Given the explosion of genomic data and expansion of applications such as precision medicine, the importance of efficient genome-database management continues to grow. Traditional compression techniques may be effective in reducing the size of a database, but a new challenge follows in terms of performing operations such as comparison and searches on the compressed database. Based on that many genome databases typically have numerous duplicated or similar sequences, and that the runtime of genome analyses is normally proportional to the number of sequences in a database, we propose a technique that can compress a genome database by eliminating similar entries from the database. Through our experiments, we show that we can remove approximately 84% of sequences with 1% similarity threshold, accelerating the downstream classification tasks by approximately 10 times. We also confirm that our compression method does not significantly affect the accuracy of taxonomy diversity assessments or classification.
Proceedings of the Korean Society of Broadcast Engineers Conference
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2011.11a
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pp.172-175
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2011
높은 효율을 가진 비디오 압축 코덱인 H.264/AVC는 예전보다 압축 성능을 향상 시키기 위한 방법 중 하나로 율-왜곡 최적화 기법이라는 것을 사용한다. 이 기법은 압축된 결과를 가지고 손실과 압축률 두 가지를 모두 고려하여 어떤 경우가 더 최적의 압축인가 하는 것을 판별하는데, 여기서 모든 경우에 대해 압축을 수행해야 함으로 이전 보다 몇 배나 높은 복잡도를 가질 수 밖에 없다. 이러한 문제를 해결하고자 하는 노력으로 본 논문에서는 SAHTD(Sum of Absolute Hadamard Transform Difference)라는 기준을 사용하여 이를 이용해 율-왜곡 최적화 기법을 사용하지 않거나, 사용을 최소화 하면서 압축 효율을 유지하는 방법을 제시하였다. 본 논문에서는 휘도 신호 $8{\times}$8과 $4{\times}4$블록을 위한 방법을 제시하고 있다. 이 두 가지 크기의 블록에 대해서 SAHTD값을 구해 SAHTD가 낮은 순으로 모드들을 정렬하고, 이것이 가장 낮은 3개의 모드를 선택해 이것 중에 MPM이 포함되지 않았을 경우에 대해서는 MPM을 포함해 4개의 모드를 선택해 압축을 수행하도록 한다. 여기서 얻은 모드들 중에 SAHTD값이 일정 값 이상 더 낮은 모드가 존재할 경우, 그 모드들에 대해서만 율-왜곡 최적화 기법을 수행한다. 이를 통해 최적의 모드일 가능성이 낮은 모드들에 대한 부가적인 연산 수행을 방지하게 된다. 휘도신호 16x16이나 색차 신호 압축의 경우에는 SAHTD를 사용하여 가장 낮은 SAHTD값을 갖는 모드를 최적의 모드로 결정한다. JM 참조 소프트웨어를 통한 실험결과 제안된 기법은 기존 JM의 방식에 비해 화면 내 프레임의 부호화 시간의 82.2% 감소와 0.042dB의 PSNR 감소율, 0.527%의 비트 증가율을 보여주었다.
Zhang, Xueyang;Paik, Ji Woong;Hong, Wooyoung;Ahn, Jae-Kyun;Kim, Seongil;Lee, Joon-Ho
The Journal of the Acoustical Society of Korea
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v.36
no.6
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pp.394-400
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2017
This paper shows the extension of SpSF (Sparse Spectrum Fitting) algorithm, which is one of covariance matrix fitting-based DOA (Direction-of-Arrival) estimation algorithms, from the time domain to the frequency domain, and presents that SpSF can be implemented in the frequency domain. The superiority of the SpSF algorithm has been demonstrated by comparing DOA estimation performance with the performance of Conventional DOA estimation algorithm in the frequency domain for sinusoidal incident signals.
In order to examine the possibility of incineration of inderstrial by-product and wastes which contains a large percentage of chlorine by the cement kiln, measured heat of hydration, setting time, flow, change of length, compressive strength of OPC by the amount of KCl. The result was that a shorter setting time, a lower flow, a increasing the degree of initial shrinkage, a increasing of compressive strength before 3 days and decrease after 7 days by the induction period is shorter as promote the hydration with KCl.
In this study, we allocate bits by quantizing these fractal coefficients through a quantizer which can extract the probability distribution. In the coding process of IFS, a variable size block method is used to shorten the coding time and improve the compression ratio. In the future, it will be necessary to further improve the coding time and the compression rate while maintaining the best image quality in the fractal coding process.
