• 제목/요약/키워드: 16s rRNA 유전자

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내수면 양식 어류에서 분리된 Edwardsiella 속 균주들의 유전학적 동정 및 생화학적 특성 (Genetic Identification and Biochemical Characteristics of Edwardsiella Strains Isolated from Freshwater Fishes Cultured in Korea)

  • 장문희;김근용;이유희;오윤경;이정호;송준영
    • 한국어병학회지
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    • 제33권2호
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    • pp.111-118
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    • 2020
  • 우리나라 내수면 양식 어류로부터 Edwardsiella 속 세균 7개 균주를 분리하여 이들의 생화학적 특성 및 유전학적 특성을 조사하였다. 그 결과, 기존의 어류 병원성 세균으로 알려진 E. tarda 와 E. ictaluri 뿐 아니라, 최근 새로운 종으로 보고된 E. anguillarum과 E. piscicida를 성공적으로 분리 및 동정하여 우리나라 내수면 양식 어류에서 Edwardsiella 속의 다양한 종이 분리되는 것을 확인하였다. 뱀장어류에서 분리된 4개 균주는 E. anguillarum, E. piscicida 및 E. tarda로, 메기와 동자개로부터 분리된 2개 균주는 E. ictaluri로, 버들치로부터 분리된 1개 균주는 E. piscicida로 동정되었다. 또한, 이들의 생화학적 특성의 조사 결과, 이들은 대부분 E. anguillarum, E. ictaluri, E. piscicida 및 E. tarda의 각 종에 해당하는 전형적인 생화학적 특성을 나타내었으며, 유전자를 이용한 분자계통발생학적 분석 결과와도 일치하였다. 특히, 16S rRNA 및 gyrB 유전자를 이용하여 Edwardsiella 속 종의 명확한 분류가 가능함을 확인함으로써, Edwardsiella 속 세균의 분류학적 동정을 위한 마커로써의 가능성을 제시하였다. 본 연구의 결과, 우리나라 내수면 양식 어류로부터 다양한 Edwardsiella 속 종들이 분리되는 것을 확인하였으며, 이들 종들에 대한 체계적인 모니터링 및 숙주에 따른 병원성의 차이에 관한 연구가 필요함을 제안한다.

재래식 된장에서 분리된 Bacillus licheniformis의 내열성 Protease 특성과 생산성 (Production and Characterization of Thermostable Protease from Bacillus licheniformis Isolated from Korean Traditional Soybean Paste)

  • 배영은;윤기홍
    • 미생물학회지
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    • 제48권4호
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    • pp.298-304
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    • 2012
  • 가정에서 제조된 된장 16점으로부터 $60^{\circ}C$에서 성장하는 Bacillus속 균주 63주를 분리하였으며 이로부터 내열성 protease를 생산하는 1개 균주를 선발하였다. 분리균의 형태적, 생화학적 특성과 16S rRNA 유전자서열을 조사한 결과 Bacillus licheniformis로 확인되었다. 분리균의 배양상등액은 반응온도 $60-65^{\circ}C$와 pH11에서 최대 protease 활성을 보였으며, $60^{\circ}C$에서 30분간 열처리한 후에도 87%의 protease 활성을 유지하였다. 질소원, 탄소원, 금속이온, 인 등의 배지성분이 protease 생산성에 미치는 영향을 조사한 결과 유당과 soytone peptone이 분리균의 효소 생산을 증가시키는 탄소원과 질소원으로 확인되었다. 분리균은 말기대수기 이후부터 protease를 생산하기 시작하였으며, 유당 (3%), soytone peptone (1.5%), $MgSO_4$ (0.1%), $K_2HPO_4$ (0.03%)와 $KH_2PO_4$ (0.03%)로 구성된 최적화 배지에서 배양시간이 28시간일 때 protease의 생산성이 최대 550 U/ml에 이르렀다.

