In an attempt to develop a method for rapid and accurate identification of six Vibrio species that are clinically important and most frequently detected in Korea, 16S rDNA restriction fragment length polymorphism (RFLP) of Vibrio type strains, as well as environmental isolates obtained from the Korean coastal area, was analyzed using ten restriction endonucleases. Digestion of the 16S rDNA fragments amplified by polymerase chain reaction (PCR) with the enzymes gave rise to 2~6 restriction patterns for each digestion for 47 Vibrio strains and isolates. An additional 2~3 restriction patterns were observed for five reference species, including Escherichia coli, Aeromonas hydrophila, A. salmonicida, Photobacterium phosphoreum, and Plesiomonas shigelloides. A genetic distance tree based on RFLP of the bacterial species correlated well with that based on 16S rDNA sequences. The very small 16S rDNA sequence difference (0.1%) between V. alginolyticus and V. parahaemolyticus was resolved clearly by RFLP with a genetic distance of more than 2%. RFLP variation within a species was also detected in the cases of V. parahaemolyticus, V. proteolyticus, and V. vulnificus. According to the RFLP analysis, six Vibrio and five reference species were assigned to 12 genotypes. Using three restriction endonucleases to analyze RFLP proved sufficient to identify the six pathogenic Vibrio species.
This study was undertaken to develop PCR primers for the identification and detection of Streptococcus anginosus using species-specific forward and reverse primers. These primers targeted the variable regions of the 16S ribosomal RNA coding gene(rDNA). The primer specificity was tested against 12 S. anginosus strains and 6 different species(10 strains) of oral bacteria. The primer sensitivity was determined by testing serial dilutions of the purified genomic DNA of S. anginosus ATCC $33397^T$. The data showed that species-specific amplicons were obtained from all the S. anginosus strains tested, but not in the six other species. The PCR could detect as little as 0.4pg of the chromosomal DNA from S. anginosus. This suggests that the PCR primers are highly sensitive and applicable to the detection and identification of S. anginosus.
뇌하수체 분비호르몬인 FSH의 방사선방어 효능을 조사하고자 생후 3주된 미성숙 생쥐에 $\gamma$ 선을 전신조사하거나(R), 전신조사 후 FSH 5 IU를 복강주사(RF)하였다. 대조군은 동량의 식염수를 복강주사하거나(C) 혹은 FSH를 복강주사(F)하였다. 0시간, 6시간, 12시간 1일, 2일, 4일, 그리고 8일 후에 각 군별로 5마리씩 경추파열로 도살한 후 난소를 채취하였다. 난소는 neutral buffered formalin에 고정한 후 통상적인 표본조직을 만들었다. HE 염색을 기본으로 면역조직화학염색을 비교하였으며 전체 DNA를 추출하여 agarose gel 전기영동을 실시하여 DNA fragmentation의 정도를 알아보았다. 방사선 조사군인 R군과 RF군에 있어서 6시간에서 12시간에 apoptosis를 반영하는 면역조직화학적 염색률이 높게 나타났으며, 8일 경과시 분열세포의 존재비를 반영하는 염색률이 높게 나타났다. 또한 DNA fragmentation의 정도를 보면, 모든 실험군에서 185bp의 DNA ladder가 시간에 따라 증가하는 경향을 보였다. 370bp의 DNA는 R군의 경우 6시간에 나타났으며 1일 이후 감소하였다. RF군의 경우 12시간에 나타나 1일 이후 감소하였다. F군에서는 370bp가 보이지 않았다. 본 실험의 결과, 강소형성 난포가 피폭되는 경우 4일 이후 8일에 이르러 난소내에서 완전히 소멸되고, 8일에 새로운 원시난포가 성장하는 것이 확인되었다 FSH는 방사선에 피폭된 난포의 퇴화를 지연 혹은 억제시키는 방사선방어 효과가 있었으며, 방사선에 의한 난포의 퇴화는 과립세포의 apoptosis를 매개로 하여 일어남을 알 수 있었다.
