• 식물분류학회지
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• 제41권4호
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• pp.299-314
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• 2011

분자 마커의 선택은 집단유전학의 연구방법을 결정하는 중요한 고려사항으로, 현재까지 동식물의 집단유전학 연구에는 알로자임, RAPD, RFLP, AFLP, microsatellite, SNP, ISSR 등이 개발되어 주로 사용되고 있다. 이 중 microsatellite는 핵뿐만 아니라 엽록체, 미토콘드리아와 같은 세포소기관의 게놈상에 매우 풍부하게 존재하며, 핵에서 유래된 microsatellite는 높은 다형성을 보이는 공우성 마커로 집단 구조 및 유전적 다양성 연구에서 최근 선호된다. Microsatellite는 보통 1~6 bp의 짧은 서열이 반복된 것으로 각각의 유전자좌에 특화된 프라이머를 사용하여 증폭한다. Microsatellite는 PCR 반응으로 쉽게 유전자형을 분석할 수 있는 장점이 있으나, 종 특이적으로 개발되고 계통적으로 매우 가까운 근연종에게만 적용될 수 있는 단점이 있다. 따라서, 야생식물의 경우 microsatellite 개발에 필요한 게놈 정보가 부족하고 신규 개발비용이 많이 소요되어 적용이 쉽지 않았으나, 점차 개발비용이 낮아지고 있어, 야생식물을 대상으로 한 microsatellite 연구들이 증가하고 있는 추세이다. 따라서, 본 논문에서는 야생식물의 microsatellite를 이용한 분석 기초를 마련하고자 microsatellite 마커의 다양한 개발 및 분석 방법, 진화 모델 및 적용 분야에 대해 소개하고, 유전자형 결정시 잘못된 결론을 도출할 가능성이 높은 부분에 대한 사항들을 지적하여 야생식물의 microsatellite를 이용한 집단유전학적 분석에 도움을 주고자 하였다.

• 수면정신생리
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• 제15권1호
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• pp.39-43
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• 2008

목 적 : 하지불안증후군(restless legs syndrome ; RLS)의 병인은 아직 불명확하지만, 도파민 결핍과 유전적 소인이 흔히 제기된다. RLS는 도파민수용체를 차단하는 항정신 병약물을 복용하는 환자들에서 더 흔히 발생하는 것으로 보인다. 본 연구에서는 정신분열병환자에서 항정신병약물에 의해 유발된 RLS와 도파민 수송체(dopamine transporter gene ; DAT1) 유전자가 연관이 있는지 알아보고자 하였다. 방 법: International Restless Legs Syndrome Study Group의 진단기준으로 190명의 한국인 정신분열병 환자들을 대상으로 RLS에 대해서 평가하였다. 유전자형분석은 중합효소연쇄반응기법을 사용하여 DAT1 유전자의 40 염기쌍(basepair) variable number of tandem repeat(VNTR)에 대해서 시행되었다. 결 과 : 우리는 44명의 RLS군과 146명의 비RLS군으로 환자들을 분류하였다. 두 군간의 유전자형과 대립유전자 빈도의 차이를 분석한 결과 유의한 차이를 발견할 수 없었다. 결 론 : 이 연구는 DAT1 유전자의 40 bp VNTR 다형성이 항정신병약물로 유발된 RLS와 연관이 없다는 것을 시사한다. 이 결과를 확증하기 위해서는 향후 보다 대규모의 연합연구가 필요할 것이다.

• 한국콘크리트학회:학술대회논문집
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• 한국콘크리트학회 2008년도 춘계 학술발표회 제20권1호
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• pp.769-772
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• 2008

건설폐기물의 처리문제는 국가 사회적 문제로 제기되고 있으며 순환골재의 생산과정에서 발생하는 재생미분말은 전량 폐기 매립되고 있다. 재생미분말의 독성 시험결과 염기치환형 돌연변이원성을 포함하고 있다. 이와 같이 독성을 갖는 재생미분말이 매립 처분됨으로서 토양 및 지하수 오염등 2차 오염을 초래할 수 있다. 그러나 재생미분말을 재활용에 대한 연구가 매우 미흡한 실정이다. 본 연구에서는 재생미분말을 재활용하기 위한 방법으로 콘크리트의 혼화제를 활용하고자 시멘트 대신 재생미분말을 혼입하여 역학적 특성과 작업성을 비교 분석하였다. 실험은 CP, WCP, PCP로 배합비를 달리하여 공시체를 제작하여 실험을 실시하였다. CP은 재생미분말 혼입율에 따른 콘크리트 물리적 성질과 역학적 특성을 파악하고자 하였으며, WCP의 W자와 PCP의 P자는 각각 물과 혼화제의 이니셜로 슬럼프, 공기량을 표준배합에 맞게 제작하여 워커빌리티에 중점을 두고 재생미분말 혼입률에 따른 콘크리트의 역학적 특성을 보고자 하였다. CP는 치환율의 증가에 따라 강도 변화는 거의 일어나지 않았지만 슬럼프의 저하로 인해 워커빌리티가 좋지 않았다. WCP, PCP는 표준배합에 맞게 제작을 하여 실험한 결과 Plain에 비해 WCP는 강도저하가 일어났으며, PCP는 치환율이 10%일 때만 Plain과 거의 같은 값을 가지고 그 이상일 때는 강도저하가 일어났다.