세균군집의 구조분석을 통한 장기간 농약사용이 토양생태계에 미치는 영향 평가 (Evaluating the Impacts of Long-Term Use of Agricultural Chemicals on a Soil Ecosystem by Structural Analysis of Bacterial Community)

  • 윤병준;김성현;이동헌;오계헌;강형일
    • 미생물학회지
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    • 제39권4호
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    • pp.260-266
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    • 2003
  • 본 연구는 장기간 동안 지속적인 농약의 사용이 토양생태계에 미치는 영향을 세균군집의 구조분석을 통하여 그 관련성을 평가하고, 이에 대한 기초 자료를 얻고자 수행하였다. 30년 이상 매년 수시로 농약을 사용하여온 제주지역의 한 감귤원 토양과 비농지 토양에 존재하는 세균군집을 16S rRNA clonal library로부터 얻은 각 100 개 클론의 유전자 염기서열을 기초로 하여 비교 분석한 결과 지속적으로 농약을 사용해온 감귤원 토양에서는 3개의 아문(Proteobacteria $\alpha$, $\gamma$, $\delta$)을 포함하는 Proteobacteria를 비롯한 5개 문 18개의 속 그룹에 포함되는 세균군집의 구조를 보였고, 농약을 사용하지 않은 비농지 토양에서는 4개의 아문(Proteobacteria $\alpha$, $\beta$, $\gamma$, $\delta$)을 포함하는 Proteobacteria를 비롯한 12개 문, 44개의 속 그룹에 포함되는 군집구조를 나타냈다. 감귤원 토양에서 가장 많은 분포를 보인 세균은 Proteobacteria g group에 속하는 것으로 전체 clone의 56%로 상당한 우점현상을 나타내었고, Acidobacteria group에 속하는 균이 25%, Firmicutes group, 5%, Planctomycetes group, 2%, Proteobacteria $\alpha$$\delta$ group이 각 1%, Cyanobacteria group, 1% 등의 순서로 우점현상을 보였다. 반면, 비농지 토양에서는 Acidobacteria group에 속하는 균이 14%, Planctomycetes group, 13%, Proteobacteria $\alpha$, $\gamma$, $\delta$ group이 각각 10%, 9%, 9%, Firmicutes group, 8%, Verrucomicrobia group, 8%, Actinobacteria group, 6%, Proteobacteria $\gamma$ group, 3%, Bacteroidetes group, 3%, Gemmatimonadetes group, 3%, Cyanobacteria group이 1% 등의 순서로 장기간 농약을 사용해 온 토양에 비하여 훨씬 다양한 미생물군집의 분포빈도를 나타냈다. 이러한 결과는 지속적인 비료 및 농약의 사용이 토양생태계를 구성하는 세균군집의 다양성을 크게 감소시키거나 또는 특정 미생물을 소멸 시킬 수 있음을 제시해 주었다.

사료용 생균제 개발을 위한 마늘 내성 유산균의 분리 (Isolation of Garlic Resistant Lactic Acid Bacteria for Feed Additives)

  • 김유진;장서정;박정민;김창욱;박영서
    • 산업식품공학
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    • 제13권4호
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    • pp.352-359
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    • 2009
  • 마늘의 항균력에 저항성을 갖는 유산균을 분리하기 위해서 마늘 추출물이 첨가된 배지에서 생육하는 112 균주를 김치, 젓갈, 장아찌류로부터 분리하였다. 이 중에서 14균주에 대해서 내산성 및 내담즙성 그리고, 가축 병원성 세균인 Salmonella choleraesuis, Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Shigella flesneri에 대해 항균력을 조사한 결과, 파김치 유래의 P'GW50-2 균주가 가장 우수한 특성을 지니고 있어 생균제로 이용 가능한 균주로 선발하였다. 선발된 균주는 16S rRNA 유전자의 염기서열 분석결과 Lactobacillus plantarum으로 동정되었고 L. plantarum TJ-LP-002으로 명명하였다. L. plantarum TJ-LP-002는 Bacillus cereus, S. aureus, Clostridium perfringens와 같은 Gram 양성균과 Aeromonas hydrophila, E. coli, Pseudomonas, Salmonella, Shigella와 같은 Gram 음성균에 대해서 비교적 넓은 항균활성을 나타내었다.

