• 제목/요약/키워드: Cell Decomposition

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IFSA 알고리즘을 이용한 유전자 상호 관계 분석 (Analysis of Interactions in Multiple Genes using IFSA(Independent Feature Subspace Analysis))

  • 김혜진;최승진;방승양
    • 한국정보과학회논문지:시스템및이론
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    • 제33권3호
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    • pp.157-165
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    • 2006
  • 세포는 환경 변화 및 자극으로부터 자신을 보호하기 위해 유전자가 발현하여 생명을 유지 시스템을 갖고 있다. 유전자의 발현은 비정상적인 상태의 세포를 환경을 조절, 변화시켜 정상으로 바꾸기 위한 기능, 발달단계에 필요한 기능 등 생명현상에 필요한 특수 역할을 수행한다. 따라서 각 유전자의 기능을 아는 것은 생물학적으로 상당히 의미 있는 일이다. 본 논문에서는 유전자 기능을 알아보기 위해 발현 패턴을 통해 같을 때, 유사한 형태 혹은 시차를 갖고 동일한 형태로 발현하는 유전자들은 같은 기능을 한다는 가정을 하였다. 이 가정에 기반하여 각 유전자들을 기능에 따라 분류하였다. (1) IFSA선형 모델을 적용하여 데이타를 잘 나타내 줄 수 있는 특징 패턴을 찾았으며 (2) 이 특징 패턴으로부터 본 논문에서 제안한 Membership Scoring Function을 이용하여 유전자를 필터링(filtering) 하였다. 이 유전자들은 기존의 ICA(Independent Component Analysis) 방법에서 보다 IFSA 방법이 더 효과적으로 각 기능에 따른 유전자 그룹을 찾아내줌을 GO(Gene Ontology)에서 확인할 수 있었다. 이는 시차 혹은 위상 변화에 상관없이 데이타를 잘 나타낼 수 있는 IFSA의 특성이, ICA보다. 생물학적인 변수를 더 고려해 줄 수 있기 때문이라고 생각된다[1]. 이 논문의 또 다른 주요 작업은 유전자의 상호작용 관계로부터 유전자 네트웍을 얻어내는 것이다. 유전자 네트웍은 같은 그룹 내에서 유전자간의 상관 계수를 구하고 가장 높은 상관도를 보이는 유전자쌍을 연결시켜 얻게되었다. 이 네트웍 역시 GO 해석에서 그 유효성을 확인하였다.를 평균 66.02에서 58.98로 줄이면서 계산시간은 평균 71ms에서 44ms 으로 빠르게 됨을 알 수 있었다.적외선 분광법을 이용한 사일리지의 화학적 조성분 함량 측정은 적은 오차 범위 내에서 신속하고 정확한 분석법이 될 수 있음을 확인 할 수 있었다. 비록 원물 생시료(IF)에 대한 직접적인 측정은 다소 예측 정확성이 떨어지지만 현장 적용성과 편리성을 높이기 위해서는 생시료의 측정시 오차를 줄일 수 있는 스펙트럼의 수처리 방법이나 산란보정 방법과 같은 데이터 처리기법에 대한 더 많은 연구가 앞으로 진행되어야 한다고 생각되어진다.상자의 50% 이상이 매일 생선 콩 및 콩제품과 채소류를 먹고 있었고, 인스턴트나 패스트푸드는 정상 체중군이 저체중군이나 과체중보다 매일 섭취하는 빈도가 낮았다(p<0.0177). 7. 가장 낮은 영양 섭취 상태를 보여준 영양소(% RDA< 75%)는 철분과 칼슘으로 조사 대상자의 3/4에 해당하는 조사 대상자가 영양 부족 상태였다. 칼슘 섭취의 경우 정상 체중군이 과체중군과 저체중군보다 섭취율이 낮았으나(p<0.0257) 철분은 군간 유의차는 없었다. 8. 칼슘의 경우 과체중군이 저체중군이나 정상 체중군에 비해 영양소 적정비율(NAR) 값이 높았으며(p<0.0257) 철분, 단백질, 비타민 $B_1$$B_2$, 나이아신의 경우도 통계적으로 유의하지는 않으나 과체중군이 저체중군 또는 정상 체중군의 NAR 값이 높은 경향을 보여주었다. 9가지 영양소의 NAR을 평균한 MAR 값은 군간 유의적이지는 않으나 과체중군(0.76)이 정상체중(0.73) 또는 저체중군(0.73)에 비해 높은 값은 보여주었다. 9.

