• 미생물학회지
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• 제39권3호
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• pp.123-127
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• 2003

Sphingomonas chungbuken교 DJ77은 phenanthrene을 단일 탄소원과 에너지원으로 이용하여 살아갈 수 있다. pUPXS는 phenanthrene과 naphthalene분해를 위해 필요한 2-hydroxychromene-2-carboxylate (HCCA) isomerase를 암호화하는phnS유전자를 포함한다. 본 논문에서는 phnS유전자가 포함된 3271 bp의 염기 서열을 결정하였다. 이 유전자는 ATG를 개시코돈으로 사용하며, TAA를 종결 코돈으로 사용하고 있다. 또한 개시 코돈의 5 bp앞쪽으로 GGAA라는 ribosomal binding site를 갖는다. phnS는 총 594 bP의 open reading frame을 포함하며,158개의 아미노산으로 구성되었다. phns를 구성하는 아미노산서열은 S. aromaticivorans F199의 유사서열과 87％의 유사성을 나타냈다. phns 유전자는 biphenyl dioxygenase를 구성하는 2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase를 암호화하는 phnQ와 ferredoxin를 암호화 하는 phnR과 같은 operon을 이루며, 이들 유전자의 downstream에 위치하고 있다.

• 한국콘텐츠학회:학술대회논문집
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• 한국콘텐츠학회 2016년도 춘계 종합학술대회 논문집
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• pp.187-188
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• 2016

열대열 말라리아(Plasmodium falciparum, P. falciparum, P. f) 신속진단키트의 경우, P. falciparum에 특이적인 단백질로써 Histidine Rich Protein 2 (PfHRP2)가 사용되고 있다. 그러나 최근 연구에서 남아메리카와 중앙아메리카를 중심으로 pfhrp2/pfhrp3 유전자가 결여된 P. falciparum 열원충이 나타나는 것으로 보고된 바 있다. 본 연구에서는 생물정보학을 기반으로 PfHRP2 항원 단백질을 대체할 수 있는 새로운 P. falciparum 특이 항원 단백질을 선정하고자, PlasmoDB에서 5,777개의 P. falciparum 관련 단백질 리스트를 얻었다. 이후 NCBI BLAST를 통해 단백질 아미노산 서열을 분석하고 정상인에게 존재하지 않으며, 동시에 다른 말라리아 열원충(P. vivax, P. ovale, P. malariae, P. knowlesi)에도 존재하지 않는 P. falciparum 특이 아미노산 서열을 가진 단백질 15개를 추출하였다. IEDB analysis를 이용하여 에피토프, 수용성, 베타-턴, 접근성, 유연성, 면역원성을 분석하여 높은 평균값을 갖는 상위 3개 단백질을 선별하였다. KEGG pathway와 EMBL-EBI를 통해 선별된 3개 단백질의 혈액내 검출 가능성 및 아미노산 서열의 보존성을 분석하여 최종적으로 Glutamate-Rich Protein (GLURP)을 선정하였다. AIDA를 통해 단백질 아미노산 서열을 이용한 3차 구조 예측으로 GLURP의 구조 및 항체와의 결합을 도식화하였다. 최종적으로 선정한 GLURP는 pfhrp2/pfhrp3 유전자 결여 P. falciparum까지 특이적으로 진단이 가능하여 차세대 P. falciparum 특이 신속진단키트 개발에 도움이 될 수 있을 것으로 기대한다.

• 식물분류학회지
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• 제40권4호
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• pp.234-239
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• 2010

핵 리보좀 DNA ITS 구간의 염기서열 정보를 이용하여 한국산 산형과 개발나물속의 분자 계통학적 연구를 수행하였다. ITS 계통수는 한반도 고유종인 대암개발나물(S. heterophyllum)이 한반도에 생육이 보고된바 없는 러시아 우수리지역의 고유종인 S. tenue와 동일한 종임을 밝혔다. ITS 1과 ITS 2 구간의 염기서열 비교시 S. tenue와 인천 문수산에 생육하고 있는 대암개발나물이 100% 일치함을 확인할 수 있었다. 또한 ITS 구간의 염기서열은 최근 신종으로 발표된 세잎개발나물(S. ternifolium)이 개발나물속의 다른 분류군과 뚜렷하게 구별됨을 지지하고 있었다. 세잎개발나물은 유연관계가 가장 가까운 일본 고유종 S. serra의 ITS 염기서열 비교시 1.4와 1.6%의 차이점을 가지고 있음이 확인되어 종으로서의 처리가 적합함을 확인할 수 있었다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제51권4호
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• pp.365-370
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• 2012