• 자연과학논문집
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• 제14권1호
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• pp.25-37
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• 2004

T7 RNA 중합효소는 두 종류의 인자 독립형 전사 종결신호를 인지하여 전사연장을 종결하게 되는데 이 중 머리핀 구조가 만들어지지 않는 PHT와 CJ 전사종결 부위는 ‘ATCTGTT' non-template 염기서열 다음에 T염기가 많은 부분이 존재하는 형태로 이루어져 잇다. 이와 같은 전사종결을 민감하게 인지하는 돌연변이 T7 RNA 중합효소인 X4, X19, BG8과 이와 반대로 둔감하게 인지하는 R173C를 제조하여 전사활성도를 측정하였다. 이결과 야생형 T7 RNA 중합효소에 비해 X4는 8%, X19는 33%, BG8은 34%의 전사활성도를 보여 전사활성도가 상당히 감소하는 결과를 보였다. 반면에 R173C는 야생형에 비해 112%의 전사활성도를 보여 야생형과 거의 유사한 전사활성도를 보였다. 또한 PTH 및 CJ 전사종결 부위를 전사주형으로 이용하여 전사하였을 때 X4, X19, BG8은 야생형 RNA중합효소에 비해 종결 부위에서의 종결이 증가하였으나 R173C는 거의 PTH 및 CJ 전사종결부위에서 전사종결이 일어나지 않고 전사가 진행되는 것을 확인하였다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제42권5호
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• pp.695-702
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• 1995

연구 배경: 결핵성 흉막삼출은 아직까지도 우리나라에서 가장 흔한 흉막삼출 원인으로 생각되고 있으나 기존의 검사로는 60% 정도의 확진만이 가능하다. 이에 보다 예민한 진단법의 개발이 요구되던 중 PCR의 발전으로 결핵성흉염의 진단에 도움을 줄 것으로 기대되었다. 여에 저자들은 PCR을 이용한 결핵성 흉막염 진단의 유용성을 알아보고자 하였다. 방법: 환자군으로 결핵성 흉막염으로 확진된 경우와 임상적으로 결핵성 흉막엽으로 의심이된 각각 7명의 선정하였고 대조군으로 결핵의 과거력이 없었던 7명의 악성종양 환자의 흉수를 각각 사용하여 PCR을 시행하였으며, PCR의 target은 IS6110 gene의 일부인 123bp DNA로 하였고 DNA추출은 Eisennach 방법(1991)을 변형하여 사용하였다. 결과: 1) PCR의 감수성검사에서 자외선 발광경하에서 50fg DNA에서 양성 임을 확인하였다. 2) 조직병리학적 및 미생물학적 방법으로 확진된 결핵성 흉막염 환자중 85.7%(6/7)에서 PCR양성을 나타내었고, 임상적으로 결핵성 흉막염이 의심된 환자중 71.5%(5/7)에서 PCR 양성을 나타내었다. 3) 대조군 7예는 모두 PCR 음성이었다. 결론: 이상의 결과로서 결핵성 흉막액의 진단에 있어서 IS6110을 이용한 PCR법은 고식적인 진단방법에 비하여 결핵균의 신속하고 정확한 진단을 가능하게 해주는 유용한 방법임을 알 수 있었으나 비용을 절감할 수 있고 오염을 줄일 수 있는 방법에 대한 연구가 더 필요하리라 생각된다.

