• 제목/요약/키워드: Coding control

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누에 핵다각체병 바이러스 헤 gp64 유전자의 특성조사 및 transient 발현 벡터 개발 (Characterization of gp64 Gene of Bombyx mori Nucleopolyhedrovirus and Development of a Transient Expression Vector)

  • 김미향;최재영;우수동;이해광;제연호
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제29권1호
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    • pp.18-24
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    • 2001
  • 누에 핵다각체병 바이러스의 gp64 프로모터를 이용한 transient 발현 벡터를 제작하기 위해서 gp64 유전자의 구조를 분석하였다. Southern blotting 분석을 통해 genome DNA에서 gp64 유전자를 탐색하기 gp64 구조유전자를 포함하는 2,277 nucleotide의 염기를 분석하였으며 gp64의 early, late 프로모터 발현을 조절하는 인자들을 확인하였다. gp64프로모터를 이용한 transient 발현 벡터를 제작하고 외래유전자로써 lacZ 유전자를 Bm5 세포주에서 transient 발현시켰다. 세포주 내에 도입된 플라스미드 DNA의 안정성을 확인하였으며, gp64 프로모터의 외래유전자 발현성 여부를 조사하기 위하여 gp64 프로모터 하에 laxZ 유전자를 가지는 재조합 바이러스를 제작하고 $\beta$-galactosidase in 냐셔 staining을 수행한 결과 전체적인 발현량은 매우 약한 것으로 판단되었다. BmNPV-K1의 gp64 프로모터를 이용한 벡터는 더욱 민감한 표지 유전자를 발현시켜 재조합 바이러스의 분리에 이용하거나 숙주세포에 독성을 보이는 유전자 산물의 소량 발현에 더욱 유용할 것으로 판단된다.

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소 Adipocyte Differentiation Related Protein (ADRP) 유전자의 Genomic Organization 및 Promoter Region의 특성 규명 (Genomic Organization and Characterization of the Promoter Region of Bovine ADRP (Adipocyte Different Related Protein) Gene)

  • 장요순;윤두학;김태헌;정일정;조진기
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제45권2호
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    • pp.169-182
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    • 2003
  • ADRP 유전자가 24개월령 한우 등심조직에서 발현량이 급격히 증가하여 30개월령 등심조직에서는 발현량이 다소 감소하는 발현양상 분석결과로부터 이전 연구에서는 ADRP 유전자를 한우 성장단계 특이발현 유전자로 선정하였다. 본 연구에서는 ADRP 유전자의 발현조절 기작을 분석하기 위하여 promoter 영역을 포함하는 ADRP 유전자 전체영역을 cloning하였으며, 구조를 분석하고 promoter의 특성을 조사하였다. 한우 ADRP cDNA 단편을 probe로 합성하여 Southern blot 분석을 실시한 결과로부터 ADRP 유전자가 한우 genome 상에서 single copy로 존재하고 크기는 대략 12 kb에 해당하는 것을 확인하였다. Genomic DNA library screening을 실시하여 promoter 영역을 포함하는 ADRP 전체 유전자에 해당하는 clone을 확보하고 HwADRPg-1으로 명명한 후, 염기서열을 결정하고 분석하였다. 한우 ADRP 유전자, HwADRPg-1은 8개의 exon과 7개의 intron으로 구성되어 있으며 모든 exon-intron 경계는 GT/AG 원칙을 따르고 있었고, coding 영역은 7,633 bp로서 6개의 intron에 의해 7개의 exon으로 나누어져 있었다. HwADRPg-1의 promoter 영역에서는 TATAA box는 발견되지 않았으며, -70 위치에 근육 특이적 transcription activator인 Myo G 서열이 존재하였고, -629 위치에는 지방세포의 분화를 유도하는 것으로 알려진 C/EBP (CCAAT/enhancer binding protein) 서열이 존재하였다. HwADRPg-1의 조절영역에 있는 Myo G factor가 근육조직에서 ADRP 유전자가 발현될 수 있도록 하며, 근육의 발달정도를 신호로써 감지하여 근육조직에서 성장단계에 따른 ADRP 유전자의 발현량을 조절할 것으로 추정되고, 다른 종류의 지방세포 특이적인 전사인자 및 지방세포의 분화정도를 신호로 인식하는 전사단계 조절인자를 조사하기 위하여 promoter 영역의 추가분석이 이루어져야 할 것으로 사료된다.

