• Genomics & Informatics
• /
• 제21권2호
• /
• pp.22.1-22.15
• /
• 2023

Kidney renal clear cell carcinoma (KIRC) is one of the most aggressive cancer type of the urinary system. Metastatic KIRC patients have poor prognosis and limited therapeutic options. Ankyrin 3 (ANK3) is a scaffold protein that plays important roles in maintaining physiological function of the kidney and its alteration is implicated in many cancers. In this study, we investigated differential expression of ANK3 in KIRC using GEPIA2, UALCAN, and HPA databases. Survival analysis was performed by GEPIA2, Kaplan-Meier plotter, and OS-kirc databases. Genetic alterations of ANK3 in KIRC were assessed using cBioPortal database. Interaction network and functional enrichment analyses of ANK3-correlated genes in KIRC were performed using GeneMANIA and Shiny GO, respectively. Finally, the TIMER2.0 database was used to assess correlation between ANK3 expression and immune infiltration in KIRC. We found that ANK3 expression was significantly decreased in KIRC compared to normal tissues. The KIRC patients with low ANK3 expression had poorer survival outcomes than those with high ANK3 expression. ANK3 mutations were found in 2.4% of KIRC patients and were frequently co-mutated with several genes with a prognostic significance. ANK3-correlated genes were significantly enriched in various biological processes, mainly involved in peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) signaling pathway, in which positive correlations of ANK3 with PPARA and PPARG expressions were confirmed. Expression of ANK3 in KIRC was significantly correlated with infiltration level of B cell, CD8+ T cell, macrophage, and neutrophil. These findings suggested that ANK3 could serve as a prognostic biomarker and promising therapeutic target for KIRC.

• 생물정신의학
• /
• 제22권4호
• /
• pp.173-178
• /
• 2015

Objectives Previous genome-wide association studies have indicated the association between ankyrin 3 (ANK3) and the vulnerability of schizophrenia. We investigated the association between single nucleotide polymorphisms (SNPs) covering the whole ANK3 locus and schizophrenia in the Korean population. Methods The study subjects were 582 patients with schizophrenia and 502 healthy controls. Thirty-eight tag SNPs on ANK3 and five additional SNPs showing significant association with schizophrenia in previous studies were genotyped. Results Three (rs10994181, rs16914791, rs1938526) of 43 SNPs showed a nominally significant association (p < 0.05) with at least one genotype model. But none of these associations remained significant after adjusting for multiple testing errors with Bonferroni's correction. Conclusions We could not identify a significant association between ANK3 and schizophrenia in the Korean population. However, three SNPs showing an association signal with nominal significance need to be investigated in future studies with higher statistical power and more specific phenotype crossing the current diagnostic categories.

• Archives of Pharmacal Research
• /
• 제26권12호
• /
• pp.1009-1013
• /
• 2003

A new pterocarpan, (-)-maackiain 3-sulfate (1) was isolated from the methanol extract of roots of Sophora subprostarata together with (-)-maackiain(2), trifolirhizin (3), lupeol (4), ononin (5),7,4'-dihydroxyflavone (5), and (+)-syringaresinol (7). The structure of 1 was determined by analyses of 2D NMR and HRFABMS. Compounds 5-7 were isolated from this plant for the first time.

• 생명과학회지
• /
• 제26권3호
• /
• pp.331-337
• /
• 2016

섬유모세포성장인자-23(fibroblast growth factor 23, FGF23)은 뼈를 형성하는 세포에서 주로 생성되지만 그 작용은 신장에서 이루어진다. FGF23은 신장의 나트륨-인산염 공동수송체(Na-phosphate cotransporter)를 억제하여 인산염 재흡수를 감소시킨다. 이렇게 함으로써 인산염 항상성을 조절하는 작용과는 별개로 이것은 in vivo에서 뼈 형성을 억제하는 것으로 알려져 있다. 두개골 조골세포를 이용한 연구에서도 FGF23은 조골세포의 발달, 즉 분화 및 기질의 광화(mineralization)에 악영향을 미쳤다. 본 연구는 FGF23이 골수 유래 간엽줄기세포에서 조골세포로의 발달에 있어서도 유사한 영향을 줄 것인지를 조사한 것이다. 간엽줄기세포주인 D1 세포를 β-glycerophosphate, ascorbic acid, dexamethazone이 포함된 조골배(osteogenic medium)에 배양하여 alkaline phosphatase (Alp) 염색으로 분화를, Alizarin red 염색과 기질의 칼슘 함량의 분석을 통해 광화를 평가하였다. 분화 촉진 유전자인 Runx2, osteocalcin, Alp와 광화 억제 유전자인 Enpp1, Ank의 발현은 RT-PCR로 분석하였다. D1 세포의 증식과 조골세포로의 분화는 생리학적 농도를 훨씬 초과하는 FGF23의 농도에 의해서도 달라지지 않았다. FGF23 처치 1주, 2주, 3주 후 Alizarin red 염색에 의한 광화 정도의 평가에서도 대조군과 실험군의 차이는 발견되지 않았다. 그러나 두 군 모두 시간이 경과함에 따라 광화는 증가되었다. 기질에 침착된 칼슘의 양 또한 차이가 없었다. 분화 촉진 유전자와 광화 억제 유전자의 발현도 양 군 간에 다르지 않았다. 이러한 부정적인(negative) 결과는 FGF23에 의한 세포 내 신호전달의 장애가 아님이 Erk 인산화로 확인되었다. 이상의 결과로 미루어 두개골의 조골세포와 달리 FGF23은 간엽줄기세포에서 조골세포로의 분화와 광화에는 영향을 미치지 않을 것으로 사료된다.