• 한국작물학회지
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• 제55권2호
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• pp.151-158
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• 2010

지금까지 양구슬냉이의 유전정보는 거의 연구되지 않았으므로 우리는 양구슬냉이의 잎으로부터 cDNA library를 제작하고 발현유전자의 종류와 기능별 분류를 조사하였다. 그 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. cDNA library에서 1334개 의 클론들을 얻었고 삽입된 단편들의 염기서열의 평균길이는 736bp였다. 우리는 1269개의 high-quality expressed sequence tags (ESTs) 서열을 얻었다. 이러한 EST의 클러스터 분석결과 고유 염기서열(unigene)을 가진 유전자의 수는 851개를 나타냈다. 2. Unigene 476개는 GeneBank에 기능이 알려진 유전자들과 고도의 상동성을 나타내었다. 다른 375개의 unigene들은 기능이 알려지지 않은 것들이었다. 나머지 63개는 NCBI데이터베이스에 어떤 유전자와도 상동성을 보이지 않았고 이러한 유전자들은 아마도 양구슬냉이의 잎에서 발현되는 새로운 유전자일 것으로 보인다. 3. 데이터베이스에서 상동성을 나타낸 EST들을 기능별 주석에 따라서 17개의 카테고리로 분류하였다. 대표적으로 가장 분포도가 높은 카테고리는 결합 기능 또는 보조인자 요구의 단백질(27%), 대사(11%), 세포 소기관 위치(11%), 세포수송과 수송기관 그리고 수송 경로(7%), 에너지(6%), 대사와 단백질 기능의 조절(6%) 등이 있다. 이러한 우리의 연구 결과는 양구슬냉이의 유용한 유전적 자원과 전반적인 mRNA 발현 정보를 제공해 줌으로써 대체 에너지 작물로 떠오르는 양구슬냉이의 다양한 분자적 연구에 기여할 것으로 사료된다.

• ALGAE
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• 제29권2호
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• pp.75-99
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• 2014

A small dinoflagellate, Ansanella granifera gen. et sp. nov., was isolated from estuarine and marine waters, and examined by light microscopy, scanning electron microscopy, and transmission electron microscopy. In addition, the identity of the sequences (3,663-bp product) of the small subunit (SSU), internal transcribed spacer (ITS) region (ITS1, 5.8S, ITS2), and D1-D3 large subunit (LSU) rDNA were determined. This newly isolated, thin-walled dinoflagellate has a type E eyespot and a single elongated apical vesicle, and it is closely related to species belonging to the family Suessiaceae. A. granifera has 10-14 horizontal rows of amphiesmal vesicles, comparable to Biecheleria spp. and Biecheleriopsis adriatica, but greater in number than in other species of the family Suessiaceae. Unlike Biecheleria spp. and B. adriatica, A. granifera has grana-like thylakoids. Further, A. granifera lacks a nuclear fibrous connective, which is present in B. adriatica. B. adriatica and A. granifera also show a morphological difference in the shape of the margin of the cingulum. In A. granifera, the cingular margin formed a zigzag line, and in B. adriatica a straight line, especially on the dorsal side of the cell. The episome is conical with a round apex, whereas the hyposome is trapezoidal. Cells growing photosynthetically are $10.0-15.0{\mu}m$ long and $8.5-12.4{\mu}m$ wide. The cingulum is descending, the two ends displaced about its own width. Cells of A. granifera contain 5-8 peripheral chloroplasts, stalked pyrenoids, and a pusule system, but lack nuclear envelope chambers, a nuclear fibrous connective, lamellar body, rhizocysts, and a peduncle. The main accessory pigment is peridinin. The SSU, ITS regions, and D1-D3 LSU rDNA sequences differ by 1.2-7.4%, >8.8%, and >2.5%, respectively, from those of the other known genera in the order Suessiales. Moreover, the SSU rDNA sequence differed by 1-2% from that of the three most closely related species, Polarella glacialis, Pelagodinium bei, and Protodinium simplex. In addition, the ITS1-5.8S-ITS2 rDNA sequence differed by 16-19% from that of the three most closely related species, Gymnodinium corii, Pr. simplex, and Pel. bei, and the LSU rDNA sequence differed by 3-4% from that of the three most closely related species, Protodinium sp. CCMP419, B. adriatica, and Gymnodinium sp. CCMP425. A. granifera had a 51-base pair fragment in domain D2 of the large subunit of ribosomal DNA, which is absent in the genus Biecheleria. In the phylogenetic tree based on the SSU and LSU sequences, A. granifera is located in the large clade of the family Suessiaceae, but it forms an independent clade.

