• 제목/요약/키워드: 분자 계통

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우리나라에 발생하는 잿빛곰팡이병균 Botrytis cinerea의 분자계통학적 유연관계 (Molecular Phylogenetic Analysis of Botrytis cinerea Occurring in Korea)

  • 백창기;이승열;정희영
    • 한국균학회지
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    • 제42권2호
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    • pp.138-143
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    • 2014
  • 잿빛곰팡이병의 전형적인 병징을 나타내는 병든 사과, 고추, 딸기, 오이, 토마토에서 곰팡이를 분리하고, 그들의 배양학적 특성과, 형태적 특성 및 PCR-RFLP을 통해 이 병원성 곰팡이를 모두 Botrytis cinerea로 동정하였다. 또한, 배양학적 특징에 따라 사과, 고추, 오이에서 분리한 잿빛곰팡이병균의 표현형은 균핵형이며, 딸기와 토마토에서 분리한 잿빛곰팡이병균은 균사형이었다. 각각의 잿빛곰팡이병균의 ITS 영역 염기서열을 포함한 4종의 유전자(RPB2, HSP60, G3PDH)의 염기서열을 결정하고 분자계통학적 유연관계를 분석하였다. RPB2 유전자 염기서열을 제외한 ITS 영역, HSP60유전자 및 G3PDH 유전자의 염기서열은 Botrytis cinerea 종 내 뿐만 아니라 Botrytis 속 종간에도 매우 높은 상동성을 나타내어 계통학적 유연관계 분석이 어려웠다. 하지만, 3종의 유전자(RPB2, HSP60, G3PDH)를 결합한 유전자 염기서열을 이용한 분자계통수 작성 결과, 본 연구에서 분리한 잿빛곰팡이병균은 Botrytis 속의 다른 종들과 구별되며, 사과, 고추, 오이, 토마토의 분리주는 아주 높은 근연관계에 있고, 딸기잿빛곰팡이병균은 다른 분리주와 달리 종내 다른 lineage를 형성하였다.

ITS와 psbA-trnH 염기서열에 의한 한국산 메꽃속(Calystegia R.Br.)의 분류학적 연구 (Molecular Phylogenetic Studies of Korean Calystegia R.Br. Based on ITS and psbA-trnH Sequences)

  • 김상준;박선주
    • 식물분류학회지
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    • 제41권4호
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    • pp.338-344
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    • 2011
  • 한국산 메꽃속 4종 1변종과 1종의 외군을 대상으로 종의 실체를 확인하고, 유연관계 및 진화경향성을 파악하기 위하여 분자계통학적 연구를 수행하였다. 메꽃속의 주요 형질로는 잎의 모양과 화관의 길이, 털의 유무 등이 있다. 하지만 잎의 형질에서 많은 변이 현상이 나타나고 있어 종 분류에 어려움이 있다. 분자계통학적 연구결과 갯메꽃이 하나의 분계조를 형성하여 가장 기부에 위치하였고, 애기메꽃과 큰메꽃의 ITS 지역과 psbA-trnH 지역에서는 독립적인 분계조를 형성하지 못하여 두 종의 관계가 명확하지 않았다. 따라서 두 종의 관계는 본 연구에 사용된 마커들로는 부족하며 앞으로 더 많은 개체와 다양한 마커들을 통한 연구가 수반되어야 한다. 메꽃은 선메꽃과 유집되어 유연관계가 가까운 것으로 나타났다.

파라미터 교정법을 이용한 대국적인 수럼성을 갖는 간접적응제어기 (A Globally Convergent Pole Placement Indirect Adaptive Controller using Parameter Correction)

  • 김홍필;양해원
    • 대한전기학회논문지
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    • 제38권11호
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    • pp.913-921
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    • 1989
  • 본논문에서는 임의의 영점들을 갖는 이산시간 선형시불변계통의 극배치 간접적응제어기 설계문제를 다루었다.외부입력은 persistent excitation 조건을 만족하고, 주어진 계통의 분자다항식과 분모 다항식에 의해 정해지는 Sylevester resultant 행렬식의 하한을 안다는 가정하에, 전체 폐루우계통이 대국적으로 안정함을 보였다. 간접적응제어시 발생되는 추정된 계통의 가제어성 문제는 파라미터 교정방법을 확장시켜 해결하였다. 2차 플랜트에 대한 전산기 simulation을 통하여 본논문의 제어알고리즘의 유용성을 확인하였다.