3차원 벡터필드 탄젠트 곡선 계산을 위한 사면체 분해 방법 (A Tetrahedral Decomposition Method for Computing Tangent Curves of 3D Vector Fields)

  • 정일홍
    • 디지털콘텐츠학회 논문지
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    • 제16권4호
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    • pp.575-581
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    • 2015
  • 본 논문에서는 3차원 벡터필드의 탄젠트 곡선을 계산하는 효율적이고 정확한 방법을 제안한다. 탄젠트 곡선 상의 정확한 값을 구하지 못하고 단지 탄젠트 곡선의 근사치를 구하는 Runge-Kutta 같은 기존의 방법과는 달리 여기서 제안한 방법은 3D 사면체 도메인에서 벡터필드가 선형적으로 변한다는 가정하에 탄젠트 곡선 상의 정확한 값을 계산한다. 새로 제안한 방법은 벡터필드가 3D 사면체 도메인에서 선형적으로 변한다고 가정한다. 우선 이 방법은 3차원 벡터필드에서 육면체 셀을 5 또는 6개의 사면체 셀로 분해하는 것을 요구한다. 임계점은 각 사면체의 간단한 선형 시스템을 풀어서 간단하게 구할 수 있다. 이 방법은 이전 사면체에서 계산된 탄젠트 곡선상의 점들을 기초로 다음 사면체에서 탄젠트 곡선상의 계속적인 점들을 생성함으로써 출구 점을 구한다. 탄젠트 곡선상의 점들은 각 사면체의 명시해에 의해서 계산되었기 때문에 새로운 방법은 3D 벡터필드를 가시화하는데 정확한 위상을 마련한다.

용융 압출 발포에 의한 폴리락틱산 지지체 가공 (Preparation of Poly(L-lactic acid) Scaffolds by Melt Extrusion Foaming)

  • 이종록;강호종
    • 폴리머
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    • 제29권2호
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    • pp.198-203
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    • 2005
  • 용융 압출 발포에 의하여 폴리락틱산(PLLA) 지지체를 제조하고 발포 조건이 지지체의 구조와 기계적 특성에 미치는 영향을 살펴보고 이를 염 추출법에 의하여 제조된 지지체와 비교하였다. 발포제를 함유한 PLLA 용융체가 압출기 및 다이에서 체류하는 시간이 발포제의 무게를 최대로 감소시키는 시간과 일치하여야 최적의 PLLA 지지체의 구조를 얻을 수 있음을 확인하였다. PLLA지지체의 구조를 유지하기 위해서는 발포제의 함량을 $10\;wt\%$ 이하로 조절해야 하며 PLLA 지지체의 다공도는 PLLA의 압출기에서의 체류시간에 가장 큰 영향을 받음을 알 수 있었다. 용융 압출 발포에 의하여 얻어진 지지체는 일반적으로 염 추출법에 의하여 제조된 지지체보다 다소 낮은 다공도를 갖지만 발포 조건의 조절에 의하여 적절한 다공 크기와 다공의 연결성을 가지며 동시에 우수한 기계적 특성을 가져 경조직 재생(hard tissue regeneration)용으로 사용이 가능할 것으로 사료된다.