Cloning, Expression, Purification, and Properties of an Endoglucanase Gene (Glycosyl Hydrolase Family 12) from Aspergillus niger VTCC-F021 in Pichia pastoris

  • Pham, Thi Hoa;Quyen, Dinh Thi;Nghiem, Ngoc Minh;Vu, Thu Doan
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제21권10호
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    • pp.1012-1020
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    • 2011
  • A gene coding for an endoglucanase (EglA), of the glycosyl hydrolase family 12 and derived from Aspergillus niger VTCC-F021, was cloned and sequenced. The cDNA sequence, 717 bp, and its putative endoglucanase, a 238 aa protein with a predicted molecular mass of 26 kDa and a pI of 4.35, exhibited 98.3-98.7% and 98.3-98.6% identities, respectively, with cDNA sequences and their corresponding endoglucanases from Aspergillus niger strains from the GenBank. The cDNA was overexpressed in Pichia pastoris GS115 under the control of an AOX1 promoter with a level of 1.59 U/ml culture supernatant, after 72 h of growth in a YP medium induced with 1% (v/v) of methanol. The molecular mass of the purified EglA, determined by SDS-PAGE, was 33 kDa, with a specific activity of 100.16 and 19.91 U/mg toward 1% (w/v) of ${\beta}$-glucan and CMC, respectively. Optimal enzymatic activity was noted at a temperature of $55^{\circ}C$ and a pH of 5. The recombinant EglA (rEglA) was stable over a temperature range of $30-37^{\circ}C$ and at pH range of 3.5-4.5. Metal ions, detergents, and solvents tested indicated a slightly inhibitory effect on rEglA activity. Kinetic constants ($K_m$, $V_{max}$, $k_{cat}$, and $k_{cat}/K_m$) determined for rEglA with ${\beta}$-glucan as a substrate were 4.04 mg/ml, 102.04 U/mg, 2,040.82 $min^{-1}$, and 505.05, whereas they were 10.17 mg/ml, 28.99 U/mg, 571.71 $min^{-1}$, and 57.01 with CMC as a substrate, respectively. The results thus indicate that the rEglA obtained in this study is highly specific toward ${\beta}$-glucan. The biochemical properties of rEglA make it highly valuable for downstream biotechnological applications, including potential use as a feed enzyme.

산업용 보일러의 질소산화물 제어를 위한 SNCR 적용 연구 (Study of SNCR Application to Industrial Boiler for NOx Control)

  • 신미수;김혜숙;장동순
    • 대한환경공학회지
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    • 제27권3호
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    • pp.286-292
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    • 2005
  • 본 연구는 향후 산업적으로 질소산화물 규제가 중요한 문제로 대두될 만한 산업용 보일러를 대상으로 수행하였다. 일반적으로 SNCR 방법의 산업용 보일러로의 적용은 혼합을 위한 충분한 체류시간을 제공하지 못한다는 점에서 적합하지 않은 것으로 알려져 있다. 본 연구의 목적은 SNCR 장치의 산업용 보일러 적용가능성을 조사하기 위한 것이다. 구체적으로 연료로 중유를 사용하는 시간당 스팀 발생량 40톤 규모의 산업용 보일러를 연구 대상으로 하였다. 사업용 보일러의 수치 해석을 위한 3-D 직교좌표계 프로그램에는 난류 유동, 난류 연소반응, NOx의 생성과 환원제와의 반응을 통한 소멸반응 등을 포함하고 있다. 또한 개발된 코드에는 Lagrangian 방법에 의한 입자궤적 프로그램이 포함되어 있고, 주입구에서 접선방향으로의 선회효과를 계산에 의해 고려하였다. 선회버너 효과를 고려한 결과 단화염이 생성되었으며 NOx 환원반응에 적합한 온도 영역의 증가로 인해 NOx 제거효율도 향상되었다. 실험결과와의 비교를 통하여 프로그램을 검증하였으며, 계산결과 혼합용 공기 주입을 통한 환원제와의 혼합 향상을 통해서 SNCR 방법의 산업용 보일러 적용가능성을 확인하였다.