감염근관에서 분리 배양한 세균의 수종 항생제에 대한 감수성 조사 (Antibiotic Susceptibility of Bacteria Isolated from Infected Root Canals)

  • 임상수;김미광;민정범;김민정;박순낭;황호길;국중기
    • 미생물학회지
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    • 제42권3호
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    • pp.185-194
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    • 2006
  • 본 연구는 치근관 감염병소에서 세균을 분리 및 동정하고, 8종의 항생제들에 대한 분리균주들의 감수성을 조사하기 위하여 실시하였다. 세균에 감염된 27개 치아의 괴사된 치근부 치부소직을 바비드 브로치나 페이퍼 포인트로 무균적으로 채취하였다. 치수가 채취된 부위의 바비드 브로치와 페이퍼 포인트를 500 ul의 $1{\times}PBS$ 용액에 담아 잘 혼합하고, 이를 5% 양혈이 포함된 BHI 한천배지(혈액한천배지)에 도말하여 $37^{\circ}C$ 혐기성 배양기에서 2-5일 동안 배양하였다. 혈액한천배지에서 자라난 세균은 16S rRNA 유전자(rDNA) 염기서열결정법을 이용하여 종수준으로 동정하였다. 이들 균주들의 8종 항상제에 대한 감수성은 최소성장억제농도 측정법으로 조사하였다. 본 연구결과, 101개의 세균 집락이 생겼고, Streptococcus spp. (29.7%)와 Actinomyces spp. (21.8%)가 가장 많이 검출되었다. 이들 균주들 중 9균주는 실험 도중 소실되거나 액체배지에 자라지 않아서 항생제 감수성 심험에서는 제외되었다. 각 항생제들에 대한 감수성을 조사한 결과, 분리된 균주들 중 80(87.0%) 균주가 클린다마이신에 감수성을 보였으며, 세프록심 아세틸과 테트라사이클린에 69(75.0%)가, 오그멘틴에 66(71.7%) 균주가, 페니실린 G에 63(68.5%) 균주가, 에리트로마이신에 61(66.3%) 균주가, 아목시실린에 41(44.6%) 균주가 감수성을 보였다. 그러나 시플록사신에는 29(31.5%) 균주만이 감수성을 보였다. 이러한 8종 항생제에 대한 균주들의 감수성 양상은 세균 종의 종류보다는 분리된 숙주에 따라 차이가 있었다. 이러한 결과는 치근관 감염질환의 치료에 항생제가 필요할 경우 항생제 감수성검사를 병행하는 것이 효과적임을 시사한다.

토양에서 분리한 Paenibacillus spp. KPB3의 Ralstonia solanacearum에 의한 세균성 풋마름병 억제 효과 (Effects of a Soil-Born Paenibacillus spp. Strain KPB3 on Suppression of Bacterial Wilt Disease Caused by Ralstonia solanacearum)

  • 석정기;;이선화;;박덕환;조준모;허장현;김병섭;임춘근
    • 농약과학회지
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    • 제10권4호
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    • pp.313-319
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    • 2006
  • 강원도 춘천시 신북읍의 토마토 풋마름병이 다발생한 포장으로부터 건전한 토마토 뿌리를 채취하여 약 200개의 미생물을 선발하였다. 선발된 미생물들에 대한 저지원 테스트를 실시한 결과, 풋마름병원균 (Ralstonia solanacearum)에 항균 효과를 나타냈으며 그 중 가장 우수한 항균 효과를 나타낸 KPB3 균주를 선발하여 생리 생화학적 특성조사 와 16S rRNA 유전자 분석을 실시하여 Paenibacillus spp. 균으로 동정하였다. KPB3균주의 활성적 우수성을 확인하기 위하여, 먼저 포트 실험에서 KPB3 균주를 토양 관주처리 결과 무처리구에 비하여 처리구의 방제효과가 66.7% 뛰어난 것을 확인하였다. 또한 토마토 포장에서의 방제효과 시험은 2006년 봄과 가을에 2회 실시하였으며, 전반적으로 풋마름병 발생은 가을보다 봄에 높은 발병율을 나타내었다. 그 결과, KPB3 균주 처리구에서 봄과 가을 각각 50%와 60% 이상 방제 효과를 나타내어 KPB3 균주는 토마토 풋마름병 억제용 생물 제제로서의 개발 가능성이 있음을 확인하였다.

