• 보건세계
• /
• 제40권12호통권448호
• /
• pp.26-28
• /
• 1993

세포나 미생물의 특정 DNA 부위를 증폭하고자 할때 이용되는 PCR(polymerase chain reaction, 핵산중합효소 연쇄반응)은 1983년 미국 Cetus사의 Mullos에 의해 고안되었고, 그후 PCR에 의한 마이코 박테리아의 동정 및 검출이 특정 염기서열의 연구가 이루어지면서 활발히 시도되었으며, 아이젠하크 등은 IS6110을 이용하여 본격적으로 PCR이 결핵균 검출에 유용한 도구로 사용될 수 있다는 가능성을 제시하였다. PCR에 의한 DNA증폭은 단시간 내에 이루어진다는 장점 때문에 유전병 및 미생물의 진단에 이용될 뿐 아니라 법의학 분야 및 장기이식에 따른 조직접합 시험에도 이용될 것으로 예상된다. 이에 따라 국내에서도 결핵연구원에서 최초로 일반 임상검사에 적용함으로써 현재 많은 호평을 받고 있는 PCR에 대하여 알아본다

• 한국콘텐츠학회:학술대회논문집
• /
• 한국콘텐츠학회 2018년도 춘계 종합학술대회 논문집
• /
• pp.15-16
• /
• 2018

NGS 분석과정에서는 정확도를 높이기 위해서 중합 효소 연쇄반응 (PCR)을 통해 DNA 리드들을 증폭한다. PCR 증폭은 DNA 리드의 중복을 발생시키며 중복으로 인해 NGS 과정의 정확성이 저하되는 문제가 발생한다. 본 논문에서는 DNA 리드 중복을 제거하는 도구중 하나인 Samblaster 의 병렬화를 위한 DNA 리드 분할 방법을 제안한다. DNA 리드를 분할하여 Samblaster를 병렬 실행 하도록 하여 수행시간을 단축 할 수 있도록 한다.

• Journal of Plant Biology
• /
• 제38권3호
• /
• pp.267-274
• /
• 1995

Based upon the nucleotide sequence of As strain of cucumber mosaic virus (CMV-As0 RNA4, coat protein (CP) gene was selected for the design of oligonucleotide primers of polymerase chain reaction (PCR) for detection and identification of the virus. Reverse transcription and polymerase chain reaction (RT-PCR) was performed with a set of 18-mer CMV CP-specific primers to amplify a 671 bp fragment from crude nucleic acid extracts of virus-infected leaf tissues as well as purified viral RNAs. The minimum concentrations of template viral RNA and crude nucleic acids from infected tobacco tissue required to detect the virus were 1.0 fg and 1:65,536 (w/v), respectively. No PCR product was obtained when potato virus Y-VN RNA or extracts of healthy plants were used as templates in RT-PCR using the same primers. The RT-PCR detected CMV-Y strain as well as CMV-As strain. Restriction analysis of the two individual PCR amplified DNA fragments from CMV-As and CMV-Y strains showed distinct polymorphic patterns. PCR product from CMV-As has a single recognition site for EcoRI and EcoRV, respectively, and the product from CMV-Y has no site for EcoRI or EcoRV but only one site for HindIII. The RT-PCR was able to detect the virus in the tissues of infected pepper, tomato and Chinese cabbage plants.

• 한국축산식품학회지
• /
• 제33권5호
• /
• pp.610-616
• /
• 2013

본 연구에서는 영유아에게 치명적인 감염을 일으키는 C. sakazakii에 대하여 LAMP 검출법을 개발하였다. LAMP법에 의한 C. sakazakii의 검출율은 100%였으며 13개의 음성 지표군에 대해서는 모두 음성 반응을 보여 특이도가 매우 높은 것으로 판단되었다. 또한, HhaI과 NruI 두 개의 제한 효소를 LAMP product에 반응시킨 결과, 유전자의 특정 염기서열이 절단되는 것을 확인하였으며, 이를 통해 LAMP 검출법에 의해 증폭된 DNA가 C. sakazakii-specific ompA임을 확인하였다. 조제분유에 오염 된 C. sakazakii를 LAMP법으로 검출 시 검출한계는 $10^0$ CFU/mL이었으며 이는 기존의 PCR법이나 real-time PCR법에 비해 100-10,000배 높은 수준으로 민감도가 매우 높은 것으로 판단되었다. 이와 같이 높은 특이도와 민감도를 가진 LAMP 검출법은 C. sakazakii와 같은 급성 기회 감염균이나 병원성 미생물에 의한 식중독 발생시 현장에서 병원체를 간편하고 신속하게 검출할 수 있는 기술로 기대된다.

