• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권15호
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• pp.6131-6136
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• 2014

Objective: Epidemiology studies have reported conflicting results between glutathione S-transferase Mu-1 (GSTM1), glutathione S-transferase theta-1 (GSTT1) and glutathione S-transferase pi-1 (GSTP1) and ovarian cancer (OC) susceptibility. In this study, an updated meta-analysis was applied to determine whether the deletion of GSTM1, GSTT1 and GSTP1 has an influence on OC susceptibility. Methods: A published literature search was performed through PubMed, Embase, Cochrane Library, and Science Citation Index Expanded database for articles published in English. Pooled odds ratios (ORs) and 95% confidence intervals (95%CIs) were calculated using random or fixed effects models. Heterogeneity between studies was assessed using the Cochrane Q test and $I^2$ statistics. Sub-group analysis was conducted to explore the sources of heterogeneity. Sensitivity analysis was employed to evaluate the respective influence of each study on the overall estimate. Results: In total, 10 published studies were included in the final analysis. The combined analysis revealed that there was no significant association between GSTM1 null genotype and OC risk (OR=1.01, 95%CI: 0.91-1.12). Additionally, there was no significant association between GSTT1 genetic polymorphisms and OC risk (OR=0.98, 95% CI: 0.85-1.13). Similalry, no significant associations were found concerning the GSTP1 rs1695 locus and OC risk. Meanwhile, subgroup analysis did not show a significant increase in eligible studies with low heterogeneity. However, sensitivity analysis, publication bias and cumulative analysis demonstrated the reliability and stability of the current meta-analysis. Conclusions: These findings suggest that GSTs genetic polymorphisms may not contribute to OC susceptibility. Large epidemiological studies with the combination of GSTM1 null, GSTT1 null and GSTP1 Ile105Val polymorphisms and more specific histological subtypes of OC are needed to prove our findings.

• 인지과학
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• 제19권4호
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• pp.419-441
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• 2008

웹과 디지털 라이브러리가 대중화되면서, 사용자들은 이를 정보 조사나 학습 같은 높은 인지부담을 수반하는 작업에 활용하기 시작한다. 그러나 대부분의 검색엔진 및 브라우저는 사용자에게 단순한 질의 기반 검색 및 항해탐색 기능만을 제공하므로 정보를 해석하고 연계하며 통합하는 등의 역할은 사용자에게 전가한다. 본 논문에서는 인간-웹 상호작용을 위한 이단 모델(Two-level M여el)이라고 부르는 개인화된 지식구조를 제안한다. 이 구조는 지식공간과 정보공간으로 구성되어 있으며, 새롭게 지식공간을 구성하고 이를 이용하는 명령(Operation)을 제공한다. 지식 공간은 웹에서 상호작용을 통해 검색된 결과에 대한 개념적인 해석이라고 할 수 있으며, 토픽 및 토픽간의 관계를 통해서 이 지식 공간이 구성된다. 이러한 지식 공간은 정보공간의 정보객체와 연결되어 있어 지식공간으로부터 원하는 정보에 대한 접근이 가능하다. 이 모델에 기반 하여 구현된 시스템을 통해 정보탐색 태스크 중 가장 높은 인지부담을 요구하는 탐험적 검색 환경 아래서의 실험을 수행하여 사용자 인지부담 절감 효과를 확인 할 수 있었으며, 향후 개인의 효과적인 정보 탐색을 위한 가치 있는 메타데이터로서의 활용이 기대된다.

• 한국약용작물학회지
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• 제22권6호
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• pp.429-434
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• 2014