축산분뇨의 유기질 비료화에 미치는 생석회 주입량의 영향 (Optimum Dosage of Quicklime to Livestock Wastes in Organic Fertilizer Process)

  • 김정배;박정임
    • 한국환경과학회지
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    • 제10권5호
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    • pp.365-371
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    • 2001
  • The optimum dosage of quicklime in producing organic fertilizer using livestock wastes vith a greater than 80% water content was analysed. After one day had elapsed to allow for the organic fentilizer to dry, the quicklime dosage and the composition of the organic fertilizer were analysed. Any from done to the organic fertilizer was also assessed. The amount of the quicklime required to stabilize livestock wastes was determined by water content of livestock wastes. For J farm(slurry style) of which livestock wastes have 94.6% of water concentration, less than 3% of total amount of livestock wastes, for H farm (scraper style) of which livestock wastes have 85% of water concentration, less then 4% of total livestock wastes and Y farm(traditional style) of which livestock wastes have 80% of water concentration, less then 5% of total livestock wastes. Generally, in order to pack the organic fertilizer, water containing quicklime0stabilized livestock wastes should be less than 35%. It takes 9 days to keep this water content for the wastes from H and Y farms(less than 85% in water content), and 12 days for the wastes from J (94.6% in water content). According to the classification standard for compost constitution by Higgins, the crude fertilizers from all 3 farms had high grade $K_2O$ and CaO, the middle grade T-N and middle or low grade $P_2O_5$. Stabilization by quicklime is known to inhibit bacterial decomposition of organic matter and the activity of pathogenic organisms. In this study, more then 99.99% of coliform group, fecal group and viable cell count were reduced. Our results indicate that livestock wastes of greater 80% water content could be used to produce organic fertilizer without the addition of a material for moisture control.

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해충제어프로그램에서 사용되는 PVC장갑의 평가방법 개발 (A Development on Assessment Method of PVC Gloves Used in Pest Control Program)

  • 이수길;이내우
    • 한국안전학회지
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    • 제21권3호
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    • pp.53-58
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    • 2006
  • Following a Mediterranean fruit fly outbreak in South Australia, a bait spray program involving the pesticides like malathion(MAL) was carried out. During the application, dermal exposure was considered for the pest controllers wearing PVC gloves. However there is a lack of information about PVC glove performance like break through times and permeation rates with MAL, therefore, a new analytical method for HPLC-UV was developed. A standard permeation test cell was used in this study. From the results of this study, more than 96% solubility of MAL was provided at 30% isopropyl alcohol in distilled water as a collecting media. However, there was significant decomposition of MAL when the solutions were kept at over $50^{\circ}C$ for 2-3 hours. As a mobile phase, 50% acetonitrile water solution (pH 6.0) gave the greater sensitivity compared with other compositions of acetonitrile solution. The arm section of the gloves had shorter breakthrough times and higher permeation rates compared with the palm. There was no malathion solution breakthrough up to 24 hours using the 1% MAL working strength solution. When the temperature was changed from $22{\pm}1^{\circ}C\;to\;37{\pm}1^{\circ}C$, the breakthrough times were decreased by 14.5% on palm and 37.5% on arm, and permeation rates were increased significantly. The findings of this study indicate that further investigations on used gloves, periods of use and varying working conditions like tasks and seasons should be carried out to assess potential worst case scenarios.

Aging Effect of Poly(vinyl alcohol) Membranes Crosslinked with Poly(acrylic acid-co-maleic acid)

  • Rhim Ji Won;Hwang Ho Sang;Kim Dae Sik;Park Ho Bum;Lee Chang Hyun;Lee Young Moo;Moon Go Young;Nam Sang Yong
    • Macromolecular Research
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    • 제13권2호
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    • pp.135-140
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    • 2005
  • Poly(vinyl alcohol) (PVA) membranes crosslinked with poly(acrylic acid-co-maleic acid) (PAM) were prepared to investigate the effect of aging on their morphology by swelling them for up to 7 days. PAM was used both as a crosslinking agent and as a donor of the hydrophilic-COOH group. A $30 wt\%$ weight loss of the dry membrane was observed in the swelling test after 6 days. The surface of the membrane was dramatically changed after the swelling test. The surface roughness of the PVA/PAM membrane was increased, as determined by atomic force microscopy (AFM). The swelling loosened the polymer structure, due to the release of the unreacted polymer and the decomposition of the ester bond, thereby resulting in an increase in the free volume capable of containing water molecules. The water molecules present in the form of free water were determined by differential scanning calorimetry (DSC). The fraction of free water increased with increasing swelling time. The swelling of the membrane may provide space for the transport of protons and increase the mobility of the protonic charge carriers. The proton conductivity of the membranes measured at T= 30 and $50^{\circ}C$ was in the range of $10^{-3} to 10^{-2} S/cm$, and slightly increased with increasing swelling time and temperature.