• 폴리머
• /
• 제28권3호
• /
• pp.218-224
• /
• 2004

고분자 생체재료에서 세포부착과 성장은 재료의 적심성, 화학구조, 표면전하 및 거칠기 등의 표면 성질에 의존한다. 본 연구에서는 저밀도 폴리에틸렌 필름 (LDPE)의 표면 적심성과 골수유래 줄기세포의 증식 및 성장성을 측정하기 위하여 플라즈마 처리를 실시하였으며 개질된 필름 표면의 특성을 조사하였다. 또한 LDPE 필름에서의 세포부착과 증식률은 세포수 관찰과 역전사 중합효소 연쇄반응으로 확인하였다. 표면성질의 하나인 물 접촉각 측정 결과 플라즈마 처리 시간이 길어짐에 따라 필름표면의 접촉각이 감소하였으며 암형성 유전자와 암억제 유전자의 발현률이 60∼70$^{\circ}$ 사이에서 높음을 확인할 수 있었다. 또한 세포수 관찰을 통해 접촉각이 60∼70$^{\circ}$인 표면에서 세포 증식률이 우수하여 표면성질이 세포의 성장과 분화에 중요함을 확인하였다.

• 미생물학회지
• /
• 제38권3호
• /
• pp.198-204
• /
• 2002

폴리오 바이러스는 전형적인 장관계 바이러스로 마비, 무균성 수막염, 뇌염 등을 유발한다. 폴리오 바이러스는 분변-구강 경로를 통해 전파되며, 오염된 물을 음용수로 사용할 시 공중 보건에 문제가 될 수 있으므로 먹는 물에서 폴리오 바이러스를 검출하는 것은 중요하다. 감염성이 있는 바이 러스와 불활성화(열처리와 자외선 처리)시킨 바이러스를 세포배양법, 역전사 중합효소 연쇄반응법(reverse transcription-polymerase chain reaction: RT-PCR)그리고 세포배양-중합효소 연쇄반응 통합법(integrated cell culture-PCR: ICC-PCR)으로 검출 실험을 했다. 감염성이 있는 폴리오 바이러스는 세 가지 방법으로 모두 검출이 되었으며, 이 중에서 바이러스를 검출하는데 ICC-PCR 방법이 가장 민감했다. 세포배양법은 적은 수의 바이러스를 검출하는데 약 2주의 긴 시간이 걸렸다. 열처리나 자외선 처리로 불활성화된 바이 러스는 세포배양과 ICC-PCR방법으로는 검출이 되지 않았다. 자외선 처리한 바이러스는 RT-PCR 방법으로 검출되지 않았으나 열처리한 바이러스는 검출되었다. RT-PCR 방법은 감염성 바이러스뿐 아니라 불활성화된 바이러스도 검출할 수 있으므로 감염성이 있는지 없는지를 구분할 수 없는 단점이 있다. 이와 같은 결과는 감염성 있는 바이러스를 가장 민감하고 효과적으로 검출하는 방법이 ICC-PCR 방법이라는 것을 제시하여 준다.

• 한국양봉학회지
• /
• 제32권2호
• /
• pp.99-109
• /
• 2017

DWV, IAPV, KBV, SBV, BQCV, kSBV, SBPV and Paenibacillus larvae, Mellisococcus plutonius, Lysinibacillus fusiformis, Klebsiella oxytoca의 뒤영벌 병원체들에 대한 다중 실시간 중합효소 연쇄반응법(PCR)을 개발하였다. 하나의 시료에서 추출된 핵산은 11종 PCR들에 같은 시간 및 조건으로 사용될 수 있으며, 각 병원체 특이 표적 DNA가 PCR 기질로 1000분자가 존재한다면, 해당 특이 PCR 증폭산물들은 정성적, 정량적으로 20분안에 성공적으로 증폭되었다. 우리가 제안하는 이 다중 PCR 검출법이 뒤영벌의 국제교역을 위한 검역검사에 사용되기를 기대한다.