This study describes the efficient method for the discrimination of 'Cheonryang' in Panax ginseng Meyer using a STS primer. A total of 208 STS primers were applied to polymerase chain reaction (PCR) amplification for discriminating Korean ginseng cultivars. Co-dominant polymorphic band patterns were generated with two primers, MFGp 0019, MFGp 0248, and successful identification of 'Cheonryang' was achieved from out of 11 Korean ginseng cultivars. Two different sizes of DNA band patterns were detected with MFGp 0019 primer. Ten Korean ginseng cultivars shared the same size of amplified DNAs (389 bp), but 'Cheonryang' showed a different size. Thus 'Cheonryang' can be efficiently distinguished from the other ten ginseng cultivars by using the MFGp 0019 primer. In the case of MFGp 0248, two different sizes of DNA band patterns were detected in the eleven ginseng cultivars. Same sized amplified DNA bands (307 bp) were shown in five cultivars (Chunpoong, Gopoong, Kumpoong, Cheongsun, Sunhyang) and 254 bp sized DNA bands were identified in the other 6 cultivars (Yunpoong, Sunpoong, Sunun, Sunone, Cheonryang, K-1). In conclusion, the two STS primers, MFGp 0019, and MFGp 0248, provide a rapid and reliable method for the specific identification of 'Cheonryang' cultivar from a large number of samples.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제20권3호
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• pp.518-524
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• 2010

A mannanase gene (man26B) was obtained from a sea bacterium, Paenibacillus sp. BME-14, through the constructed genomic library and inverse PCR. The gene of man26B had an open reading frame of 1,428 bp that encoded a peptide of 475- amino acid residues with a calculated molecular mass of 53 kDa. Man26B possessed two domains, a carbohydrate binding module (CBM) belonging to family 6 and a family 26 catalytic domain (CD) of glycosyl hydrolases, which showed the highest homology to Cel44C of P. polymyxa (60% identity). The optimum pH and temperature for enzymatic activity of Man26B were 4.5 and $60^{\circ}C$, respectively. The activity of Man26B was not affected by $Mg^{2+}$ and $Co^{2+}$, but was inhibited by $Hg^{2+},\;Ca^{2+},\;Cu^{2+},\;Mn^{2+},\;K^+,\;Na^+$, and $\beta$-mercaptoethanol, and slightly enhanced by $Pb^{2+}$ and $Zn^{2+}$. EDTA did not affect the activity of Man26B, which indicates that it does not require divalent ions to function. Man26B showed a high specific activity for LBG and konjac glucomannan, with $K_m,\;V_{max}$, and $k_{cat}$ values of 3.80 mg/ml, 91.70 ${\mu}mol$/min/mg protein, and 77.08/s, respectively, being observed when LBG was the substrate. Furthermore, deletion of the CBM6 domain increased the enzyme stability while enabling it to retain 80% and 60% of its initial activity after treatment at $80^{\circ}C$ and $90^{\circ}C$ for 30 min, respectively. This finding will be useful in industrial applications of Man26B, because of the harsh circumstances associated with such processes.

• Molecules and Cells
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• 제25권4호
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• pp.559-565
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• 2008

Members of the TGA family of basic domain/leucine zipper transcription factors regulate defense genes through physical interaction with NON-EXPRESSOR OF PR1 (NPR1). Of the seven TGA family members, TGA4/octopine synthase (ocs)-element-binding factor 4 (OBF4) is the least understood. Here we present evidence for a novel function of OBF4 as a regulator of flowering. We identified CONSTANS (CO), a positive regulator of floral induction, as an OBF4-interacting protein, in a yeast two-hybrid library screen. OBF4 interacts with the B-box region of CO. The abundance of OBF4 mRNA cycles with a 24 h rhythm under both long-day (LD) and short-day (SD) conditions, with significantly higher levels during the night than during the day. Electrophoretic mobility shift assays revealed that OBF4 binds to the promoter of the FLOWERING LOCUS T (FT) gene, a direct target of CO. We also found that, like CO and FT, an OBF4:GUS construct was prominently expressed in the vascular tissues of leaf, indicating that OBF4 can regulate FT expression through the formation of a protein complex with CO. Taken together, our results suggest that OBF4 may act as a link between defense responses and flowering.

