• 한국균학회지
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• 제44권2호
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• pp.103-107
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• 2016

본 연구는 국내 주요 식물검역관리 대상 Phytophthora pinifolia를 대상으로 신속하고 정확한 병원균 종동정 및 검출을 위해 Ypt1 유전자 염기서열을 활용하여 제작된 종 특이적 분석용 분자마커와 다양한 PCR 기법을 활용하여 병원균들에 대한 다양한 검출기술의 표준화 및 최적 검출 시스템 구축을 통하여 실제 검역검역 현장에서 활용 가능한 병원균 존재여부의 신속, 정확한 판별기법을 개발하고자 수행하였다. Ypt1 영역의 염기서열을 기초로 선발된 종 특이적 primer는 1~10 pg의 검출민감도를 가지며 193 bp의 종 특이적 PCR 증폭산물을 형성시켰다. 또한 선발된 종 특이적 primer의 종 특이성을 확인하기 위하여 국내 식물검역대상에 포함된 Phytophthora속 종들과 주요 식물병원균들을 대상으로 conventional PCR과 real-time PCR을 수행한 결과 목표로 한 P. pinifolia DNA에서만 특이적 PCR 증폭산물을 확인할 수 있었다. 선발된 종 특이적 primer에 대한 PCR의 검출 민감도를 확인했을 때 conventional PCR의 검출민감도는 1~10 pg이었다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제50권1호
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• pp.9-18
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• 2008

본 연구에서는 조류에서 종 특이적인 DNA 염기서열변이를 검증하기 위하여 닭, 꿩, 칠면조, 메추리의 immunoglobulin light chain constant domain 유전자를 클로닝하여 DNA염기서열을 분석하였다. 종간에 구별이 가능한 DNA 염기서열변이가 위의 유전자에서 관찰되었다. PCR을 이용하여 종을 구별하기 위하여 종 사이에 특이적인 DNA 염기서열 부위에 한 쌍의 종 특이적인 프라이머를 제작하였다. 또한 비교실험을 위하여 이미 알려진 cytochrome b와 tapasin 유전자에서도 두 쌍의 종 특이적 프라이머를 제작하였다. PCR결과 세 쌍의 프라이머 모두 종 특이적으로 DNA를 증폭하였다. Immunoglobulin 유전자의 염기서열 변이를 이용한 종 특이적인 PCR 방법은 조류의 유전자원 보존을 위한 이종간 카이메라 연구에 유용하게 이용될 수 있을 것이다.

• 한국조경학회지
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• 제39권1호
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• pp.11-21
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• 2011

본 연구는 난지도 쓰레기 매립지였던 월드컵공원내 하늘공원과 노을공원에 서식하는 나비 출현종 및 흡밀식물 현황, 흡밀식물과 나비와의 상호관계를 구명하여 나비 서식지 조성시 식재종 선정을 위한 기초자료를 제공하고자 하였다. 나비는 총 5과 23종 1,129개체가 출현하였으며,나비의 주요 행동은 흡밀 행동이 전체의 36%로 연구대상지가 나비에게 흡밀공간으로서 중요한 역할을 하고 있었다. 월드컵공원에서 나비와 흡밀식물과의 관계를 분석한 결과, 나비와 흡밀식물의 꽃색은 상관관계를 보이지 않아 나비를 유인하기 위한 식재시 특별하게 꽃색을 고려할 필요는 없는 것으로 분석되었다. 또한 나비가 선호하는 흡밀식물은 대부분 귀화식물로 나비 서식지를 조성함에 있어 흡밀하는 식물로 자생종이나 귀화종을 구분하여 나비를 유인하는 것은 큰 의미가 없음을 알 수 있었다. 자생식물을 활용할 필요가 있는 지역의 경우에는 낭아초, 싸리, 벌개미취와 같은 종이 나비 유입을 위해 유리한 것으로 판단되었다. 흡밀나비 개체수와 흡밀식물 종 수는 양의 상관관계를 보였으며, 곡선추정 회귀분석 대수모형 곡선에서 일반종과 특이종으로 구분한 결과, 노랑나비, 배추흰나비, 줄점팔랑나비는 일반종으로 구분되었고, 범부전나비, 큰줄흰나비, 남방부전나비, 푸른부전나비는 특이종으로 구분되었다. 특이종 중 범부전나비는 낮은 산이나 숲을 선호하는 종으로, 초지를 선호하는 3종(큰줄흰나비, 남방부전나비, 푸른부전나비)과 서식지 차이가 있어 초본식생지에서 목본식생지로 천이가 진행되고 있는 쓰레기 매립지의 식생현황에서 보전가치가 더 높다고 판단되었다. 이러한 결과는 나비서식지 조성시 목표종을 선정할 때, 식물과의 상호관계를 고려하여 상대적으로 특이성이 높은 종을 고려할 수 있음을 보여주었다. 이러한 특이종은 경우에 따라 대상지내의 목표종으로서의 가치를 가질 수 있을 것이다.