섬유근통증후군 환자의 질병 적응경험에 관한 근거이론 연구 (A Grounded Theory Approach on Peoples' Adaptation Experience with Fibromyalgia Syndrome)

  • 정추영;김명희
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제17권12호
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    • pp.381-393
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    • 2016
  • 본 연구는 근거이론 연구방법을 통해 섬유근통증후군 환자의 질병경험과 적응과정을 파악하고 이해하여 실체이론을 도출하고자 하였다. 본 연구의 참여자는 1개의 종합병원 류마티스 내과 외래에서 섬유근통증후군를 치료 중인 13명(여성 12명과 남성 1명)이다. 자료 수집은 2014년 1월부터 5월까지 개별 심층면담을 통해 이루어졌다. 이론적 표본추출법은 이론적 포화의 시점을 적용하였다. 필사된 면담의 내용은 Corbin과 Strauss (2008)의 근거이론방법으로 분석하였다. 연구결과 개방코딩을 통해 총 98개 개념과 26개 하위범주, 10개 범주가 도출되었다. 섬유근통증후군 환자의 질병 적응과정은 '불확실성과 한계상황인식'과 '자기통제 가능성 평가와 기대수준 결정', '적응전략 개발과 시도', '자기조절'의 4단계로 나타났다. 섬유근통증후군환자의 질병적응 유형은 확장형과 안정형, 표출형, 위축형의 4가지 유형으로 파악되었다. 또한 핵심범주인 '자기조절법 터득하기'로부터 '보호적 자기조절' 이론이 도출되었다. 본 연구결과 섬유근통증후군 환자들은 질병으로 인해 불확실한 상황에서 안정상태를 찾기 위해 자기조절을 반복적으로 활용하여 적응해가고 있음을 알 수 있었다. 따라서 본 연구결과를 근거로 대상자들의 질병 적응 유형에 따른 적합한 간호중재 및 가족을 포함하는 교육 프로그램의 개발이 필요할 것으로 사료된다.

DMBA로 유도된 햄스터 협낭암종에서 ras 유전자 변이에 관한 연구 (STUDY ON MUTATION OF RAS GENE IN DMBA INDUCED CARCINOMA OF HAMSTER BUCCAL POUCH)

  • 송선철;김경욱;이재훈;김창진
    • Journal of the Korean Association of Oral and Maxillofacial Surgeons
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    • 제26권6호
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    • pp.581-590
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    • 2000
  • Alterations in the cellular genome affecting the expression or function of genes controlling cell growth and differentiation are considered to be the main cause of cancer. Over 30 oncogenes can be activated by insertional mutagenesis, single point mutations, chromosomal translocations and gene amplification. The ras oncogenes have been detected in $15{\sim}20%$ of human tumors that include some of the most common forms of human neoplasia and are known to acquire their transforming properties by single point mutations in two domains of their coding sequences, most commonly in codons 12 and 61. The ras gene family consists of three functional genes, N-ras, K-ras and H-ras which encode highly similar proteins of 188 or 189 amino acid residues generically known as P21. ras proteins have been shown to bind GTP and GTP, and possess intrinsic GTPase activity. Experimental study was performed to observe the mutational change of the ras gene family and apply the results to the clinical activity. 36 Golden Syrian Hamster each weighing $60{\sim}80g$ were used and painted with 0.5% DMBA by 3 times weekly on the right buccal cheek(experimental side) for 6, 8, 10, 12, 14 and 16 weeks. Left buccal cheek (control side) was treated with mineral oil as the same manner of the right side. The hamsters were sacrificed on the 6, 8, 10, 12, 14 & 16 weeks. Normal and tumor tissues from paraffin block were completely dissected by microdissection and DNA from both tissue were isolated by proteinase K/phenol/chloroform extraction. Segments of the K-ras and H-ras gene were amplified by PCR using the oligonucleotide primers corresponding to the homologous region (codon 12 and 61) of the hamster gene, and then confirmational change of ras genes was observed by SSCP and autosequencing analysis. The results were as follows : 1. Malignant lesion could be found in the experimental side from the experimental six weeks. 2. One hamster among six showed point mutation of the H-ras codon 12($G{\rightarrow}A$ transition) at the experimental 10 and 14 weeks. 3. One of six at 6 weeks, two of six at 8 weeks and one of six at 12 weeks revealed the confirmational change of the H-ras codon 61($A{\rightarrow}T$ transversion). 4. The incidence of point mutation of H-ras codon 12 and 61 were 5.5%(2 of 36) and 11%(4 of 36) respectively. 5. Point mutation of the K-ras could not be seen during the whole experimental period. Form the above results, these findings strongly support the concept that H-ras oncogenes may have the influence of the DMBA induced carcinoma of hamster buccal pouch.

