• 생명과학회지
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• 제18권6호
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• pp.782-788
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• 2008

경골어류 4종(조피볼락, 용치놀래기, 송곳니베도라치 및 졸복) 장관의 복합당질 성상의 차이를 밝히기 위해 장을 네 부위로 나누워 아홉 종류의 biotinylated lectin들(DBA, SBA, PNA, BSL- I , RCA- I , sWGA, UEA- I 및 Con A)로 반응시켰다. 조피볼락을 제외하면 부위에 따른 차이는 없었다. 용치놀래기 장 상피는 모든 부위에서 D-glucose/mannose 잔기를 함유하고 있었다. 조피볼락, 송곳니베도라치 및 졸복 장 모든 부위에서는 정도의 차이는 있지만 ${\beta}$-N-acetyl-D-gal-actosamine가 함유되어 있었다. 또한 조피볼락의 근위장, 중간장 및 원위장에는 galactose-${\beta}$-1,3-N-acetyl-D-galactosamine 및 ${\alpha}$-D-galactose도 함유되어 있었으나 직장에는 이들 당 잔기들이 함유되어 있지 않았다. 송곳니베도라치에는 ${\beta}$-N- acetyl-D-galactosamine 외에 ${\beta}$-N-acetyl-D-glucosamine 및 D-glucose/mannose도 발견되었으며, 졸복에서는 Galactose-${\beta}$-1,3-N-acetyl-D-galactosamine, D-galactose 및 D-glucose/mannose도 발견되었다.

• 미생물학회지
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• 제43권3호
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• pp.210-216
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• 2007

개량된 manual법과 ISOIL kit를 이용하여 산림토양의 부식층 토양시료로부터 추출한 DNA를 대상으로 16S rDNA PCR 증폭산물을 cloning하고 구축된 clone에 대해 ARDRA cluster분식을 수행한 결과, 개량된 manual법에 의해 구축된 136 clones은 45개 ARDRA cluster로, ISOIL kit를 이용한 경우 충 76 clones은 44개 ARDRA cluster로 분류되었다. 각clone cluster로부터 대표 clone을 선발하여 16S rDNA염기서열을 결정한 결과, ISOIL kit의 경우 44개 대표clone은 ${\alpha}-,\;{\beta}-,\;{\gamma}-,\;{\delta}-Proteobacteria$, Acidobacteria 및 Actinobacteria의 3개 phylum계통군이 확인되었으며, 개량된 manual법에 의한 45개 대표 clone은 ${\alpha}-,\;{\beta}-,\;{\gamma}-,\;{\delta}-Proteobacteria$, Acidobacteria, Bacteroides, Verrucomicrobia, Planctomycetes, 그리고 Gemmatomonadetes의 충 6개 phylum의 다양한 계통군이 검출되었다. 이상의 결과로부터 개량된 manual법에 의래 추출된 DNA를 대상으로 계통학적 군집해석을 수행한 결과가 보다 더 다양한 계통군을 검출할 수 있음이 밝혀졌다. 한편, ISOIL kit를 이용하여 구축된 총clone중 약40%가${\alpha}-proteobacteria$ 계통군에 속하였으며, 약 30%가 ${\gamma}-Proteobacteria$ 계통군에 속하여 우점 계통군으로 확인된 반면, manual법에 의해 구축된 clone의 41%가 Acidobacteria 계통군에 속하였고 ${\alpha}-proteobacteria$(28%)가 우점 계통군으로 분포하는 계통학적 특징을 나타내어 DNA추출법에 따라 토양 세균군집 구조의 계통학적 특성 이 상이하게 나타나고 있음을 알 수 있었다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제33권2호
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• pp.140-147
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• 2017

Fusarium wilts of strawberry, caused by Fusarium oxysporum f. sp. fragariae, is a serious soil-borne disease. Fusarium wilt causes dramatic yield losses in commercial strawberry production and it is a very stubborn disease to control. Reliable chemical control of strawberry Fusarium wilt disease is not yet available. Moreover, other well-known F. oxysporum have different genetic information from F. oxysporum f. sp. fragariae. This analysis investigates the genetic diversity of strawberry Fusairum wilt pathogen. In total, 110 pathogens were isolated from three major strawberry production regions, namely Sukok, Hadong, Sancheong in Gyeongnam province in South Korea. The isolates were confirmed using F. oxysporum f. sp. fragariae species-specific primer sets. Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analyses were executed using the internal transcribed spacer, intergenic spacer, translation elongation factor1-${\alpha}$, and ${\beta}$-tubulin genes of the pathogens and four restriction enzymes: AluI, HhaI, HinP1I and HpyCH4V. Regarding results, there were diverse patterns in the three gene regions except for the ${\beta}$-tubulin gene region. Correlation analysis of strawberry cultivation region, cultivation method, variety, and phenotype of isolated pathogen, confirmed that genetic diversity depended on the classification of the cultivated region.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제44권1호
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• pp.84-88
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• 2016