6개(個) 품종(品種)의 대두(大豆)로 부터 분리(分離)된 대두(大豆) 근류균(根瘤菌)의 생리적(生理的) 특성(特性) 및 plasmid DNA의 분리(分離)를 조사(調査)한 결과(結果)는 다음과 같다. YEM 배지(培地)에서 S117, S118, 011, DY-1균주(菌株)는 생육속도(生育速度)가 느리고 alkaline 반응(反應)을 나타내었으며, S110, S111, S114, S115, S116, S120, 010균주(菌株)들은 생육속도(生育速度)가 빠르고 산반응(酸反應)을 나타내었다. fast-growing형(型)과 slow-growing형(型) R. japonicum은 모두 극모성 또는 주모성 편모(鞭毛)를 가진 그람 음성(陰性) 간균(桿菌)이며, 한천 평판에서 점액성(粘液性)이 있는 유백색(乳白色) colony를 형성(形成) 하였다. 접종(接種) 7일후(後), fast-growing형(型)의 colony는 직경(直徑)이 2.0-4.0mm였고, slow-growing 형(型)의 colony는 대체로 0.5-1.5였다. fast-growing형(型)은 pH4.5에서 한결같이 감수성(感受性)이 있고, pH9.5에 내성(耐性)이 있는 반면 slow-growing형(型)은 정반대로 나타났다. 조사(調査)된 균주(菌株)들은 모두 생육(生育)을 위한 탄소원(炭素源)으로써 glucose를 이용(利用)하였으며, 010과 321을 제외하고 모든 균주는 starch는 전혀 이용(利用)하지 못하였으며 fast-growing형(型) 만이 sucrose를 이용(利用)하였다. 조사(調査)된 slow-growing R. japonicum은 일반적으로 15-250kb 정도(程度)의 1-3개(個)의 plasmid DNA를 함유하는 반면, fast-growing R. japonicum은 20-250kb정도(程度)의 1-3개(個)의 plamid DNA를 함유(含有)하고 있었다.
Aptamers are short, chemically synthesized, single-stranded DNA or RNA oligonucleotides that fold into unique three-dimensional structures. In this study, we aim to determine the antibiofilm activity and binding specificity of the six polyclonal DNA aptamers (S15K3, S15K4, S15K6, S15K13, S15K15, and S15K20) on Staphylococcus aureus BPA-12 and Escherichia coli EPEC 4. Aptamer S15K6 showed the highest percentage of antibiofilm activity against S. aureus BPA-12 (37.4%) as shown by the lowest OD570 value of 0.313. Aptamer S15K20 showed the highest percentage of antibiofilm activity against E. coli EPEC 4 (15.4%) as shown by the lowest OD570 value of 0.515. Aptamers S15K13 and S15K20 showed antibiofilm activities against both S. aureus BPA-12 and E. coli EPEC4, and thus potentially have broad reactivity. Furthermore, based on the binding capacity and Kd values from our previous study, the binding specificity assay of selected polyclonal DNA aptamers (S15K3 and S15K15) against S. aureus BPA-12, E. coli EPEC 4, S. aureus BPA-6, S. agalactiae, E. coli MHA-6, and Listeria monocytogenes were performed using qPCR. Aptamers S15K3 and S15K15 showed specific binding to S. aureus BPA-12, E. coli EPEC 4, S. aureus BPA-6, and S. agalactiae, but could not bind to E. coli MHA-6 and L. monocytogenes. Therefore, this study showed that the polyclonal DNA aptamers have antibiofilm activity and were able to bind to S. aureus BPA-12 and E. coli EPEC 4 bacteria.
해양 해면 Asteropus simplex를 제주도에서 채집하여 배양에 의한 RFLP와 비배양에 의한 DGGE 분석 방법에 의해 세균군집 구조를 조사하였다. 16S rDNA-RFLP 분석을 위해 변형된 Zobell 배지와 MA를 이용하여 120균주를 선별하고 제한효소, HaeIII와 MspI을 사용하여 각각의 다른 RFLP 패턴으로 구분하였다. RFLP 패턴으로부터 유래한 16S rDNA 염기서열 분석결과, 알려진 세균 종과 94% 이상의 유사도를 나타내었으며 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, 5개의 문이 관찰되었다. 그 중 Gammaproteobacteria가 우점하였다. 같은 해면, A. simplex의 DGGE 분석을 위해 total genomic DNA로부터 16S rDNA를 증폭하여 DGGE fingerprinting을 수행한 결과 12개의 서로 다른 밴드가 관찰되었다. 각 밴드의 16S rDNA 염기서열은 알려진 세균의 염기서열과 90% 이상의 유사성을 나타내었으며 대부분의 염기서열은 uncultured bacteria에 속하였다. DGGE 분석으로부터 미생물의 군집은 Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Deltaproteobacteria, Actinobacteria, Chloroflexi, Nitrospira, 7개의 문으로 나타났다. RFLP와 DGGE 방법에 의해 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Actinobacteria가 공통적으로 발견되었으나 전체적인 공생세균의 군집구조는 분석방법에 따른 차이를 나타내었다. 배양에 의한 방법보다 비배양 방법에서 더 다양한 세균군집구조를 나타내었다.