콩과(Fabaceae) 작물 해충인 팥나방(Matsumuraeses phaseoli)과 어리팥나방(M. falcana) (나비목: 잎말이나방과)은 형태적으로 매우 유사하여 종 구별이 힘든 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 PCR-SSP(PCR with Sequence Specific Primers) 방법으로 두 종을 빠르고 정확하게 구별할 수 있는 판별법을 찾고자 두 종의 미토콘드리아 시토크롬 옥시다제 I(mtCOI) DNA 부분영역(439 bp)의 염기서열을 해독하였다. 그리고 다른 나방 종의 mtCOI 염기서열과 함께 나열하여 비교한 후 팥나방과 어리팥나방에서 종 특이적으로 차이가 나는 단일 뉴클레오티드를 프라이머의 3' 말단으로 하는 염기서열 특이 프라이머 조합을 만들었다. PCR 산물들을 전기영동 한 결과, 어리팥나방은 245 bp, 팥나방은 409 bp와 245 bp의 특이적 밴드 패턴을 보여 두 종을 구별할 수 있었다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제18권1호
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• pp.75-84
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• 2002

한국산 총알고둥(Littorina brevicula)의 지리적 변이를 조사하기 위하여 동해안, 남해안, 서해안에서 총 11개 집단 106개체를 대상으로 미토콘드리아 DNA cytochrome b 유전자의 염기서열을 분석하였으며, 분석 결과 총 500 bp의 염기서열을 검출하였다 검출된 염기서열을 대상으로 염기치환 유무 및 치환 장소를 비교한 결과 13종류의 haplotype으로 구분되었으며, 그 중 LbA가 주 haplotype으로 나타났다. LbA의 평균 출현빈도는 0.877이었으며, 동해안은 0.82, 남해안 0.70, 서해안 1.00으로 각각 나타나 동해안 집단이 타 집단에 비해 haplotype의 다양성이 더 높았다. 특히 오염지역과 비오염지 역간의 비교에서는 8종류의 haplotype이 구분되었으며, 역시 LbA가 주 haplotype으로 나타났다.

• 농업과학연구
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• 제27권1호
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• pp.33-38
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• 2000

본 연구는 한우와 Holstein종의 $\kappa$ -CN 유전자 발현조절부위, 즉 $\kappa$ -CN gene 5'-flanking region에 대한 특성을 구명하기 위하여 specific primer를 이용하여 PCR(polymerase chain reaction) 방법으로 분석하였다. PCR 증폭 결과, 349bp 크기의 증폭산물을 얻었으며 한우와 Holstein종의 $\kappa$ -CN 유전자의 발현조절부위의 염기서열 분석결과에 있어서는 -82bp에서 -431bp까지 분석되었으며, 종간의 염기서열 비교에서 -386bp에서는 Holstein종에서는 T 염기가 한우에서는 C 염기로 치환되었으며, -241bp와 -192bp에서는 Holstein종에서는 T 및 C 염가가 존재하였으나, 한우에서는 결실되었다. 또한, -183bp에서는 한우에서는 T 염기가 존재하였으나, Holstein종에서는 염기가 결실되어 있음을 알 수 있었다. 또한 한우와 Holstein 종간의 상동성 분석에 있어서는 한우 $\kappa$ -CN 유전자 발현조절부위의 염기서열이 Holstein종과 98.9% 의 상동성을 보였다.

