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Rapid Mapping of Active Site of KSI by Paramagnetic NMR

  • Joe, Yong-Nam;Cha, Hyung-Jin;Lee, Hyeong-Ju;Choi, Kwan-Yong;Lee, Hee-Cheon
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제33권9호
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    • pp.2981-2984
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    • 2012
  • Active site mapping has been done for ${\Delta}^5$-3-ketosteroid isomerase (KSI) by analyses of paramagnetic effect on $^1H-^{15}N$ HSQC spectra using 4-hydroxyl-2,2,6,6-tetramethylpiperidinyl-1-oxy (HyTEMPO) and an intermediate analog (equilenin). Our result revealed that residues in hydrophobic cavity of KSI, particularly active site region, mainly experienced a high line-broadening effect of NMR signal with HyTEMPO, while they experienced full recovery of a lineshape upon the addition of equilenin. The mapped region was very similar to the active site of KSI as described by the crystal structure. These observations indicate that a combined use of paramagnetic reagent and substrate (or analog) could rapidly identify the residues in potential active site of KSI, and can be applied to the analysis of both active site and function in unknown protein.

Effect of Spray-drying Condition and Surfactant Addition on Morphological Characteristics of Spray-dried Nanocellulose

  • Park, Chan-Woo;Han, Song-Yi;Namgung, Hyun-Woo;Seo, Pureun-Narae;Lee, Seung-Hwan
    • Journal of Forest and Environmental Science
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    • 제33권1호
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    • pp.33-38
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    • 2017
  • In this study, spray-drying yield and morphological characterization of spray-dried cellulose nanofibril (CNF) and TEMPO-oxidized nanocellulose (TONC) depending on spray-drying condition and surfactant addition was investigated. As spray-drying temperature increased, the yield of spray-dried CNF was increased. The highest spray-drying yields in both nanocelluloses were found at didecyl dimethyl ammonium chloride (DDAC) addition of 2.5 phr at all investigated temperatures. The spray-dried CNF was the sphere-like particle, but the spray-dried TONC showed both rod and sphere-like morphology. The average diameter of spray-dried CNF was decreased with increasing DDAC addition amount, resulting in the increase of specific surface area.

Preparation and Characterization of Cellulose Nanofibril/Polyvinyl Alcohol Composite Nanofibers by Electrospinning

  • Park, Byung-Dae;Um, In Chul;Lee, Sun-Young;Dufresne, Alain
    • Journal of the Korean Wood Science and Technology
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    • 제42권2호
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    • pp.119-129
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    • 2014
  • This work undertook to prepare nanofibers of cellulose nanofibrils (CNF)/polyvinyl alcohol (PVA) composite by electrospinning, and characterize the electrospun composite nanofibers. Different contents of CNFs isolated from hardwood bleached kraft pulp (HW-BKP) by 2,2,6,6-tetramethylpiperidine-1-oxy radical (TEMPO)-mediated oxidation were suspended in aqueous polyvinyl alcohol (PVA) solution, and then electrospun into CNF/PVA composite nanofibers. The morphology and dimension of CNFs were characterized by transmission electron microscopy (TEM), which revealed that CNFs were fibrillated form with the diameter of about $7.07{\pm}0.99$ nm. Morphology of the electrospun nanofiber observed by field-emission scanning electron microscopy (FE-SEM) showed that uniform CNF/PVA composite nanofibers were manufactured at 1~3% CNF contents while many beads were observed at 5% CNF level. Both the viscosity of CNF/PVA solution and diameter of the electrospun nanofiber decreased with an increase in CNF content. The diameter and its distribution of the electrospun nanofibers helped explain the differences observed in their morphology. These results show that the electrospinning method was successful in preparing uniform CNF/PVA nanofibers, indicating a great potential for manufacturing consistent and reliable cellulose-based nanofibrils for scaffolds in future applications.