본 연구에서는 파이로시퀀싱 분석법을 이용하여 주거 환경 중 거실과 화장실의 세균 다양성을 분석하였다. 주거 환경 중 거실과 화장실에 존재하는 세균의 총 유전자량과 다양성 지수는 차이가 없었으나, 존재하는 세균의 종류에서는 차이가 나타났다. Phylum-level에서는 거실에서 나타나지 않은 Acidobacteria, Chlorobi, Chloroflexi, Fusobacteria, Nitrospirae 및 Planctomycetes문이 화장실 공기중에서 분석되어 상대적으로 넓은 영역의 세균 분포가 추정되었으며, class-level에서는 우점하는 Proteobacteria문 중 ${\beta}$-Proteobacteria와 ${\delta}$-Proteobacteria강이 거실에 비해 화장실에서 높은 비율로 분석되었다. 한편 genus-level에서는 거실이 화장실에 비해 상대적으로 다양한 속이 분석되었으나, 모두 Methylobacterium속이 우점하였으며 두 주거 환경에서 각각 특징적으로 분포하는 미생물이 존재하였다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제40권3호
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• pp.268-273
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• 2012

인도네시아 지열지대의 미생물 다양성을 16S rRNA 염기서열 분석을 통해 조사하였다. 전체적으로 어떠한 phylum 계통군에도 포함되지 않는 unclassified bacteria가 20.0-26.5% 존재하였으며 sampling 지역에 상관없이 Proteobacteria가 우점 phylum 계통군으로 나타났다. Cisolok 주변의 지열 지역을 조사한 결과 ${\beta}$-Proteobacteria (27.1%)와 Cyanobacteria (11.0%)가 높은 비율을 차지한 반면 Kamojang의 화산 주변 지역의 경우에는 ${\gamma}$-Proteobacteria (51.5%) 그리고 Aquificales (12.9%)가 우점 계통군으로 나타났다. 또한 Likupang 열수구의 경우에는 ${\gamma}$-Proteobacteria (33.3%)와 Bacteroidetes (27.6%)가 높은 비율로 나타났다. 본 연구를 통해 인도네시아 각 지열지대에 분포하는 미생물 군집은 각 지역의 환경적인 특징 (극한 지열 및 해양 서식지)과 밀접한 연관성이 있음을 알 수 있었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제25권7호
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• pp.1154-1162
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• 2015

The emergence of carbapenem resistance among Pseudomonas aeruginosa is an increasing problem in many parts of the world. In particular, metallo-$\beta$-lactamases (MBLs) and AmpC $\beta$lactamases are responsible for high-level resistance to carbapenem and cephalosporin. We studied the diversity and frequency of $\beta$-lactamases and characterized chromosomal AmpC $\beta$lactamase from carbapenem-resistant P. aeruginosa isolates. Sixty-one carbapenem-resistant P. aeruginosa isolates were collected from patients in a tertiary hospital in Daejeon, Korea, from January 2011 to June 2014. Minimum inhibitory concentrations (MICs) of four antimicrobial agents were determined using the agar-dilution method. Polymerase chain reaction and sequencing were used to identify the various $\beta$-lactamase genes, class 1 integrons, and chromosomally encoded and plasmid-mediated ampC genes. In addition, the epidemiological relationship was investigated by multilocus sequence typing. Among 61 carbapenem-resistant P. aeruginosa isolates, 25 isolates (41.0%) were MBL producers. Additionally, 30 isolates producing PDC (Pseudomonas-derived cephalosporinase)-2 were highly resistant to ceftazidime (MIC₅₀ = $256{\mu}g/ml$) and cefepime (MIC₅₀ = $256{\mu}g/ml$). Of all the PDC variants, 25 isolates harboring MBL genes showed high levels of cephalosporin and carbapenem resistance, whereas 36 isolates that did not harbor MBL genes revealed relatively low-level resistance (ceftazidime, p < 0.001; cefepime, p < 0.001; imipenem, p = 0.003; meropenem, p < 0.001). The coexistence of MBLs and AmpC $\beta$-lactamases suggests that these may be important contributing factors for cephalosporin and carbapenem resistance. Therefore, efficient detection and intervention to control drug resistance are necessary to prevent the emergence of P. aeruginosa possessing this combination of $\beta$-lactamases.