• Journal of Ecology and Environment
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• 제29권3호
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• pp.191-203
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• 2006

본 연구는 중부 온대활엽수림을 대표하는 광릉 숲을 대상으로 산림성 조류가 숲의 내부와 가장자리를 어떻게 이용하는지 분석하고, 숲의 단편화로 인한 영향을 파악할 수 있도록 가장 자리 선호도에 따라 서식지 특이종을 파악하기 위해 실시되었다. 그 결과 조류의 풍부도는 숲의 내부와 가장자리에서 일관성 있는 결과를 얻지 못하였으며, 이는 숲 내부와 가장자리를 모두 이용할 수 있는 일반종의 출현 여부에 의해 크게 좌우되었다. 따라서 산림의 단편화가 산림성 조류에 미치는 영향을 파악하기 위해서는 전체 조류군집의 풍부도를 확인하는 것보다 특정 환경을 선호하는 서식지 특이종의 변화를 집중적으로 파악하는 것이 유리할 것으로 판단되었다. 선 조사법과 정점 조사법에 의해 얻어진 숲 내부와 가장자리의 서식밀도를 기준으로 서식지 특이종을 파악한 결과 숲새(U. squameiceps), 흰배 지빠귀(T. pallidus), 진박새(P. ater) 등 3 종이 숲 내부종으로 나타났으며 까치(P. pica), 꾀꼬리(O. chinensis)의 2 종은 숲 가장자리종으로 나타났다. 따라서 광릉 숲으로 대표되는 중부 온대활엽수림의 단편화에 의한 산림성 조류의 영향을 파악하기 위해서는 서식지 특이종으로 파악된 종을 대상으로 한 분포와 번식 등에 대한 모니터링이 필요하며, 특히 숲의 내부에 강한 선호도를 보이는 종에 대한 조사가 우선되어야 할 것으로 판단된다.

• 생명과학회지
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• 제26권9호
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• pp.1007-1014
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• 2016

본 연구에서는 국산 참서대과 어류 5종(개서대, 참서대, 칠서대, 박대, 용서대) 및 수입산 참서대과(Cynoglossidae) 어류 5종(기니개서대, 긴개서대, 큰비늘개서대, 큰입개서대, 세네갈 개서대)을 대상으로 분자생물학적 방법을 이용한 신속하고 정확한 종판별법을 검토하였다. 참서대과 어류 10종에 대한 최적의 종 특이 프라이머를 선정하기 위하여 약 1,500 bp의 COI 유전자를 분석하였으며, 종간 특이적인 단일염기다형성 유전자가 3’ 말단에 위치하도록 프라이머를 제작하였다. 제작된 10종에 대한 종특이 정방향 프라이머는 동일한 PCR조건과 전기영동을 통해 육안으로 식별이 가능할 정도의 PCR 산물의 상대적인 크기를 고려하였다. 다중 PCR 분석을 위해 종특이 정방향 프라이머는 모두 혼합되어 사용되었으며, 그 결과 세네갈개서대(208 bp), 용서대(322 bp), 큰입개서대(493 bp), 큰 비늘개서대(754 bp), 박대(874 bp), 칠서대(952 bp), 참서대(1,084 bp), 긴개서대(1,198 bp), 개서대(1,307 bp), 기니개서대(1,483 bp)에 해당하는 종 특이적인 증폭을 확인하였다. 또한 이들의 PCR 민감도를 측정한 결과 0.1~1.0 ng/μ l의 농도까지 검출이 가능한 것을 확인 하였다. 본 연구에서 확인된 참서대과 어류 10종에 대한 종특이 프라이머는 특이도 및 민감도가 우수하며 향후 수산물의 수출입 및 유통 관리에 사용이 이루어진다면 정확한 종명 표기가 가능하여 국민 먹거리 안전을 위한 효과적인 방법이 될 것이다.