• 대한의용생체공학회:의공학회지
• /
• 제17권3호
• /
• pp.379-386
• /
• 1996

This paper describes an approach for classifying myoelectric patterns using a multilayer perceptrons (MLP's) and hidden Markov models (HMM's) hybrid classifier. The dynamic aspects of EMG are important for tasks such as continuous prosthetic control or vari- ous time length EMG signal recognition, which have not been successfully mastered by the most neural approaches. It is known that the hidden Markov model (HMM) is suitable for modeling temporal patterns. In contrasts the multilayer feedforward networks are suitable for static patterns. Ank a lot of investigators have shown that the HMM's to be an excellent tool for handling the dynamical problems. Considering these facts, we suggest the combination of MLP and HMM algorithms that might lead to further improved EMG recognition systems.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
• /
• 제37권2호
• /
• pp.49-54
• /
• 2018

To artificially enhance antimicrobial peptide expression in Bombyx mori, we constructed genetically engineered silkworms overexpressing Rel family transcription factor. The truncated BmRelish1 (BmRelish1t) gene contained a Rel homolog domain (RHD), nuclear localization signal (NLS), acidic and hydrophobic amino acid (AHAA)-rich region, and death domain (DD), but no ankyrin-repeat (ANK) domain. The BmRelish1t gene was controlled by B. mori cytoplasmic actin 3 promoter in the PiggyBac transposon vector. Chromosome analysis of G1 generations of a transgenic silkworm with EGFP expression confirmed stable insertion of BmRelish1t. BmRelish1t gene overexpression in transgenic silkworms resulted in higher mRNA expression levels of B. mori antimicrobial peptides such as lebocin(~20.5-fold), moricin(~8.7-fold), and nuecin(~17.4-fold) than those in normal silkworms.

• Journal of Animal Science and Technology
• /
• 제63권1호
• /
• pp.25-35
• /
• 2021

The purpose of this study is to estimate the single nucleotide polymorphism (SNP) effect for pH values affecting Berkshire meat quality. A total of 39,603 SNPs from 1,978 heads after quality control and 882 pH values were used estimate SNP effect by single step genomic best linear unbiased prediction (ssGBLUP) method. The average physical distance between adjacent SNP pairs was 61.7kbp and the number and proportion of SNPs whose minor allele frequency was below 10% were 9,573 and 24.2%, respectively. The average of observed heterozygosity and polymorphic information content was 0.32 ± 0.16 and 0.26 ± 0.11, respectively and the estimate for average linkage disequilibrium was 0.40. The heritability of pH45m and pH24h were 0.10 and 0.15 respectively. SNPs with an absolute value more than 4 standard deviations from the mean were selected as threshold markers, among the selected SNPs, protein-coding genes of pH45m and pH24h were detected in 6 and 4 SNPs, respectively. The distribution of coding genes were detected at pH45m and were detected at pH24h.