• 환경생물
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• 제20권2호
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• pp.152-157
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• 2002

섬진강 중류의 전남 곡성군 수계의 담수어류상과 서식현황을 2001년 3월부터 10월까지 조사한 결과, 총 5과 22속 30종 1,786개체가 채집되었다. 출현한 어류는 26종이 잉어과 어류에 해당되었고, Rhinogobius brunneus의 1종만이 이차담수어에 해당되었다. 하천 전체에서 Zacco platypus (우점도 24.2%)가 우점종으로 확인되었고, 아우점종은 Pungtungia herzi (10.7%)로 나타났다. 한국 고유종은 Rhodeus uyekii등 11종으로 전체 어류에 대하여 36.7%를 차지하여 비교적 높은 고유도를 나타냈다. 다양도 지수에 의하여 곡성군 섬진강 수계의 하천 수질오염을 판정한 결과, 전체적으로 $\beta$-중부수성 수질상태 (다양도 2.70)를 나타냈으나, St.2와 St.3을 제외한 조사지역에서는 $\beta$-중부수성으로부터 중부수성까지의 하천수질상태를 나타냈다.

• 미생물학회지
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• 제51권3호
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• pp.209-220
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• 2015

목질 섭식 곤충에 관한 장내 세균 군집의 연구를 이용한 lignocellulose의 분해는 생명 공학적 응용에 있어 큰 잠재력을 갖는다. 본 연구에서 목질 섭식 곤충의 장내 세균 군집은 16S rRNA 유전자를 기반으로 한 파이로시퀀싱 방법을 이용하여 분석되었다. 분석된 모든 곤충에서 중장보다 후장에서 OTU수, 종 풍부도, 다양성 지수가 높았다. 세균 문 또는 강 수준의 다양성을 분석한 결과, 흰개미를 제외한 곤충의 장내 군집에는 Firmicutes, Bacteroidetes, ${\gamma}-Proteobacteria$가 우점하였다. PCoA (principal coordinates analysis)를 이용하여 세균의 군집 구조를 분석한 결과, 서식지보다는 곤충의 과별로 클러스터링 되는 경향이었다. CMC 분해 활성이 가장 높은 두 균주는 Bacillus toyonensis $BCT-7112^T$와 Lactococcus lactis subsp. hordniae $NCDO\;2181^T$과 유연관계가 높았다. 장 적출물의 섬유소 분해활성 실험 결과, 하늘소 후장에서 ${\beta}-1,4-glucosidase$, ${\beta}-1,4-endoglucanase$, ${\beta}-1,4-xylanase$의 효소활성이 가장 높았다. 본 연구에서는 목질 섭식 곤충의 장내에 다양하고 풍부한 세균이 서식하며, 섬유소를 분해하는 세균이 존재한다는 사실을 확인하였고, 이로부터 다양하고 유용한 섬유소 분해균을 분리할 수 있을 것으로 판단되었다.

• 한국습지학회지
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• 제24권4호
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• pp.312-319
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• 2022

식물 군집의 종다양성은 정량적으로 측정되며 이때 군집을 조사하는 방법이 결과에 영향을 미칠 수 있다. 본 연구는 낙동강 수변 생태 공원 다섯지역에 서식하는 초본 군집을 대상으로, 세 가지 군집 조사 방법(modified Whittaker 법, modified Daubenmire 법, modified Point-line intercept transect 법)을 적용하였을 때 군집의 구조 및 다양성 양상이 어떻게 다르게 나타나는지 실험적으로 살펴보았다. 연구 결과로 산출한 다양도 profile에 따르면, modified Whittaker 법으로 조사하였을 때 지역에 상관없이 종풍부도가 가장 높게 나타났으나, 지역에 따라 우점하는 종의 다양도가높은 방법이 서로 달랐다. 지역들간 𝛽다양성을 조사한 결과, modified Whittaker 법, modified Daubenmire 법은 다섯지역의 식물군집의 구조가 유사함을 시사한 반면, Point-line intercept 법은 소수의 우점종을 공유함을 시사하였다.

• Ecology and Resilient Infrastructure
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• 제4권2호
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• pp.93-96
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• 2017

Spatial variations of physicochemical and microbiological variables were examined to understand spatial heterogeneity of those variables in intertidal flat. Variograms were constructed for understanding spatial autocorrelations of variables by a geostatistical analysis and spatial correlations between two variables were evaluated by applications of a Cross-Mantel test with a Monte Carlo procedure (with 999 permutations). Water content, organic matter content, pH, nitrate, sulfate, chloride, dissolved organic carbon (DOC), four extracellular enzyme activities (${\beta}-glucosidase$, N-acetyl-glucosaminidase, phosphatase, arylsulfatase), and bacterial diversity in soil were measured along a transect perpendicular to shore line. Most variables showed strong spatial autocorrelation or no spatial structure except for DOC. It was suggested that complex interactions between physicochemical and microbiological properties in sediment might controls DOC. Intertidal flat sediment appeared to be spatially heterogeneous. Bacterial diversity was found to be spatially correlated with enzyme activities. Chloride and sulfate were spatially correlated with microbial properties indicating that salinity in coastal environment would influence spatial distributions of decomposition capacities mediated by microorganisms. Overall, it was suggested that considerations on the spatial distributions of physicochemical and microbiological properties in intertidal flat sediment should be included when sampling scheme is designed for decomposition processes in intertidal flat sediment.