• 생태와환경
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• 제53권2호
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• pp.173-184
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• 2020

본 연구는 서부 민간인통제선 일대 둠벙에 서식하는 저서 성대형무척추동물 종 다양성 및 군집 구조를 규명하여 향후 보전방향을 제안하고자 하였다. 조사 결과 3문 5강 17목 59과 192종의 저서성대형무척추동물이 출현하였다. 다른 지역의 둠벙(61~131종), 다른 유형의 정수성 습지(47~92종), 그리고 우포늪 등의 보호습지(48~135종)와 비교할 때, 서부 민간인출입통제구역 일대 둠벙에서 더 다양한 분류군이 출현하는 것으로 나타났다. 환경부 지정 멸종위기야생생물 물방개, 물장군, 대모잠자리를 포함 28종의 특이종이 확인되었으며, 98곳의 조사지에 특이종이 하나 이상 분포하는 것을 확인하였다. 한편 섭식기능군 및 서식기능군 분석에서 이동성이 높은 무리의 우점이 나타난 점, 개별 조사지의 다양도와 특이종의 출현 빈도가 반드시 비례하지는 않는 점을 함께 고려할 때, 서부 민간인출입통제구역 일대 둠벙의 높은 종 다양성은 둠벙과 인근 수생태계의 연결성을 통해 유지되는 것으로 보여진다. 그러므로 서부 민통선 일대 둠벙의 생물 다양성 보전계획을 수립할 때 특별히 종 다양성이 높은 몇 개 둠벙만을 점적으로 보전하는 접근은 부적절할 수 있으리라 판단되며, 둠벙을 포함한 수서생물의 이동성 서식지 전반의 연결성을 고려한 접근이 적절할 것으로 생각된다.

• 한국균학회지
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• 제36권2호
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• pp.138-143
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• 2008

토마토 잿빛곰팡이병균(B. cinerea)은 비닐하우스에서 재배할 때 토마토의 꽃과 줄기의 감염을 통해 매우 심각한 피해를 입힌다. 이 연구에서 토마토에 발병하는 잿빛 곰팡이병균의 검출 및 종 동정을 위해 새로운 종 특이적 primer set가 개발되었다. 종 특이적 primer(BTF1/BTR1)는 B. cinerea와 유전적으로 매우 유사한 진균들의 pyruvate carboxylase(pyc) 유전자 내부의 변이영역으로부터 설계되었다. 10개의 다른 기주식물에서 분리된 13균주의 모든 B. cinerea에서 112 bp 크기의 PCR 산물들이 만들어졌다. 그러나 6종의 다른 Botrytis 속균, 4종의 Botryotinia 속균, 5종의 Sclerotinia 속균 및 그 이외 16속의 다른 식물병원균들에 대해서는 PCR 반응이 나타나지 않았다. 종 특이적 primer의 반응민감도 한계는 대략 2 pg이었다. 자연상태에서 B. cinerea에 감염된 토마토 식물체와 인공적으로 접종된 식물체로부터 종 특이적 primer를 활용한 병원균의 PCR 검출이 이루어졌다. 이 연구결과로 미루어 새롭게 개발된 primer는 높은 반응민감도와 종 특이성을 나타내 추후 토마토 잿빛곰팡이병의 빠른 진단 및 병원균의 정확한 동정에 활용될 수 있을 것으로 판단된다.

• 생명과학회지
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• 제27권11호
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• pp.1331-1339
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• 2017

미토콘드리아 게놈에 존재하는 시토크롬C 산화효소 서브유닛 I (cytochrome C oxidase subunit I, COI) 유전자의 DNA 염기서열을 기반으로 하는 종 판별은 수산물 자원의 지속적인 개발과 어류 다양성 보존을 위해 폭넓게 적용되고 있다. 본 연구에서는 한국에서 소비되는 옥돔과 가짜 옥돔으로 둔갑하는 옥두어의 종 판별을 위한 분석법을 개발하였다. 옥돔과 옥두어, 두 종의 종 판별과 검증을 위해 미토콘드리아 게놈의 DNA 염기서열 차이를 이용하여 real-time PCR법에 의해 분석하였다. 미토콘드리아 DNA 서열의 생물정복학적 분석에서 옥돔과 형태학적 옥돔 유사종인 옥두어, 두 종 사이에 COI 유전자 내에서 상당히 유사한 DNA 서열 부분과 일부 서열 변화 부분이 확인되었다. 명확하게 종 판별을 하기 위해 COI 유전자 내에서 일부 변화된 서열에서 종 특이적 프라이머를 디자인하였다. 10 개체의 옥돔과 옥두어에서 게놈 DNA을 추출하여 옥돔과 옥두어의 종 특이적 프라이머를 이용하여 real-time PCR 시스템에 의해 분석되었다. 이러한 real-time PCR 시스템을 이용한 genomic DNA 기반의 분자 기술은 동물 조직의 분류학적 분류를 위한 신뢰할 수 있는 방법을 제공한다. 옥돔판별을 위해, 옥돔 DNA에서 옥돔 종 특이적 프라이머를 이용한 Ct 평균값($21.85{\pm}3.599$)과 옥두어 DNA에서 옥돔 종 특이 프라아머를 이용한 Ct 평균값($33.49{\pm}1.183$) 차이를 나타내었다. 그리고 옥두어판별을 위해, 옥두어 DNA에서 옥두어 종 특이적 프라이머를 이용한 Ct 평균값($22.49{\pm}0.908$)과 옥돔 DNA에서 옥두어 종 특이 프라아머를 이용한 Ct 평균값($33.93{\pm}0.479$)을 통해 옥돔과 옥두어의 각 종 특이 프라이머의 효율성, 특이성 및 교차 반응성 측정은 통계적으로 유의한 차이를 보여 주었다. 제안된 방법은 10개의 상용 샘플로 검증이 되었다. 따라서, threshold cycle (Ct) value와 같은 real-time PCR 결과 분석에 의해 종 판별이 가능하였다.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2004년도 The 3rd Annual Conference for The Korean Society for Bioinformatics Association of Asian Societies for Bioinformatics 2004 Symposium
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• pp.21-28
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• 2004