분자동역학 전산모사와 미시역학 모델을 이용한 질화붕소 나노튜브/고분자 복합재의 역학적 물성 및 계면특성 예측 (Molecular Dynamics and Micromechanics Study on Mechanical Behavior and Interfacial Properties of BNNT/Polymer Nanocomposites)

  • 최서연;양승화
    • Composites Research
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    • 제30권4호
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    • pp.247-253
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    • 2017
  • 본 연구에서는 분자동역학 전산모사와 이중 입자 모델을 이용하여 질화붕소 나노튜브-폴리메틸메타크릴레이트 나노복합재의 기계적 물성과 계면특성을 규명하였다. 단일 벽 나노튜브가 고분자 기지에 함침된 가로등방성 나노복합재 단위 셀 구조를 모델링한 후, 각 방향으로의 일축인장 및 전단 전산모사를 통해 나노복합재의 강성행렬을 예측하였다. 또한 강성행렬의 방향 평균을 취해 나노튜브가 기지 내에 랜덤 분포하는 경우의 등방성 탄성계수를 도출하였다. 분자동역학 해석 결과를 계면의 완전 결합을 가정한 이중 입자 모델 예측해와 비교한 결과, 질화붕소 나노튜브와 고분자 기지간의 계면이 불완전한 것으로 확인되었다. 나노튜브 주위에 형성되는 흡착계면의 물성을 예측하기 위해 2단계 영역 분할 기법을 도입하였고 계면의 불완전 결합을 선형 스프링으로 묘사하였다. 그 결과 다양한 스프링 컴플라이언스 값에 따른 흡착계면의 물성을 역 해석을 통해 확인할 수 있었다.

Dynamics and Control Methods of Cyanotoxins in Aquatic Ecosystem

  • Park, Ho-Dong;Han, Jisun;Jeon, Bong-seok
    • 생태와환경
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    • 제49권2호
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    • pp.67-79
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    • 2016
  • Cyanotoxins in aquatic ecosystems have been investigated by many researchers worldwide. Cyanotoxins can be classified according to toxicity as neurotoxins (anatoxin-a, anatoxin-a(s), saxitoxins) or hepatotoxins (microcystins, nodularin, cylindrospermopsin). Microcystins are generally present within cyanobacterial cells and are released by damage to the cell membrane. Cyanotoxins have been reported to cause adverse effects and to accumulate in aquatic organisms in lakes, rivers and oceans. Possible pathways of microcystins in Lake Suwa, Japan, have been investigated from five perspectives: production, adsorption, physiochemical decomposition, bioaccumulation and biodegradation. In this study, temporal variability in microcystins in Lake Suwa were investigated over 25 years (1991~2015). In nature, microcystins are removed by biodegradation of microorganisms and/or feeding of predators. However, during water treatment, the use of copper sulfate to remove algal cells causes extraction of a mess of microcystins. Cyanotoxins are removed by physical, chemical and biological methods, and the reduction of nutrients inflow is a basic method to prevent cyanobacterial bloom formation. However, this method is not effective for eutrophic lakes because nutrients are already present. The presence of a cyanotoxins can be a potential threat and therefore must be considered during water treatment. A complete understanding of the mechanism of cyanotoxins degradation in the ecosystem requires more intensive study, including a quantitative enumeration of cyanotoxin degrading microbes. This should be done in conjunction with an investigation of the microbial ecological mechanism of cyanobacteria degradation.

