• 지구물리와물리탐사
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• 제4권1호
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• pp.8-18
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• 2001

파쇄대와 같은 불균질대의 분포 및 위치를 영상화하고 암석의 신선도를 평가하기 위하여, 화강암 석산 지역에서 시추공을 이용한 레이다 반사법 및 토모그래피 탐사와 지표 탐사인 GPR탐사를 실시하였다. 또한 레이다 반사법 탐사에서 나타난 반사면의 공간적 방향성을 알기 위해서 방향탐지 안테나도 적용시켰다. 모든 시추공 레이다 탐사에는 20MHz를 주주파수로 갖는 안테나를, GPR탐사에는 100MHz를 사용하였다. 시추공 반사법, 방향탐지 안테나 및 GPR탐사 영상들은 서로 잘 일치하는 탐사 결과를 보여주었으며, 탐사지역내의 주요 파쇄대의 3차원적인 위치 및 주향 방향을 알려주었다. 일부 구간의 토모그래피 초동 시각 곡선에서는 화강암 지역에서는 일반적으로 나타나기 어려운 이방성을 보였는데 이러한 이방성은 텔레뷰어 자료와 비교하여 본 결과 동일 방향으로 정렬되어 있는 미세 균열과 연관된 것으로 추정된다. 또한 이 지역은 시추공 레이다, 토모그래피, GPR 영상들 및 이방성의 분포로부터 MF2및 MF5로 명명된 두개의 주 파쇄대에 둘러싸인 지역이 비교적 신선한 암석으로 구성되어 있음을 확인하였다.

• 생명과학회지
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• 제21권8호
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• pp.1156-1162
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• 2011

Equine herpesvirus type 3 (EHV-3)는 말[마(馬)]에서 말구진을 유발하고 말산업에 치명적인 악영향을 끼치는 매우 중요한 병원체이다. 국내에서 처음으로 말구진이 발생하였고, 말 생산농가에 경제적 피해를 입혔으나 다행히 원인바이러스 분리에 성공하였다. 이에 원인바이러스의 생물학적 특징을 연구하여 다음과 같은 결과를 얻었다. EHV-3를 RK-13 cell에 접종한 결과 접종 48 시간부터 세포변성효과가 나타남을 확인하였고 접종 72 시간부터는 세포박리가 일어났다. 세포를 수확하여 바이러스 DNA를 추출한 후 PCR 검사를 수행하였다. 그 결과 EHV-3에만 양성이었고 EHV-1 및 EHV-4에는 음성이었다. Swab에서 바이러스 DNA를 추출하여 10배씩 serial dilution을 한 후 PCR 검사를 실시한 결과 $10^4$까지 밴드를 확인할 수 있었다. 국내분리 EHV-3의 gG 특정부위에 대한 염기에서 표준주인 EHV-3 334/74 strain과 397개가 일치하여 99.25%의 상동성을 나타내었고 국내분리주를 EHV-3 거로주(Georo strain)라 명명하였다. 전기영동 결과에서는 EHV-3가 EHV-1보다 적은 수의 밴드를 확인할 수 있었다. 국내 분리주 EHV-3 거로주의 단백질을 분석한 결과 145 kD, 60 kD, 45 kD, 40 kD에서 단백 밴드를 관찰하였다.

• 한국축산식품학회지
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• 제31권6호
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• pp.952-959
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• 2011

여러 원천에서 분리한 유산균을 대상으로 신규 bacteriocin 생산 유산균을 선발하고 API 당 발효성과 16S rDNA를 분석한 결과 P. damnosus 로 동정되어 JNU 534로 명명하였다. P. damnosus JNU 534에 의해 생산된 bacteriocin은 다수의 유산균과 L. monocytogenes의 생육을 억제하였지만, Gram음성균을 포함한 다른 병원성균들은 저항성을 나타냈다. Bacteriocin의 생산은 대수기 초반에 시작되어 정지기 초기에 최대 활성에 이르렀다. Bacteriocin은 pH 2-9의 넓은 범위와 $100^{\circ}C$에서 15분간의 열처리에 대해서도 안정성을 유지하였다. 또한 각종 단백질 분해효소에 의해 활성을 상실함으로써 본 연구에서 정제한 항균 물질이 단백질성 물질임을 확인할 수 있었으며 30% ammonium sulfate 침전과 $C_{18}$ chromatography를 통하여 bacteriocin을 정제 할 수 있었다. Tricine-SDS-PAGE에 의해 bacteriocin의 분자량을 약 3.4 kDa으로 추정하였으며, 지시균의 생육 저지환의 위치가 bacteriocin band와 일치하였다. 정제된 bacteriocin으로부터 분석한 N-terminal 아미노산 부분 서열은 $NH_2$-ILLEELNV로 나타났다.