어류 mitochondrial DNA의 분자계통학적 이용과 국내에서의 분류학적 적용 현황

  • 김영자;김일찬;이세영;이완옥;이재성
    • 한국어업기술학회:학술대회논문집
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    • 한국어업기술학회 2003년도 춘계 수산관련학회 공동학술대회발표요지집
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    • pp.41-41
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    • 2003
  • 기존의 계통분류는 비교해부학적 및 비교발생학적 방법에 의해 소수의 특징적인 기준형질만을 가지고 상위분류군간의 분류범주를 정하고, 종을 배정하였기 때문에 상당한 인위성이 개입되었고, 이렇게 주관적으로 정리하다 보면 종종 한개의 분류군에 대하여 서로 불일치하는 경우도 있다. 따라서 상위분류군들은 분류군을 구성하는 많은 구성원들이 나타내고 있는 형질의 집합체로서, 다양한 형질에 의해서 다루어져야 한다. (중략)

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한국산 피라미속(Zacco) 어류의 미토콘드리아 cytochrome b gene 분석을 통한 분자계통 (A Molecular Systematics of Korean Zacco Species Inferred from Mitochondrial Cytochrome b Gene Sequence)

  • 오민기;박종영
    • 한국어류학회지
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    • 제21권4호
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    • pp.291-298
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    • 2009
  • 한국, 중국, 일본, 대만 등 동아시아에 분포하는 피라미속 (Zacco) 어류에 대한 mitochondrial cytochrome b gene의 염기서열 분석을 통해 분자계통학적 유연관계를 조사하였다. MP tree 분석 결과, 한국산 참갈겨니와 갈겨니 집단은 모두 단계통군을 형성하고 있었으나 생물분포구계의 남한아 지역에 분포하는 참갈겨니와 갈겨니 집단은 일본산 갈겨니와 유전적으로 유사하게 분석되었다. 또한 한국산 피라미 집단은 일본산 피라미와 유전적 친화성을 보였으나, 중국산 피라미는 끄리와 분자계통학적 유연관계를 형성하였다. 참갈겨니의 한강집단은 동해 중북부에 서식하는 집단과 유전적으로 유사하였고, 갈겨니의 동진강과 영산강 집단은 유전적 동일 집단, 동진강과 섬진강 집단은 유전적 유사집단으로 여겨졌다. NJ tree 분석을 통해 피라미 집단은 참갈겨니와 갈겨니 및 Z. sieboldii 집단과는 오래전에 공동조상으로부터 분화되었고, Z. sieboldii의 조상으로부터 참갈겨니와 갈겨니가 분기진화한 것으로 추정되었다. 또한 중국에 서식하는 피라미는 한국산 피라미 집단과 상당한 유전적 차이를 보였을 뿐만 아니라 끄리속 어류와 분자계통수를 형성하고 있어 추후 동물지리학적 분포 및 피라미속 어류에 대한 계통분류학적 논의가 요구된다.