제올라이트와 Klebsiella pneumonia sp.을 이용한 화학-생물학적 액상 암모니아의 제거 효율 연구 (Investigation of Liquid Phase Ammonia Removal Efficiency by Chemo-biological Process of Zeolites and Klebsiella pneumonia sp.)

  • 박민섭;최권영
    • 공업화학
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    • 제28권6호
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    • pp.685-690
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    • 2017
  • 암모니아는 현대 산업에서 빠질 수 없는 유용한 물질이다. 일반적으로 농업용 폐기물의 분해과정을 통해 배출되며 인체에 매우 해로운 독극물로 알려져 있다. 산업에서 흔하게 쓰이는 물질이기에 직접 누출이나 간접 누출로 인한 수질오염의 가능성이 있다. 이 경우 암모늄이온을 빠르게 제거하는 데는 제올라이트의 흡착능을 이용하는 것이 좋지만 흡착만으로는 충분히 제거할 수 없다. 본 논문에서는 상용 제올라이트의 흡착능을 통한 암모늄이온의 제거 효율과 미생물의 생물학적 메커니즘을 통한 제거효율을 비교하였다. 추가적으로 제올라이트에 미생물을 고정하여 화학적 흡착 및 생물학적 전환 기술을 병합하여 그 효율을 비교하였다. 그 결과 100 ppm 기준 상용 제올라이트의 경우 2-4 h 사이에 67-81%의 제거효율을 보이는데 반해 선정 미생물인 Klebsiella pneumoniae subsp. Pneumoniae를 이용한 경우 8 h 내에 최대 97%의 제거 효율을 나타냈었다. 그리고 미생물을 제올라이트에 고정시켰을 때 8 h 이내에 98.5%로 제거 효율 및 속도가 증가하는 것을 확인할 수 있었다.

Tanshinone IIA Protects Endothelial Cells from H2O2-Induced Injuries via PXR Activation

  • Zhu, Haiyan;Chen, Zhiwu;Ma, Zengchun;Tan, Hongling;Xiao, Chengrong;Tang, Xianglin;Zhang, Boli;Wang, Yuguang;Gao, Yue
    • Biomolecules & Therapeutics
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    • 제25권6호
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    • pp.599-608
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    • 2017
  • Tanshinone IIA (Tan IIA) is a pharmacologically active substance extracted from the rhizome of Salvia miltiorrhiza Bunge (also known as the Chinese herb Danshen), and is widely used to treat atherosclerosis. The pregnane X receptor (PXR) is a nuclear receptor that is a key regulator of xenobiotic and endobiotic detoxification. Tan IIA is an efficacious PXR agonist that has a potential protective effect on endothelial injuries induced by xenobiotics and endobiotics via PXR activation. Previously numerous studies have demonstrated the possible effects of Tan IIA on human umbilical vein endothelial cells, but the further mechanism for its exerts the protective effect is not well established. To study the protective effects of Tan IIA against hydrogen peroxide ($H_2O_2$) in human umbilical vein endothelial cells (HUVECs), we pretreated cells with or without different concentrations of Tan IIA for 24 h, then exposed the cells to $400{\mu}M$ $H_2O_2$ for another 3 h. Therefore, our data strongly suggests that Tan IIA may lead to increased regeneration of glutathione (GSH) from the glutathione disulfide (GSSG) produced during the GSH peroxidase-catalyzed decomposition of $H_2O_2$ in HUVECs, and the PXR plays a significant role in this process. Tan IIA may also exert protective effects against $H_2O_2$-induced apoptosis through the mitochondrial apoptosis pathway associated with the participation of PXR. Tan IIA protected HUVECs from inflammatory mediators triggered by $H_2O_2$ via PXR activation. In conclusion, Tan IIA protected HUVECs against $H_2O_2$-induced cell injury through PXR-dependent mechanisms.