• 한국산업정보학회논문지
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• 제24권6호
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• pp.43-53
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• 2019

최근 몇 년간 실내 환경에서 발생하는 대기 위험 물질에 관한 피해사례가 많이 있었으며, 이에 대해 빠른 대처를 하지 못하여 큰 피해가 발생하곤 했다. 이에 관해 본 시스템은 대기 위험 물질 농도 안전 수치 초과시 사용자의 Mobile에 Push Message로 전송하는 시스템을 구축하고자 한다. 본 시스템은 아두이노(Arduino), 라즈베리 파이(Raspberry PI)와 같은 IoT System으로 데이터를 추출하고 Cloud Computing System에 구현된 MongoDB, MySQL을 통하여 Database를 구축하였다. 해당 Database는 NodeJS를 이용한 Application Server를 통해 데이터를 가져오며, Application에 전송하여 시각화하였다. 또한, IoT System에서 위험 상황에 관한 신호를 받으면 Google FCM 라이브러리를 이용하여 Push Message를 보낸다. Mobile Application은 Android Web View를 이용하여 개발하며, Web View에 들어갈 Page는 HTML5 (HTML, Javascript CSS)를 이용하여 개발한다. 본 시스템의 Application을 통하여 사용자가 실내 대기 위험 물질을 실시간 모니터링하며, 위험 상황 시 사용자의 Mobile에 실내/외 검출 위치와 농도에 대한 실시간 정보를 Push Message로 전송하여 사용자의 빠른 대처에 도움이 될 것이라 기대할 수 있다.

• 정보처리학회논문지D
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• 제8D권6호
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• pp.705-714
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• 2001

오늘날의 컴퓨팅 시스템은 인터넷을 사용하여 비즈니스 거래와 분산 업무 처리로 확대되어가고 있으며 정보 기술은 점차적 으로 재사용성과 독립성 그리고 이식성을 가진 컴포넌트를 기반으로 한 응용 개발이 확산되고 있다. 컴포넌트 개발 형태는 코드의 재사용이나 클래스 라이브러리보다 좀 더 발전된 형태의 부품개발 형태로서, CBD(Component Based Development)를 기초로 한다. 그러나, CBD를 이용하여 새로운 컴포넌트를 구축하는 비용의 증가와 함께 비즈니스 요구사항에 맞는 컴포넌트 개발을 위한 노력이 필요하다. 또한 빠르고 정확한 컴포넌트 정보를 웹 상에서 지원할 수 있도록 시스템 측면에서 정규화 형태의 컴포넌트 모델이 요구되고 있다. 본 논문에서는 사용자의 요구사항에 접근하고 웹 상에서 빠르고 신속하게 어플리케이션이 개발되는데 목적을 두고 있다. 네트워크상에서 비즈니스 도메인을 기반한 가장 소규모 단위의 분산 컴포넌트를 대상으로 인터페이스 명세를 제공한다. 컴포넌트 내부와 외부 관계를 담고 있는 명세는 사용자의 요구 사항을 정확하게 분석되도록 구성하며 이러한 명세는 비즈니스 도메인에서 재사용 가능한 정보 크기인 EJB(EnterpriseJavaBean)로 서블릿 시스템 내에서 세션과 엔티티 형태의 정보로 나누어 저장된다. 비즈니스 컴포넌트를 제공하기 위한 질의를 사용하여 비즈니스 컴포넌트를 이용할 수 있으며, 시스템은 차후에 등록, 자동 재배치, 조회, 테스트, 그리고 다운로드하여 컴포넌트를 제공받을 수 있는 환경 구축을 목표하며 이는 컴포넌트 재사용성을 증대시키며 비용을 절감하고 사용자가 분산 컴포넌트를 쉽게 사용할 수 있도록 하는데 목적을 둔다.

• 한국농림기상학회지
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• 제19권4호
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• pp.270-279
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• 2017

최적의 재배관리나 식량생산 관력 정책 수립의 위해 지역적인 작물 생산성 모의 정보들이 사용 될 수 있다. 국내 주요 작물인 벼의 생산성 예측을 위해 ORYZA2000 모델이 널리 사용되어 왔지만, 지역 규모에서 생산성을 예측하기 위한 격자별 작물 모델 구동 체계는 보고되어 있지 않다. 본 연구에서는 격자형식의 입력자료를 사용하여 작물 모델을 구동하고 공간적인 생산성 예측자료를 생산할 수 있는 시스템을 개발하였다. 이를 위해 입출력 처리 모듈과 격자별 모델 구동 모듈을 개발하였으며, 각각의 모듈은 C++와 R을 이용하여 구현되었다. 사례 연구를 위해 남한의 논 지역을 대상으로 2000년대에 대한 생산성을 모의하였다. 1km 및 12.5km 해상도의 격자형 기상자료로부터 13000여개의 기상입력자료가 생성되었다. 관행적인 재배관리 설정을 사용하여 격자별로 구동을 하였으며, 출력자료는 다시 netCDF 형태의 격자형 자료로 취합하였다. 모의된 벼 생산성의 공간적 분포는 실제 분포와 비슷한 경향을 보였으나, 실제 생산성과는 차이가 있었다. 이러한 차이는 이앙시기, 품종 등의 재배관리의 차이 또는 기상자료의 불확실성에 의해 생기게 된다. 본 연구에서 개발된 격자별 모델 구동 시스템을 통해 다른 작물 모델을 이용한 격자별 모의가 가능할 것이다.