인삼모잘록병원균에 항균활성을 갖는 Bacillus 균의 분리 및 특성조사 (Isolation and Characterization of Bacillus Species Having Antifungal Activity Against Pathogens of Ginseng Damping Off)

  • 박경훈;박홍우;이성우;이승호;명경선;이상엽;송재경;김영탁;박경수;김영옥
    • 농약과학회지
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    • 제20권4호
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    • pp.380-387
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    • 2016
  • 인삼 모잘록병을 일으키는 병원균의 생물적 방제제 개발을 위하여 인삼 근권 토양으로 부터 500종의 미생물을 분리하였다. 인삼모잘록병원균을 대상으로 항균활성을 검정한 결과, 항균활성이 우수한 균주 3종을 선발하였다. 선발한 균주를 대상으로 항생물질과 세포벽분해효소 생성능력을 조사하였으며, fengycin, bacillomycin D, surfactin, iturin A와 zwittermicin A와 같은 리포펩타이드 생합성 유전자 유무를 조사하였다. ES1과 ES3 균주에서 iturin A와 surfactin 생합성 유전자를 확인하였으며, 세포벽 분해효소 생성능을 확인한 결과 선발한 모든 균주에서 cellulase, pectate lyase, protease를 생성하였다. 16S rRNA 염기서열 분석에 기반하여 계통도를 분석한 결과 ES1 균주와 ES3 균주는 Bacillus methylotrophucus로 확인되었으며, ES2는 B. amyloliquefaciens로 동정되었다. 포장실험 결과 ES1, ES2, ES3 처리구에서 각각 32.4%, 46.8%, 36.7%의 방제효과를 보였다. 이러한 결과로부터 항균활성과 세포벽 분해 효소 생성능이 우수한 길항균주를 선발하였으며, 향후 포장실험과 제형화 개발 등을 통해 인삼모잘록병 방제를 위한 생물적 방제제로 활용할 수 있을 것으로 기대된다.

김치로부터 분리된 항균 활성 세균 Paenibacillus kimchicus sp. nov. (Paenibacillus kimchicus sp. nov., an antimicrobial bacterium isolated from Kimchi)

  • 박아름;오지성;노동현
    • 미생물학회지
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    • 제52권3호
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    • pp.319-326
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    • 2016
  • 병원성 미생물들에 대해 항균활성을 보이는 $W5-1^T$ 균주가 한국의 발효식품인 김치에서 분리되었다. 이 분리주는 그람염색변이성, 절대호기성, 간균, 내생포자형성과 주모성의 편모를 가지고 운동성을 나타내었다. 균주는 $15-40^{\circ}C$, pH 6.0-10.0, 0-4% NaCl 조건에서 생육하였다. 균주는 esculin과 xylan을 가수분해하였고, $\small{D}$-mannose을 동화하였으나 $\small{D}$-mannitol은 동화하지 못하였다. $W5-1^T$ 균주는 Listeria monocytogens, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Salmonella typhi에 항균활성을 보였다. $W5-1^T$ 균주의 DNA의 G+C 함량은 52.6 mol%였다. 주요 호흡성 퀴논은 menaquinone-7 (MK-7)였고, 주요 세포성 지방산은 $C_{16:0}$, antieiso-$C_{15:0}$, $C_{18:0}$, and $C_{12:0}$였다. 균주는 세포벽 펩티도클리칸으로 meso-diaminopimelic acid을 함유하였다. 16S rRNA 유전자서열 분석에 근거하여 $W5-1^T$ 균주는 Paenibacillaceae 과로 분류되었으며 Paenibacillus pinihumi $S23^T$(98.4% similarity), P. tarimensis $SA-7-6^T$(96.4%) 균주와 높은 연관성을 보였다. 분리주와 P. pinihumi $S23^T$는 8.5%의 DNA-DNA 관련성을 보임으로 $W5-1^T$ 균주가 Paenibacillus 속의 한 종임을 보여주었다. 이러한 다각적 연구의 증거로 볼 때 $W5-1^T$ 균주는 Paenibacillus 속의 신종으로 사료되어 Paenibacillus kimchicus로 명명을 제안하며, 표준균주는 $W5-1^T$(=KACC $15046^T$=LMG $25970^T$)이다.