• 미생물학회지
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• 제35권3호
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• pp.205-210
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• 1999

Vibrio cholerae 는 사람에게 설사를 일으키는 병원성 세규닝며 본 연구에 이용된 V.cholerae KNIH002 는 국내의 설사질환 환자로부터 분리하였다. 콜레라 독소 검출용 프라이머를 이용하여 PCR 로 증폭한 산물을 탐침자로 이용하여 Southern hybridization을 실시한 결과 PstI 및 BglII로 이중절단된 4.5-kb 절편내에서 ctx 유전자가 존재함을 확인하였다. 따라서 염색체 DNA를 PstI 및 BglII로 절단 후 V. cholerae KNIH002 의 유전자 mini-libraries를 제조하였다. 그리고 동일 탐침자를 이용하여 colony hybridization을 실시한 결과 제조된 유전자 mini-libraries 로부터 신호를 나타내는 한 개의 클론을 선발하였다. 선발된 클로닝 지니는 플라스미드를 pCTX75 라 명명하였으며, 이 클론은 CHO 세포에 대한 세포 독력이 나타남을 확인하였다. 염기서열을 결정한 결과 클로닝된 플라스미드에는 ace 와 zot 유전자들은 각각 ATG 개시코돈과 TGA 종결코돈을 포함하여 291 bp와 1,200 bp 로 구성되어져 있었다. ace 유전자의 염기서열은 V.cholerae E7946 EI Tor Ogawa strain 이 것과 100% 일치하였다. 그러나 zot 유전자의 염기서열 및 아미노산 서열은 V. cholerae 395 Classical Ogawa strain 의 것과 각각 99% 및 98.8% 의 상동성을 보였다. 특히, V.cholerae 395 Classicale Ogawa strain 의 Zot 폴리펩타이드에서 100번, 272번, 281번째 alanine 은 V.cholerae KNIH002에서 모두 valine 으로 치환되어져 있었다.

• 식물병연구
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• 제15권3호
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• pp.254-258
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• 2009

전형적인 모자이크 증상의 표주박(Lagenaria leucantha var. gourda)으로부터 CMV를 분리하고 Lag-CMV로 명명하였다. 표주박에서 분리한 Lag-CMV는 N. benthamiana에서 전신감염되어 전형적인 모자이크 증상을 나타내 대조로 공시한 CMV들과 유사하였다. 그러나 N. tabacum. cv. Xanthi nc에서 접종엽에 퇴록반점이 형성되는 점이 As-CMV와 유사하였으며, 접종엽에 무병징을 나타낸 Fny-CMV와 구분되었다. 또한 Fny-CMV에 감염된 오이와 쥬키니 호박은 매우 심한 모자이크 증상을 나타낸 반면, Lag-CMV와 As-CMV에 감염된 식물은 비교적 엷은 모자이크 병징이 발현되었다. 고추에서는 Fny-CMV와 As-CMV가 접종상엽에 모자이크 증상이 발현되으나, Lag-CMV는 무병징으로 감염되었다. Lag-CMV에 감염된 N. benthamiana로부터 추출한 dsRNA의 전기영동 패턴은 대조의 Fny-CMV나 As-CMV의 dsRNA와 종류 및 분자 크기에서 차이를 나타내지 않았다. Lag-CMV에 감염된 N. benthamiana로부터 추출한 total RNA를 외피단백질 유전자와 IR 및 3' 비번역영역 일부를 포함하는 약 950 bp의 cDNA합성을 위한 프라이머를 이용하여 RT-PCR을 실시한 결과 약 950 bp의 cDNA가 검출되었다. 이 cDNA를 제한효소 EcoRI, HindIII, MspI, SalI 및 XhoI으로 처리한 후 RFLP분석을 실시한 결과, Lag-CMV의 RFLP패턴은 As-CMV와 일치하였다. 한편 이 cDNA를 이용하여 염기서열을 분석한 결과, 염기서열의 유사도는 As-CMV와 99.1%, Fny-CMV와는 94.5%였으며, 외피단백질의 아미노산서열 유사도는 As-CMV는 100%, Fny-CMV와 97.3%를 나타냈다. 이와 같은 결과들로부터 표주박에서 분리한 Lag-CMV는 As-CMV와 같은 서브그룹 IB에 속하는 것으로 확인되었다.