• 미생물학회지
• /
• 제36권2호
• /
• pp.142-149
• /
• 2000

국내에서 유행하는 Plasmodium vivax의 유전자를 조작하여 만든 재조항 Circumsporozrozite(CS) 단백질 (22)을 이용하여 말라리아에 대한 혈청학적 검사의 유용성을 평가하였다. 최초발병일로부터 진단까지 걸린 기간을 기준으로 환자들의 면역반응을 Western blot으로 알아본 결과, 15일 이내에 진단받은 환자들은 43.8%(14/32)가 양성반응을 보였고, 16일 이상 경과한 환자들은 94.4%(17/18)가 양성반응을 보여 전체적으로는 62%(31/50)의 양성률을 보였다. Blood stage 항원에 대한 항체를 갖고 있음에도 불구하고 재조합 CS단백질 항원에 대해 음성인 환자들이 22.6%(7/31)였다. 비유행지 주민(경북 예천군)들은 10.7%(3/28),유행시 주민(인천시 강화군)들은 27.6%(13/47)의 재조합 CS 단백질에 대한 항체 양성을 보였다. 재조합 CS 단백질 항원의 역학조사시 유용성을 알아보기 위하여 말라리아 유행지인 경기도 파주시 조산리, 마정리, 항양리, 뇌조리 거주 주민 422명의 전혈을 채취하여 혈액도말법과 중합효소연쇄 반응법으로 항원검사를 실시하였으며 blood stage 항원을 이용한 간접면역형광법과 재조합 CS 단백질 항원을 이용한 효소면역측정법으로 말라리아 항체보유 여부를 조사하였다. 혈액도말법에서는 422명 모두 음성이었으나, 중합효소연쇄반응법에서는 2명(0.47%)이 양성이었다. 간접면역형광법에서는 42명(9.95%), 재조합 CS 단백질 항원을 이용한 효소변역측정법에서는 71명(16.82%)이 양성으로 나타났다. 두 검사에서 모두 항체 양성을 보인 사람은 8명(11.27%)에 불과하였다.

• 미생물학회지
• /
• 제28권2호
• /
• pp.91-97
• /
• 1990

생체내의 유해산소를 제거하는 superoxide dismutase (superoxide : superoxide oxidoreductase E.C.1.15.1.1) 중 세포질내에서 그 활성을 지니는 인체의 세포질 superoxide dismuta~ie (SODl) 유전자를 사람의 간 cDNA library로부터 동위원소로 표지된 oligonucleotide probe를 이용, in situ plaque hybridization 방법으로 선별 분리하여 내장균 벡터로 클로닝하였다. 이 클론은 SOD1 유전자의 5"L"TR과 3’UTR을 포함한 1.6 kb 정도의 cDNA였다 SOD1 구조유전자만을 선택적으로 분리하기 위해서 ATG를 포함하는 sense strand primer와 3’UTR 부위의 antisense strand primer를 이용하여 중합효소연쇄반응(Polymerase Chain Reaction) 방법을 써서 SOD1 구조유전자 부위만을 선택적으로 증폭시켰다. Taq DNA polymerase에 의해 증폭된 DNA를 벡터 pUCl9의 multiple cloning site (MCS) 내의 Hinc II 위치에 넣였으며 이 insert DNA를 M13 mp19으로 옮겨 dideoxy chain termination 방법으로 sequenase를 사용하여 염기서열을 결정하였다. 클론닝된 cDNA는 153개의 아미노산을 포함하고 있는 하나의 open reading frame (ORF)을 가셨다. 중합효소연쇄반응에 의해 이때 증폭된 SOD1 구조유전자를 $\lambda P_{L}$ 프로모터를 포함하고 있는 발현 벡터 pUPL에 옮긴 후 대장균에서 대량으로 발현시켰다. 이때 발현된 단백질 SOD1은 고유의 효소활성을 가지고 있었다.

• 생명과학회지
• /
• 제18권6호
• /
• pp.770-775
• /
• 2008

돼지 2번 염색체의 육질 관련 양적 경제형질에 관한 연구보고가 몇몇 이루어 지고 있다. 양돈업계에서 DNA 기술을 이용한 염색체 정보를 활용하기 위해 본 연구에서는 13개의 후보 유전자에서 생성된 중합효소연쇄반응(PCR) 생성물을 비교 재서열 함으로써 단일염기변이(SNP) 표지들을 개발했다. 11개의 중합효소연쇄반응 생성물에서 296 bp마다 에서 평균 하나의 SNP, 총 34개의 SNP를 발견하였다. 또한 11개의 SNP에 대한 PCR 제한효소길이 절편길이 다형성(RFLP) 분석을 전개한 후, 이를 대한민국 상업돈 4품종 개체군의 유전자형을 분석하는데 활용하였다. 본 연구는 유용한 단일염기변이를 식별하고 돼지 개체군 내 경제적으로 중요한 특성들과 SNP의 연관성을 확인하는 데 그 목적이 있다.