Suite v6.6 and data were visualized using principal component analysis, heat map, and Venn diagrams. Microarray quality control analysis showed that roughly 40% of the microarray files were false negative, demonstrating over- and under-estimation of expressed genes. Additionally, we confirmed the results performing second analysis using independent samples. About 70% of the significant expressed genes were correlated in both analyses. These results demonstrate the importance of appropriate microarray processing to obtain a reliable gene expression profile.
Chung, Joon-Yong;Kim, Nari;Joo, Hyun;Youm, Jae-Boum;Park, Won-Sun;Lee, Sang-Kyoung;Warda, Mohamad;Han, Jin
Bioinformatics and Biosystems
/
v.1
no.1
/
pp.28-37
/
2006
Recent studies in molecular biology and proteomics have identified a significant number of novel diagnostic, prognostic, and therapeutic disease markers. However, validation of these markers in clinical specimens with traditional histopathological techniques involves low throughput and is time consuming and labor intensive. Tissue microarrays (TMAs) offer a means of combining tens to hundreds of specimens of tissue onto a single slide for simultaneous analysis. This capability is particularly pertinent in the field of cancer for target verification of data obtained from cDNA micro arrays and protein expression profiling of tissues, as well as in epidemiology-based investigations using histochemical/immunohistochemical staining or in situ hybridization. In combination with automated image analysis, TMA technology can be used in the global cellular network analysis of tissues. In particular, this potential has generated much excitement in cardiovascular disease research. The following review discusses recent advances in the construction and application of TMAs and the opportunity for developing novel, highly sensitive diagnostic tools for the early detection of cardiovascular disease.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.