현생 기저 피자식물에 대한 끝나지 않는 논쟁 (Endless debates on the extant basal-most angiosperm)

  • 김상태
    • 식물분류학회지
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    • 제40권1호
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    • pp.1-15
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    • 2010
  • 한 분류군의 진화의 역사를 파악하기 위해서는 분류군 내에서 가장 먼저 분지한 군(기저군)을 알아내는 것이 중요하다. 피자식물의 계통과 진화를 이해하고자 많은 식물학자들은 형태적 연구와 화석적 증거에 의해 현존하는 피자식물들 중 가장 먼저 분지하여 다른 모든 피자식물들과 자매군을 형성하는 분류군을 파악하려고 노력해 왔다. 최근 분자계통학의 기술적 발달과 자료의 축적으로 현생 기저 피자식물군에 대한 객관적 증거들이 제시되고 있다. 여전히 논쟁의 여지는 있지만, 대부분의 식물계통학자들은 1) 다수의 유전자들의 계통분석적 접근, 2) 복제된 두 유전자군의 계통수 네트웍 형성법, 3) 유전자의 구조적 접근 등의 분자적 증거에 의해 현생 기저 피자식물이 뉴칼레도니아에 자생하는 1과 1속 1종 식물인 Amborella trichopoda Baill.임에 동의하고 있다. 그러나 또 다른 가능성으로 Nymphaeaceae (수련과)와 A. trichopoda가 하나의 분계조를 형성하고 형성된 분계조가 다른 모든 피자식물의 자매군임을 지지하는 증거들도 일부 제시되어 현생 기저 피자식물에 대한 논쟁은 계속되고 있다. 현대 분자생물학적인 신기술의 발달은 대량의 분자적 자료를 제공하고 있어 이들 논쟁 해결의 실마리를 제공해 주고 있고, 진화적 모델식물로서의 Amborella 전체 유전체의 염기서열 결정과 이에 대한 파생연구는 Darwin이 지독하게 풀리지 않는 미스터리라 표현한 피자식물의 기원과 분화에 대한 해답을 제시해 줄 수 있을 것으로 기대된다.

범용성 DNA 바코드 분석 기반 한국산 천남성속(Arisaema) 식물의 분자계통학적 연구 (Study on Molecular Phylogenetics of Korean Arisaema Species Based on Universal DNA Barcodes)

  • 노푸름;한경숙;김욱진;양선규;최고야;고성철;문병철
    • 한국자원식물학회지
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    • 제31권1호
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    • pp.37-51
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    • 2018
  • 국내에 분포하는 천남성속의 계통학적 유연관계와 한약재 천남성(Arisaematis Rhizoma)으로 사용되는 천남성 3종(둥근잎천남성, 두루미천남성, 일파산남성)에 대한 분류학적 특징을 분석하기 위하여 천남성속 식물에 대한 분자계통학적 연구를 수행하였다. 3개의 범용성 DNA 바코드(ITS, matK, rbcL) 염기서열을 이용하여 국내 분포 천남성속 8분류군과 중국에 분포하는 약전수재 종 1분류군을 포함하는 9종 50개 시료와 같은 과의 Dracunculus vulgaris를 군외군으로 하여 유연관계를 분석하였다. 3개의 개별 DNA 바코드 염기서열과 이들을 유합한 염기서열로 계통학적 유연관계를 분석한 결과, 천남성속의 9 분류군은 6개의 독립적인 분계조를 형성하며 구별되었으며(Clade I, 둥근잎천남성 및 천남성; Clade II, 점박이천남성 및 섬남성; Clade III, 큰천남성; Clade IV, 일파산남성; Clade V, 두루미천남성; Clade VI, 무늬천남성 및 거문천남성), 이들 6개의 분계조는 각각 Pedatisecta절, Sinarisaema절, 및 Tortuosa절로 분류되었다. 또한 이들 DNA 바코드 구간의 비교 결과는 천남성속 식물의 종 및 종 이하 분류 단위의 분류학적 재검토의 필요성에 대한 중요한 정보를 제공하였다. 하지만 대한민국약전에 수재되어 한약재로 사용가능한 3종의 천남성 기원종의 종내 분류학적 연관성이나 분자계통학적 특징은 확인되지 않았다.