• 한국정보통신학회:학술대회논문집
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• 한국해양정보통신학회 2009년도 춘계학술대회
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• pp.253-256
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• 2009

본 논문에서는 OFDM 기반의 통신 시스템용 FFT/IFFT 코어 생성기(FFT_Core_Gen)를 구현하였다. FFT_Core_Gen은 $N=64{\times}2^k$($0{\leq}k{\leq}7$)의 8가지 FFT/IFFT 코어의 Verilog-HDL 코드를 생성한다. 생성되는 FFT/IFFT 코어는 in-place 방식의 단일 메모리 구조를 기반으로 하며, FFT 길이에 따라 radix-4와 radix-2 DIF 알고리듬의 혼합 구조가 적용된다. 또한, 메모리 감소와 연산 정밀도 향상을 위하여 중간 결과값의 크기에 따른 조건적 스케일링이 연산 stage 단위로 적용되도록 하였으며, 내부 데이터와 격자계수는 각각 14비트를 사용한다. FFT_Core_Gen에서 생성되는 FFT/IFFT 코어의 연산 정밀도는 최소 58-dB (N=8,192)에서부터 최대 63-dB (N=64)의 SQNR을 갖는다. 생성되는 코어를 $0.35-{\mu}m$ CMOS 표준 셀로 합성한 결과 75-MHz@3.3-V의 속도로 동작 가능하여 64점 FFT 연산에 $2.55-{\mu}s$가 소요되고, 8192점 FFT 연산에 $762.7-{\mu}s$가 소요되어 OFDM 기반의 무선 랜, DMB, DVB 시스템의 요구조건을 만족한다.

• 생명과학회지
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• 제31권4호
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• pp.410-417
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• 2021

NGS (Next-generation sequencing), 즉 차세대염기서열분석은 유전체 수준의 방대한 DNA를 작은 절편으로 만들어서 그 절편들의 염기서열들을 동시에 읽어내는 기법이다. 현재 다양한 생명체의 유전체 염기서열 분석부터 cDNA (complementary DNA)나 ChIPed DNA (chromatin immunoprecipitated DNA)를 분석하는데 이 NGS 기법을 사용하고 있으며, 이 때 얻어진 데이터를 적절히 처리하고 분석하는 일은 생물학적으로 유의미한 결과를 얻기 위하여 중요하다. 하지만 대용량 데이터의 저장 및 활용, 그리고 컴퓨터 프로그래밍 바탕의 데이터 분석은 실험을 수행하는 일반 생물학자들에게 어려운 일이다. Galaxy 플랫폼은 다양한 NGS 데이터 분석 tool을 무료로 제공하는 웹 서비스이며, 생물정보학이나 프로그래밍에 대한 전문지식이 없는 연구자들에게 웹 브라우저만을 이용하여 데이터를 분석할 수 있는 환경을 제공한다. 본 논문에서는 ChIP-seq (chromatin immunoprecipitation-sequencing) 수행을 위한 라이브러리 제작 과정 및 Galaxy 플랫폼을 이용한 ChIP-seq 데이터 분석 과정을 설명하고, K562 세포주에서 수행한 히스톤 H3K4me1 ChIP-seq 결과가 public 데이터와 일치함을 보여준다. 따라서 Galaxy 플랫폼을 활용한 NGS 데이터 분석은 생물정보학에 대한 손쉬운 접근 방법을 제공할 것으로 기대된다.