Domperidone Exerts Antitumor Activity in Triple-Negative Breast Cancer Cells by Modulating Reactive Oxygen Species and JAK/STAT3 Signaling

  • Rajina Shakya;Mi Ran Byun;Sang Hoon Joo;Kyung-Soo Chun;Joon-Seok Choi
    • Biomolecules & Therapeutics
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    • 제31권6호
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    • pp.692-699
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    • 2023
  • The lack of molecular targets hampers the treatment of triple-negative breast cancer (TNBC). In this study, we determined the cytotoxicity of domperidone, a dopamine D2 receptor (DRD2) antagonist in human TNBC BT-549 and CAL-51 cells. Domperidone inhibited cell growth in a dose- and time-dependent manner. The annexin V/propidium iodide staining showed that domperidone induced apoptosis. The domperidone-induced apoptosis was accompanied by the generation of mitochondrial superoxide and the down-regulation of cyclins and CDKs. The apoptotic effect of domperidone on TNBC cells was prevented by pre-treatment with Mito-TEMPO, a mitochondria-specific antioxidant. The prevention of apoptosis with Mito-TEMPO even at concentrations as low as 100 nM, implies that the generation of mitochondrial ROS mediated the domperidone-induced apoptosis. Immunoblot analysis showed that domperidone-induced apoptosis occurred through the down-regulation of the phosphorylation of JAK2 and STAT3. Moreover, domperidone downregulated the levels of D2-like dopamine receptors including DRD2, regardless of their mRNA levels. Our results support further development of DRD2 antagonists as potential therapeutic strategy treating TNBC.

자동작곡시스템 구현을 위한 인공신경망의 학습방법 (Training Method of Artificial Neural Networks for Implementation of Automatic Composition Systems)

  • 조제민;류은미;오진우;정성훈
    • 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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    • 제3권8호
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    • pp.315-320
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    • 2014
  • 작곡은 작곡가의 경험을 바탕으로 표현하고자 하는 감정을 멜로디로 나타내는 창작활동이다. 따라서 작곡가의 작곡 과정을 그대로 본따서 자동작곡프로그램을 만드는 것은 매우 어렵다. 우리는 '창작은 모방을 통하여 가능하다'는 전제하에 본 논문에서 인공신경망의 학습기능을 이용하여 자동작곡시스템을 구현하는 방법을 제안한다. 이를 위하여 먼저 기존 곡을 인공신경망이 학습할 수 있는 시계열 데이터로 변환하는 방법을 제시하였다. 또한 곡의 특성상 반복되는 시계열 데이터를 제대로 학습하기 위하여 곡의 마디를 함께 학습하는 방법을 고안하였다. 학습된 인공신경망에 새로운 곡의 도입부 시계열 데이터를 만들어 넣어주면 인공신경망이 나머지 시계열 데이터를 만들어준다. 이를 음표와 박자로 변환하면 새로운 곡이 완성된다. 다만, 인공신경망의 출력은 음악이론과 다른 박자와 다른 화성의 음표를 출력할 수 있기 때문에 이를 후처리로 보정해 주어야 한다. 본 논문에서는 박자 후처리 프로그램만 구현하여 적용하였으며, 화성 후처리는 사람이 직접 하였다. 화성 후처리는 복잡하여 추후연구에서 구현할 예정이다.

화강풍화토의 불포화 침투특성에 관한 연구 (Infiltration Characteristics for Unsaturated Residual Soil)

  • 김영욱;김도형;성상규;이인모
    • 한국지반공학회:학술대회논문집
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    • 한국지반공학회 2001년도 봄 학술발표회 논문집
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    • pp.147-152
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    • 2001
  • This study investigated one-dimensional vertical infiltration to an unsaturated residual soil by numerical solutions, FDM. In order to estimate the parameters needed for numerical analysis, tire soil-water characteristic curve(SWCC) of Shinnae-dong soil, one of the most typical residual soils in Korea, were experimentally obtained. Then, the statistical analysis for obtaining the SWCC was performed. The numerical solution to the linearized governing equation for unsaturated groundwater flow provides the infiltration characteristics for the unsaturated residual soil represented by transient pressure profiles and water contents profiles.

