잇꽃에 발생하는 식물병들은 탄저병(Colletotricum acutatum), 잿빛곰팡이병(Botrytis cinerea), 흰가루병(Sphaerotheca fuliginea), 흰비단병 (Sclerotium rolfsii), 역병 (Phytophthora cactorum), 뿌리썩음병 (Fusarium oxysporum), 잎점무의병 (Alternaria carthami, A. alternata), 모잘록병(Pythium ultimum), 녹병(Puccinia carthami), 바이러스(CMV) 등 10종이었다. 잇꽃 병의 발생소장 및 피해실태 조사에서 탄저병은 전 생육기에 걸쳐서 뿌리, 잎, 줄기, 화두 등 모든 부위에 발생하였다. 노지재배시 평균 발병주율이 60% 이상으로 가장 큰 피해를 주는 병해였으며, 비가림 하우스에서는 5% 내외의 발병율을 나타내었다. 잿빛곰팡이병은 비가림 하우스 내에서 개화기인 6월 중순부터 수확기까지 80% 이상의 발병주율과 30% 내외의 발병화두율을 나타내었다. 모잘록병이 파종 후 30일경까지 5∼10%정도 발생하였으며, 기타병해로 시들음병, 흰비단병, 역병, 흰가루병, 녹병, 잎점무의병 등은 1% 내외의 발병율을 보여 피해가 경미하였다. 잇꽃 모잘록병에 대한 약제 방제효과는 다찌가렌 액제 침지처리와 토로스 수화제 분의처리 효과가 우수하였다. 잇꽃 탄저병에 대한 약제방제 효과는 메티람수화제와 이미녹타딘트리스알베실레이트$.$치람 수화제 방제가가 85%이상으로 우수하였다. 잿빛곰팡이병의 약제방제시험에서는 비가림 하우스내에서 이프로 수화제, 후루아지남 수화제, 포리옥신 수화제를 처리하였으나 방제가는 80%미만이었으며, 노지재배시 이미녹타딘트리스$.$치람 수화제의 방제가는 91.1%였고, 후루아지남 수화제의 방제효과는 89.6%였고 이프로 수화제의 방제가는 89.2%였다.