토양으로부터 단리한 Bacillus subtilis NSC 유래 Cellulase의 특성 규명 (Characterization of Cellulase from Bacillus subtilis NSC Isolated from Soil)

  • 김상진;박창수
    • 한국키틴키토산학회지
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    • 제23권4호
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    • pp.228-233
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    • 2018
  • 삼림 토양 시료를 이용하여 cellulase 생산균주를 단리한 결과, Carboxymethylcellulose (CM-cellulose)를 기질로 첨가한 고체배지상에서 명확한 활성환을 형성하는 총 6종류의 cellulase 생산균주를 단리하여, 단리한 균주 유래의 16S rDNA유전자 염기서열 분석을 통하여 균주 동정을 진행하였다. 그 결과 본 연구에서 단리된 균주는 Bacillus subtilis 4종류, Bacillus amyloliquefaciens 1종류, Bacillus cereus 1종류로 동정되었다. 이 중에서 CM-cellulose에 대한 가장 높은 cellulase 활성을 보이는 Bacillus subtilis를 선정하여 Bacillus subtilis NSC로 명명하였다. Bacillus subtilis NSC 유래 cellulase는 균주 배양 36~48시간에서 가장 높은 cellulase 생산성을 보였으며, 최적 pH 및 온도를 검토한 결과, 본 균주 유래 cellulase는 pH 5.0과 $40^{\circ}C$에서 가장 높은 효소 활성을 나타내었다. 그리고, pH 4.0~5.0 조건에서 30분간 효소처리를 하여도 효소활성의 감소가 없었으며, $40^{\circ}C$까지는 30분간의 열처리에도 효소활성의 저하 없이 안정한 특성을 보였다. CM-cellulose, Alkali swollen cellulose, Sigmacell-cellulose, Alpha-cellulose, 그리고 Avicel을 기질로 기질 특이성을 한 결과 CM-cellulose에 대하여 가장 높은 효소 활성을 나타내었으며, cellulose 결정구조를 보유하고 있지않는 CM-cellulose와 Alkali swollen cellulose에 대해서는 명확한 효소활성을 보였다. 하지만, cellulose 결정구조를 보유하고 있는 Sigmacell Cellulose, Alpha-cellulose, 그리고 Avicel 기질에 대해서는 CM-cellulose 활성의 각각 8%, 8%, 그리고 4%의 매우 낮은 효소활성을 나타내었다. Bacillus subtilis NSC 유래 cellulase의 0.26 U/ml 조효소액과 0.52 U/ml 조효소액을 이용하여 CM-cellulose의 분해 특성을 검토하였을 때 두 조효소액 모두 반응 CM-cellulose에 대해 반응 120분 후에 0.43 U/ml와 0.76 U/ml의 효소 활성을 나타내었다.

플레인 요구르트와 소이 요구르트의 미생물학적, 물리화학적 및 항산화 활성 (Microbiological, Physicochemical, and Antioxidant Properties of Plain Yogurt and Soy Yogurt)

  • 임성미
    • 미생물학회지
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    • 제49권4호
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    • pp.403-414
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    • 2013
  • 양배추 피클로부터 분리된 유산균으로 발효하여 제조한 플레인 요구르트와 소이 요구르트를 저장하는 동안 미생물학적 및 물리화학적 변화와 항산화 특성을 조사하였다. 분리 균주는 당분해능과 유전자 염기서열 분석을 통해 L. casei PC05와 L. acidophilus PC16으로 동정되었다. Lactobacillus acidophilus PC16 균주로 발효시킨 요구르트의 적정산도, 점도 및 균수는 L. casei PC05 균주에 의해 제조된 요구르트에 비해 높게 나타났으며, 특히 플레인 요구르트보다 소이 요구르트에서 세균수와 물리화학적 요인의 측정값이 유의하게 높은 것으로 확인되었다. 한편, L. acidophilus PC16 균주로 발효시킨 요구르트는 DPPH 라디칼 소거능과 철이온 킬레이팅 활성이 높았으나, L. casei PC05 균주의 요구르트는 superoxide anion 제거능과 SOD 활성이 높은 것으로 나타났다. 대부분의 항산화능은 플레인 요구르트보다 소이 요구르트에서 더 높게 나타났으며, 요구르트의 지질과산화 억제능은 항산화 활성에 기인하는 것으로 추정된다. 또한 발효직후 요구르트의 미생물학적, 물리화학적 및 항산화 활성은 $4^{\circ}C$에서 8일간 저장하는 동안 거의 일정한 수준으로 유지되었다.