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척추질환자의 요통사정을 위한 통증행위 관찰법의 신뢰도 및 타당도 검정 (Reliability and Validity of the Behavioral Observation Method for Assessing Low Back Pain in Patients with Spinal Diseases)

  • 윤호순;이은옥
    • 근관절건강학회지
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    • 제1권1호
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    • pp.97-115
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    • 1994
  • The purpose of this study was to examine the reliability and validity of the observed behaviors of subjects who suffered from low back pain with spinal diseases, Thirty two low back pain patients admitted on the neurosurgical unit in an army hospital were compared with 30 normal controls belonged to an army unit, by means of matching the age, hight and weight. Observed pain behaviors were developed by the researcher on the bases of literature and patient observation. This tool consists of 18 behaviors seperated into two major groups : mutually exclusive and concomittent behaviors. The mutually exclusive behaviors included coding cathegories for 6. body motions assumed by the subjects during the observation session. These 6 standardized motions consisted of sitting from standing first, and serially tying down, reclining, sitting again, and then standing, 6 steps walking. Concomittent behaviors consisted of 12 observable patterns that can be observed systematically from the face, grimacing, bracing, rubbing, walking with arms fixed, support with hands on sitting or standing, guarded movement, limping, unbalaced weightbearing, stopped movement from tying position to sitting, sighing and graoning. Subjects were videotrecorded as they performed a 6-standardized sequence of motions, simultanously researcher measured the time spent performing each motion and step length. Patients were asked torate their subjective pain score on the 10 mm graphic rating scale ranging from 'no pain' to 'sever pain'. For scoring of the pain behaviors, two trained nursing officiers independently and simutanously viewwd each videorecording and checked subject 'pain behaviors at the observational item checklist. The result of the study are summarized as follows : 1. Reability of the observational tool was a=.845. 2. Spearman's rho and percentage agreement were p=.97 and 81.7 persent respectively, that indicate adequate interrater reability of this tool. 3. The sensitivity rate of the tool was .875 while specificity rate .866 for differentiating patient from the normal. 4. When difference in the objective pain indices between patient group and control were compared, there was significant difference of all indices, such as pain behavior(t=7.71, p=.0001). spent time performing motion(t=14.2, p=.0001), step length (t=-10.72, p=.0001). 5. There were differences in the objective indices the subjective pain subgroups (low, medium, high). Differences in the mean score of objective pain behavior (F=6.376. p=.005) and spent time for moyion(F=4.631, p=.018). But there were no significant differences in the step length among the subgroups(F=.667, p=.521). 6. Highly correlated pain behavior items wiyh subjective pain score were 'stopped movement from lying position to sitting', 'limping', 'support with hands on sitting or standing', 'bracing', 'guarding' and 'walking with arms fixed'. In summary, although some of rho behavior items such as sighing and groaning in this study could not be observed because of videotaped datd, the reliability and validity of the over all observation method were satifactory. Thus, the results of the present study demonstrate rye potetional utility of the tool in assessing objective pain complementing self-reported pain in low back pain patients.

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만5세 또래 인기아의 행동특성에 대한 사례 연구 (A Case Study of Five-year-old Popular Child's Behavior Patterns)

  • 손수민;김진아
    • 한국보육학회지
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    • 제18권2호
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    • pp.33-48
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    • 2018
  • 본 연구에서는 만5세 인기아의 행동특성을 살펴보기 위하여 참여관찰을 통해 수집한 자료를 질적으로 분석하였다. 이를 위해 경기도 P시에 소재한 D어린이집의 만5세 반 유아들 중 또래 지명법을 활용하여 선정된 또래인기아를 연구 참여자로 선정하였다. 참여관찰은 2017년 4월부터 11월까지 36회에 걸쳐 또래관계를 가장 자연스럽게 관찰 할 수 있는 자유선택활동 시간을 중심으로 이루어졌으며, 교사와 유아를 대상으로 형식적 비형식적 면담, 부모상담일지, 유아관찰일지, 가정 기초 조사서 등을 참고하여 관찰한 내용에 대한 이해를 도왔다. 자료의 분석은 수집된 자료를 바탕으로 전사, 코딩, 주제 생성의 세 단계를 걸쳐 이루어졌다. 연구결과를 살펴보면 다음과 같다. 첫째, 인기아는 또래와의 상호작용 속에서 배려, 책임감, 높은 집중력, 풍부한 유머감각을 보이는 등 긍정적인 행동이 두드러지게 관찰되었다. 둘째, 인기아는 놀이 참여 시 통제, 따돌림 등 부정적인 행동들도 함께 관찰되었다. 인기아의 행동특성을 분석한 본 연구의 결과를 바탕으로 유아교육기관이나 가정에서 유아가 긍정적인 또래관계를 형성할 수 있도록 지원하는 프로그램 계발 및 교육환경 조성을 위한 구체적인 근거와 올바른 방향을 제시하는데 기초자료로 활용될 수 있을 것이다.