모든 생명체의 genetic information에는 보존적 염기서열과 다형적 염기서열이 존재한다. 다형적 염기서열과 보존적 염기서열은 하나의 종(species)을 감별하거나, 여러 종류의 종을 동시에 감별할 수 있는 genotyping의 표지자로 각각 이용될 수 있다. 본 논문은 병원성 감염질환 세균, 식중독 유발 세균, 생물의약품 오염 유발 세균 및 환경오염 세균 등 세균의 존재 유무와 속과 종 감별을 위해 대부분 세균 종의 보존적 염기서열과 다형적인 염기서열을 포함하고 있는 23S rDNA 유전자의 표적 염기 서열로부터 고안된 세균 특이적(bacterial-specific), 속 특이적(genus-specific), 종 특이적(species-specific) 올리고 뉴클레오티드프로브와 프라이머를 디자인하는 시스템을 소개한다. 시스템을 통해서 얻어진 프로브와 프라이머들은 PCR을 통한 검증단계를 거쳐서 디자인 결과의 정확성을 확인하였다. 본 시스템의 이용으로 프로브와 프라이머를 디자인하는데 몇 주가 소요되는 시간을 몇 일 내로 줄일 수 있었으며, 체계적인 데이터의 관리로 결과의 정확성을 높일 수 있었다.

• 한국동물번식학회:학술대회논문집
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• 한국동물번식학회 2003년도 학술발표대회 발표논문초록집
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• pp.48-48
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• 2003

본 실험은 spermatogonia 단계에 발현하는 유전자를 찾기 위하여 suppression subtractive hybridization를 수행하였다. 기존에 mouse에서는 spermatogonia 특이적인 유전자들이 밝혀져 있기 때문에 pig에 특이적인 유전자를 찾기 위하여 pig 250days testis와 pig 60days testis를 재료로 하여 실험하였다. SSH를 통하여 254days testis에 특이적으로 발현되는 후보유전자를 7개 찾았고 25days testis와 60days testis 의 Northern blot을 통하여 25days에 과발현하고 60days에 발현의 양이 대폭 줄어드는 spermatogonia 유전자로 생각되는 후보유전자 2개를 선택하여 pig tissue northern blot, genomic DNA southern blot, RT-PCR 그리고 In-situ hybridization을 수행하였다. Tissue northern blot과 RT-PCR을 통하여 후보자 1번은 간과 폐, 난소, 정소에서 발현하고, 후보유전자 15번은 난소와 정소에서만 특이적으로 발현함을 알았다. DNA sequence analysis와 NCBI Blast search를 통하여 후보자 1번은 다른 종에서 밝혀진 유전자였고 후보유전자 15번은 어느 종에서도 밝혀지지 않은 새로운 유전자였다. Degenerated primer를 통하여 후보자 1번의 pig full sequence를 밝히고 NCBI에 등록하였다. 그리고 In-situ hybridization을 통하여 후보유전자득이 20일째 testis의 Leydic cell에서 많이 발현되고 adult testis에서는 발현이 감소하는 결과를 얻었다. 이것으로 보아 위의 두 후보유전자는 spermatogonia에 직접 관련된 유전자이기 보다는 spermatogonia의 발달에 영향을 주는 leydic cell 특이발현을 가진 유전자로 사료되어진다.