• 원예과학기술지
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• 제31권6호
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• pp.748-755
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• 2013

본 연구는 배추에서 염 저항성 관련 유전자를 발굴하기 위해 수행되었다. 우선 염처리(250mM NaCl)된 순계배추 'Chiifu'를 이용한 KBGP-24K oligo chip 데이터[BrEMD(B. rapa EST and microarray database)]를 분석하였다. 그 결과, 염처리 시 크게 반응하는 202개의 unigene들을 1차 선발하였고, 이들 중 기능이 정확히 알려지지 않았으나 완전장을 갖추고 있는 1개의 유전자를 최종선발하여 BrSSR(B. rapa salt sensitive resistance)로 명명하였다. BrSSR은 94개의 아미노산으로 번역되는 총 285bp의 오픈리딩프레임을 가지고 있으며, DUF581 도메인을 지니고 있다. 염 저항성을 분석하기 위하여 BrSSR이 과발현된 pSL94 vector를 제작하여 담배에 형질전환시켰다. BrSSR이 과발현된 $T_1$ 세대 담배 형질전환체들은 PCR과 DNA blot 분석에 의해 선발하였다. Quantitative real-time RT PCR 분석 결과, 형질 전환된 담배에서 BrSSR의 발현이 대조군 보다 약 3.8배까지 높게 발현되었다. 이는 RNA blot 분석 결과와도 일치했다. 또한 표현형 분석에서 5일간 250mM NaCl 염 처리 후 BrSSR이 과발현된 형질전환체들이 대조군보다 우수한 염 저항성을 보여 주었다. 위 결과들에 근거하여 염 스트레스 환경 하에서 BrSSR 유전자의 과발현은 식물의 염 저항성을 향상과 매우 밀접한 관계가 있는 것으로 판단된다.

• 생명과학회지
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• 제18권12호
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• pp.1723-1727
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• 2008

클로렐라의 생리활성 물질을 활용하여 기능성 식품을 개발하기 위한 기초 자료를 얻기 위하여 클로렐라 배양장에서 생육이 빠른 클로렐라를 분리하여 동정하고 이화학적 특성을 조사하였다. 분리된 클로렐라는 전형적인 둥근 모양과 $3{\mu}m$ 크기로 주름진 형태를 취하고 있었다. 분리된 클로렐라의 동정을 위하여 18S rRNA sequences를 실시한 결과 Chlorella sp. IFRPD 1018와 99%의 높은 상동성을 보여 Chlorella sp.와 거의 일치하여 Chlorella sp. CMS-1로 명명하였다. 클로렐라 열수 추출물에 조단백질 함량이 59.21%로 많이 함유되어 있었고, 조지방 함량은 0.01%로 미량 함유되어 있었다. 클로렐라 CMS-1의 무기질 농도는 K 2.52%, P 2.25%, Mg 0.63%, Ca 0.63% 순으로 함유되어 있었다. 클로렐라 CMS-1의 주요 구성 아미노산은 glutamic acid 6.21%, alanine 5.76%, aspartic acid 5.44% 순이였으며, 특히 유리아미노산 중 ${\gamma}$-aminobutyric acid (GABA)의 함량은 7.13%로 전체 유리아미노산의 63.8% 비율로 차지하였고 그 다음으로 L-alanine 1.44%, L-glutamic acid 0.90%, L-leucine 0.26%, L-glycine 0.20% 순으로 함유되어 있었다.

• 미생물학회지
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• 제52권3호
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• pp.336-343
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• 2016

두 종류의 mannanases를 생산하는 Cellulosimicrobium sp. YB-43로부터 mannanase 유전자를 클로닝하고 그 염기서열을 결정하였다. Mannanase 유전자는 manB로 명명되었으며, 427 아미노 잔기로 구성된 단백질을 코드하는 1,284개 염기로 구성되었다. ManB는 추론된 아미노산 배열에 근거해서 glycosyl hydrolase family 5에 속하는 mannanase와 상동성이 높은 활성영역과 함께 2개의 탄수화물 결합영역을 포함하고 있는 다영역 효소로 확인되었다. Cellulosimicrobium sp. YB-43의 manB 유전자를 함유한 재조합 대장균의 균체 파쇄상등액으로부터 정제된 ManB의 아미노 말단 배열이 QGASAASDG로 결정되었으며 이는 SignalP4.1 server로 그람 음성균을 기준으로 예측된 signal peptide의 결과와 정확하기 일치하였다. 정제된 ManB의 최적 반응조건은 $55^{\circ}C$와 pH 6.5-7.0이며 locust bean gum (LBG), konjac과 guar gum을 가수분해 하였으며, 셀룰로스, 자일란, 전분과 para-nitrophenyl-${\beta}$-mannopyranoside에 대해서는 분해활성이 없었다. ManB의 활성은 $Mg^{2+}$, $K^+$와 $Na^+$에 의해 약간 저해되었으며 $Cu^{2+}$, $Zn^{2+}$, $Mn^{2+}$과 SDS에 의해서는 크게 저해되었다. 또한 이 효소는 mannobiose 보다 큰 중합도를 갖는 만노올리고당을 가수분해하였으며, LBG와 만노올리고당을 가수분해하였을 때 mannobiose가 가장 많은 양으로 생성되었다.