• 한국지구과학회지
• /
• 제34권4호
• /
• pp.313-328
• /
• 2013

영남육괴 북동부에 분포하는 쥐라기 심성암체들은 유라시아대륙의 동북부지역 아래로 고태평양판의 섭입에 의해서 야기된 활발했던 화성활동의 산물이다. 지화학적 연구를 통하여 이 지역에 분포하는 화강암류의 성인과 지구조환경을 유추하여 보았다. 영남육괴 북동부에 위치하는 울진화강암류는 비알칼리(subalkaline)영역에 속하는 칼크-알칼리(calc-alkaline)계열로, 분화에 따른 주성분원소의 변화 경향은 전반적으로 다른 지역의 쥐라기 화강암류의 분화 경향과 유사하게 나타나지만, 각 암체의 분화경향이나 화학조성을 살펴볼 때 각 암체의 마그마 근원물질은 서로 다른 것으로 사료된다. 울진화강암류는 연구지역 주변에 분포하는 다른 화강암류와 비교하여 $Al_2O_3$의 함량 및 Cr, Co, Ni, Sr, Y, Nb 등 미량원소의 함량에서 뚜렷한 차이를 보인다. 울진화강암류의 지화학적 특징은 높은 $Al_2O_3$, Sr 함량과 높은 Sr/Y, La/Yb비를 가지며, 낮은 Y과 Yb함량과 같은 슬랩용융(slab-melting)으로 생성된 아다카이트에서 흔히 관찰되는 지화학적 특성을 나타낸다. 울진화강암류의 주성분원소($SiO_2$, $Al_2O_3$, MgO) 및 미량원소(Sr, Y, La, Yb) 함량 범위는 아다카이트질 화강암의 범주에 포함되며, 지화학적 특성, 지구조환경 및 관입시기가 일본의 북서부 Hida belt에 위치한 Yatsuo심성암체와 유사하다. 연구지역의 암석의 희토류원소 패턴은 경희토류가 중희토류에 비해 부화($(La/Yb)_{CN}=10.6-103.4$)되어 나타나며, Eu의 부(-)이상을 보이지 않는다. ANK vs. A/CNK과 지구조판별도에서 화강암류의 모마그마는 I-type의 화산호 화강암의 특성을 나타내며, 이자나기(Izanagi)판의 섭입에 의한 압축장 응력이 작용하는 대륙연변부에서 생성된 것으로 해석된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제27권3호
• /
• pp.303-309
• /
• 2014

The increasing importance of meat quality has implications for animal breeding programs. Research has revealed much about the genetic background of pigs, and many studies have revealed the importance of various genetic factors. Since meat quality is a complex trait which is affected by many factors, consideration of the overall phenotype is very useful to study meat quality. For integrating the phenotypes, we used principle component analysis (PCA). The significant SNPs refer to results of the GRAMMAR method against PC1, PC2 and PC3 of 14 meat quality traits of 181 Duroc pigs. The Genome-wide association study (GWAS) found 26 potential SNPs affecting various meat quality traits. The loci identified are located in or near 23 genes. The SNPs associated with meat quality are in or near five genes (ANK1, BMP6, SHH, PIP4K2A, and FOXN2) and have been reported previously. Twenty-five of the significant SNPs also located in meat quality-related QTL regions, these result supported the QTL effect indirectly. Each single gene typically affects multiple traits. Therefore, it is a useful approach to use integrated traits for the various traits at the same time. This innovative approach using integrated traits could be applied on other GWAS of complex-traits including meat-quality, and the results will contribute to improving meat-quality of pork.

• 한국지구과학회지
• /
• 제30권4호
• /
• pp.427-443
• /
• 2009

영남육괴 남서부에 분포하는 백악기 화성암들은 태평양(Pacific)판의 섭입에 의해서 야기된 활발했던 백악기 화성활동의 산물이다. 암석학적 및 지화학적 접근을 통하여 이 지역에 분포하는 화강암류의 성인과 지구조환경을 유추하여 보았다. 연구지역의 화강암류는 칼크-알칼리(calc-alkaline)계열로, 분화에 따른 주성분원소와 미량원소의 변화 경향은 전반적으로 다른 지역의 백악기 화강암류의 분화 경향과 유사하게 나타나지만, 각 암체의 분화경향이나 화학조성을 살펴볼 때 각 암체의 마그마 근원물질은 서로 다른 것으로 사료된다. 복내지역 동교리 부근에 분포하는 화강섬록암(DGd)은 연구지역 내에 분포하는 다른 화강암류와 비교하여 $Al_2O_3$, MgO의 함량 및 분화에 따른 변화 경향이 다르게 나타나며, Ba, Sr, Pb, Ni, Cr, Y등 미량원소의 함량에서 뚜렷한 차이를 보인다. 동교리 화강섬록암(DGd)의 지화학적 특징은 높은 $Al_2O_3$, Sr 함량과 높은 Sr/Y La/Yb 비를 가지며, 낮은 Y과 Yb함량과 같은 슬랩용융(slab-melting)으로 생성된 아다카이트에서 흔히 관찰되는 지화학적 특성을 나타낸다. 주성분 및 미량원소의 함량을 살펴보면 동교리화강섬록암은 아다카이트의 판별도로 가장 널리 이용되는 Sr/Y vs. Y 관계도에서 호상열도형ADR(Island Arc Andesite, Dacite, Rhyolite)영역에 도시되는 다른 백악기 화강암류들과 명확히 구분되어 아다카이트 영역에 잘 도시된다. ANK vs. A/CNK과 지구조판별도에서 화강암류의 모마그마는 I-type의 화산호화강암의 특성을 나타내며, 태평양판의 섭입에 의한 압축장응력이 작용하는 대륙연변부에서 생성된 것으로 해석된다. 지화학적특성 및 지구조적 환경을 종합하면 동교리화강섬록암의 아다카이틱한 특성은 섭입슬랩의 용융(해령 섭입에 의한 열로 생성)에 의하여 생성된 마그마와 맨틀 페리도 타이트와의 상호작용 그리고 상승하는 동안 지각물질과의 동화작용 등 복합적인 과정을 겪었을 것으로 추정된다.