• 한국균학회지
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• 제41권3호
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• pp.200-204
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• 2013

일부 자낭균류는 Dihydroxynaphthalene(DHN) 멜라닌을 가지고 있다. 본 연구는 배에 검은별무늬병을 일으키는 V. nashicola 균이 어떠한 형태의 멜라닌을 가지고 있는지 확인하고자 DHN 멜라닌 합성유전자중의 하나인 scytalone dehydratase(SD) 유전자의 부분 염기서열을 국내 여러 지역과 일본에서 분리된 11개 균주로부터 분석하였다. PCR 방법을 사용하여 429 bp 크기의 반응산물을 11개 균주 모두로부터 증폭하였고 염기서열을 분석하였다. 증폭된 PCR 산물은 GenBank database에 비교 탐색한 결과 SD 유전자로 판정되었다. 분석된 11개 균주의 SD 유전자에는 모두 1개의 인트론과 122개 아미노산을 코딩하는 2개의 엑손이 존재하였다. 이들 11개 SD 유전자 간에 염기서열은 100% 상동성을 보였다. 결정된 V. nashicola SD 유전자의 아미노산 서열의 유사도는 다른 곰팡이와 비교할 때 69~73%로 수준이었다. 본 연구 결과는 V. nashicola 균이 DHN 멜라닌 생합성 단계를 운영하고 있음을 입증하였다.

• 미생물학회지
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• 제33권2호
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• pp.92-96
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• 1997

Pseudomonas sp. strain DJ77로부터 클로닝한 catechol 분해와 관련된 phnDEFG 유전자들이 존재하는 pHENX7에서 phnF 유전자의 염기서열을 밝혔다. Extradiol dioxygenase 유전자인 phnE와, 2-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase를 생산하는 phnG 유전자 사이에 존재하는 유전자 phnF는 432 bps로 된 하나의 open reading frame(ORF)으로 존재하였고, 여기서 유추한 아미노산은 143개로 분자량 13,859 dalton의 polypeptide를 만들어 내고 있다. phnF 유전자는 Sphingomonas sp. strain HV3 catE 유전자 부위와 sphingomonas yanoikuyae B1의 xylE와 xylG 사이에 존재하는 ORF 부위의 염기서열과 각각 99%, 68.6%의 상동성을 가지고 있었다. 또한 PhnF 단백질의 아미노산서열은 citrobacter freundii DSM30040의 orfY 부위의 아미노산서열과 62.3%의 상동성이 있었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제38권2호
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• pp.136-143
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• 2010

국내에서 분리한 9균주의 Sorangium cellulosum로부터 중합효소연쇄반응(PCR)을 통해 polyketide synthase(PKS)의 ketosynthase(KS) domain을 암호화하는 DNA를 증폭하고, 플라스미드 벡터에 클로닝한 후, 염기서열을 결정하였다. 전체 83개의 클로닝된 DNA 조각을 분석하여 유사한 조각을 배제한 결과, 43조각이 KS domain을 암호화하는 독립된 DNA 조각으로 판명되었다. 43조각 중 32조각의 아미노산 서열이 이미 클로닝된 PKS 유전자의 아미노산 서열과 70%-100% 유사하였으며, 나머지 11 조각은 알려진 서열과 67% 이하의 상동성을 가져 새로운 PKS 유전자일 가능성이 매우 높음을 보여주었다.

• 미생물학회지
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• 제40권1호
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• pp.1-6
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• 2004

대구지역에서 수집한 50점의 김치 중에서 10점의 김치로부터 tetracycline내성 세균을 분리하였다. 이 균주들의 tetracycline에 대한 MIC는 25-100 mg/l 이상의 범위로 분포하였으며 다른 항생제에 대한 내성도 다양하였다. tet(M), tet(O)특이적 primer를 이용한 PCR에서 HJ9 한 균주에서만 tet(M)유전자가 검출되었으며, tet(M)은 플라스미드상에 존재하는 것으로 나타났다. HJ9 균주의 tet(M)부분 염기서열을 분석한 결과 기존에 보고된 Gram양성균의 tet(M)의 DNA 염기서열 및 아미노산 서열과 각각 90-99%, 94-100%의 높은 상동성을 보였다. 165 rRNA 염기서열을 분석한 결과 HJ9 균주는 Lactobacillus sakei로 동정되었다. 김치를 통하여서도 항생제 내성 유전자의 전파 확산이 가능할 것으로 생각된다.