In the conventional fractal image compression in the DWT(discrete wavelet transform), the domain and range blocks were classified as B${\times}$B block size first before all domain block for each range block was searched. The conventional method has a disadvantages that the encoding time takes too long, since the domain block for entire image was searched. As an enhancement to such inefficiencies and image quality, this paper proposes wavelet-based fractal image compression with multiscale factors. Thus, this proposed method uses multiscale factor along each level and band to enhance an overall image quality. In encoding process of this method, the range blocks are not searched for all the domain blocks; however, using the self affine system the range blocks are selected from the blocks in the upper level. The image qualify of the conventional method is 32.30[dB], and the proposed method is 35.97[dB]. The image quality is increased by 3.67[dB].
2008년 발사를 목표로 개발되고 있는 통신해양기상위성(COMS: Communication, Ocean and Meteorological Satellite)는 기상 관측과 해양 관측 임무 및 통신 임무까지 수행하는 정지궤도 위성이다. 통신해양기상위성은 크게 탑재체와 지상국으로 나눌 수 있고 지상국은 다시 통신 임무를 위한 CTES(Communication Test Earth Station), 해양/기상 임무를 위한 IDACS(Image Acquisition and Control System), 그리고 위성 관제와 운영을 위한 SGCS(Satellite Ground Control System)로 구분된다. 이 중 IDACS의 서브시스템 중 하나인 LHGS(LRIT/HRIT Generation Subsystem)는 LRIT/HRIT(Low Rate Information Transmission/High Rate Information Transmission)를 생성하고 배포하는 기능을 가지고 있다. 관측 종료 후 LRIT/HRIT 전송 완료까지 15분 이내로 이루어져야 한다는 기상청의 요구사항을 만족하기 위해서 JPEG 압축 시간도 중요한 요소로 고려되어야 한다. 그래서 본 논문에서는 MTSAT에서 받은 LRIT/HRIT의 자료 처리를 바탕으로 lossless JPEG와 lossy JPEG의 압축 시간을 측정하여 압축률을 비교하여 성능 분석을 해보기로 한다. 이렇게 도출해낸 수치자료는 COMS LHGS 설계에 활용할 수 있다.
Proceedings of the Korea Concrete Institute Conference
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2008.11a
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pp.781-784
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2008
In this paper, insulating effect and strength development of concrete under low temperature are reported varying curing sheets. According to test results, in temperature -5$^{\circ}$C concrete subject to exposure and air cap condition, result in a frost damage at early age by a fall of below zero temperature. Mean while, the combination of PE film and non-woven fabric maintained around 3 $^{\circ}$C within first 24 hours since placement. For double bubble sheets, concrete temperature maintained above 7$^{\circ}$C due to its excellent heat insulating capability. As a result of core strength test, strength of specimens cured with viny + non-woven fabric and double bubble sheets had higher strength than strength of other specimens due to good heat insulation effect at early age.
Kim H. W.;Park W. G.;Jung Y. R.;Kim K. S.;Moon S.-G.
한국전산유체공학회:학술대회논문집
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1995.10a
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pp.225-234
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1995
터빈익렬내부의 유동해석을 위해 비압축성 점성유동해석을 이용한 수치 해석 프로그램을 개발하였다. 지배방정식으로는 2차원의 비정상 비압축성 Navier-Stokes 방정식을 일반화된 곡선좌표계로 전환하여 암시적으로(implicitly) 반복적인 시간진행방법을 이용하여 유동해석을 하였다. 지배방정식의 각항들은 시간에 대해 1차의 정확도 그리고 영역에 대해서는 2차의 정확도, 대류항에 대해서는 3차의 정확도를 가지는 Upwind기법을 적용하였다. 특히, 실험적 접근이 매우 어려운 터빈의 정익과 회전하고 있는 동익과의 상호운동을 멀티블럭기법과 데이터 interface를 통해 보다 쉽게 해석할 수 있었다. 본 연구결과는 정익만을 계산한 타 연구자의 결과와의 비교시 매우 일치하였으며 물리적인 유동을 잘 파악할 수 있었다. 난류유동 해석을 위해서 Baldwin-Lomax 모델을 적용하였다.
Journal of the Institute of Convergence Signal Processing
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v.6
no.3
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pp.120-126
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2005
This paper presents the 3D wavelet based video compression system using quad-tree algorithm. The 3D wavelet based video compression system removes the temporal correlation of the input sequences using the motion compensation filter and decomposes the spatio-temporal subband using the spatial wavelet transform. The proposed system allocates the higher bit rate to the low frequency image of the 3D wavelet sequences and improves the 0.64dB PSNR performance of the reconstructed image in comparison with that of H.263. In addition to the limitation on the propagation of the motion compensation error by the 3D wavelet transform, the proposed system progressively transmits the input sequence according to the resolution and rate scalability.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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