• 생명과학회지
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• 제27권10호
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• pp.1161-1167
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• 2017

본 연구는 양식업에 막대한 경제적인 손실을 야기시키는 세균성 어류질병인 Vibrio anguillarum을 예방하고 억제하기 위한 목적을 두고, 제주 연안에 서식하는 군소 알로부터 특징적인 균주를 분리 하였다. 이를 16S rRNA 염기서열 분석, 형태학적 특성을 통해 균을 동정하여 Phaeobacter inhibens KJ-2로 명명하였다. Phaeobacter inhibens KJ-2 균주는 Vibrio sp.에 대해 강한 항균 활성을 갖고 있으며, 항균물질의 생산특성을 배양조건에 따라 검토하였으며, 그 결과 진탕 배양의 경우 $20^{\circ}C$에서 24시간 배양 후, 정치 배양의 경우 96시간 배양 후 항균 활성이 가장 높게 나타났다. 진탕 배양 및 정치 배양 모두 4시간 후부터 생육도는 낮았으나 항균 물질 생산을 시작하였다. 생육도가 거의 없는데도 불구하고 항균물질이 생산이 이루어졌는데, 이는 QS (Quorum Sensing)의 신호 물질인 AHLs과 관련이 있다고 사료되며, AHLs의 생성능은 항균 활성과 거의 일치함을 알 수 있었다. 이런 배양특성을 바탕으로 항균 활성을 검토한 결과 V. anguillarum외 다른 Vibrio sp.에 대해서도 항균활성을 나타내었다. 특히 Vibrio vulnificus, Vibrio campbellii, Vibrio mimicus에 대해 높은 저해능을 나타내었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제48권2호
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• pp.158-166
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• 2020

Paenibacillus woosongensis의 xylanase 유전자를 클로닝하고 그 염기서열을 결정하였다. Xylanase 유전자는 xyn10A로 명명되었으며, 481 아미노잔기로 구성된 단백질을 코드하는 1,446개 뉴클레오티드로 구성되었다. 추론된 아미노산 배열에 따르면 Xyn10A는 glycosyl hydrolase family 10 xylanase와 상동성이 높은 활성영역과 카르복실 말단에 탄수화물을 결합하는 것으로 추정되는 영역이 포함된 다영역 효소로 확인되었다. DEAE-Sepharose와 Phenyl-Separose 컬럼 크로마토그래피 과정을 통해 P. woosongensis xyn10A 유전자를 함유한 재조합 대장균의 균체 파쇄상등액으로부터 Xyn10A를 정제하였다. 정제된 Xyn10A의 아미노 말단 배열이 GIANGSKF로 결정되었으며 이는 SignalP5.0 server로 예측된 signal peptide의 다음 아미노산 배열과 정확하게 일치하였다. 정제된 Xyn10A는 33 kDa 크기의 절단된 단백질이며 균체내 분해에 의해 카르복시 말단에서 CBM이 제거된 것으로 판단된다. 정제된 효소는 최적 pH와 온도가 6.0과 55-60℃이며 oat spelt xylan에 대한 반응 동력학적 계수 V_max와 K_m이 298.8 U/mg과 2.47 mg/ml로 각각 나타났다. 효소는 birchwood xylan이나 oat spelt xylan보다 arabinoxylan에 대한 활성이 높았으며 para-nitrophenyl-β-xylopyranoside에 대해 낮은 활성을 보였다. Xyn10A의 활성은 Cu²⁺, Mn²⁺과 SDS에 의해서 크게 저해되었으며 K⁺, Ni²⁺과 Ca²⁺에 의해는 상당하게 증진되었다. 또한 이 효소는 xylobiose 보다 중합도가 큰 자일로올리고당을 분해하였으며, 자일로올리고당의 최종 가수분해 산물은 xylose와 xylobiose로 확인되었다.