파이프라인 최적화를 통한 고성능 H.264 CAVLC 복호기의 VLSI 설계 (A VLSI Design of High Performance H.264 CAVLC Decoder Using Pipeline Stage Optimization)

  • 이병엽;류광기
    • 대한전자공학회논문지SD
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    • 제46권12호
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    • pp.50-57
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    • 2009
  • 본 논문에서는 H.264/AVC 영상 압축 기술에서 영상데이터의 통계적 중복성을 제거하기 위한 CAVLC의 하드웨어 복호기 구조를 제안한다. 기존의 CAVLC 하드웨어 복호기는 4단계에 걸쳐 5가지 코드를 복호한다. 복호과정에서 각 단계 전환시 불필요한 유휴 사이클이 포함되어 복호기의 성능을 저하시키고 또한 가변길이의 코드 복호과정 중 유효비트길이 계산 과정에서도 불필요한 유휴 사이클을 포함한다. 본 논문에서는 이러한 유휴 사이클을 효과적으로 제거하기 위한 하드웨어 구조를 제안한다. 첫 번째로 복호된 코드를 저장하는 불필요한 버퍼를 제거하여 파이프라인 구조를 효율적으로 개선하고 두 번째로 유효비트길이를 계산하는 과정에서 연산 및 제어를 단순화하는 쉬프터 구조를 제안한다. 제안된 방법을 적용한 결과 하나의 매크로 블록을 처리하는데 평균적으로 89사이클만을 소모한다. 기존 방식에 비하여 29% 가량 성능이 향상됨을 확인하였다. 제안된 구조를 0.18um CMOS 공정을 적용하여 합성하였을 경우 최대 동작 주파수는 140Mhz이며 게이트 크기는 11.5K이다. 기존 방식에 비해 사이클 수는 적게 소모하면서도 적은 회로 사이즈를 구현하여 저전력 동작이 가능하다.

EST Analysis system for panning gene

  • Hur, Cheol-Goo;Lim, So-Hyung;Goh, Sung-Ho;Shin, Min-Su;Cho, Hwan-Gue
    • 한국생물정보학회:학술대회논문집
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    • 한국생물정보시스템생물학회 2000년도 International Symposium on Bioinformatics
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    • pp.21-22
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    • 2000
  • Expressed sequence tags (EFTs) are the partial segments of cDNA produced from 5 or 3 single-pass sequencing of cDNA clones, error-prone and generated in highly redundant sets. Advancement and expansion of Genomics made biologists to generate huge amount of ESTs from variety of organisms-human, microorganisms as well as plants, and the cumulated number of ESTs is over 5.3 million, As the EST data being accumulate more rapidly, it becomes bigger that the needs of the EST analysis tools for extraction of biological meaning from EST data. Among the several needs of EST analyses, the extraction of protein sequence or functional motifs from ESTs are important for the identification of their function in vivo. To accomplish that purpose the precise and accurate identification of the region where the coding sequences (CDSs) is a crucial problem to solve primarily, and it will be helpful to extract and detect of genuine CD5s and protein motifs from EST collections. Although several public tools are available for EST analysis, there is not any one to accomplish the object. Furthermore, they are not targeted to the plant ESTs but human or microorganism. Thus, to correspond the urgent needs of collaborators deals with plant ESTs and to establish the analysis system to be used as general-purpose public software we constructed the pipelined-EST analysis system by integration of public software components. The software we used are as follows - Phred/Cross-match for the quality control and vector screening, NCBI Blast for the similarity searching, ICATools for the EST clustering, Phrap for EST contig assembly, and BLOCKS/Prosite for protein motif searching. The sample data set used for the construction and verification of this system was 1,386 ESTs from human intrathymic T-cells that verified using UniGene and Nr database of NCBI. The approach for the extraction of CDSs from sample data set was carried out by comparison between sample data and protein sequences/motif database, determining matched protein sequences/motifs that agree with our defined parameters, and extracting the regions that shows similarities. In recent future, in addition to these components, it is supposed to be also integrated into our system and served that the software for the peptide mass spectrometry fingerprint analysis, one of the proteomics fields. This pipelined-EST analysis system will extend our knowledge on the plant ESTs and proteins by identification of unknown-genes.

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