• Restorative Dentistry and Endodontics
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• 제23권1호
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• pp.328-338
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• 1998

Porphyromonas endodontalis, an anaerobic Gram negative cocobacillus which was known to be associated with the infected root canals and periapical lesions, is very difficult to culture and to detect by the traditional method in that it requires much time to induce the specific black pigmentation, and it is very sensitive to oxygen and the antibiotics added in the culture medium. In this study, the nucleotide sequences of the 'probe h' (0.73kb), one of the specific DNA probes top. endodontalis (ATCC 35406) which had been developed by our department, was determined and then a pair of primers for PCR amplification was fabricated to identify P. endodontalis. The plasmids containing 'probe h' were purified by $Wizard^{TM}$ Midipreps DNA Purification System (Promega Corp.), and the nucleotide sequences of the 'probe h' were determined by the dideoxy chain termination method using TaqTrack Sequencing System (Promega Corp.) and detected by fluorescent labelling method. The sense/antisense PCR primers were designed with computer software (Lasergene, DNASTAR Ind. PCR was done with a programmable GeneAmp PCR System 2400 (Perkin Elmer-Cetus Co.). Each sample containing the whole genomic DNA of P. endodontalis and other black-pigmented Bacteroides was itailly denatured at $94^{\circ}C$ for 5 min and then subjected to 30 cycles, each of them consisting of 60s at $94^{\circ}C$, 60s at $60^{\circ}C$, and 90s. at $72^{\circ}C$. The amplified DNA was resolved electrophoretically in a 1.0 % agarose gel in 1X TAE buffer, stained with EtBr, and photographed on a UV transilluminator. The results were as follows : 1. The nucleotide sequences of 'probe h' (743 base pairs) were obtained by dideoxy chain termination method, and from that results the specific primers to P. endodontalis (ATCC 35406), 'Primer H1/ Primer H2', were designed. 2. It has been found that 'Primer H1/H2' could detect P. endodontalis (ATCC 35406) using PCR. 3. The PCR system with this primers may be a powerful technique to amplify the specific sequences of 'probe h' of P. endodontalis (ATCC 35406) that produce distinct identification of it from other black-pigmented Bacteroides, and this could help us to determine the nature of periapical disease.

• 한국육종학회지
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• 제42권5호
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• pp.502-506
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• 2010

콩 알레르기에 민감한 사람들은 15가지가 넘는 콩 알레르기 단백질을 인지한다. 이러한 알레르기 단백질 때문에 콩의 광범위한 사용이 제한적이다. 시스테인 프로테아제에 속하는 P34 단백질은 콩의 주된 알러젠이다. 미국 국무부에서 16,226개의 유전자원에서 P34 단백질이 결핍된 PI567476 유전자원을 찾아냈다. P34 유전자 염기서열과 P34 유전자가 결실된 염기서열을 NCBI 데이터베이스에서 확인한 결과 P34 유전자가 결실된 염기서열에서 4 bp 가 삽입되었다는 것을 확인하였고, 그 부위에서 SSLP 마커를 개발하였다. 본 연구에서는 태광콩과 PI567476을 이용한 교배조합 $F_2$ 339개체를 개발한 분자표지마커로 확인하였다. 실험결과 태광콩 유형과 heterozygous 유형 및 PI567476 유형의 분리비는 85: 187: 67로 $X^2{_{0.05}}=5.99$, df=2에서 1:2:1의 분리비로 하나의 유전자가 관여한다는 것으로 나타났다. 앞으로 P34 단백질 관련 분자마커가 단백질 수준에서 정확히 일치하는지 확인 할 것이다.

• 한국조류학회지
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• 제25권2호
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• pp.94-100
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• 2018

몽골의 초원이나 사막과 같은 개방지역에 설치된 송전선로에서 발생하는 조류 감전사고는 매우 흔하게 보고되고 있다. 본 연구는 조류피해조사를 위해 2017년 몽골 남부지역의 준사막 지역에 설치된 15-kV의 송전선로에 4월, 7월, 9월 등 총 3회에 걸쳐 조사를 실시하였다. 전체 250개의 전신주 구간에서 총 12종 45개체의 감전사한 조류를 확인하였다(10㎞마다 1.12% 사망률). 주요 감전 피해 조류는 멸종위기종인 Falco cherrug (n=11)와 Milvus migrans (n=11)로 나타났다. 본 연구지역과 같이 개방된 환경에서의 조류를 위한 잠자리 또는 휴식처의 부족은 보다 많은 조류의 감전사고를 발생시킬 수 있으며, 특히 몽골의 다른 개방지역에서도 발생할 수 있다. 사고현장에서 종동정이 어려운 개체의 경우, 시료의 유전자 증폭 등을 통해 DNA 분석을 실시하여 동정하였다. 본 연구결과 몽골의 개방지역에서 조류의 감전사고는 조류에게 발생하는 위험요소 중 높은 비율을 차지하고 있는 것으로 확인되었으며, 특히 맹금류에게 빈번하며, 간헐적으로 이동철새에게도 일어나고 있는 것으로 확인되었다. 개방된 지역일 경우 조류의 감전사고가 더 잘 발생할 수 있으며, 감전사고와 같은 조류의 위험요소를 보다 잘 이해하는 것은 멸종위기종과 같은 종보전에 기여할 수 있을 것으로 판단된다.