Mariner-Like Elements (MLEs)를 이용한 누에의 분자적 계통 분석 (Molecular Phylogenetics of Silkworm (Bombyx mori) Based on Mariner-Like Elements (MLEs))

  • 황재삼;이진성;김영섭;성연문
    • 생명과학회지
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    • 제9권2호
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    • pp.176-181
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    • 1999
  • 본 연구는 누에(Bombyx mori)에서 cloning한 BomMAR의 염기서열을 기초로 하여 곤충 MLE(mariner-like ele-ment)의 계통분석을 통한 누에의 분자적 계통 관계를 이해하고자 수행하였다. 전체 10 종의 MLE중에서 15%의 낮은 상동성을 보이는 인간 MLE(Hsmarl)을 제외한 9종의 MLE의 DNA 염기서열을 이용한 UPGMA 분석 결과, BmoMAR을 포함한 10종의 MLE가 세 가지의 subfamily 로 grouping되는 것을 알 수 있었으며, 누에는 genetic distance 0.4332에서 같은 lepidoptera(나비목) 의 H. cecropia, almond moth, webworm 및 microcaddisfly와 함께 grouping 되었다. 따라서 이와 같은 결과는 MLE가 곤충의 계통분석에 유용한 molecular tool이 될 수 있음을 보여준다.

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개와 고양이 유래 피부사상균의 분자생물학적 계통 분석 (Molecular Phylogenetic Classification of Dermatophytes Isolated from Dogs and Cats)

  • 김두;정석영;안소저
    • 한국임상수의학회지
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    • 제23권4권
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    • pp.405-410
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    • 2006
  • 피부사상균증이 있는 개와 고양이에서 분리한 9주의 Microsporum canis와 5주의 Microsporum gypseum에서 ribosomal DNA를 추출하여 internal transcribed spacer 1 (ITS1) gene을 PCA로 증폭한 후 sequencing을 실시하여, 각 사상균의 계통학적 관계를 조사하였다. M canis 분리주 9주의 ITS1 gene의 nucleotide sequence는 100% 일치하였으며 M gypseum 분리주 5주의 nucleotide sequence도 100% 일치하였다. M canis 분리주 9주의 계통분석 결과 미국, 일본, 호주 및 유럽에서 분리된 M canis와 같은 cluster에 속하였으며 다른 Microsporum spp와는 유전적으로 다른 cluster를 형성하였다. 그러나 M canis와 M distortum, M equinum, M ferrugineum은 유전적으로 매우 가까운 위치에 있었다. M gypseum 분리주는 M canis와는 다른 cluster를 형성하였다. ITS1 gene의 분자생물학적 분석은 Microsporum spp를 확인하고 그들의 유전학적 관계를 이해하는 유용한 정보를 제공하는 것으로 생각된다.

남조세균 흔들말목(Cyanobacteria, Oscillatoriales) 해양 균주의 16S rRNA와 rpoB 유전자 변이 (Molecular Divergences of 16S rRNA and rpoB Gene in Marine Isolates of the Order Oscillatoriales (Cyanobacteria))

  • 천주용;이민아;기장서
    • 미생물학회지
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    • 제48권4호
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    • pp.319-324
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    • 2012
  • 본 연구는 남조세균 흔들말목(Cyanobacteria, Oscillatoriales)의 16S ribosomal RNA (rRNA) 및 RNA polymerase beta subunit(rpoB) 유전자를 대상으로 염기서열 변이 및 분자계통학적 특성을 분석한 것이다. 흔들말목 rpoB 유전자는 16S rRNA보다 유전자 변이(유전거리: rpoB=0.270, 16S=0.109)가 큰 것으로 조사되었으며, 통계적으로 유의한 차이를 보였다(Student t-test, p<0.001). 흔들말목 16S rRNA와 rpoB의 계통분석에서 유사한 계통 분지형태를 보였으며, rpoB 유전자가 높은 해상도를 갖고 있어 흔들말목 분류군을 더 명확하게 구분하였다. 또한, parsimony 분석을 통해 rpoB 유전자가 16S rRNA 보다 2.40배 빠르게 진화하는 것으로 파악되었다. 본 연구결과는 rpoB 유전자가 흔들말목의 분자계통 및 종 분류 연구에 매우 유용하다는 것을 제시해 준다.