Genetic diversity among 27 isolates of Rhizoctonia solani, which were obtained from diseased crops in Korea and classified into 9 intraspecific groups by anastomosis test and cultural characteristics, was studied by PCR-RFLP. Gene regions of nuclear 17S ribosomal DNA and internal transcribed spacers including 5.8S rDNA of the isolates were amplified with polymerase chain reaction and digested with 12 restriction enzymes. Differences of restriction patterns were not shown among isolates within each intraspecific groups, however, each anastomosis group and culturala type sowed unique restriction fragment length polymorphisms by restriction patterns using HaeIII, Cfr13I and MspI. The results suggest that PCR-FRLP of rDNA using three restriction enzymes could be used to differentiate intraspecific groups of Rhizoctonia solani in Korea.
Objectives : Molecular biology techniques were employed to assess diversity of bacterial in children's dental caries. Methods : DNA of germs was extracted and the diversity of the 16S rRNA clones was analyzed by amplified rDNA restriction analysis and sequencing. The experimental samples were pit and fissure caries (PC), deep dentinal caries (DC), smooth surface caries (SC), and supragingival plaque (PQ) from 50 children of age less than 12 years old. The control group was healthy teeth supragingival plaque (HT). Thirty clones from each 16S rRNA clone library of 5 samples were randomly selected, thus a total of 150 clones were analyzed. Results : Amplified rDNA restriction analysis uncovered 18, 20, 11, 17, and 22 phylotypes from healthy teeth, pit and fissure caries, deep dentinal caries, smooth surface caries, and supragingival plaque, respectively. Sequencing analysis found the dominance of Actinomycs naeslundii and Fusobacterium nucleatum in the healthy teeth; Leptotrichia sp. in the pit and fissure caries; Actinomyces sp., Streptococcus mutans, and Rahnella aquatilis in the deep dentinal caries; Streptococcus mutans and Actinomyces sp. in the smooth surface caries; Enterobacter hormaechei and Streptococcus sanguinis in the supragingival plaque. Conclusions : Clonal analysis identified 6 phyla, 20 genera, and 51 species.
수집한 46개의 균주를 배양하여 rDNA의 ITS 염기서열 분석으로 유전적 계통분류 한 결과, Heiricum속이 아닌 균주가 2균주가 있었음을 확인하였다. 본 결과를 바탕으로 효능이 있는 것으로 밝혀진 H.erinaceus와 가까운 유연관계를 지니는 종들을 위주로 계통별로 균사 생장실험, 자실체 발생조사 등을 연구할 예정이다. 또한 H.erinaceus은 아니지만, 생리활성효능이 뛰어난 종의 유무를 테스트하여 기존의 품종보다 효능 면에서 뛰어난 균주를 선발 교잡할 예정이다. 이와 같은 연구를 통해 우수품종을 선발하여 최적 환경조건 테스트까지 거친다면 노루궁뎅이 버섯 소비시장 구축에 도움이 되리라 생각된다.
Fusarium section Liseola에 속하는 균주들의 rDNA IGS 부위를 중폭하고 여러개의 제한 효소로 처리하였다. 증폭된 IGS 부위의 길이는 F. moniliforme 12 만이 약 2.9 Kb 이고 나머지 균주들은 모두 약 2.6 Kb였다. 제한 효소 EcoRI, HincII, SalI, PstI 등은 ICS 부위를 절단하여 11균주들에서 9 haplotypes을 확인할 수 있었다. 본 연구에서의 Section Liseola에 속하는 균주들에 대한 결과에 앞서 연구되어진 Section Elegans에 속하는 균주들의 결과를 종합하여 dendrogram을 그렸을 때, IGS 부위를 종내에서와 마찬가지로 종간, section 간의 관계를 밝힐 수 있는 가능성을 제시하여 주었다.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.