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다성 음악 신호의 템포 검출 기술 (Tempo Detection of Polyphonic Music Signal)

  • 이동규;김기준;박호종
    • 한국방송∙미디어공학회:학술대회논문집
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    • 한국방송공학회 2012년도 하계학술대회
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    • pp.167-170
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    • 2012
  • 본 논문에서는 박자 분류 방법을 사용하여 다성 음악 신호의 템포 쌍을 검출하는 방법을 제안한다. 템포를 검출하는 방법은 음의 시작점을 추출하여 음악의 주기적인 흐름을 파악한 뒤, 그 주기를 템포로 변환하는 과정으로 구성된다. 제안한 기술은 템포로 추측되는 배수 관계의 템포 후보를 추출한 뒤, 템포 후보를 박자에 따라 분류하고 곡의 빠르기를 고려하여 최종 템포 쌍을 검출한다. 제안한 방법을 사용하여 높은 정확도로 템포 쌍이 검출되는 것을 확인하였다.

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디지털 음악 시장을 통해 본 한국 대중가요 선호경향에 관한 연구 (A Study on the Trend of Korean Pop Music Preference Through Digital Music Market)

  • 정지윤;김명준
    • 디지털콘텐츠학회 논문지
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    • 제18권6호
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    • pp.1025-1032
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    • 2017
  • 최근 국내 대중가요 시장은 디지털 음원을 중심으로 규모가 증가하고 있다. 2012년~2016년도의 연간 음원차트 100위권의 곡을 디지털 음원과 악보를 통해 분석한 결과 연평균 BPM은 5년간 총 11.26 하락하였다. 매년 음악 스타일은 다양화 되었고, 특히 힙합의 비중이 2012년 8.5%에서 2015년 17.8%까지 2배가량 높아졌다. 댄스음악과 발라드의 선호비율은 높았으나, 둘의 관계는 반비례 형태이다. 가수 구성은 여성솔로와 남성그룹의 비율이 반비례하였다. 특히 곡의 빠르기와 장단조의 관계는 느린 템포 곡은 장조의 비율이 81.42%였고, 빠른 템포 곡은 단조가 53.85%를 차지하였다. TV드라마 OST의 경우 가수 구성에서 솔로 가수의 곡을 선호하였으며, 음악스타일은 팝이 80%를 차지하였으며, 발라드가 20%를 차지하였다.

오디오의 파형과 FFT 분석을 이용한 대표 선율 검색 (Representative Melodies Retrieval using Waveform and FFT Analysis of Audio)

  • 정명범;고일주
    • 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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    • 제34권12호
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    • pp.1037-1044
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    • 2007
  • 최근 내용 기반 음악 검색 시스템에서는 사용자의 응답 시간을 단축시키기 위해 음악의 대표성을 갖는 선율을 추출하여 색인하고, 검색 시 이를 사용한다. 기존 연구에서는 미디(midi) 데이타를 이용하여 대표 선율을 추출하는 방법이 제안되었으나, 미디 데이타에 한정되는 단점이 있었다. 따라서 본 논문에서는 디지털 신호처리를 이용하여 모든 오디오 파일 포맷에 적용 가능한 대표 선율 검색을 제안한다. 대표 선율 검색을 위해 FFT(Fast Fourier Transform)을 이용하여 박자와 마디를 찾고 각 마디들의 PCM 데이타로부터 높은 수치가 나타나는 빈도를 측정한다. 이때 높은 수치들이 가장 많이 뭉쳐 있는 영역에서 여덟 마디 간격이 오디오 데이타의 대표 선율 영역이다. 제안 방법의 유효성을 검증하기 위한 실험으로 총 1000곡을 선택하여 대표 선율을 추출하였고, 그 결과 템포를 찾아낸 737곡 중 79.5%의 정확성을 보였다.